Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

Corpora amylacea from multiple sclerosis brain tissue consists of aggregated neuronal cells

100%

Selmaj K. , Pawłowska Z. , Walczak A. , Koziołkiewicz W. , Raine C. S. , Cierniewski C. S.

|

2008

|

tom 55

|

nr 1

43-50

EN

In this report, we describe proteomic analysis of corpora amylacea collected by postmortem laser microdissection from multiple sclerosis (MS) brain lesions. Using low level protein loads (about 30 µg), a combination of two-dimensional electrophoresis with matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry and database interrogations we identified 24 proteins of suspected neuronal origin. In addition to major cytoskeletal proteins like actin, tubulin, and vimentin, we identified a variety of proteins implicated specifically in cellular motility and plasticity (F-actin capping protein), regulation of apoptosis and senescence (tumor rejection antigen-1, heat shock proteins, valosin-containing protein, and ubiquitin-activating enzyme E1), and enzymatic pathways (glyceraldehyde-3-dehydrogenase, protein disulfide isomerase, protein disulfide isomerase related protein 5, lactate dehydrogenase). Samples taken from regions in the vicinity of corpora amylacea showed only traces of cellular proteins suggesting that these bodies may represent remnants of neuronal aggregates with highly polymerized cytoskeletal material. Our data provide evidence supporting the concept that biogenesis of corpora amylacea involves degeneration and aggregation of cells of neuronal origin.

2

Mass spectrometry as a useful tool for identifying new therapeutic targets on the cell surface of pathogenic fungi from the genus Candida

100%

Karkowska-Kuleta J. , Bocheńska O.

Challenges of Modern Technology

|

2014

|

tom Vol. 5, no. 1

7--14

EN

Mass spectrometry (MS) is a universal technique with a wide range of applications, including proteomic studies of different organisms, particularly the characterization and sequencing of proteins isolated from specific cellular compartments. It is used for the identification of elements exposed on the cell surface of microbial pathogens, which are involved in the initial contact with the human host, and then in the further development of infection. Given the increasing frequency of invasive fungal infections caused by pathogenic yeast from the genus Candida, especially among patients with severe immunological impairments, it appears advisable to study the diversity of cell wall proteins that arise during subsequent stages of infection and that are responsible for several important phenomena correlated with pathogenesis. This study employed a liquid chromatograph-coupled mass spectrometer equipped with an electrospray ionization source (ESI), and an ion trap analyser. For tandem mass spectrometry, two approaches for fragmentation of ions - collision-induced dissociation (CID) and electron transfer dissociation (ETD) - were used to analyse the mixtures of peptides generated after tryptic digestion of fungal cell wall proteins (i.e. the “bottom-up” approach). Several surface proteins from Candida spp. were identified which could be potential drug targets and candidates for vaccine development.

3

Protein profiling of sickle cell versus control RBC core membrane skeletons by ICAT technology and tandem mass spectrometry

75%

Chou J. , Choudhary P. K. , Goodman S. R.

|

nr 3

EN

A proteomic approach using a cleavable ICAT reagent and nano-LC ESI tandem mass spectrometry was used to perform protein profiling of core RBC membrane skeleton proteins between sickle cell patients (SS) and controls (AA), and determine the efficacy of this technology. The data was validated through Peptide/Protein Prophet and protein ratios were calculated through ASAPratio. Through an ANOVA test, it was determined that there is no significant difference in the mean ratios from control populations (AA1/AA2) and sickle cell versus control populations (AA/SS). The mean ratios were not significantly different from 1.0 in either comparison for the core skeleton proteins (α spectrin, β spectrin, band 4.1 and actin). On the natural-log scale, the variation (standard deviation) of the method was determined to be 14.1% and the variation contributed by the samples was 13.8% which together give a total variation of 19.7% in the ratios.

4

Modular structurality and emergent functionality within knowledge representation systems

71%

Fedyniuk A.

|

2016

|

tom 15

EN

There are various approaches to ontology metamodelling, and the notion of biologically inspired modular knowledge representation systems can provide insight in the workings of such phenomena as emergent properties of network structures. What is more relevant from knowledge engineering standpoint, such approach could provide innovation and enhancement of the level of expression as well as overall functionality of modular ontologies. To do so, one needs to find biological structures that would be the basis for modularity on different levels of hierarchy within the artificial system. Network analysis tools as well as systems biology and biocomputing provide a framework for research in this field.

