Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Aminokwasy, glikany, peptydy i białka w ścieżkach diagnostycznych i terapeutycznych chorób cywilizacyjnych XXI wieku : projektowanie i charakterystyka fizykochemiczna oraz strukturalna

Bylińska Irena, Dzierżyńska Maria, Giżyńska Małgorzata, Guzow Katarzyna, Jankowska Elżbieta, Jurczak Przemysław, Kaczyński Zbigniew, Karska Natalia, Kowalczyk Agnieszka, Kuncewicz Katarzyna, Orlikowska Marta, Sawicka Justyna, Spodzieja Marta, Szpakowska Nikola, Szymańska Aneta, Wieczerzak Ewa, Witkowska Julia, Rodziewicz-Motowidło Sylwia

Wiadomości Chemiczne

|

2022

|

[Z] 76, 5-6

393--431

EN

The civilization diseases of the 21st century are non-infectious disorders, affecting a large part of modern society. They are associated with the significant development of industry and technology, and hence with environmental pollution and an unhealthy lifestyle. These factors have led to the development of many civilization diseases, which currently include: cardiovascular diseases, respiratory diseases, diabetes, obesity, malignant tumors, gastrointestinal diseases, mental disorders and allergic diseases. The development of technologies, including modern therapies and new drugs, resulted in increase in life expectancy. This creates a global problem of an aging population with an increasing number of diseases of the old age, i.e. dementias. In addition, sedentary lifestyles and changing diets are the reasons why more and more people develop metabolic diseases, as well as neurological and cognitive disorders characterized by progressive damage to nerve cells and dementia. Currently, problem on a global scale is also the growing resistance to existing antimicrobial drugs. Therefore, the scientists face many challenges related to searching for the causes of these diseases, their diagnosis and treatment. Scientific research conducted at the Department of Biomedical Chemistry at the Faculty of Chemistry of the University of Gdańsk is part of this research trend. In this publication, we discuss various research topics with the long-term aim of solving the problems associated with the diseases mentioned above. The following chapters are dedicated to (i) looking for new effective fluorophores with diagnostic and anti-cancer activity; (ii) designing of new compounds with antibacterial and antiviral activity and their synthesis; (iii) investigating the mechanisms of amyloid deposit formation by human cystatin C and possibilities of inhibition of this process; (iv) designing and studies of compounds activating the proteasome with the potential to suppress the development of neurodegenerative diseases; (v) designing peptide fibrils and hydrogels as drug carriers; (vi) searching for peptide inhibitors of immune checkpoint as potential drugs for immunotherapy; (vii) studying the mechanism of action of selected herpesviruses by determining the structure of viral proteins and (viii) studying the composition of natural glycans and glycoconjugates in order to better understand the mechanisms of interaction of bacteria with the environment or with the host.

2

Molekularne narzędzia monitorowania biotechnologicznych procesów przemysłowych

Krefft Daria, Homa Kamila, Głębocka Marta, Nałęcz Olga, Ponikowska Małgorzata, Jędrzejczak Gabriela, Seroczyńska Justyna, Banaszczyk Justyna, Skowron Piotr M., Jeżewska-Frąckowiak Joanna

Przemysł Chemiczny

|

2019

|

T. 98, nr 7

1168--1172

PL

Przedstawiono wyniki doświadczalnych badań procesu konstrukcji wskaźnikowych bakterii Escherichia coli, biosyntetyzujących warianty białka zielonej fluorescencji (GFP). W genie gfpuv wykonano mutacje, prowadzące do biosyntezy białek emitujących żółtą fluorescencję (YFP) oraz białek emitujących niebieską fluorescencję (BFP). Za pomocą klonowania molekularnego, ekspresji genetycznej oraz izolowania metodami ekstrakcji chemicznej i chromatografii osiągnięto wysoki poziom biosyntezy rekombinowanych białek żółtej i niebieskiej fluorescencji oraz uzyskano ich wysoce jednorodne preparaty. Uzyskane bakterie wskaźnikowe oraz izolowane białka YFP i BFP posłużą do monitorowania procesów czyszczenia powierzchni i kolonizacji bakterii probiotycznych, a także monitorowania biochemicznych procesów przemysłowych oraz remediacji środowiska.

