In the present paper, the level of intra-population genetic diversity is described for 24 individuals belonging to the selected population of the Istebna region, in relation to the Polish Progeny Test. Using the RAPD-PCR technique, nineteen random primers were initially screened and seven, generating clear and polymorphic profiles, were selected. The intra-population genetic variation was low. The fact that the level of diversity did not exceed 0.041, showed a decrease of genetic variation of Istebna trees as compared to the genuine Norway spruce population from Central Europe. In the present study, the application of RAPD-PCR allowed the selection of a group of individuals characterized by a relatively higher level of genetic diversity.
PL
Niniejszej praca prezentuje analizę polimorfizmu genetycznego 24 losowo wybranych drzew reprezentujących populację cząstkową świerka istebniańskiego przy wykorzystaniu markerów RAPD. Spośród 19 pojedynczych starterów RAPD wybrano siedem, które pozwoliły uzyskać powtarzalne i specyficzne układy prążkowe dla wszystkich badanych drzew. W wyniku analizy stwierdzono niski poziom zróżnicowania genetycznego występujący wewnątrz testowanej populacji, wyrażony wartościami dystansu genetycznego poniżej 0,041. Fakt ten potwierdza zmniejszone zróżnicowanie genetyczne populacji świerka istebniańskiego w porównaniu z naturalnymi populacjami świerka pospolitego z Europy Centralnej. Zastosowana technika RAPD pozwoliła wyodrębnić grupę 5 drzew selekcyjnych charakteryzujących się wyższą zmiennością od pozostałych analizowanych osobników. W obrębie badanej populacji grupa ta może stanowić istotne źródło polimorfizmu do realizacji kolejnego programu selekcji i zachowania bioróżnorodności rasy istebniańskiej.
Bazując na łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR), opracowano wiele technik, które są stosowane w kryminalistyce, medycynie, badaniach filogenetycznych oraz do identyfikacji i różnicowania organizmów. Wybór metody do rutynowego stosowania w danym laboratorium nie jest prosty i wymaga zaznajomienia się z wieloma technikami. Chcąc ułatwić wybór metody do analizy drobnoustrojów, w pracy zamieszczono opis i porównanie następujących technik: RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA), PCR- RFLP (PCR-Restriction Fragments Length Polymorphism), RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), Multiplex PCR oraz Real-time PCR. Metody porównano pod względem cech najbardziej użytecznych, jakimi są: zakres stosowania technik, powtarzalność analiz, trudność w wykonaniu oznaczeń, czasochłonność, możliwości automatyzacji badań oraz koszty jednostkowej analizy.
EN
Many techniques used in criminalistics, medical diagnostics, in phylogenetic studies and in organisms identification and differentiation are based on polymerase chain reaction (PCR). The choice of routine method to be applied routinely in a particular laboratory, is not easy and necessitate the knowledge and understanding of some one. In this paper, to facilitate the choice of the routine method for microorganism identification and differentiation, the detailed description of following methods is presented: RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA), PCR-RFLP (PCR-Restriction Fragments Length Polymorphism), RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), Multiplex PCR and Real-time PCR. The methods were compared by the most useful characteristics such as: application field, analysis repeatability, difficulty degree, analysis duration, automation possibility and cost.
Opracowano charakterystykę kilkunastu izolatów Phomopsis spp., wyizolowanych z różnych gatunków roślin sadowniczych, przy zastosowaniu metod klasycznych i techniki RAPD. Osiem izolatów P. viticola pochodziło z winorośli uprawianej w różnych regionach Polski, po dwa izolaty z jabłoni, gruszy, wiśni, orzecha włoskiego, borówki, leszczyny i żywotnika, a jeden z kasztanowca. Badane izolaty były słabo zróżnicowane w wyglądzie kolonii i rozmiarach zarodników typu alfa, ale stwierdzono zasadnicze różnice w ich patogeniczności w stosunku do pędów winorośli. Największą liczbę pędów z objawami nekrozy obserwowano po zakażeniu przez P. viticola podczas gdy izolaty pochodzące z innych roślin powodowały objawy chorobowe tylko sporadycznie. Wyniki analizy RAPD potwierdziły zróżnicowanie w obrębie badanych izolatów Phomopsis wykazane na podstawie metod klasycznych, co wskazuje, że obie metody wzajemnie się uzupełniają.
