Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

Implementacja oszacowania stopnia podobieństwa białek na poziomie struktury pierwszorzędowej oraz konstrukcja drzew filogenetycznych dla białek homologicznych

100%

Gajewska E. , Leluk J.

Bio-Algorithms and Med-Systems

|

2005

|

tom Vol. 1, no. 1/2

121--124

PL

Oszacowanie stopnia podobieństwa sekwencji odgrywa istotną rolę w porównywaniu sekwencji. Aby prawidłowo określić stopień podobieństwa, należy uwzględnić następujące kryteria: - względna zawartość identycznych pozycji, - długość porównywanych sekwencji, - rozmieszczenie pozycji identycznych wzdłuż porównywanego łańcucha, - rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje konserwatywne (dla białek), - genetyczne i strukturalne współzależności aminokwasów występujących w odpowiadających sobie pozycjach porównywanych sekwencji (dla białek). Podejście statystyczne opracowane przez Karlina i Altschula pozwala wyodrębnić na tyle duże podobieństwo, by można je było nazwać pokrewieństwem. Nasze rozwiązanie, bazujące na technologii Java, wykorzystuje te same postulaty, wzbogacając dostępną informację o dalsze szczegóły wynikające z dopasowania sekwencji. Nasze podejście wyszukuje sekwencje podobne do sekwencji wzorcowej, w których następnie oszacowany zostaje stopień rozproszenia pozycji identycznych. Identyczności położone blisko siebie w sekwencji są punktowane wyżej niż rozproszone bloki pozycji identycznych, przeplatane odcinkami nieidentycznymi. Co więcej, rozważana grupa sekwencji może być zawężana, by wyodrębnić znaczące pokrewieństwo. W tym celu należy: - zadeklarować wartość progową wartości E-value dla dalszych obliczeń, - wyodrębnić sekwencje o zbliżonej i niskiej wartości E-value, - wyodrębnić sekwencje podobnej długości, - wyodrębnić sekwencje, dla których rozkład pozycji identycznych jest podobny. Wszystkie sekwencje sklasyfikowane jako wzajemnie spokrewnione stanowią dane wejściowe do konstrukcji molekularnego drzewa filogenetycznego. Wzajemny dystans ewolucyjny obliczany jest poprzez analizę dopasowanych par sekwencji z grupy we wszystkich możliwych kombinacjach. Konstrukcja drzewa opiera się na obliczanych wartościach dla konkretnej pary sekwencji w porównaniu do maksymalnego możliwego wyniku dla tej samej względnej zawartości pozycji identycznych oraz długości sekwencji. Praca wykonana została w ramach grantu MAMBA (Centre of Ex- cellence for Multi-scale Biomolecular Modelling, Bioinformatics and Applications) Projekt nr QLRI-CT-2002-90383.

EN

Problem of similarity significance estimation is crucial in sequence comparison work. In order to assess sequence similarity several parameters should be taken into account. They are: - the percentage of identity, - the length of compared sequences, - distribution of the identical positions along the aligned sequences, - the type of units occupying conservative positions (in proteins), - genetic or structural relationships of the units at corresponding positions (in proteins). Statistical approach presented by Karlin and Altschul [1] proposes a model that distinguishes biologically relevant similarities. Our Java application makes use of these formulas but additionally provides more detailed information concerning the alignments. Our approach searches for similar sequences to the query sequence then estimates the distribution of identical positions. Identities which are located in direct mutual neighborhood are scored higher than regular distributed identity blocks separated by non identical blocks. Furthermore an examined group of sequences may be filtered for selecting the actual and univocal homology. This can be accomplished by : - applying the threshold expect (E) value for computation, - selecting the sequences for which E-values are close, - selecting the sequences of similar length, - selecting the sequences that reveal compact blocks of identical positions. All sequences classified as homologous were used to construct the molecular phylogenetic tree by means of pairwise sequence comparison. Phylogenetic tree construction is based on the scores calculated for the most extreme theoretical distribution cases versus scores calculated for particular sequence pair. This work was supported by MAMBA (Centre of Excellence for Multi-scale Biomolecular Modelling, Bioinformatics and Applications) Project No. QLRI-CT-2002-90383.

2

Badania modelowe oddziaływania wiatru na eksponat modelu akwaporyny

100%

Flaga A. , Flaga Ł.

|

2012

|

tom R. 109, z. 4-B

23--35

PL

W artykule przedstawiono badania modelowe oddziaływania wiatru na eksponat modelu akwaporyny, przeprowadzone w tunelu aerodynamicznym z warstwą przyścienną Laboratorium Inżynierii Wiatrowej Politechniki Krakowskiej. W badaniach tych spełniono większość z kryteriów podobieństwa opracowanych specjalnie w tym celu. Ponadto wykonano ocenę bezpieczeństwa eksponatu przy oddziaływaniu na niego silnego wiatru.

EN

In the paper, wind tunnel tests of wind action on an aquaporine model exhibit performed in a boundary layer wind tunnel of the Wind Engineery Laboratury at the Cracow University of Technology have been presented. In the experiments, most of the similarity criteria elaborated specially for this purpose have been fulfilled. Moreover, safety assessments of the exhibit with respect to a strong wind action have been done.

3

Scale questions in wind engineering experimentation

100%

Flamand O.

Czasopismo Techniczne. Budownictwo

|

2015

|

tom Y. 112, iss. 2-B

51--61

EN

Wind tunnel testing is sometimes achieved at reduced scale. Doing so, wind engineers must consider the similitude rules for giving results at full scale. These rules are deduced from the basic laws of Physics, for their theoretical part, and based on practical state of the art methods for wind tunnel application. A wide overview of this important part of wind engineering is given in this paper.

PL

Badania w tunelu aerodynamicznym czasami możliwe są do wykonania jedynie w skali zredukowanej. Należy wtedy wziąć pod uwagę kryteria podobieństwa dające wyniki, jak dla badań przeprowadzonych w pełnej skali. Kryteria te opierają się na podstawowych prawach fizyki, w części teoretycznej, oraz na praktycznym stanie wiedzy o stosowanych metodach – w części dotyczącej badań w tunelach aerodynamicznych. Szeroki przegląd tej ważnej części inżynierii wiatrowej przedstawiono w niniejszej pracy.

4

Determination of similarity criteria in optimization tasks by means of neuro-fuzzy modelling

84%

Rubanenko L. , Komar V. O. , Petrushenko O. Y. , Smolarz A. , Smailova S. , Imanbekova U.

Przegląd Elektrotechniczny

|

2017

|

tom R. 93, nr 3

93--96

EN

A method is proposed for solving optimization problems with high complexity when searching for the function minimum by using methods and means of similarity theory and neuro-fuzzy modelling. The problem with nonlinear objective function and constraints is transformed into a task with a nonlinear objective function and linear constraints. In this task, the basic similarity criteria are presented in the form of membership functions. Dependent similarity criteria are defined through the base with the use of standard computational procedures.

PL

Zaproponowano metodę do rozwiązywania problemów optymalizacyjnych o wysokiej złożoności przy poszukiwaniu minimum funkcji za pomocą metod i środków teorii podobieństwa i modelowania -rozmytego. zadanie z nieliniowymi funkcją celu i ograniczeniami jest przekształcana na zadanie z nieliniową funkcją celu i liniowymi ograniczeniami. W zadaniu tym podstawowe kryteria podobieństwa są przedstawiane w postaci funkcji przynależności. Zależne kryteria podobieństwa zdefiniowane są przez podstawę, przy użyciu standardowych procedur obliczeniowych.