EN

Escherichia coli bacteria indicators were prepd. and used for biosynthesis of green fluorescent protein variants. Mutation into gfpuv gene were introduced to obtain protein variants emitting yellow fluorescence and blue fluorescence. Mol. cloning, genetic expression and protein isolation, involving chem. extn. methods and chromatog. were applied and the high biosynthesis levels of recombinant homogeneous fluorescent proteins were achieved. The indicator bacteria and purified proteins were designed for monitoring surfaces cleaning, probiotic bacteria colonization assessment, biochem. industrial processes and environment remediation.

3

Pozyskiwanie drobnoustrojów o wzmożonej aktywności degradacji związków o strukturze aromatycznej

Hupert-Kocurek K., Mrozik A.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2009

|

nr 11/12

22--24

PL

Spośród drobnoustrojów dzikich, naturalnie występujących w środowisku, można wyselekcjonować szczepy wyróżniające się przydatnością do usuwania związków aromatycznych, jednak do wydajniejszej eliminacji tych związków konieczne jest udoskonalanie ich aktywności degradacyjnej. Można tego dokonać poprzez konstruowanie sztucznych kombinacji genów katabolicznych in vitro i uzyskanie ekspresji informacji genetycznej w komórkach odpowiedniego biorcy czy wywoływanie trwałych zmian genetycznych w komórkach mikroorganizmów na drodze mutagenezy.

EN

Among microorganisms naturally existing in environment it is possible to select bacterial strains useful in aromatic compounds elimination but for more effective degradation it is necessary to improve their degradative capabilities. It may be performed by construction of artificial combination of catabolic genes in vitro and expression of genetic information in proper host or by induction of stable genetic changes in microorganisms by mutagenesis.

4

Genotoxicity of explosives-contaminated soil before and after bioremediation

Kołwzan B., Jadczyk P., Rybak J., Adamiak W.

Environment Protection Engineering

|

2008

|

Vol. 34, nr 1

53-62

EN

Two explosives-contaminated soil samples taken in the vicinity of Wroclaw (SW Poland) were bio-remediated under aerobic and anaerobic conditions. One of the samples (T) was contaminated a few years ago; another (D) underwent a many-year self-cleaning process. The efficiency of their treatment was evaluated based on the change of the contaminant content in the soil. Soil mutagenic activity before and after bioremediation was investigated using the Ames test The following strains of Salmonella typhimurium were used: TA 98, TA 100, YG 1041 and YG 1042. Sample T was more contaminated with organic compounds than sample D (13 980 mg/kg d.m. and 2645 mg/kg d.m). Bioremediation of sample T was not very effective: contaminants under anaerobic and under aerobic conditions were reduced by 4.5% and 2.8%, respectively. Bioremediation of sample D proved to be highly efficient: reduction of contaminants under anaerobic conditions by 94% and under aerobic conditions by 79%. Contaminants in the soil extracts displayed genotoxic activity. Sample T was more genotoxic than sample D. Direct mutagens predominated in sample T, and indirect mutagens, in sample D. The bioremediation process was conducive to the production of the metabolites whose toxicity was higher than that of initial subtrate. Bioremediation under anaerobic conditions caused smaller increase in mutagenic activity of the soil contaminants than bioremediation under aerobic conditions.

