Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Charakterystyka wybranych metod izolacji i identyfikacji drobnoustrojow w żywności

Hać-Szymańczuk Elżbieta

Przemysł Spożywczy

|

2023

|

T. 77, nr 11

24--28

PL

Szybkie wykrycie i identyfikacja drobnoustrojów występujących w żywności jest głównym celem dla laboratoriów mikrobiologicznych. W ostatnich latach klasyczne metody analizy mikrobiologicznej są uzupełniane o nowoczesne metody analityczne i molekularne. W niniejszym artykule omówiono następujące metody: fluorescencyjną hybrydyzację in situ (FISH), metody PCR i RT-PCR, spektrometrię masową MALDI-TOF i cytometrię przepływową. Opisano również zasadę działania i dobór podłoży chromogennych służących do wykrywania i identyfikacji drobnoustrojów w produktach spożywczych.

EN

The rapid detection and identification of microorganisms found in food is the main goal for microbiology laboratories. In recent years, classical methods of microbiological analysis have been supplemented with modern analytical and molecular methods. This article discusses the following methods: fluorescence in situ hybridization (FISH), PCR and RT-PCR methods, MALDI-TOF mass spectrometry and flow cytometry. The principle of operation and the selection of chromogenic media for their detection and identification of microorganisms in food products are also described.

2

Removal of Organic Matter from Water During the Biofiltration Process – a Full Scale Technological Investigation

Kołaski Piotr, Wysocka Agnieszka, Pruss Alina, Lasocka-Gomuła Iwona, Michałkiewicz Michał, Cybulski Zefiryn

Rocznik Ochrona Środowiska

|

2019

|

Tom 21, cz. 2

1136--1155

EN

The research was carried out on the full scale Water Treatment Plant with maximal capacity of 150 000 m3/d. Treated water is characterized by a high content of organic pollutants. In order to eliminate them from water and ensure the biological stability of water in the water supply network, in January 2015 a second stage of water treatment was launched, based on integrated ozonation and filtration through carbon filter beds. Between January and May 2016, samples of water and a filter bed were collected from four carbon filters and then physicochemical and bacteriological analysis were done. The FDA test and biochemical diagnostics were made to prove the microbiological activity of the filter bed. The studies showed a decrease in the content of organic compounds, meassured as TOC and COD (KMnO4), and the biological activity of the analyzed carbon filters. The carbon filter beds were populated by Pseudomonas fluorescens, Acinetobacter lwoffii, Aeromonas salmonicida and Sphingomonas paucimobilis. In none of the analyzed filters were found strains of the Enterobacteriaceae family which may have a potential threat to health of the consumers. The application of carbon filters has reduced the organic matter content in treated water.

PL

Badania prowadzono w skali technicznej na Stacji Uzdatniania Wody (SUW) o maksymalnej wydajności 150 000 m3/d. Woda dopływająca do SUW charakteryzuje się zawartością specyficznych zanieczyszczeń organicznych. W celu ich eliminacji z wody oraz zapewnienia biologicznej stabilności wody w sieci wodociągowej, w styczniu 2015 r. uruchomiono drugi stopień oczyszczania wody, oparty o zintegrowane procesy ozonowania i filtracji przez złoże węglowe. Co miesiąc, w okresie od stycznia do maja 2016 r., pobierano próbki wody oraz złoża filtracyjnego z czterech filtrów węglowych. Próbki wody pobierano bezpośrednio znad złoża filtracyjnego oraz na odpływie z filtrów. Próbki złoża filtracyjnego pobierano z jego górnej warstwy, w pięciu punktach każdej komory filtracyjnej. Przeprowadzono analizy fizyczno-chemiczne i bakteriologiczne wody oraz złóż filtracyjnych. W celu wykazania aktywności mikrobiologicznej złóż wykonywano test aktywności esteraz z dwuoctanem fluoresceiny FDA. W próbkach wody i węgla aktywnego w celu zidentyfikowania mikroorganizmów prowadzono diagnostykę biochemiczną z wykorzystaniem zautomatyzowanego systemu Vitek 2 Compact (bioMerieux). Przeprowadzone badania wykazały obniżenie zawartości związków organicznych wyrażonych jako OWO i ChZT (KMnO4) oraz biologiczną aktywność analizowanych filtrów węglowych. Złoża filtrów węglowych zasiedlone były przez Pseudomonas fluorescens, Acinetobacter lwoffii, Aeromonas salmonicida oraz Sphingomonas paucimobilis. W żadnym z analizowanych filtrów nie wyhodowano natomiast szczepów z rodziny Enterobacteriaceae stanowiących potencjalne zagrożenie dla zdrowia konsumentów.Wprowadzenie filtrów węglowych do ciągu technologicznego SUW spowodowało obniżenie zawartości materii organicznej w wodzie uzdatnionej.

