Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników

Znaleziono wyników: 14

Liczba wyników na stronie
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
Wyniki wyszukiwania
Wyszukiwano:
w słowach kluczowych:  biologia molekularna
help Sortuj według:

help Ogranicz wyniki do:
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
PL
Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) to jedna z podstawowych technik wykorzystywanych w laboratorium biologii molekularnej. Niezbędnym wyposażeniem takiego laboratorium jest termocykler, którego zadaniem jest automatyczne i cykliczne generowanie zmian temperatury mieszaniny reakcyjnej w trakcie przeprowadzania reakcji PCR. W artykule przedstawiono nowatorskie modyfikacje konwencjonalnej konstrukcji termocyklera, które pozwalają na skrócenie czasu reakcji z ponad godziny do mniej niż piętnastu minut.
EN
Polymerase Chain Reaction (PCR) is one of the most basic techniques in a molecular biology lab. General laboratory equipment includes a thermal cycler, which enables to perform an automated thermal cycling of a reaction mix. The article presents innovative improvements to the conventional thermal cycler construction which shorten PCR run time from more than an hour to less than fifteen minutes.
PL
Obowiązkiem każdego pracodawcy jest zapewnienie pracownikom bezpiecznych warunków w miejscu zatrudnienia. W tym celu niezbędna jest identyfikacja i eliminacja możliwych do usunięcia zagrożeń oraz zapewnienie odpowiednich środków ochrony zarówno zbiorowej, jak i indywidualnej. Wśród szkodliwych czynników środowiska pracy, jednymi z bardziej istotnych są czynniki biologiczne. Stanowią one częstą przyczynę chorób zawodowych w Polsce. Mogą oddziaływać na organizm człowieka, powodując dolegliwości o charakterze: alergicznym, drażniącym, zakaźnym, toksycznym oraz rakotwórczym. Do tych czynników biologicznych zaliczamy: mikroorganizmy (bakterie, grzyby), wirusy, pasożyty człowieka oraz aktywne biologicznie substancje chemiczne będące produktami metabolizmu drobnoustrojów (np. mykotoksyny).W laboratoryjnej identyfikacji zagrożeń biologicznych najczęściej są obecnie wykorzystywane metody: hodowlane, mikroskopowe i biochemiczne. Mimo niewątpliwych zalet i rozpowszechnienia, mają one jednak swoje ograniczenia. Większość z nich pozwala na identyfikację jedynie mikroorganizmów żywych, zdolnych do wzrostu w warunkach laboratoryjnych. Jak wskazują wyniki badań, takie drobnoustroje stanowią jedynie niewielki odsetek w ekstremalnych przypadkach zaledwie 1%) społeczności występującej w danym środowisku. W artykule zostały przedstawione metody biologii molekularnej (wykorzystujące analizę DNA) pozwalające na: identyfikację jakościową i ilościową drobnoustrojów, określenie ich cech biochemicznych oraz uzyskanie profilu gatunkowego mikroorganizmów występujących w danym środowisku, bez konieczności ich hodowli w warunkach laboratoryjnych. Zastosowanie tych metod pozwala na dokładniejszą identyfikację drobnoustrojów występujących w środowisku pracy, umożliwiając bardziej precyzyjną ocenę narażenia na szkodliwe czynniki biologiczne.
EN
All employers are responsible for ensuring safe working conditions for employees in their workplace. It is necessary to accurately identify and eliminate all hazards that are possible to remove and to ensure proper collective and personal protective measures. Among occupational hazards, biological agents are one of the most important. They are considered as the most frequent cause of occupational diseases in Poland. They can affect human body and cause various adverse health outcomes such as allergies, irritations, infections, toxicoses or even a cancer. Among them we can distinguish harmful microorganisms (bacteria, viruses, fungi), human parasites and biologically active chemical compounds produced by microorganisms (e.g., fungal mycotoxins). Currently, the most frequent used laboratory procedures to identify biological hazards are culture-based, microscopic and biochemical methods. Despite their unquestionable advantages and widespread presence, these techniques have also important limitations. They only enable identification of microorganisms which are viable and capable to grow in laboratory conditions. As the studies have shown, such microorganisms constitute (in extreme cases) merely 1% of their population present in the environment. This paper presents an overview of molecular biology methods (based on DNA analysis) which allow the qualitative and quantitative identification of microorganisms, determining their biochemical features and enabling to obtain their environmental species profile without the need for their culturing in laboratory conditions. Application of these methods provides more accurate identification of microorganisms present in occupational environment, allowing more precise analysis of potential health risks derived from exposure to harmful biological agents.
