Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

BatchDeconvolution: a Fiji plugin for increasing deconvolution workflow

Baster Zbigniew, Rajfur Zenon

Bio-Algorithms and Med-Systems

|

2020

|

Vol. 16, no. 3

art. no. 20200027

EN

Deconvolution microscopy is a very useful, software-based technique allowing to deblur microscopy images and increase both lateral and axial resolutions. It can be used along with many of fluorescence microscopy imaging techniques. By increasing axial resolution, it also enables three-dimensional imaging using a basic wide-field fluorescence microscope. Unfortunately, commercially available deconvolution software is expensive, while freely available programs have limited capabilities of a batch file processing. In this work we presentBatchDeconvolution, a Fiji plugin that bridges two programs that we used subsequentlyin an image deconvolution pipeline: PSF Generator and DeconvolutionLab2, both from Biomedical Imaging Group, EPFL. Our software provides a simple way to perform a batch processing of multiple microscopy files with minimal working time required from the user.

2

Wydajna implementacja algorytmów przetwarzania obrazów w postaci wtyczek programowych dla środowiska ImageJ

Gumuła M., Piórkowski A.

Studia Informatica

|

2017

|

Vol. 38, nr 2

93--104

PL

Niniejszy artykuł traktuje o implementacji dodatkowych funkcjonalności w środowisku ImageJ na przykładzie wybranego algorytmu przetwarzania obrazów. Środowisko to jest bardzo popularne wśród naukowców, szczególnie neurobiologów jako referencyjna aplikacja do analizy obrazów preparatów mikroskopowych. W artykule przedstawiono wybrane aspekty charakterystyki prezentowanego środowiska, skupiono się zaś szczególnie na sposobie wdrażania nowych funkcjonal-ności na przykładzie implementacji algorytmu statystycznej dominacji. Rozważono szczegóły wydajnościowe rozwiązania wraz z dyskusją metodyki zrównoleglenia, przedstawiając wyniki eksperymentalne.

EN

This article presents an implementation of additional functionality in the ImageJ environment for selected image processing algorithm. This environment is very popular among scientists, especially neuroscientists as a reference application for the analysis of images of microscopic images. The article presents some aspects of the characteristics of presented environment, and focuses particularly on ways of implementing new functionalities as an example the statistical dominance algorithm implementation. The details of performance solutions with discussion of the parallelization methodology, including experimental results, are considered.

3

Porównanie przydatności programów „ImageJ ” i ”Carne 2” do szacowania jakości kiełbasy salami metodą komputerowej analizy obrazu ®

Dasiewicz K., Słowiński M.

Postępy Techniki Przetwórstwa Spożywczego

|

2017

|

Nr 1

77--81

PL

Celem pracy przedstawionej w artykule była ocena przydatności dwóch programów komputerowych do szacowania jakości kiełbasy salami metodą komputerowej analizy obrazu. Stosując metody odwoławcze oceniono wyróżniki jakości wybranej handlowej kiełbasy salami, jednocześnie wykorzystując komputerową analizę obrazu określono udział pól białych i czerwonych oraz składowe barwy R, G i B tłuszczu, mięsa i obrazu. Na podstawie wyników stwierdzono, że między wyróżnikami jakości salami oznaczonymi metodami odwoławczymi a danymi pozyskanymi za pomocą komputerowej analizy obrazu występują istotne zależności, co wskazuje na możliwość stosowania tych programów do szacowania jakości tego typu kiełbas. Należy jednak zauważyć, że modele szacowania dla niektórych wyróżników jakości były zróżnicowane w zależności od zastosowanego programu analizującego.

EN

The aim of this article was to evaluate usefulness of two different programs for estimating quality of salami using video image analysis. Quality attributes of salami was determined by using refference methods, simultaneously video image analysis was used to determine share of white and red fields and color components R, G and B for fat, meat and whole image. The results showed that there are significant relationships between quality attributes and obtained data, which indicates usefulness of both programs to estimate quality of this type of sausages. However it should be noted, that estimation models for some of the attributes should be developed separately for each type of program.

4

Efektywna metoda rozpoznawania faz ciekłokrystalicznych

Orlikowska H., Bartkiewicz S.

Aparatura Badawcza i Dydaktyczna

|

2016

|

T. 21, nr 3

135--140

PL

Ciekłe kryształy są szeroko badane ze względu na ich zastosowanie w wielu urządzeniach optycznych oraz jako składniki mieszanin chemicznych. Powszechnie stosowane są trzy metody identyfikacji faz ciekłokrystalicznych: obserwacja tekstur za pomocą mikroskopu polaryzacyjnego, dyfrakcja promieni rentgenowskich oraz termodynamiczna metoda współmieszalności. Wszystkie wymienione techniki mają jednak istotne ograniczenia. W tej pracy, po raz pierwszy, prezentujemy nową metodę identyfikacji mezofaz opartą na mikroskopii polaryzacyjnej – dynamiczną dwuwymiarową analizę termooptyczną (DDAT). Istota metody polega na statystycznej analizie obrazów mikroskopowych powstałych przy depolaryzacji światła przechodzącego przez medium ciekłokrystaliczne umieszczone w zmiennym polu elektrycznym. Opisana metoda jest efektywna i tania, co umożliwia zastosowanie jej zarówno w profesjonalnych badaniach, jak i w procesie dydaktycznym.

