Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

The use of reverse transcription and polymerase chain reaction [RT-PCR] for the detection of hop latent viroid [HLVd]

100%

Cajza M. , Wypijewski K. , Pospieszny H.

|

tom 37

|

nr 1-2

52-58

EN

The simple method of nucleic acids extraction, based on guanidine thiocyanate extraction buffer, was sufficient for obtaining a good templates for RT-PCR. The RT-PCR reactions were performer from the start to the end (both the reverse transcription and the HLVd-cDNA amplification) in the same reaction mixture and in the very small volume of reaction (10 μI). Both pairs of primers designed by authors were good for reverse transcription and later for amplification of the HLVd-cDNA. The presence of gelatin as a stabilizer of DNA polymerase was indispensable for successful performance of RT-PCR.

PL

Wiroidy, najmniejsze obecnie znane patogeny roślin, zbudowane z pojedynczej nici kolistego RNA, nie zawierające w swej budowie i nie kodujące żadnych białek, są groźnymi patogenami roślin wyższych, rozpowszechnionymi we wszystkich rejonach świata, szczególnie w uprawach roślin rozmnażanych wegetatywnie. Wiroid latentny chmielu (ang. hop latent viroid - HLVd) został wykryty dopiero w 1988 roku w chmielu. Do tej pory odnotowano go w rejonach uprawy chmielu na całym świecie. Chmiel, jedyny znany żywiciel tego patogena, ulega tylko infekcjom utajonym (latentnym). HLVd powoduje zarówno spadek masy plonu szyszek jak i zawartości alfa-kwasów w szyszkach. Bezobjawowe infekcje oraz brak białek strukturalnych i innych produktów translacji powodują, że obecnie patogena tego można wykrywać tylko przy pomocy elektroforezy (metoda bardzo zawodna, wymagająca wysokiego stężenia RNA patogena w tkance), sond hybrydyzacyjnych i rozwijanej w ostatnich latach metody RT-PCR. Podczas opracowywania RT-PCR do wykrywania HLVd w ekstraktach kwasów nukleinowych wykorzystywano dwie pary primerów specyficznych dla sekwencji nukleotydowej HLVd, charakteryzujących się różnymi temperaturami topnienia produktu. Wiroida wykrywano w ekstraktach kwasów nukleinowych z blaszek liściowych i z ogonków liściowych chmielu. Uproszczona metoda guanidynowa do izolacji totalnych kwasów nukleinowych okazała się wystarczająca do przeprowadzenia reakcji RT-PCR. Opracowana metoda charakteryzowała się bardzo dużą czułością, specyficznością (produkty amplifikacji cDNA-HLVd uzyskiwano tylko z próbek materiału roślinnego pochodzącego z roślin zawierających tego wiroida) i szybkością wykonania (dwa dni łącznie z ekstrakcją kwasów nukleinowych). Ponadto w zastosowanej metodzie opracowano warunki do przeprowadzenia zarówno odwrotnej transkrypcji i następnie amplifikacji powstałego cDNA wiroida w jednej probówce, w tej samej mieszaninie reakcyjnej . Oprócz tego wszystkie reakcje RT-PCR prowadzono w bardzo małej objętości równej 10 μl (2 μl zawiesiny kwasów nukleinowych i 8 μl mieszaniny reakcji RT-PCR). Maksymalne uproszczenie metody, wielokrotne obniżenie kosztów reakcji oraz charakterystyczna dla RT-PCR czułość, specyficzność i szybkość przeprowadzenia testu sprawiają, że może być ona wykorzystywana do rutynowego wykrywania nie tylko HLVd ale również innych wiroidów, wirusoidów i wirusów RNA.

2

Infekcyjne klony cDNA roslinnych wirusow

100%

Sadowy E. , Zagorski W. , Hulanicka D.

|

nr 3

60-68

3

Metoda różnicowego namnażania - sposób poszukiwania genów ulegających specyficznej ekspresji

84%

Dabrowska G.

|

2001

|

nr 3

4

CCC DNA - posrednia forma replikacyjna genomu HBV.

83%

Sidorkiewicz M.

|

nr 1

2-9

5

Poszukiwanie rhabdowirusow roslinnych w zapowietrzonych obszarach lesnych i ruderalnych Poznania

67%

Dullin P. , Galbas M. , Nawrot R.

|

tom 100

163-168

6

Metody analizy ekspresji genów w badaniach nad rzepakiem

59%

Olejnik A.