EN
Molecular biology techniques allow for increasingly more thorough identification and understanding of functionality of microorganisms consortia involved in wastewater treatment or waste degradation processes. In this work, the bacterial community of activated sludge from the wastewater treatment plant in Zgierz (Poland) was identified. As a result, a somewhat limited database of microorganisms living in Polish wastewater treatment plants was supplemented with new data. The composition of bacterial community was identified with molecular biology techniques in two main stages: (1) isolation of genomic DNA, (2) DNA sequencing and bioinformatics analysis of the isolated sequences. The analyses revealed that the most abundant phylum was Proteobacteria with Betaproteobacteria present in highest numbers. Composition of the activated sludge was relatively low in Chloroflexi class bacteria. It is in alignment with macroscopic observations indicating good settlement properties of the activated sludge from the wastewater treatment plant in Zgierz. It was determined that aerobic (redox) conditions in the activated sludge chamber did not influence the composition of bacterial community. They might only cause increase in the contribution of aerobic bacteria in the aerated (oxygenated) part of the chamber or the anaerobic organisms in its anaerobic (deoxygenated) section.
PL
Techniki biologii molekularnej pozwalają w coraz większym stopniu poznać skład i zrozumieć funkcjonowanie konsorcjów mikroorganizmów biorących udział w procesach oczyszczania ścieków czy biodegradacji odpadów. W pracy zidentyfikowano skład biocenozy osadu czynnego w oczyszczalni ścieków komunalnych w Zgierzu, dzięki czemu została poszerzona, jak na razie dość skromna, baza danych o mikroorganizmach w polskich oczyszczalniach ścieków. Skład biocenozy bakteryjnej zidentyfikowano za pomocą technik biologii molekularnej. Analiza składała się z dwóch zasadniczych etapów – izolacji genomowego DNA oraz sekwencjonowania wraz z analizą bioinformatyczną sekwencji. Badania wykazały, że na poziomie typu największy udział w biocenozie osadu czynnego miały Proteobacteria, a wśród nich najwięcej było bakterii należących do klasy Betaproteobacteria. Osad z oczyszczalni ścieków w Zgierzu wyróżniał się stosunkowo małą liczebnością bakterii z klasy Chloroflexi, co pokrywa się z obserwacjami makroskopowymi, wskazującymi na dobre właściwości sedymentacyjne tego osadu. Stwierdzono, że warunki tlenowe panujące w komorze osadu czynnego nie miały znaczącego wpływu na skład bakteryjny osadu czynnego. Mogły one powodować jedynie większy udział bakterii aerofilnych w części napowietrzanej komory (tlenowej) i/lub większy udział beztlenowców w jej części nienapowietrzanej (beztlenowej).
EN
Research carried out by molecular diagnostics is extremely precise. It allows for the early detection of specific pathogens, which in turn enables to clarify diagnosis and the prompt introduction of the therapeutic treatment. The fast development of molecular diagnostics has made a wide range of molecular techniques available right now. The choice of a technique depends on the analyzed problem (detection, identification, selection, taxonomic studies and phylogenetics). Molecular diagnostic methods can be used either directly or indirectly.
PL
Badania wykonywane metodą diagnostyki molekularnej są niezwykle precyzyjne. Umożliwiają wczesne wykrycie określonych czynników chorobotwórczych, co z kolei pozwala na sprecyzowanie diagnozy i niezwłoczne wprowadzenie działań terapeutycznych. Szybki rozwój diagnostyki molekularnej sprawił, że obecnie dostępny jest szereg technik diagnostycznych. Wybór techniki zależy od analizowanego problemu (wykrywanie, identyfikacja, typowanie, badania taksonomiczne oraz filogeneza). Metody diagnostyki molekularnej mogą być stosowane w sposób bezpośredni oraz pośredni.