PL

Próbki gleby z okolic Wrocławia zanieczyszczone materiałami wybuchowymi poddano bioremediacji w warunkach tlenowych i beztlenowych. Jedna z próbek (T) była zanieczyszczona przed kilku laty, druga (D) przeszła wieloletni okres samooczyszczania. Oceniono wydajność bioremediacji na podstawie zmian stężenia zanieczyszczeń w badanej glebie. Za pomocą testu Amesa zbadano aktywność mutagenną gleby przed i po bioremediacji. Zastosowano następujące szczepy Salmonella typhimurium: TA 98, TA 100, YG 1041 i YG 1042. Próbka T była bardziej zanieczyszczona związkami organicznymi niż próbka D (odpowiednio: 13980 mg/kg s. m. i 2645 mg/kg s. m.). Bioremediacja próbki T była mało efektywna: redukcja zanieczyszczeń w warunkach beztlenowych wyniosła 4,5%, a warunkach tlenowych - 2,8%. Bioremediacja próbki D była bardzo wydajna: redukcja zanieczyszczeń w warunkach beztlenowych osiągała 94%, a w warunkach tlenowych - 79%. Zanieczyszczenia obecne w ekstraktach glebowych wykazywały aktywność genotoksyczną. Próbka T była bardziej genotoksyczna niż próbka D. W próbce T dominowały mutageny bezpośrednie, a w próbce D - mutageny pośrednie. Proces bioremediacji sprzyjał powstawaniu metabolitów o toksyczności większej niż toksyczność substratów wyjściowych. Bioremediacja w warunkach beztlenowych powodowała mniejszy wzrost aktywności mutagennej gleby niż bioremediacja w warunkach tlenowych.

5

Application of the k-NN classifier for mutagenesis tests. Recognition of wild type and defective in DNA repair bacterial strains on the basis of adaptive response to alkylating agents

Maciejewska A. M., Jóźwik A., Kuśmierek J. T., Sokołowska B.

Biocybernetics and Biomedical Engineering

|

2008

|

Vol. 28, no. 3

45-50

EN

The k-Nearest Neighbor classifier (k-NN) was applied to differentiate two bacterial strains, the wild type and its mug derivative. Bacterial cells were exposed to different concentrations of chloroacetaldehyde and studied under two different conditions, i.e. with and without induction of an adaptive response. We evaluated the influence of adaptation on the wt and mug strains by estimating the probability of misclassification to the class: no adaptation or adaptation. We have also checked differentiation between wt and mug, separately for adapted and non-adapted conditions. Our results confirm the usefulness of the k-NN classifier as a tool for statistical analysis of results of mutagenesis tests.

6

Mutagenic activity of the by-products obtained during water chlorination.

Traczewska T.M., Piekarska K., Trusz-Zdybek A., Biłyk A., Czarniecka J.

Environment Protection Engineering

|

2007

|

Vol. 33, nr 4

87-95

EN

Potential mutagenic and carcinogenic properties of model water disinfected with chlorine, chlorine dioxide and the mixture of chlorine and chlorine dioxide were examined on the basis of the Ames test. The results of the tests indicate that by-products obtained during water chlorination are mutagenic. The most positive results of the Ames test were obtained using the chlorine for disinfection of model water. When the chlorine dioxide was used, the results of the Ames test were not positive. In the case the water was disinfected with a mixture of chlorine and chlorine dioxide, the positive results of the test, proportional to the chlorine dose, were achieved. Additionally we determined the Amberlite resins allowing most effective concentration of the disinfection by-products. In the set of three columns filled with XAD-2, XAD-7 and XAD-16 resins, the concentration of organic micro-contaminants from water achieved the optimum.

PL

Stwierdzono potencjalną aktywność mutagenną i kancerogenną wody modelowej dezynfekowanej chlorem, dwutlenkiem chloru oraz mieszaniną chloru i dwutlenku chloru. Do badań użyto krótkoterminowego testu bakteryjnego Salmomella (test Amesa). Najwięcej pozytywnych rezultatów testu uzyskano w przypadku dezynfekcji wody chlorem. Z kolei dezynfekcja mieszaniną chloru i dwutlenku chloru dawała nieco mniej wyników dodatnich. Otrzymane wyniki świadczą, że podczas dezynfekcji wody chlorem i mieszaniną chloru i dwutlenku chloru tworzą się mutagenne produkty. W wyniku dezynfekcji wody dwutlenkiem chloru nie powstawały związki o charakterze mutagennym i rakotwórczym, ale przypuszczalnie związki o charakterze toksycznym, na co wskazywała niska wartość współczynnika mutagenności. Uzyskane wyniki potwierdziły konieczność stosowania szczepów TA98 i TA 100, ponieważ charakterystyczne dla nich mutacje gwarantują ocenę potencjalnej mutagenności szerokiego spektrum chloropo-chodnych mikrozanieczyszczeń wody. Ważne jest, aby do badań stosować żywice o różnym powinowactwie do adsorbowanych zanieczyszczeń, przez to otrzymujemy szeroką gamę tych związków. Proponowany układ kolejno po sobie następujących żywic XAD-2, XAD-7 i XAD-16 w trzech kolumnach wydaje się optymalny.