Rośliny Oleiste - Oilseed Crops

|

2013

|

tom 34

|

nr 1

PL

W pracy przedstawiono przegląd metod analizy ekspresji genów z zastosowaniem technik: mikromacierzy DNA, seryjnej analizy ekspresji genów (SAGE), jak również odwrotnej transkrypcji – RT-PCR oraz qRT-PCR. Zaprezentowano możliwości wykorzystania poszczególnych technik wraz z przykładami ich praktycznego zastosowania w badaniach molekularnych rzepaku.

EN

This paper presents an overview of gene expression analysis methods, including: DNA microarrays, SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), as well as reverse transcription techniques: RT-PCR and qRT-PCR. It also includes some examples of application of the methods in molecular studies on oilseed rape genome and transcriptome.

7

Masowe porazenie cukinii w uprawie polowej przez wirusy

51%

Pospieszny H. , Cajza M.

Progress in Plant Protection

|

2006

|

tom 46

|

nr 1

142-147

8

Wirus nekrozy pomidora (Tomato torrado virus) nowy wirus przenoszony przez mączlika szklarniowego (Trialeurodes vaporariorum)

42%

Pospieszny H. , Budziszewska M. , Hasiow B. , Obrepalska-Steplowska A. , Borodynko N.

Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych

|

2008

|

tom 529

PL

Dwukrotnie, w roku 2003 i 2007, z pomidora szklarniowego z objawami nekrozy liści wyizolowano wirusa sferycznego. Występowniu wirusa każdorazowo towarzyszyła obecność mączlika szklarniowego (Trialeurodes vaporariorum). Eksperymentalnie po raz pierwszy wykazano, że mączlik szklarniowy jest wektorem wirusa sferycznego. Mączlik szklarniowy przenosił wirusa bardzo efektywnie (100%). Wirus porażał zakres roślin głównie z rodziny psiankowatych. Badania w mikroskopie elektronowym wykazały, że wirus ma średnicę ok. 28 nm, występuje w soku w niskiej koncentracji w postaci pojedyńczych cząstek, a w oraganach komórkowych w postaci skupisk podobnych do kryształów. Oczyszczone preparaty wirusa sedymentowały w gradiencie gęstości sacharozy w postaci 2 stref, wynikających z 2 typów cząstek różniących się współczynnikiem sedymentacji. Genom wirusa składa się z dwóch fragmentów: RNA1 o wielkości 7800 pz i RNA2 o wielkości 5400 pz. Białko otoczki wirusowej składa się z 3 podjednostek o wielkości 35, 26 i 23 kD. Opisany w roku 2007 nowy wirus Tomato torrado virus (ToTV) wykazywał duże podobieństwo do polskiego izolatu przenoszonego przez mączlika. Na podstawie sekwencji ToTV zaprojektowano własne startery, które w RT-PCR z polskim izolatem dały produkty o wielkości ok 892 pz dla RNA1 i 573 pz dla RNA2. Produkty te poddano sekwencjonowaniu i porównanie z sekwencjami ToTV wykazało pokrewieństwo 99 i 98% odpowiednio dla RNA1 I RNA2. Podobieństwo objawów chorobowych, morfologii cząstek wirusa, organizacji genomu i wysoki stopień pokrewieństwa genetycznego pozwala uznać polski izolat wirusa sferycznego, przenoszonego przez mączlika szklarniowego, za izolat wirusa nekrozy pomidora (ToTV).

EN

In 2003 and 2007 spherical virus was isolated from greenhouse tomato plants with symptoms of leaf necrosis. Occurrence of the virus was strictly associated with presence of Trialeurodes vaporariorum. We showed for the first time that the virus was vectored by T. vaporariorum very efficiently (100%). After mechanical inoculation or whitefly transmission, the virus caused systemic infection on plant species of Solanaceae family. An electron microscopy examination of the sap from infected plants showed the presence of spherical virus particles of 25 nm in diameter. Purified virus preparation centrifuged in the density sucrose gradient sedimented as two separated zones. The viral genome was divided into two RNA molecules of about 7800 bp (RNA1) and 5400 bp (RNA2). The capsid consisted of three proteins. The new Tomato torrado virus (ToTV), isolated in Spain, showed the same particles, genome organization and biological properties as the Polish isolate. On the basis of full length ToTV genome we designed two pairs of specific primers for reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), which amplified the fragments of about 892 bp for RNA1 and 573 bp for RNA2, respectively. RT-PCR products were sequenced. The sequences’ comparison between the Polish isolate and ToTV showed 99 and 98% homology for RNA1 and R NA2, respectively. The similarity of tomato plant symptoms, virus particles morphology, genome organization and nucleotide sequence identities suggest that the Polish T. vaporariorum transmitted virus and ToTV are the same.