EN
Nowadays molecular fluorescent probes are widely used in many fields of science, primarily in biology, medicine and biotechnology. Particular emphasis on the development of technologies to cancer cells diagnosis and detection of genetic mutations led to numerous modification of luminescent fluorophores, which has resulted in a wide range of such compounds. Scientists from around the world are continuously trying to experience the mechanism of cells function and metabolic pathways. Certainly, it is affected by the fact that any analytical techniques using fluorescence operate easily and nondestructively. A phenomenon of fluorescence is observable by chromophore which absorbs energy at a certain wavelength and is able to emit electromagnetic radiation at another wavelength.
PL
W pracy zbadano wpływ warunków oczyszczania ścieków osadem czynnym na bioróżnorodność mikroorganizmów odpowiedzialnych za usuwanie azotu i fosforu. Badania prowadzono w pełnoskalowych oczyszczalniach ścieków z podwyższonym usuwaniem biogenów, różniących się konfiguracją reaktorów, głównymi parametrami chemicznymi i technologicznymi. Strukturę populacji bakterii określano metodami biologii molekularnej - qFISH (quantitative Fluorescence In Situ Hybridization) raz PCR (Polymerase Chain Reaction). W celu oceny zależności pomiędzy składem chemicznym ścieków i parametrami technologicznymi a zawartością mikroorganizmów w osadzie czynnym zastosowano badania korelacji rho Spearmana. Różnice pomiędzy poszczególnymi oczyszczalniami weryfikowano z użyciem statystyk opisowych. Najliczniej występującym typem bakterii w osadzie czynnym badanych oczyszczalni ścieków były Proteobacteria, pośród których największy udział miała klasa Betaproteobacteria. Wysoką liczebność osiągały również mikroorganizmy z typów Acnobacteria i Chloroflexi. Ważną grupę w osadzie czynnym stanowiły mikroorganizmy nitkowate, glównie typ Chloroflexi, Haliscomenobacter hydrossis i Microchrix spp. Najliczniejszą grupą bakterii pośród mikroorganizmów akumulujących fosfor (PAO) w badanych oczyszczalniach był rodzaj Tetrasphaera. Rozwojowi PAO z rodzaju Accumulibacter sprzyjała obecność komory predenitryfikacji oraz fermentera. Niska zawartość PAO z rodzaju Halomonas może wskazywać na niewielkie znaczenie tych bakterii w procesie biologicznego usuwania fosforu w badanych układach. Liczebność mikroorganizmów akumulujących glikogen (Competibacter phosphatis oraz powiązanych z Defluviicoccus vanus) utrzymywała się na ogół na niskim poziomie. Istotną rolę w procesie nitryfikacji pełniły nitryfikatory I fazy Nitrosomonas spp. oraz II fazy Nitrospira spp. Pośród denitryfikatorów najwyższy procentowy udział w osadzie miały Thauera spp., Accumulibacter phosphatis klad IA, Azoarcus sp p. oraz część Competibacter phosphatis. Niska liczebność bakterii z rodzajów Nitrosospira i Nitrobacter oraz Curvibacter i Zoogloea wskazuje na ich niewielkie znaczenie odpowiednio w procesach nitryfikacji oraz denitryfikacji w komunalnych oczyszczalniach ścieków. Zmienną sezonową liczebności stwierdzono tylko u niektórych grup bakterii (test U Manna-Whitneya). Wykazano, że struktura populacji bakterii odpowiedzialnych za usuwanie biogenów w osadzie nie zależy wyłącznie od ogólnych wskaźników zanieczyszczeń organicznych w ściekach takich jak BZT5 i ChZT. Obecność w ściekach określonych frakcji organicznych i nieorganicznych jest jednym z decydujących czynników, kształtujących strukturę populacji bakterii w osadzie czynnym. Udowodniono występowanie istotnych różnic w bioróżnorodności mikroorganizmów pomiędzy oczyszczalniami ze znacznym udziałem ścieków przemysłowych a resztą badanych układów. Z porównania rezultatów uzyskanych w niniejszej pracy z danymi wcześniej opublikowanymi wynika, że osi populacji bakterii w osadzie czynnym układów pełnoskalowych nie należy wnioskować na podstawie wyników eksperymentów prowadzonych w warunkach laboratoryjnych.