3

Nowoczesna metoda identyfikacji mikroorganizmów

Korzekwa Kamila, Nowaczyk Piotr, Wronecki Michał

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2019

|

nr 1

30--35

PL

Kosmetyki, jako przedmioty codziennego użytku, przeznaczone do kontaktu z ciałem człowieka, nie mogą stanowić dla niego niebezpieczeństwa. Eliminując możliwość przedostania się patogennych mikroorganizmów do produktu kosmetycznego, zmniejsza się prawdopodobieństwo ryzyka wystąpienia infekcji bakteryjnych czy grzybiczych spowodowanych tymi drobnoustrojami. Znając potencjalne źródła skażeń, można im zapobiegać zarówno na etapie produkcji, jak i w trakcie użytkowania produktu przez konsumenta.

EN

Cosmetics, as products for daily use, designed for contact with the human body, cannot pose risk for it. By eliminating the possibility of the penetration of pathogenic microorganisms into the product, the probability of the bacterial or fungal infection occurrence is reduced. The knowledge of the sources of potential contamination can help prevent them at the production stage as well as while using the product by a consumer.

4

Usuwanie związków organicznych podczas filtracji wody przez złoża biologicznie aktywnych filtrów węglowych – badania w skali technicznej

Lasocka-Gomuła I., Michałkiewicz M., Cybulski Z., Kołaski P., Wysocka A.

Technologia Wody

|

2018

|

Nr 5 (61)

8--15

PL

Badania prowadzono w skali technicznej na Stacji Uzdatniania Wody (SUW) o maksymalnej wydajności 150 000 m3/d. Woda dopływająca do SUW charakteryzuje się zawartością specyficznych zanieczyszczeń organicznych. W celu ich eliminacji z wody oraz zapewnienia biologicznej stabilności wody w sieci wodociągowej, w styczniu 2015 r. uruchomiono drugi stopień oczyszczania wody, oparty o zintegrowane procesy ozonowania i filtracji przez złoże węglowe. Co miesiąc, w okresie od stycznia do maja 2016 r., pobierano próbki wody oraz złoża filtracyjnego z czterech filtrów węglowych. Próbki wody pobierano bezpośrednio znad złoża filtracyjnego oraz na odpływie z filtrów. Próbki złoża filtracyjnego pobierano z jego górnej warstwy, w pięciu punktach każdej komory filtracyjnej. Przeprowadzono analizy fizyczno-chemiczne i bakteriologiczne wody oraz złóż filtracyjnych. W celu wykazania aktywności mikrobiologicznej złóż wykonywano test aktywności esteraz z dwuoctanem fluoresceiny FDA. W próbkach wody i węgla aktywnego w celu zidentyfikowania mikroorganizmów prowadzono diagnostykę biochemiczną z wykorzystaniem zautomatyzowanego systemu Vitek 2 Compact (bioMerieux). Przeprowadzone badania wykazały obniżenie zawartości związków organicznych wyrażonych jako OWO i ChZT (KMnO4) oraz biologiczną aktywność analizowanych filtrów węglowych. Złoża filtrów węglowych zasiedlone były przez Pseudomonas fluorescens, Acinetobacter lwoffii, Aeromonas salmonicida oraz Sphingomonas paucimobilis. W żadnym z analizowanych filtrów nie wyhodowano natomiast szczepów z rodziny Enterobacteriaceae stanowiących potencjalne zagrożenie dla zdrowia konsumentów. Wprowadzenie filtrów węglowych do ciągu technologicznego SUW spowodowało obniżenie zawartości materii organicznej w wodzie uzdatnionej, co znacznie obniżyło zapotrzebowanie na środek stosowany do dezynfekcji wody.