7

Effect of microsomal fraction induction on the detectability of mutagenic air pollutants by means of the ames bacterial mutagenicity test

Piekarska K., Karpińska-Smulikowska J.

Environment Protection Engineering

|

2006

|

Vol. 32, nr 4

15-23

EN

It was found that pollutants adsorbed by atmospheric particulate matters being collected during the summer and winter seasons in the centre of the city of Wrocław, Poland, are mutagenic. The research was based on a short-term test of Salmonella (the Ames test). The samples tested indicated the presence of pollutants which might affect directly or indirectly the genetic material. In order to activate metabolically the indirect mutagens, two types of rat liver microsomal fraction were used, namely the fraction activated by widely used Aroclor 1254 and the fraction activated by Phenobarbital, rarely used in environmental sample tests. Comparative tests of both fractions show that it might be possible to replace highly toxic Aroclor 1254 with a less harmful Phenobarbital in order to obtain the microsomal fractions that can interact with air particulate pollutants.

PL

Stwierdzono aktywność mutagenną zanieczyszczeń zaadsorbowanych na cząsteczkach pyłu zawieszonego pobranego w sezonie letnim i zimowym w centrum Wrocławia. Badania prowadzono, używając krótkoterminowego testu bakteryjnego Salmonella (test Amesa). W badanych próbach stwierdzono obecność zanieczyszczeń mogących oddziaływać bezpośrednio i pośrednio z materiałem genetycznym. Aby metabolicznie aktywować mutageny pośrednie, użyto dwóch rodzajów wątrobowej frakcji mikrosomalnej aktywowanej powszechnie stosowanym Aroclorem 1254 oraz rzadko stosowanym w badaniach prób środowiskowych fenobarbitalem. Na podstawie badań porównawczych obu frakcji stwierdzono, że silnie toksyczny Aroclor 1254 można zastąpić mniej szkodliwym fenobarbitalem, co pozwoli otrzymać frakcję mikrosomalną aktywnie oddziałującą z pyłowymi zanieczyszczeniami powietrza.

8

Immunologia żywności

Wróblewska B., Kostyra H.

Przemysł Spożywczy

|

2000

|

T. 54, nr 5

8-10

PL

W artykule omówiono specjalne katalityczne białka nazywane abzymami i synzymami. Abzymy definiuje się jako przeciwciała wykazujące właściwości enzymatyczne. Natomiast synzymy są to semisyntetyczne kopolimery aminokwasów charakteryzujące się właściwościami biokatalitycznymi. Oba rodzaje tych biokatalitycznych białek są wytwarzane w odmienny sposób. Abzymy produkuje się metodami immunologicznymi z wykorzystaniem specyficznych organicznych haptenów. Synzymy mogą być produktami ukierunkowanej mutagenezy z wykorzystaniem technik inżynierii genetycznej. W konkluzji stwierdzam, że w ramach biotechnologii żywności rodzi się nowa specjalizacja. którą można wstępnie nazwać "Immunotechnologią żywności".

EN

In this article, the special catalytic proteins called abzymes and synzymes are presented. Abzymes are defined as the antibodies with the catalytic properties. Similarly, synzymes are semisynthetic amino acid copolymers, also having the catalytic properties. The production of these two kinds of the catalytic proteins is different. Abzymes are made by the immunological methods using specific organic haptens. Synzymes can among others be the products of the mutagensis and are produced by the methods of the genetic engineering. It has been also suggested that the products of synzym hydrolysis could be a source of haptens for the production of abzymes. In conclusion it was stated that, new specialization in food biotechnology would appear, which we call "Food immunotechnology".