Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

Modelowanie molekularne jako etap poszukiwania nowych substancji o potencjalnym znaczeniu terapeutycznym

100%

Pisula M. , Dróżdż E. , Chełmecka E.

Annales Academiae Medicae Silesiensis

|

2020

|

nr 74

91-98

EN

The paper is a review of the literature on molecular modeling, with particular emphasis on the use of modern in silico methods in the early stages of designing new medical substances. Its purpose is to discuss the significance and justification of using computer software in the process of creating new drugs. Therefore, the stages through which a compound must pass so that it can be considered as a good drug candidate were presented, and the subsequent stages in the proces of searching for substances using molecular modeling methods were discussed. It has been demonstrated that molecular modeling can be a useful tool in the process of designing medicinal substances, as well as an important factor reducing the costs and shortening the time spent researching a new drug. Due to the considerable effectiveness of computer methods, work should be carried out in their further development

PL

Praca stanowi przegląd literatury dotyczącej modelowania molekularnego, ze szczególnym uwzględnieniem użycia nowoczesnych metod in silico we wczesnych etapach projektowania nowych substancji leczniczych. Jej celem jest omówienie znaczenia oraz uzasadnienie słuszności zastosowania oprogramowania komputerowego w procesie tworzenia nowych leków. Przedstawiono etapy, przez które przechodzi związek, aby mógł być uznany za dobrego kandydata na lek, oraz omówiono kolejne fazy postępowania podczas poszukiwania substancji metodami modelowania molekularnego. Wykazano, że modelowanie molekularne może być narzędziem przydatnym w procesie projektowania substancji leczniczych; jest to również istotny czynnik redukujący koszty oraz skracający czas poświęcony na badania nad nowym lekiem. W związku ze znaczną efektywnością metod komputerowych powinno się prowadzić prace w zakresie ich dalszego rozwoju.

2

Docker Analyzer: Program for comparison of docking results

86%

Nielepiec A. , Jurkowski W.

Bio-Algorithms and Med-Systems

|

2006

|

tom Vol. 2, no. 4

29--36

EN

Vast amount of docking algorithms and scoring functions available encourage development of methods aimed to adjust functionality of docking tools. A certain level of scoring functions precision is needed to recognize complexes of specific intermolecular interactions. Having this kind of model morę detailed blind prediction of molecular complexes would be possible. To enhance specificity of docking results tools unifying application of many scoring functions should be developed. A program for assessment of molecular docking: Docker Analyzer is presented as preliminary approach. Complex calculation of over ten scoring functions and its simultaneous use (multiple consensus scoring) is possible to improve default selection of best hits after standard molecular docking procedure.

PL

Dostępność wielu programów dokujących oraz różnorodność używanych w nich funkcji służących do oceny poprawności kompleksów białko-ligand skłania do ich oceny i porównań. Istotna wydaje się być możliwość dobrania funkcji oceniającej pod kątem specyfiki badanego układu, a więc wybór funkcji, która najpoprawniej w danych przypadku opisywałaby naturę oddziaływań międzycząsteczkowych. Takie podejście powinno pomóc w poprawnym dokowaniu w przypadku kiedy brak jest wstępnej informacji strukturalnej (np. przy nieznanym miejscu wiążącym). Praca ta przedstawia program do oceny efektywności procedur dokowania będący wstępną realizacją takiego podejścia. Program Docker Analyzer umożliwia jednoczesne obliczenie kilkunastu popularnych funkcji oceniających i ich wzajemne porównanie, wyznaczenie na ich podstawie wskaźnika konsensusowego oraz prostą wizualizację kompleksów.

3

Lipofilowość, metody wyznaczania i rola w działaniu biologicznym substancji chemicznych

86%

Jóźwiak K. , Szumiło H. , Soczewiński E.

|

tom [Z] 55, 11-12

1047--1074

EN

In this review the current concepts of lipophilicity phenomenon are described. It especially deserves special attention in medicinal chemistry. Lipophilicity is the factor of crucial importance in biological action of chemical substances. It is the main physico-chemical determinant influencing the bioavailability, permeability and frequently the toxicity of drugs. Lipophilicity is thus one of the most important factors in research aimed at rational designing of new drugs, what is of great and still growing importance nowadays. In the present review the current definitions of lipophilicity and hydrophobicity are discussed. Next, the role of lipophilicity of drugs in living organisms is widely reviewed. The experimental methods of estimation of biological lipophilicity are described in their historical development. The most widely used method of measuring the lipophilicity of compounds is nowadays the liquid chromatography technique, especially in reversed phase mode (according to the definition of lipophilicity). RP-HPLC is a fast and very precise tool for determination of lipophilicity in a wide range of chemical compounds. In presented paper the influence of the chromatographic systems are described with special attention on novel stationary phases which closely mimic the biological environment (e.g., Immobilized Artificial Membrane phase). Next, the procedures for the determination of chromatographic lipophilicity parameters for a set of derivatives in polycratic and gradient modes are described. The importance of different retention parameters and their usefulness in assessing lipophilicity are widely examined. Finally, a brief description of calculating methods of lipophilicity estimations is presented.

4

Investigation of interactions between dermorphin analogs and µ-opioid receptor

72%

Karczyńska A. , Zaborowski B. , Ślusarz M.

TASK Quarterly : scientific bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk

|

2014

|

tom Vol. 18, No 4

331--336

EN

Opioid receptors play the pain control function in the body. Most of the research is carried out to find the most effective analgesic. The earliest analgesic i s morphine, however, unfortunately it has many side effects [Mizoguchi H et al. 2003 J. Pharmacol Sci. 93 423]. At a later time dermorphin was discovered as another potent analgesic [Mont ecucchi P C et al. 1981 Int. J. Pept. Protein Res. 17 275]. Unfortunately, this peptide is not resistant to enzymatic metabolism [Kisara K et al. 1986 Br. J. Pharmacol. 87 183; Sasaki Y et al. 1985 Neuropeptides 5 391]. The objective of this study is to search for new opioid analgesics by in vestigation of interactions between dermorphin analogs and the μ -opioid receptor using molecular modeling methods. MOPR ( μ -Opioid Peptide Receptor) complexes with several ligands (with kno wn biological activity) were modeled to explain how the structure of the complex was related to the biological activity. The investigated dermorphin analogs containing [ DMT 1 , D -Arg 2 ] (especially tetrapeptides) may become a good alternative for the currently used an algesics.

5

Witaminy z grupy B : opis właściwości fizykochemicznych oraz bioaktywności z wykorzystaniem przykładowych narzędzi cheminformatycznych

58%

Banach S. , Jezierska A.

Wiadomości Chemiczne

|

2023

|

tom [Z] 77, 9-10

873--896

EN

This paper presents a literature review of the biochemistry of vitamins B and the results of in silico physicochemical properties and bioactivity studies. The description was performed by cheminformatics tools closely related to the field of Medicinal Chemistry. It allows us to predict a great number of properties e.g. logP, TPSA, molecular volume or bioactivity associated with the chosen proteins (like kinases, proteases etc.). These investigations were carried out with the use of cheminformatics web tool Molinspiration. Its great advantages are mainly its wide availability, ease of application and quick analysis of small compounds. Thanks to the comparison with literature data of well–known B vitamins, it is possible to confirm that current cheminformatic web tools provide high reliability of the results and can support Drug Design methods.