EN

The research was carried out on the full scale Water Treatment Plant with maximal capacity of 150 000 m3/d. Treated water is characterized by a high content of organic pollutants. In order to eliminate them from water and ensure the biological stability of water in the water supply network, in January 2015 a second stage of water treatment was launched, based on integrated ozonation and filtration through carbon filter beds. Between January and May 2016, samples of water and a filter bed were collected from four carbon filters and then physicochemical and bacteriological analysis were done. The FDA test and biochemical diagnostics were made to prove the microbiological activity of the filter bed. The studies showed a decrease in the content of organic compounds, meassured as TOC and COD (KMnO4), and the biological activity of the analyzed carbon filters. The carbon filter beds were populated by Pseudomonas fluorescens, Acinetobacter lwoffii, Aeromonas salmonicida and Sphingomonas paucimobilis. In none of the analyzed filters were found strains of the Enterobacteriaceae family which may have a potential threat to health of the consumers. The application of carbon filters has reduced the organic matter content in treated water, which significantly reduced the dose of disinfectant.

5

Efektywność usuwania związków organicznych podczas oczyszczania wody w procesie filtracji przez biologicznie aktywny filtr węglowy z identyfikacją mikroorganizmów

Holc D., Pruss A., Michałkiewicz M., Cybulski Z.

Rocznik Ochrona Środowiska

|

2016

|

Tom 18, cz. 2

235--246

EN

A study of effectiveness of organic compounds removing from the water was carried out in the pilot scale. Filter column with 100 mm diameter and 3 m height was filled with activated carbon WG-12 at the height of 2.1 m and placed in a water jacket. The water jacket was made with a pipe with the diameter of 140 mm, wherein water with the same temperature as filtered water, flows from top to bottom of jacket at all times. Activated carbon was biologically "inoculated" with backwash water taken from the carbon filters from existing Water Treatment Plant. Water samples were collected at the inlet and in the vertical profile of filter column. Following factors were analyzed in all samples: temperature, pH, dissolved oxygen, alkalinity, COD (KMnO4), UV254 absorbance, TOC, total number of mesophilic and psychrophilic bacteria. In some water samples, biochemical diagnostics were performed using an automated system Vitek 2 Compact (bioMerieux), in order to identify microorganisms. Samples of bed were also collected in the vertical profile of the filter to determine the total number of mesophilic and psychrophilic bacteria. Studies showed relatively short time of biological activation of filter bed, which undoubtedly was an effect of the proper preparation of the bed and conditions of the process (contact time, the optimum temperature and pH, and sufficient content of organic substances which was the nutrients for bacteria). Activated carbon WG-12, which was used during the studies, was a very good base for the growth of microorganisms in the filter bed. Microbial activity of filter was confirmed by indicator EMS which amounted to <1 and bacteriological analysis of water and the bed. The content of organic compounds in the water during filtration through a biologically active carbon bed decreased along to depth of filter. The lowering of organic compounds amount at higher depths of the filter bed was correlated with the growing amount of mesophilic and psychrophilic bacteria in the bed. In a vertical cross section of the filter Pseudomonas putida, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter nosocomialis, Acinetobacter pittii, Acinetobacter baumannii, Acinetobacter calcoaceticus have been identified. Due to the fact that Pseudomonas putida and Pseudomonas aeruginosa are the bacteria responsible for the decomposition of organic compounds, their presence undoubtedly contributed to the reduction of biodegradable fraction of organic matter present in the filtered water.

