Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

Tworzenie i rozdział kompleksów białek surowicy z barwnikami supramolekularnymi w elektroforezie dwukierunkowej - próba opracowania komputerowej techniki analizy obrazu rozdziałowego

100%

Rybarska J. , Spólnik P. , Drozd A. , Konieczny L. , Piekarska B. , Stopa B. , Zemanek G. , Król M. , Roterman-Konieczna I.

|

tom Vol. 1, no. 1/2

133--138

PL

Praca przedstawia badania eksperymentalne mające na celu wykrycie zmian w składzie białkowym zmienionej chorobowo surowicy ludzkiej. Dla wykrycia zmian opracowano dwukierunkową technikę elektroforetyczną umożliwiającą tworzenie kompleksów przez barwniki o charakterze ciekłokrystalicznym z białkami. Taśmowe micele barwnika mogą przylegać do szkieletu łańcucha polipeptydowego w obszarach jego ekspozycji, tworząc kompleksy. Warunki elektroforetyczne pozwalają na usunięcie nadmiaru oraz puli słabo związanego z białkami barwnika. Tworzenie kompleksów w elektroforezie pozwala na ujawnienie kompleksów białek z barwnikami, które wędrują szybciej niż białka niezaangażowane w wiązanie barwnika. Nieprawidłowe oraz przejściowo zdestabilizowane natywne białka mogą być podatne na penetrację i wiązanie dużych supramolekularnych ligandów. Do grupy białek wiążących należą białka szpiczakowe oraz serpiny, haptoglobiny i immunoglobuliny, ulegające przegrupowaniu podczas tworzenia kompleksów ze swoimi fizjologicznymi ligandami. Elektroforeza surowicy prowadzona jest dwuetapowo w prostopadłych względem siebie kierunkach. Pierwszy rozdział jest standardowy. Drugi modyfikowany jest przez kontakt i ewentualną interakcję rozdzielonych uprzednio białek z dodanym barwnikiem. Szybciej wędrujący barwnik, którego punkt nałożenia znajduje się poniżej białek, napotyka w trakcie wędrówki i wyprzedza białko. Białka zdolne do tworzenia kompleksów zabarwiają się w takich warunkach oraz wędrują szybciej od swoich nieskompleksowanych z barwnikiem odpowiedników. Po redukcji barwników dwutioninem sodowym z następowym zabarwieniem błękitem bromofenolowym, można uzyskać kompletny proteinogram rozdzielanej surowicy. Próby opracowania pół-automatycznej i automatycznej analizy uzyskiwanego w elektroforezie rozdziału plam zostały ostatnio podjęte.

EN

Two-dimensional agarose electrophoresis was used to create suitable conditions for the formation of protein complexes with supramolecular dyes. Ribbon-shaped dye molecule ligands adhere during complexation to the polypeptide backbone of β-conformation within protein clefts. The electrophoresis helps to remove the dye excess and the dye weakly attached to protein molecules. It simultaneously allows for the exposure of protein-dye complexes migrating faster than proteins not engaged in complexation. Abnormal and transiently destabilized native proteins become susceptible to penetration and binding by large supramolecular dye ligands. This includes many myeloma proteins as well as serpins, haptoglobins and immunoglobulins engaged in their natural complexes. Electrophoresis of serum proteins is conducted in two steps: the first is a standard electrophoresis while the second (perpen-dicular run) is modified by the contact and interaction of separated serum proteins (during the first step) with the added dye. The fast migrating dye, for which the starting position is retreated versus to that of proteins, meets and overruns the proteins. The proteins which are susceptible to dye penetration and binding become stained and their migration is accelerated. The complete proteinogram including the binding and non-binding dye proteins may be revealed by standard staining with bromophenol blue after removal of the supramolecular dye. An attempt for semi-automatic or automatic analysis of spots distributed in electrophoresis has been undertaken.