EN
The influence of environmental and operating conditions on the biodiversity of microorganisms involved in nitrogen and phosphorus removal was studied. The research was carried out in full-scale municipal wastewater treatment plants (WWTPs) with enhanced nutrients removal that differed in configurations of reactors and main chemical and operating parameters. Methods of molecular biology (Fluorescence In Situ Hybridization - FISH, Polymerase Chain Reaction - PCR) were applied to investigate the microbial community structure. Statistical analysis, using Spearman’s correlation coefficient, was performed to find relationships between quantifled bacteria in activated sludge and chemical and operating conditions. Differences among the WWTPs were verified by descriptive statistics. Proteobacteria was the dominant bacterial phylum with the highest percentage of Betaproteobacteria class. Actinobacteria and Chloroflexi were the other highly abundant phyla. Filamentous bacteria, mainly Chloroflexi, Hal iscomenobacter hydrossis and Microthrix spp., constituted an important microbial group in activated sludge. Tetrasphaera genus were the most abundant bacteria among polyphoshate accumulating organisms (PAOs) in the investigated WWTPs. The presence of a predenitrification tank and a fermenter stimulated the growth of Accumulibacter-PAOs. Low abundance of Halomonas-PAOs implies a minor role of these bacteria in biological phosphorus removal in the investigated WWTPs. Glycogen accumulating organisms (Competibacter phosphatis and Defluviicoccus vanus related GAOs) constituted a relatively low fraction of all detected bacteria. Genera Nitrosomonas and Nitrospira were the key ammonia- and nitrite oxidizing bacteria, respectively. Most detected denitriflers bebonged to Thauera spp., clade IA of Accumulibacter phosphatis, Azoarcus spp. and to some Competibacter phosphatis. Based on the bw abundance of genera Nitrosospira, Nitrobacter and Curvibacter as well as Zoogloea we can infer that these bacteria are not important to nitrification and denitrification processes in municipal wastewater treatment plants, respectively. Seasonal variations in abundance were only confirmed for few bacterial groups, using the Mann-Whitney U test. It was shown that community structure of bacteria involved in nutrients removal does not depend solely on indicators of lumped organic matter in wastewater as BOD, or COD. The presence of diferent fractions of organic and inorganic matter is a more decisive factor in determining the relative proportions of the bacterial groups in activated sludge. Significant differences were presented in biodiversity of microorganisms between WWTPs with substantial contribution of industrial wastewater and the other plants. Comparison of the results from this study with the earlier published data implies that the knowledge on activated sludge community structure, obtained from lab-scale experiments, cannot be extended implicitly to full-scale WWTPs.
PL
Obecnie drożdże Saccharomyces cerevisiae są jednym z najczęściej wykorzystywanych na świecie eukariotycznych organizmów modelowych. Wybór ten związany jest z dużym podobieństwem wielu molekularnych procesów zachodzących w komórkach drożdży do komórek wyższych eukariontów. Zastosowanie modelu drożdżowego znacząco pogłębiło wiedzę w zakresie biologii molekularnej komórek eukariotycznych.
EN
Currently, the yeast Saccharomyces cerevisiae is one of the world’s most commonly used eukaryotic model organisms. This choice is related to the high degree of similarity numerous of molecular processes between yeast cells and higher eucaryotes. Use of the yeast model significantly deepened knowledge in the field of molecular biology of eukaryotic cells.
PL
W artykule omówiono rozwój tzw. szybkich metod mikrobiologicznych, których celem jest wykrywanie mikroorganizmów m.in. w żywności. Przedstawiono najważniejsze stosowane metody biologii molekularnej, tj. PCR i jej modyfikację - tzw. Real-Time PCR, który umożliwił ilościowe oznaczanie produktu reakcji PCR. Omówiono również technikę sond molekularnych i RFLP oraz metody detekcji nieswoistej i swoistej, związanej z produktami Real-Time PCR, tzw. sondy genetyczne i sposób ich działania na przykładzie jednej z nich.