5

Fluoroproteomika – od oznaczania całkowitej zawartości fluoru do badań proteomicznych

63%

Gawor A. , Trojanowski B. , Bulska E.

|

tom nr 1

4-11

PL

Fluoroproteomika to opracowany w naszym laboratorium scenariusz badawczy służący do poznania oddziaływań molekularnych między substancjami aktywnymi leków, małymi cząsteczkami organicznymi zawierającymi w swojej strukturze fluor a białkami występującymi w organizmie. Zastosowanie zaproponowanego przez nas scenariusza badań fluoroprotemicznych może mieć duże znaczenie w kontekście podstawowego zrozumienia celów chemicznych działania fluoru na organizm oraz reakcji chemicznych/ścieżek biologicznych, w które zaangażowany jest fluor. Mogą one posłużyć do wyjaśnienia obserwowanych dotychczas efektów ubocznych po terapiach z zastosowaniem leków fluorowanych.

6

A novel approach for identifying DNA repair pathways proteins using an evolutionary approach: Plasmodium falciparum case study

63%

Milanowska K. , Wojtczak J.

BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology

|

2016

|

tom 97

|

nr 4

7

Modeling Proteolysis from Mass Spectrometry Proteomic Data

63%

Gambin A. , Kluge B.

|

tom Vol. 103, nr 1-4

89-104

EN

In this paper we propose a mathematical model of the proteolysis process. Protein digestion is modelled with the use of chemical master equation (CME), i.e. the system of stochastic differential equations corresponding to the network of enzymatic reactions. We present an efficient approach to model parameters’ estimation (i.e. enzyme activities) from time series of mass spectrometry data. These results extend previous results in three directions: by relaxing the stationarity of the proteolysis process assumption, by allowing cuts at arbitrary sites in the peptide sequence and by incorporating knowledge from biological databases.

8

Urinary proteomic strategies in biomarkers discovery of renal diseases

63%

Ciechanowicz A. K. , Ozgo M. , Herosimczyk A. , Kurpinska A. , Klonowska A. , Lepczynski A. , Stanski L. R.

|

nr 1

9

A short review on proteomics and its applications

63%

Chandrasekhar K. , Dileep A. , Lebonah D. E. , Pramoda Kumari J.

|

nr 1

EN

Proteomics is the large scale of study of proteins, particularly their function and structure. Proteomics is an excellent approach for studying changes in metabolism in response to different stress conditions. In the present review focused on different types of techniques for the analysis of expressed proteins. The techniques includes 2-D gel electrophoresis, MALDI-TOF/MS etc., play a vital role for the analysis of novel proteins and their role in disease maintenance and treatment. The review also concentrated on applicative perspective of proteomics in the fields of biomedical, agriculture and food.

10

Zone of interaction between the parasite and the host: protein profile of the body cavity fluid of Gasterosteus aculeatus L. infected with the cestode Schistocephalus solidus (Muller, 1776)

63%

Kochneva A. , Borvinskaya E. , Smirnov L.

|

2021

|

tom 66

|

nr 2

11

Sekwencjonowanie nowej generacji przyszłością genomiki - Ośrodek Genomiki Medycznej OMICRON

63%

Garniewska A.

|

tom nr 9-10

11--15

PL

Ośrodek Genomiki Medycznej OMICRON jest samodzielną jednostką Wydziału Lekarskiego Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ośrodek powstał na bazie projektu Unii Europejskiej, realizowanego do niedawna w Collegium Medicum. Prowadzone są w nim projekty naukowe bazujące na technologiach wysokoprzepustowych w obszarach genomiki, transkryptomiki i proteomiki. Ośrodek współpracuje z wieloma jednostkami badawczymi, zarówno krajowymi, jak i zagranicznymi.

12

Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Część II - algorytmy scoringu

63%

Kamińska H. , Podbielska H.