EN
The aim of the present study was to characterize some isolates of Phomopsis spp. obtained from various species of orchard plants using classical methods and RAPD technique. Eight isolates of P. viticola originated from grapevine cultivated in different parts of Poland, two of each from apple-tree, pear-tree, cherry-tree, walnut, blueberry, hazel, thuja and one isolate from horse-chestnut. The studied isolates were slightly differentiated in colony morphology arid alpha spores dimension but distinct differences in their pathogenicity towards grapevine canes were found. The highest number of grapevine canes with symptoms of necrosis was observed after their inoculation with P. viticola whereas isolates from other host plants caused disease symptoms only occasionally. The results of RAPD analysis confirmed a differentiation within Phomopsis isolates demonstrated on the basis of classical methods which indicates that classical and molecular methods are complementary.
Cercospora leaf spot caused by fungus Cercospora beticola is the most serious foliar disease of sugar beet in Poland. The disease has a large negative impact on yield and quality of crops. A wide range of physiological and morphological diversity of this species was described. For most Cercospora species, including C. beticola sexual stage was not found, despite of determinate two matting types within populations of isolates. The aim of the study was asses genetic diversity of C. beticola isolates collected from sugar beet producing area in Poland during 2007–2008. A genetic study was performed by RAPD methods. They indicate a high level of variability of tested isolates. There was no correlation between RAPD and ISSR profiles of isolates and their origin. The high level of genetic diversity can be connected with increasing of fungicide resistance of C. beticola isolates.
In the paper a comparative analysis of three genetic similarity assessement systems is presented. Genetic similarity of 12 Polish cultivars of Avena sativa L. was established based on RAPD and ISSR molecular markers and pedigree data. Mean cultivar similarity estimation based on ISSR markers was 0.933, and the one derived from RAPD was a little lower 0.912. The mean value of coefficient of parentage (COP) was considerably lower than molecular marker polimorphism-based genetic similarities and amounted to 0.142. The highest and significant correlation coefficient (0.66) was established between genetic similarities calculated from RAPD and ISSR molecular data. Coefficients of correlation between COP matrix and genetic similarity matrices derived from molecular markers were also significant. It allows a conclusion, that each method used in this studies can be apllied separately for genetic similarity assessement.
PL
W pracy przedstawiono analizę porównawczą trzech systemów oceny podobieństwa genetycznego. Podobieństwo genetyczne 12 polskich odmian owsa zwyczajnego oszacowano na podstawie polimorfizmu markerów molekularnych: RAPD i ISSR oraz w oparciu o dane rodowodowe odmian. Średnie podobieństwo odmian określone na podstawie markerów ISSR wyniosło 0,933, zaś oszacowane w oparciu o polimorfizm markerów RAPD było nieznacznie niższe i wyniosło 0,912. Wartość współczynników rodzicielstwa określonych na podstawie danych rodowodowych była zdecydowanie niższa, aniżeli oszacowana w oparciu o polimorfizm markerów molekularnych i wyniosła średnio 0,142. Najwyższą, statystycznie istotną korelację (0,66) zaobserwowano pomiędzy matrycami indeksów podobieństwa oszacowanymi w oparciu o polimorfizm markerów ISSR i RAPD. Korelacje pomiędzy matrycą uzyskaną na podstawie rodowodów oraz matrycami uzyskanymi w oparciu o markery molekularne również były istotne, co pozwala wnioskować, że każda z wymienionych metod może być stosowana oddzielnie do oceny podobieństwa genetycznego.