EN
The article discusses the development of the so-called quick microbiological methods, the aim of which is detecting microorganisms, e.g. in food. The article presents the most important used methods of molecular biology, that is PCR and its modification-the so-called Real-Time PCR which allowed to mark the product of PCR reaction in terms of quantity. The article also discussed the technique of molecular probes and RFLP as well as the method of specific and non-specific detection connected with Real-Time PCR products - the so-called genetic probes and the way they work, taking as a model one of them.
PL
W artykule dokonano przeglądu istotnych osiągnięć naukowych, które miały wpływ na powstanie współczesnej biotechnologii, przyjaznej dla środowiska, a także dały początki produkcji żywności transgenicznej. Pierwsze badania biochemiczne miały miejsce w końcu XVIII w., a dynamiczny rozwój biochemii przypada na połowę XX w. Odkrycie budowy kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA) przez Jamsa Watsona i Francisa Cricka (laureaci nagrody Nobla w 1962 r.) było uznane przez wiele autorytetów naukowych za przełomowe, które doprowadziło do powstania biologii molekularnej i w konsekwencji nowoczesnej biotechnologii. Pełen potencjał nowoczesnej biotechnologii może być jednak osiągnięty dopiero wówczas, gdy jej narzędzia, np. technologia odczytywania genomu, będą niedrogie i łatwo dostępne.
EN
In this article, important scientific discoveries have been reviewed which influenced formation of contemporary, environment-friendly biotechnology and beginning of transgenic food production. From the historical point of view, the first biochemical research was dated at the end of XVIII century, while their dynamic development came on in the middle of XX century. The discovery of deoxyribonucleic acid (DNA) structure by Jams Watson and Francis Crick (Nobel Laureates - 1962) was recognized by many scientific authorities as crucial, which led to birth of molecular biology and in consequence, modern biotechnology. However, modern biotechnology full potential may only be implemented when its tools, such as genome-reading technology will be inexpensive and easily accessible.
10
Content available remote Small vibrations of protein particle
EN
This paper describes non-deterministic finite-state automaton based on DNA strands. The automaton uses massive parallel processing offered by molecular approach for computation and exhibits a number of advantages over traditional electronic implementations. This device is used to analyze DNA molecules, whether they are described by specified regular expression. Presented ideas are confirmed by experiment performed in genetic engineering laboratory.
12
Content available remote Droga naukowa Profesora Macieja Wiewiórowskiego
EN
Professor Dr Maciej Wiewiórowski, the Professor Emeritus at the University of Adam Mickiewicz and at the Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, a distinguished organic chemist of international authority, truly meritorious in the development of natural product chemistry and the implementation of modern research methods in Poland, celebrates the 85"' anniversary of his birthday this year. In recognition of his remarkable achievements in the field of natural product chemistry, a group of his alumni and former coworkers dedicated to him a symposium (specially organized as a part of the Polish Chemical Society Annual Meeting in Lublin 2003) concerning bioorganic chemistry, the field of science in which his achievements were most significant. Professor M. Wiewiórowski was born August 24, 1918, in Bagatelka, (which is in Poznan’s province). He took up a university course in chemistry in 1936, being interrupted by the World War 11, during which he was deeply engaged in the resistance movement, serving in the Polish underground Home Army, AK, and was kept imprisoned for two years by the German Security Service, SI). He picked up the course again in March, 1945, and received the M.Sc. and Ph.D. in chemistry from Poznań University in 1946 and 1950, respectively. The latter degree he got for his studies of alfa isomerism in codeine chemistry, working under the supervision of Prof. Jerzy Suszko. Professor M. Wiewiórowski got his scientific title of associate professor in 1959 and that of full professor in 1969. From 1946 to 1959, he was employed by the Academy Economics, where he filled numerous high posts and organized a research team working in the natural product chemistry. 