|

tom Vol. 17, nr 3

239-247

PL

Postęp w dziedzinie komputerów oraz rozwój Internetu zrewolucjonizował, proces identyfikacji białek oraz przyczynił się do szybkiego wzrostu proteomicznych baz danych. Krótko po wprowadzeniu pierwszej technologii identyfikacji białek z widm spektrometrów masowych PMF (Peptide Mass Fingerprinting) okazało się, że algorytmy wykorzystywane do wyszukiwania w bazie danych protein odpowiadających wynikom eksperymentu mają kluczowe znaczenie dla wysokiej poprawności identyfikacji. Rozwój metody PMF był zatem uwarunkowany nie tylko przez usprawnienia techniczne schematu, ale przede wszystkim przez zastosowanie rozmaitych metod matematycznych i statystycznych (tzw. algorytmów scoringu) przy wyszukiwaniu poprawnych rozwiązań. Kolejnym krokiem w informatycznym usprawnieniu identyfikacji było opracowanie metod walidacji jej rezultatów na podstawie istniejących baz danych lub też symulacji. Walidacja rezultatów pozwoliła na wyeliminowanie większości błędów pierwszego rodzaju w identyfikacji metodą PMF. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, a także jej ulepszenia autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej przedstawiono opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką jej części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Bioinformatyczne ujęcie identyfikacji białek w drugiej części nawiązuje do specyfikacji eksperymentu, omówionej w części pierwszej publikacji. Druga część pracy w szczegółowy sposób opisuje główne aspekty porównywania mas teoretycznych i eksperymentalnych, tj. trawienie in silico, rozpoznawanie modyfikacji białek, dopasowywanie mas oraz kalibrację poprawnych dopasowań. Opisane zostały także sposoby budowania funkcji scoringowych oraz algorytmy walidacji ich wartości. Dodatkowo, w pracy przedstawiono najbardziej znane funkcje scoringowe oraz pełny przegląd oprogramowania do identyfikacji białek metodą PMF.

EN

The internet and computer science progress have revolutionized the process of protein identification and contributed to the growth of proteomics databases. Just after discovering the first technology for protein identification from the mass spectra PMF (peptide mass fingerprinting), it appeared that the algorithms searching databases for proteins corresponding to experiment results have crucial meaning for the sensitivity and specificity of the identification procedure. Therefore, the development of PMF method was conditioned by both the technological improvements in the PMF scheme and the application of various mathematical and statistical methods (so called: scoring algorithms) to the searching of correct identifications. The next step in the development of an identification procedure was to work out the methods for identification results validation, according to the proteomics databases content or simulations. The results validation allowed to eliminate the most of unwanted false positives in the PMF identification. Regarding the method common use, as well as its improvements which are still present, the authors decide to summarize the current level of knowledge related to this topic. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content best. From the bioinformatics point of view the protein identification in the second part of publication refers to the experiment specification described in the first part. The second part of the publication describes in details the aspects of theoretical and experimental masses comparison, i.e. in silico digestion, the discrimination of protein modifications, the pairing of masses and the calibration of matches. Moreover, the scoring functions building manners and the algorithms for scoring functions values validation were also taken into the consideration. Additionally, we present the most known scoring schemes with the comprehensive review of the PMF protein identification software.

13

New proteases of the chloroplast envelope – what do they do there?

63%

Adam Z.

|

nr 3

14

Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass. Część I - charakterystyka eksperymentu identyfikacji

63%

Kamińska H. , Podbielska H.

|

tom Vol. 17, nr 2

153-160

PL

Wprowadzenie w spektrometrach jonizacji typu MALDI zrewolucjonizowało proces identyfikacji białek. Automatyzacja procesu identyfikacji oraz bezpośrednie połączenie analizy spektrometrem masowym z separacją białek dwuwymiarową elektroforezą żelową (2D-GE) pociągnęły za sobą znaczny rozwój proteomiki. Późniejszy rozrost proteomicznych baz danych pozwolił na zwiększenie dokładności identyfikacji, z wykorzystaniem pierwszej w historii techniki wydajnej identyfikacji białek – peptide mass fingerprinting, w skrócie: PMF. Metoda peptide mass fingerprinting pozwala identyfikować białka z widm masowych uzyskanych w wyniku analizy próbki spektrometrem masowym. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, jak i ciągle obserwowane jej ulepszenia, autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej znajduje się opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część pracy jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym, związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Specyfikacja eksperymentu w pierwszej części pracy uwzględnia zarówno opis metody separacji, trawienia białek w próbce, jak i późniejszej ich analizy z wykorzystaniem spektrometru masowego. Eksperymentalne fazy metody PMF są opisane z uwzględnieniem ich cech biochemicznych, mających wpływ na dalsze etapy schematu identyfikacji.

EN

The development of MALDI ionization method in mass spectrometers, had revolutionized the protein identification procedure. The automation of an identification procedure and the mass spectrometry direct connection to the protein separation with the two-dimensional gel electrophoresis (2D-GE) implicated the significant proteomics development. The later growth of the proteomics databases contributed to the enhancement of the identification accuracy, by using the first method of effective protein identification in the history: the peptide mass fingerprinting (PMF). The peptide mass fingerprinting enabled the protein identification from the mass spectra acquired by the mass spectrometry sample analysis. Due to the common use of method and its continuous improvements, the authors decided to summarize the current state of the knowledge in this field of science. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content in the best way. The experiment specification in the first part takes into the consideration the description of separation and sample digestion methods, as well as the later protein sample analysis by the mass spectrometer. The experimental steps of the PMF method are described according to their biochemical properties, having an impact for the later stages of the identification procedure.