2

Adsorption of malachite green and congo red dyes from water: recent progress and future outlook

100%

Swan N. B. , Zaini M. A. A.

|

tom Vol. 26, nr 1

119--132

EN

Global concern on dyes-laden effluent has intensified over the years. Dyes are toxic, stable to light, and hardly oxidized and bio-degraded, hence causing severe physiological effects to living organisms. In water, dye hinders the light penetration for photosynthetic activity, consequently oxygen is deficient for respiration by aquatic creatures. Adsorption has been widely recognized as the effective removal strategy to abate dye wastewater. However, the quests to improve the adsorption efficiency are continuously sought through new adsorbents with special characters, while performing the removal process at optimum operating conditions. This short review aims to summarize the recent progress in adsorption studies of two commonly used industrial dyes, namely malachite green and congo red by various adsorbents. From the quoted studies, the oxidized mesoporous carbon yields a higher adsorption capacity of malachite green at 1265 mg/g, while Fe3O4@nSiO2@mSiO2 displays a greater capacity for congo red removal at 1429 mg/g. A superior adsorption relies not only on specific surface area but also the synergistic interactions of pore width and mesoporosity, surface chemistry, and operating conditions. The dyes properties and factors affecting the adsorption are also highlighted and discussed, with recommendations and future outlook.

3

The Approach For Computer Analysis Of Results Obtained In Two-Dimensional Electrophoresis Of Serum Protein Complexes With Congo Red

80%

Śmietański J.

|

tom Vol. 2, no. 3

25--31

EN

The research of blood serum by the method of double electrophoretical separation, where the second, perpendicular run is modified by adding Congo red, inspires a lot of hope. This paper describes the attempt to create a program which is indispensable to interpret the results. The received on input scan of the glass plate is brought under preliminary processing which enables to get us rid of noise and useless information. The segmentation which is done in order to separate the objects from the background, was implemented by the method of linear image search and merge. The points are added from the darkest to the brightest ones to the single objects. The recognition of previously separated objects proceeds stage by stage, thanks to that the areas which are difficult to identify can have more distinctive marks. The value of appurtenance function is calculated by the nearest neighbour method, and for the final classification the majorizating rule is used. The calculation of percentage of each fraction proceeds by summing the brightness of the points which make the object, after the value of the background was substracted. The obtained results of the automatic recognition are promising. However, a greater amount of experimental images is needed for the full evaluating of the usefulness of the program.

PL

Badanie składu surowicy krwi metodą podwójnego rozdziału elektroforetycznego, gdzie drugi, prostopadły rozdział modyfikowany jest dodaniem czerwieni Kongo, budzi spore nadzieje. W niniejszej pracy przedstawiam próbę stworzenia oprogramowania niezbędnego do interpretacji wyników. Otrzymany na wejściu skan szklanej płytki poddawany jest wstępnej obróbce, umożliwiającej pozbycie się szumu oraz zbędnych informacji. Segmentacja, mająca na celu wyodrębnienie poszczególnych obiektów od tła, zaimplementowana została metodą liniowego przeglądania obrazu i sklejeń. Punkty do poszczególnych obiektów dodawane są w kolejności od najciemniejszych do najjaśniejszych. Rozpoznanie uprzednio wyodrębnionych obiektów odbywa się etapowo, dzięki czemu trudniej identyfikowalne plamy mają do dyspozycji większą liczbę charakteryzujących je cech. Wartość funkcji przynależności obliczana jest metodą najbliższego sąsiada, a do ostatecznej klasyfikacji stosujemy regułę majoryzacyjną. Obliczenie procentowego udziału każdej frakcji następuje poprzez zsumowanie jasności punktów składających się na obiekt, po uprzednim odjęciu wartości tła. Uzyskane rezultaty automatycznego rozpoznania są obiecujące, jednak do pełnej oceny przydatności programu konieczna jest większa liczba obrazów eksperymentalnych.