EN

Liquid crystals are widely studied because of their application in many optical devices and as components of chemical mixtures. For identifying liquid crystalline phases three basic methods are used: polarizing microscope observations of optical texture, X-ray diffraction and miscibility method. All of these techniques have significant limitations. In this work, for the first time, we present a new method to identify mesophases based on polarization microscopy – dynamic two-dimensional thermooptical analysis (DTD TOA). The essence of the method is based on a statistical analysis of microscopic images resulting from the depolarization of the light passing through the liquid crystal medium disposed in the alternating electric field. The described method is effective and inexpensive, which makes it attractive for applications in both professional research and the teaching process.

5

Use of the ImageJ program to assess the damage of plants by snails

Stawarczyk M., Stawarczyk K.

Chemistry-Didactics-Ecology-Metrology

|

2015

|

R. 20, NR 1-2

67--73

EN

Laboratory tests using image analysis are one of the types of experimental methods in plant protection. They are used in the evaluation of crop damage by pests, also useful in testing the effectiveness of active substances of plant protection products. The most popular of these analyses are the so called “circular tests”, comprising in administering to the insects and snails the fragments of leaves and measuring the amount of consumed surface. The paper presents a method of analysis of damage to lettuce leaves using ImageJ application. The way of presenting the results was also proposed. This procedure can be used in various analyses of biological sciences and evaluating the dietary preferences of pests. Access to the application ImageJ is free, and flexible configuration allows for any setting parameters of the program, the opportunity to work in different environments and low system requirements allow you to make many accurate measurements in a short time without the need to purchase expensive specialized hardware.

PL

Testy laboratoryjne z zastosowaniem analizy obrazu stanowią jeden z rodzajów metod eksperymentalnych w ochronie roślin. Są one wykorzystywane podczas oceny uszkodzeń roślin przez szkodniki, użyteczne także w testowaniu skuteczności działania substancji aktywnych środków ochrony roślin. Najpopularniejsze wśród takich analiz są tzw. „testy krążkowe”, polegające na podawaniu owadom, ślimakom fragmentów liści i mierzeniu wielkości konsumowanej powierzchni. W artykule zaprezentowano metodę służącą do analizy uszkodzeń liści sałaty przy zastosowaniu aplikacji ImageJ. Zaproponowano również sposób przedstawiania uzyskanych wyników. Procedura ta może znaleźć zastosowanie w różnych analizach biologiczno-przyrodniczych oraz podczas oceny preferencji pokarmowych szkodników. Dostęp do aplikacji ImageJ jest darmowy, a elastyczna konfiguracja, pozwalająca na dowolne ustawienie parametrów programu, możliwość pracy w różnych środowiskach systemowych i niewielkie wymagania sprzętowe umożliwiają wykonanie wielu dokładnych pomiarów w krótkim czasie bez konieczności zakupu drogiego specjalistycznego sprzętu.

6

ImageJ : program do analizy obrazów i jego zastosowania

Skrzyński W.

Inżynier i Fizyk Medyczny

|

2013

|

Vol. 2, nr 3

129--132

PL

W tradycyjnych aparatach rentgenowskich testy dotyczące jakości obrazu i działania systemu automatycznej kontroli ekspozycji opierały się na wzrokowej ocenie jakości obrazu i pomiarze gęstości optycznej (zaczernienia) błony rentgenowskiej za pomocą densytometru. W systemach cyfrowych odpowiednikiem pomiaru zaczernienia jest analiza wartości pikseli w wybranym obszarze obrazu, nazywanym obszarem zainteresowania ROI (Region of Interest).

7

Komputerowa analiza obrazu i modelowanie nanoceramicznych warstw tlenkowych

Kubica M., Skoneczny W., Służałek G.

Mechanik

|

2011

|

R. 84, nr 7(CD)

469-476

PL

W artykule przedstawiono komputerową analizę obrazów (KAO) nanoceramicznej warstwy, wytworzonej dla zmiennych warunków anodowania twardego w elektrolicie SAS na stopie aluminium EN AW-5251. Do badań zdjęć z mikroskopu skaningowego posłużono się programem ImageJ. Modele trójwymiarowe zamodelowano w programie wspomagającym komputerowe projektowanie – Solid Edge.

EN

The paper describes computer image analysis (CIA) of nanoceramic surface layer Al2O3, produced in variables conditions of hard anodizing in the electrolyte SAS on the aluminum alloy EN AW-5251. Images from a scanning electron microscope was used in ImageJ program. Three-dimensional models were modeled in Solid Edge – computer aided design.