Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

Podstawy analizy matematycznej w ocenie ekspresji genów metodą real-time PCR

100%

Skommer J.

|

tom R. 8, nr 6

16-17

PL

Artykuły pt. "Systemy znakowania w real-time PCR" cz. I i II, opublikowane w numerach 3 i 4/2003 LAB, stanowiły, wraz z krótkim wprowadzeniem, dość obszerny przegląd różnych metod detekcji amplikonu w technice real-time PCR. Systemy znakowania mają na celu umożliwienie badaczowi śledzenia reakcji amplifikacji w czasie rzeczywistym, a także - w różnym zakresie - określenia charakterystyki specyficzności reakcji. Uzyskane wyniki, w postaci wartości CT i CP (w praktyce oba parametry stanowią numer cyklu reakcji, przy którym sygnał fluorescencji przekracza poziom tła), stanowią podstawę dalszej analizy, prowadzącej do ilościowego określenia ekspresji badanych genów.

2

Systemy znakowania fluorescencyjnego w real-timie PCR. Cz. 2

100%

Skommer J.

|

tom R. 8, nr 4

34-36

PL

Część I artykułu (LAB 3/2003) "Systemy detekcji w real-timie PCR" przybliżyła czytelnikowi podstawy techniki real-time PCR, rodzaje stosowanych fluoroforów oraz kilka bardzo popularnych systemów znakowania, jak SYBR Green, TaqMan oraz Hyb Probe. W niniejszym opracowaniu skupię się na omówieniu kolejnych systemów, m. in. Molecular Beacons i Scorpions.

3

Usefulness of real-time PCR in long-term follow-up of follicular lymphoma patients

94%

Tysarowski A. , Fabisiewicz A. , Paszkiewicz-Kozik E. , Kulik J. , Walewski J. , Siedlecki J. A.

|

2007

|

tom 54

|

nr 1

135-142

EN

The aim of this study was to evaluate the usefulness of quantitative real-time PCR (RQ-PCR) for the monitoring of molecular remission in follicular lymphoma (FL) patients during long-term follow-up. RQ-PCR by the use of TaqMan® detection system is a sensitive tool to monitor minimal residual disease (MRD) in FL through amplification of the t(14;18) fusion gene during and post-therapy. In most cases the breakpoint region occurs within the major breakpoint region (MBR). Among 75 patients diagnosed with FL, cells harboring the fusion gene BCL2/JH were found in peripheral blood of 31 patients (41%). We further monitored 30 of these patients in a period varying from 6 months to 5 years by RQ-PCR. In our study the level indicating the possibility of the presence of MRD was established at more than five t(14;18)-positive cells in the background of 83000 normal cells. The results of this work also confirmed that the presence of MRD detected by RQ-PCR is an indication for careful observation of patients because of a higher risk of disease recurrence.

4

Real-time PCR approach in dermatophyte detection and Trichophyton rubrum identification

94%

Kobylak N. , Bykowska B. , Nowicki R. , Brillowska-Dąbrowska A.

|

nr 1

119-122

EN

Dermatophytes are keratinophilic molds that infect human hair, nails and skin. Diagnosis of dermatophytosis is based on morphological, serological and biochemical features. However, identification is difficult and laborious due to similarities between microorganisms. Thus, there is considerable interest to develop mycological diagnostic procedures based on molecular biology methods. In this study, fast, two-step DNA extraction method and real-time PCR was used for detection of dermatophytes DNA using pan-dermatophyte primers and identification of Trichophyton rubrum from pure cultures. The applied method allowed correct detection of all dermatophytes and correct identification of Trichophyton rubrum in less than 2 hours.

5

Reference genes for gene expression studies on non-small cell lung cancer

83%

Gresner P. , Gromadzinska J. , Wasowicz W.

|

nr 2

307-316

EN

Study Objective: The aim of this study was to test a panel of 6 reference genes in order to identify and validate the most suitable reference genes for expression studies in paired healthy and non-small cell lung cancer tissues. Method: Quantitative real-time PCR followed by the NormFinder- and geNorm-based analysis was employed. The study involved 21 non-small cell lung cancer patients. Results: The analysis of experimental data revealed HPRT1 as the most stable gene followed by RPLP0 and ESD. In contrast, GAPDH was found to be the least stable gene. HPRT1 together with ESD was revealed as the pair of genes introducing the least systematic error into data normalization. Validation by bootstrap random sampling technique and by normalizing exemplary gene expression data confirmed the results. Conclusion: Although HPRT1 and ESD may by recommended for data normalization in gene expression studies on non-small cell lung cancer, the suitability of selected reference genes must be unconditionally validated prior to each study.

6

Zasada podejmowania decyzji przy stwierdzaniu obecności wirusa ptasiej grypy wykrywanego metodą Real-Time PCR

59%

Chwedoruk K. , Muszyńska M. , Hyk W.

|

2022

|

tom nr 3

20--27

PL

Ptasia grypa (Avian influenza, AI) należy do chorób zwierząt z listy OIE jako niezwykle zakaźna i zaraźliwa choroba wirusowa drobiu, która może powodować śmiertelność do 100%. Naturalnym rezerwuarem wszystkich wirusów grypy typu A jest dzikie ptactwo wodne. Klasyfikację na podtypy tworzy się, opierając się na budowie antygenowej białek powierzchniowych hemaglutyniny (HA) i neuraminidazy (NA). Na tej podstawie wyróżnić można 16 podtypów HA i 9 NA, które u poszczególnych szczepów tworzą różne kombinacje (łącznie 140 szczepów).

7

Systemy znakowania fluorescencyjnego w real-timie PCR. Cz. 1

48%

Skommer J.

|

tom R. 8, nr 3

6-8

PL

Technika PCR zrewolucjonizowała technologię detekcji i pracy z kwasami nukleinowymi. Tradycyjny PCR (czy RT-PCR; RT - ang. reverse transcription, reakcja odwrotnej transkrypcji) z detekcją kwasów nukleinowych na etapie końcowym (w fazie plateau) rozwinął się w technologię umożliwiającą przeprowadzenie takiej detekcji w trakcie trwania procesu (faza logarytmiczna) - real-time PCR (kinetyczny PCR).

8

CYP1A gene expression in adipose fin of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum) exposed to benzo[a]pyrene

48%

Brzuzan P. , Woźny M. , Łuczyński M. K. , Góra M.

|

2007

|

tom Vol. 3, No. 1

20-24

EN

Proximate to the environment, adipose fin of fish may be considered as a lipid storing tissue, and thus can be a target for either waterborne or dietary polycyclic aromatic compounds (PACs). We determined the effects of benzo[a]pyrene (B[a]P), a model PAC member, on CYP1A gene expression in adipose fin and compared that with the effects in gill of juvenile rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum) using the quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (Q-RT-PCR). The results of the study demonstrated that constitutive CYP1A mRNA was present in adipose fin of rainbow trout, but the transcripts were far less abundant than those in gill tissue. We confirmed high CYP1A gene induction potential of the gills in rainbow trout injected with benzo[a]pyrene, but also showed moderately and transiently induced CYP1A mRNA in adipose fin. The modest and transitory gene expression may preclude rainbow trout adipose fin CYP1A mRNA levels from using it as an indicator of sustained exposure of fish to the polycyclic aromatic compounds.