6

Drzewa filogenetyczne jako przydatne narzędzie w procesie identyfikacji mikroorganizmów - cz. II

Cal-Bąkowska M., Wernecki M.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2016

|

nr 7-8

22--25

PL

Badając nowe środowiska, coraz cześciej znajdujemy nowe gatunki, których nie jesteśmy w stanie prostymi metodami mikro- i makroskopowymi czy też biochemicznymi zaliczyć do żadnej ze znanych nam grup. Bardzo czesto znajdujemy się również w sytuacji, w której musimy szybko oznaczyć grupę mikroorganizmów co do gatunku i określić ich wzajemne pokrewieństwo oraz zidentyfikować przynależność gatunkową. Bardzo dobrym i szybkim sposobem na rozwiązanie tych naukowych wyzwań jest wykorzystanie genetyki do szybkiej i pewnej identyfikacji badanych szczepów. W efekcie możemy stworzyć drzewo filogenetyczne, które jest wizualizacją analizy porównawczej badanych przez nas sekwencji oraz niesie ze sobą wiele informacji na temat podobieństwa badanych organizmów i ewolucyjnych zależności pomiędzy nimi.

EN

While studying new environments, more and more frequently we find new species which cannot be classified into any of the groups known to us using simple micro-, macroscopic , or biochemical methods. We also freqently find our regarding its species, as well as determine their mutual kinship and identity species affiliation. A very good and quick way to solve these scientific challenges is to use genetics for quick and certain identification of the studied strains. As a result we can create a phylogenetic tree, which constitutes a visualization of the comparative analysis of the sequences studied organisms and evolutional dependencies between them.

7

Drzewa filogenetyczne jako przydatne narzędzie w procesie identyfikacji mikroorganizmów - cz. I

Cal-Bąkowska M., Wernecki M.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2016

|

nr 5-6

13--18

PL

Badając nowe środowiska, coraz częściej znajdujemy nowe gatunki, których nie jesteśmy w stanie prostymi metodami mikro- i makroskopowymi czy też biochemicznymi zaliczyć do żadnej ze znanych nam grup. Bardzo często znajdujemy się również w sytuacji, w której musimy szybko oznaczyć grupę mikroorganizmów co do gatunku i określić ich wzajemne pokrewieństwo oraz zidentyfikować przynależność gatunkową. Bardzo dobrym i szybkim sposobem na rozwiązanie tych naukowych wyzwań jest wykorzystanie genetyki do szybkiej i pewnej identyfikacji badanych szczepów. W efekcie możemy stworzyć drzewo filogenetyczne, które jest wizualizacją analizy porównawczej badanych przez nas sekwencji oraz niesie ze sobą wiele informacji na temat podobieństwa badanych organizmów oraz ewolucyjnych zależności pomiędzy nimi.

EN

While studying new environments, more and more frequently we find new species which cannot be classified into any of the groups known to us using simple micro-, macroscopic, or biochemical methods. We also frequently find ourselves in a situation in which we need to mark the group of microorganisms quickly regarding its species, as well as determine their mutual relationship and identify species affiliation. A very good and quick way to solve these scientific challenges is to use genetics for quick and certain identification of the studied strains. As a result we can create a phylogenetic tree, which constitutes a visualization of the comparative analysis of the sequences studied by us and brings a lot of information regarding the similarity of the studied organisms and evolutional dependencies between them.

8

Molekularne metody identyfikacji bakterii

Książczyk M., Kuczkowski M., Bugla-Płoskońska G.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2014

|

nr 5-6

38--41

PL

Metoda identyfikacji drobnoustroju chorobotwórczego powinna odznaczać się wysoką czułością, a przede wszystkim wynik powinien być uzyskany w jak najkrótszym czasie, by jak najszybciej dobrać i włączyć odpowiednią terapię. Obecnie zastosowanie technik molekularnych umożliwia identyfikację mikroorganizmów niezależnie od tradycyjnych mikrobiologicznych metod hodowlanych lub serologicznych, czego zdecydowanymi zaletami są większa czułość i swoistość oraz znaczne skrócenie czasu procedur identyfikacji mikroorganizmów.

EN

Identification methods of pathogenic microorganism should be efficient, specific and have high sensitivity. What is significant it is a time of pathogen identification, quickly obtaining the results enables to apply an appropriate antimicrobial therapy. Currently the molecular methods allows to identification of microorganism regardless of traditional breeding or serological methods. The main advantage of molecular techniques in identification of bacteria is higher sensitivity and specificity than conventional methods and significant shortening of time of diagnostic procedures for bacterial pathogens.