15

Renal function during metabolic acidosis

63%

Kurpinska A. K. , Skrzypczak W. F.

|

nr 1

16

Where are we in genomics?

63%

Hocquette J.-F.

|

nr 3

37-70

EN

Genomic studies provide scientists with methods to quickly analyse genes and their products en masse. The first high-throughput techniques to be developed were sequencing methods. A great number of genomes from different organisms have thus been sequenced. Genomics is now shifting to the study of gene expression and function. In the past 5-10 years genomics, proteomics and high-throughput microarray technologies have fundamentally changed our ability to study the molecular basis of cells and tissues in health and diseases, giving a new comprehensive view. For example, in cancer research we have seen new diagnostic opportunities for tumour classification, and prognostication. A new exciting development is metabolomics and lab-on-a-chip techniques (which combine miniaturisation and automation) for metabolic studies. However, to interpret the large amount of data, extensive computational development is required. In the coming years, we will see the study of biological networks dominating the scene in Physiology. The great accumulation of genomics information will be used in computer programs to simulate biologic processes. Originally developed for genome analysis, bioinformatics now encompasses a wide range of fields in biology from gene studies to integrated biology (i.e. combination of different data sets from genes to metabolites). This is systems biology which aims to study biological organisms as a whole. In medicine, scientific results and applied biotechnologies arising from genomics will be used for effective prediction of diseases and risk associated with drugs. Preventive medicine and medical therapy will be personalised. Widespread applications of genomics for personalised medicine will require associations of gene expression pattern with diagnoses, treatment and clinical data. This will help in the discovery and development of drugs. In agriculture and animal science, the outcomes of genomics will include improvement in food safety, in crop yield, in traceability and in quality of animal products (dairy products and meat) through increased efficiency in breeding and better knowledge of animal physiology. Genomics and integrated biology are huge tasks and no single lab can pursue this alone. We are probably at the end of the beginning rather than at the beginning of the end because Genomics will probably change Biology to a greater extent than previously forecasted. In addition, there is a great need for more information and better understanding of genomics before complete public acceptance.

17

Redox-mediated regulation of wheat seed dormancy revealed through modification-specific proteomics

63%

Bykova N. , Hoehn B. , Rampitsch C. , Hu J. , Fan T.

|

nr 2

18

Proteomics of Fagus sylvatica seed dormancy breaking

63%

Pawlowski T.

|

nr 2 Spec.Vol.

19

Materiomika - pomost łączący naukę o materiałach z naukami o życiu

51%

Walkowiak B. , Walkowiak-Przybyło M. , Komorowski P.

|

tom nr 2

24--30

PL

Artykuł przedstawia najnowsze trendy w dziedzinie nauk o materiałach i związkach tej dziedziny nauki z naukami o życiu. Prezentuje także potencjalną możliwość wykorzystania komórki jako specyficznego sensora rozpoznającego produkty inżynierii materiałowej i nanotechnologii.

EN

This paper informs about the latest trends in th e field of materials science and the relationships of this field of science with life sciences. It also presents the potential of using a cell as a specific sensor that recognizes the products of materials engineering and nanotechnology.

20

Przełomowe techniki wykrywania biomarkerów białkowych

51%

Meyer M. , Ketterlinus R. , Deiniger S. O. , Ebert M. , Roecken C.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2006

|

tom nr 8-9

49--50

PL

Obecnie opracowywane są nowe zastosowania spektrometrii mas w proteomice, mające szansę w najbliższej przyszłości na wdrożenie w laboratoriach klinicznych. Pośród nich dwie bardzo obiecujące techniki już wzbudziły zainteresowanie w kręgach zajmujących się badaniami klinicznymi, a mianowicie profilowanie biomarkerów techniką MALDI MS oraz obrazowanie MALDI (MALDI Imaging).

EN

New mass spectrometric (MS) proteomics technologies are currently under investigation which have the potential to reach the clinical laboratory in the near future. Of these two very promising techniques have already gained much interest in the clinical research community, namely biomarker profiling by MALDI MS and MALDI imaging technology.