In present paper an analysis of genetic similarity of 14 A. sterilis accessions from Israel, Syria and Lebanon was conducted. Polymorphism of RAPD markers was studied. Selected primers produce 122 fragments out of which 93 were polymorphic and 19 were genotype-specific. RAPD-based genetic similarity was estimated between 0.441 (CN 20304 vs. CN 20322) and 0.775 (AVE 941 vs. PI 287211). The mean genetic similarity was calculated at 0.614. Genetic similarity matrix was applied for claster analysis through UPGMA method. Interspecific genetic diversity of Avena sterilis was higher than that evaluated on a base of molecular markers in previous studies with Avena sativa. The highest genetic similarity was estimated for accessions originating from Israel. The highest distance was noticed for accessions from Syria. Forms originating from Lebanon had a higher ressemblance to objects from Israel than those from Syria.
PL
W pracy przeprowadzono analizę podobieństwa genetycznego 14 form A. sterilis pochodzących z Izraela, Syrii i Libanu. W badaniach przeprowadzono analizę polimorfizmu markerów RAPD. Dla 18 wyselekcjonowanych starterów uzyskano 122 produkty, z których 93 były polimorficzne, zaś 19 było specyficznych dla pojedynczych obiektów. Określono podobieństwo genetyczne pomiędzy parami wszystkich badanych form. Średnie podobieństwo wyniosło 0,614 i wahało się od 0,441 pomiędzy CN 20304 i CN 20322 do 0,775 pomiędzy AVE 941 i PI 287211. Na podstawie matryc indeksów podobieństwa genetycznego wykonano analizę skupień metodą średnich połączeń UPGMA. Wewnątrzgatunkowe zróżnicowanie genetyczne Avena sterilis było wyższe, aniżeli stwierdzone we wcześniejszych badaniach u Avena sativa. Największym podobieństwem genetycznym charakteryzowały się formy pochodzące z Izraela, zaś największe zróżnicowanie stwierdzono wśród obiektów z Syrii. Formy z Libanu były bardziej podobne do obiektów z Izraela, aniżeli z Syrii.
Obiektem badań były rody mieszańcowe pokoleń F4-F5 Aegilops kotschyi BOISS. x Triticum aestivum L. odmiany Rusałka oraz BC1F2 (Ae. kotschyi Boiss. x T. aestivum L. odmiany Rusałka) x T. aestivum L. odmiany Begra. Elektroforeza glutenin HMW wykazała obecność prążka specyficznego dla Ae. kotschyi Boiss., a niewystępującego u pszenicy ‘Rusałka’ w przypadku większości mieszańców F4 Ae. kotschyi BOISS. x ‘Rusałka’, co potwierdziło ich mieszańcowy charakter. Obecność prążków specyficznych dla Ae. kotschyi Boiss. w mieszańcach F4 i F5 Ae. kotschyi Boiss. x ‘Rusałka’ oraz BC1F2 (Ae. kotschyi Boiss. x ‘Rusałka’) x ‘Begra’ potwierdzono również w wyniku elektroforezy produktów amplifikacji DNA uzyskanych metodą RAPD.
EN
The objects of the investigation were F4-F5 and BC1F2 Ae. kotschyi BOISS. with Triticum aestivum L. hybrid strains. Glutenin SDS-PAGE analysis showed the presence of marker bands of Ae. kotschyi Boiss. in the phenotypes of the F4 Ae. kotschyi BOISS. x ‘Rusałka’ hybrid strains, which confirmed their hybrid character. The presence in the genotypes of the F4 and F5 Ae. kotschyi Boiss. x ‘Rusałka’ and BC1F2 (Ae. kotschyi BOISS. x ‘Rusałka’) x ‘Begra’ hybrids specific Ae. kotschyi BOISS. markers was also confirmed by the RAPD method.
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.