1 Ie returned to the university, UAM, in 1959, where he was employed till his retirement in 1989, being the Head of the Stereochemistry Department (1967 1980), the Director of the Institute of Chemistry (1969 1973) and a vice-Rector of A. Mickiewicz University (1968 1972). from 1955, lie was additionally employed by the Polish Academy of Science, being the Head successively of the Biochemical Laboratory in the Plants Cultivation Department (1955 I960), the Biochemistry and Alkaloids Structure Department in IHH (1960 1969), the Natural Product Stereochemistry Department, Inst. Org. ('hem. (1969 1980), the Bioorganic Chemistry Department (1980 1988) and the Bioorganic Chemistry Institute in PASc, as the Director from February to July, 1988, when he retired. In 1965, Professor M. Wiewiórowski heeame an associated member and, in 1977, a full member of the PASc. The numerous scientific contacts with (he most significant chemical and biochemical research centers in the world were initiated by Professor M. Wiewiórowski in 1956 1957, when he was a Follow at the University of Vienna in Professor F. Galinowsky's laboratory and then, twice at the National Research (Council of Canada, Ottawa, in 1959 1960 and 1965 1966, working with Dr. I., Marion. Dr, O.K Edwards and Dr. M. Przybylski. In the late Sixties, lie participated in the formation of a new research center in Poznań, the Intercollegiate Institute of Biochemistry, and, because of his initiative, two other institutions, useful to all the research laboratories in and around Poznań, the Instrumental Chemical Analysis Center and the Doctoral Studios Center, were created at UAM. His first scientific object of interest was the structure of alkaloids, particularly those isolated from lupin plants. Research in this field later evolved into a study of an intramolecular catalysis, the nun of which was to examine the mechanism of the enzyme action, using cyclic diamines as model compounds. His second field of scientific interest, undertaken at the end of the Sixties, was the innovatory on a world scale chemical research of nucleic acids, especially concerning their synthesis, structure elucidation, isolation from plant material and role in peptide synthesis. At the end of the Sixties, he created a new research group, based on the young people working under his supervision at the Institute of Chemistry. UAM, and at the Department of Natural Product Stereochemistry, Inst. Org. Chem., PASc, giving them a special education in the field of nucleic acid chemistry. This group, which was, in 1974, moved from the university to a new place in Noskowskiego Street, where the main chemical mid biochemical laboratories were only built in the following years, very soon readied some significant scientific achievements. Moreover, this group constituted the origin of the independent Department in 198(1, which became the Institute of Bioorganic Chemistry, PASc, in 1988, administered by Professor M. Wiewiórowski all the time till his retirement.
PL
W pracy przedstawiono możliwości reaktywnego trawienia jonowego podłóż szafirowych w celu uzyskania struktur powierzchniowych przy użyciu maski z fotorezystu. Wyniki uzyskane w procesie reaktywnego trawienia jonowego wskazują, że dla głębokości ok. 10 mikrometrów można uzyskać bardzo wysoką anizotropię procesu.
EN
A potential of reactive ion etching of saphire substrates in order to generate pattern using a photoresist mask is presented. The results show that it is possible to etch channels as deep on 10 micrometers with a high degree of anisotropy.
14
Content available remote Promieniowanie podwójnoniciowe pęknięcia DNA : zagrożenia i korzyści
PL
Podwójnoniciowe pęknięcie DNA (DBS) tworzy się, kiedy SSB DNA powstaną blisko siebie (odstęp od kilku do kilkunastu par zasad) na sąsiednich niciach DNA>przerwanie ciągłości obu nici DNA powoduje, że wolne końce mogą się przesunąć względem siebie, a także są bardziej narazone na działanie enzymów degradujących.Zwiazki chemiczne wywołujące DSB DNA są powszechnie stosowanymi lekami przeciwnowotworowymi, ratującymi życie tysięcy ludzi na całym świecie.Szybki rozwój metod wykrywania DSB DNA w połączeniu z nowymi metodami cytogenetycznymi powinien pozwolic w najbliższym czasie na zrozumienie roli, jaka pełni DSB DNA w transformacji nowotworowej (karcynogenezie) oraz ich potencjalnych zastosowań.
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.