PL
 |
EN
Preferencje help
Polish version English version Język
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników

Znaleziono wyników: 6

Liczba wyników na stronie
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
Wyniki wyszukiwania
help Sortuj według:

help Ogranicz wyniki do:
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
1
Content available remote Computational Aspects of DNA Sequencing by Hybridization : a Survey
Kwarciak K., Radom M., Formanowicz P.
Computational Methods in Science and Technology
|
2018
|
Vol. 24, No. 4
259--271
EN
Sequencing by hybridization (SBH) is a method of reading DNA sequence from its smaller fragments. Such a method has been proposed in late 1980s and until the emergence of the new generation sequencing it has been widely used and improved. Since the initial, classical approach to SBH, many modifications and enhancements was proposed, aimed at improving the preciseness and the length of sequences which can be unambiguously read. Even now, for some DNA sequences sequencing by hybridization can still be used effectively and at a low cost. In this paper many different approaches to the SBH will be described, mainly from the points of view of algorithms and computational complexity.
2
Content available Some aspects of modeling and analysis of complex biological systems using time Petri nets
Olszak J., Radom M., Formanowicz P.
Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences
|
2018
|
Vol. 66, nr 1
67--78
EN
Models of complex biological systems can be built using different types of Petri nets. Qualitative nets, for example, can be successfully used to obtain a model of such a system and on its basis a structure-based analysis can be performed. Time is an important factor influencing a whole biological system behaviour and in many cases it should be considered during building a model of such a system. In this paper various types of time Petri nets have been described and methods for studying corresponding models have been discussed. In particular, an algorithm using time parameters to enhance t-invariants based analysis is proposed. This algorithm allows for calculation of the minimal and maximal numbers of tokens (respectively, for an optimistic and pessimistic case) in particular places necessary to assure that all transitions from a given t-invariant support will be able to fire. Additionally, to address the problem of the proper assignment of time values to transitions, the known methods for calculation and evaluation of such time parameters based on the net structure have also been discussed.
3
Problemy dotyczące zabezpieczeń różnicowych transformatorów potrzeb ogólnych i potrzeb własnych przy przełączeniach wolnych automatyki SZR/PPZ
Kulecki P., Dimitriu P., Fulczyk K., Malicki P., Radom M.
Wiadomości Elektrotechniczne
|
2014
|
R. 82, nr 9
60--64
PL
Przedstawiono problematykę nieprawidłowych działań zabezpieczeń różnicowych transformatorów potrzeb ogólnych i własnych przy przełączeniach wolnych automatyki SZR/PPZ.
EN
The paper presents issues of malfunctions of differential protection of auxiliary and common transformer during slow ATS/PTS switching.
4
Content available remote Algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzację opartych o nieklasyczne chipy DNA
Radom M., Formanowicz P.
Przegląd Elektrotechniczny
|
2010
|
R. 86, nr 9
97-100
PL
W niniejszym artykule przedstawione zostaną algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzację opartych o dwa nieklasyczne chipy DNA. Opisane zostaną zasady kontrukcji rozpatrywanych chipów oraz sposób działania algorytmów rozwiązujących problem SBH z ich pomocą. Przedstawione zostaną także wyniki eksperymentów obliczeniowych, w których testowane będą omawiane algorytmy oraz algorytm klasyczny.
EN
In this paper algorithms for sequencing by hybridization problems based on two non-classical DNA chips are presented. The idea of these chips is briefly described and the algorithms are presented and analyzed in detail. Also the results of an extensive experiment are showed and commented.
5
Content available remote Cerberus: A New Information Retrieval Tool for Marine Metagenomics
Radom M., Kottmann R., Rybarczyk A., Formanowicz P., Szachniuk M., Glöckner F. O., Błażewicz J.
Foundations of Computing and Decision Sciences
|
2010
|
Vol. 35, No. 2
107-126
EN
The number of papers published every year in scientific journals is growing tremendously, especially in biological sciences. Keeping the track of a given branch of science is therefore a difficult task. This was one of the reasons for developing the classification tool we called Cerberus. The classification categories may correspond to some areas of research defined by the user. We have used the tool to classify papers as containing marine metagenomic, terrestrial metagenomic or non-metagenomic information. Cerberus is based on special filters using weighted domain vocabularies. Depending on the number of occurrences of the keywords from the vocabularies in the paper, the program classifies the paper to a predefined category. This classification can precede the information extraction since it can reduce the number of papers to be analyzed. Classification of papers using the method we propose results in an accurate and precise result set of articles that are relevant to the scientist. This can reduce the resources needed to find the data required in ones field of studies.
6
Sekwencjonowanie DNA z błędami negatywnymi oraz informacją o powtórzeniach
Kwarciak K., Radom M., Formanowicz P.
Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska
|
2008
|
z. 151
215-222
PL
W pracy przedstawiony jest algorytm typu podziału i ograniczeń dla problemu sekwencjonowania przez hybrydyzację z błędami negatywnymi oraz częściową informacją o powtórzeniach. Uwzględnienie tego rodzaju informacji możliwe jest ze względu na rozwój technologii stosowanej w eksperymencie hybrydyzacyjnym. Prowadzi ono do rozszerzenia standardowej wersji metody sekwencjonowania przez hybrydyzację oraz do polepszenia jakości uzyskiwanych rozwiązań.
EN
In this paper a branch and bound algorithm for sequencing by hybridization problem with negative errors and partial information about repetitions is presented. Taking into account information of this type is possible because of the development of the technology used in the hybridization experiment. It leads to an extension of the standard sequencing by hybridization method and to an improvement of the quality of the obtained results.
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.