9

Wpływ zanieczyszczeń pogazowniczych na właściwości biologiczne wody podziemnej

Pasternak G., Kołwzan B., Dziubek A., Rokicka A.

Instal

|

2014

|

nr 9

70--73

PL

Obecność zanieczyszczeń o charakterze przemysłowym w środowisku gruntowo-wodnym stanowi zagrożenie ekosystemów oraz ogranicza właściwości użytkowe zdegradowanych terenów. W pracy przedstawiono charakterystykę mikrobiologiczną, toksykologiczną i fizyczno-chemiczną wód podziemnych skażonych produktami ubocznymi suchej destylacji węgla. Wykazano, że mimo znacznej toksyczności badane wody były zasiedlone przez liczne mikroorganizmy. Ich liczebność podlegała ciągłym wahaniom, które nie były bezpośrednio zależne od toksyczności wody. Identyfikacja mikroorganizmów przeprowadzona metodami biologii molekularnej oraz bioinformatyki wykazała, że skład jakościowy bakterii był zróżnicowany, jednakże większość z 24 zidentyfikowanych szczepów należała do rodzaju Pseudomonas.

EN

The presence of industrial pollution in soil and groundwater affects ecosystems and properties of soil in degraded areas. In this study we present the microbiological, toxicological and physical-chemical properties of groundwater polluted with coking by-products. The results show, that in spite of high toxicity of examined samples, water was colonized with various microorganisms. Their number was varying during measurements, however these changes were not directly affected by toxicity. Molecular biology and bioinformatics tools, as well as phenotypic properties of bacteria were used to identify bacterial isolates, indicating the presence various taxons. However, majority of 24 bacterial strains belonged to Pseudomonas sp.

10

Genetyczne metody identyfikowania, klasyfikacji i różnicowania mikroorganizmów

Olejnik-Schmidt A., Broniarczyk J., Schmidt M.

Przemysł Spożywczy

|

2009

|

T. 63, nr 2

12-16

PL

Seria kryzysów dotyczących żywności i pasz wykazała słabe strony legislacji Unii Europejskiej. W Białej Księdze dotyczącej bezpieczeństwa żywności wskazano na potrzebę uaktualnienia przepisów żywnościowych oraz kształtowania polityki na podstawie danych naukowych. W Białej Księdze Komisja zaproponowała podjęcie działań w celu zapewnienia bezpieczeństwa żywności, m.in. opracowanie przepisów ramowych obejmujących cały łańcuch produkcji żywności, tj. od pola do stołu. W ramach realizacji nowej polityki dotyczącej bezpieczeństwa żywności zostały opracowane rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady w sprawie substancji dodatkowych, aromatów i enzymów.

EN

Many morphological, biochemical, and physiological characterization tests were established in bacterial identification and systematics. In this short review, we present a brief description of the selected genetic methods recommended for use in the identification, differentiation and classification of microorganisms: restriction fragment length polymorphism, pulsed field gel electrophoresis, denaturing gradient gel electrophoresis, single strand conformation polymorphism and random-amplification of polymorphic DNA. Described techniques allow reliable and fast identification of microorganisms expanding analytic capabilities beyond a limited variety of commercial diagnostic kits.

11

Szybka i wiarygodna identyfikacja mikroorganizmów za pomocą spektrometrii mas typu MALDI-TOF

Maler T., Klepel S., Renner U., Kostrzewa M., Karpiński A.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2006

|

nr 12

35--36

PL

Spektrometria MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight) jest szybką i wiarygodną metodą klasyfikacji i identyfikacji mikroorganizmów, stosowaną w diagnostyce klinicznej, badaniach środowiskowych i taksonomicznych czy kontroli jakości w przemyśle spożywczym. Współczesne systemy spektrometrii MALDI-TOF umożliwiają wykonanie analizy pozwalającej na jednoznaczną identyfikację bakterii, drożdży czy grzybów w ciągu kilku minut.

EN

Matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) fingerprinting is fast and reliable method for the classification and identification of microorganisms, with applications in clinical diagnostics, environmental and taxonomical research, or food-processing quality control. Modern MALDI-TOF MS fingerprinting systems allows researchers to perform this process for the unambiguous identification of bacteria, yeasts and fungi in minutes.