Nowa wersja platformy, zawierająca wyłącznie zasoby pełnotekstowe, jest już dostępna.
Przejdź na https://bibliotekanauki.pl
Ograniczanie wyników
Czasopisma help
Lata help
Autorzy help
Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników

Znaleziono wyników: 36

Liczba wyników na stronie
first rewind previous Strona / 2 next fast forward last
Wyniki wyszukiwania
Wyszukiwano:
w słowach kluczowych:  RAPD marker
help Sortuj według:

help Ogranicz wyniki do:
first rewind previous Strona / 2 next fast forward last
EN
The present study was under taken in order to analyze the chemical mutagenesis on Chilli germplasm. In this regard, K1 variety of chilli was subjected to different mutagenic concentration for inducing mutagenesis. The M3 plants exposed to EMS and DES to produce clear difference from the untreated control, thus indicating that mutagenic treatment produce polymorphic regions in the chilli. For extraction of genomic DNA was adopted an improved protocol of CTAB method with slight modification. A total of ten primers were used to screen the polymorphism among the treated populations line tall, tall with chlorophyll deficient, leaf, flower, GMS and DNA damages in maturity mutants were analyzed with control. Out of ten primers, four primers (PGF02, PGF03, PGF04 AND OP107) were successfully amplified in all the samples used for this study. The successful primers were amplified in to 93 products showing an average of 9.3 bands.
EN
Arnica montana L. is one of the most important herbal plants used in medicine, pharmaceutical and cosmetic industry. The number of studies performed with molecular markers on arnica genotypes is very limited. Because of this fact the aims of presented examination were optimization of protocols DNA isolation from fresh leaves of A. montana and identification of genetic diversity among this plant genotypes. In presented study to obtain pure DNA Plant & Fungi DNA Purification Kit (EURx) were used. To clean obtained DNA long and slow electrophoresis and isolation DNA from gels were used. A. montana genotypes were analyzed using 40 RAPD primers (Operon Technologies), out of which 12 produced high number of polymorphic and repeatable fragments. In total, selected primers produced 120 fragments, among them 111 (92.5%) were polymorphic. The genetic similarity matrices were produced based on RAPD using the Dice’s coefficient. RAPD based genetic similarity was estimated between 0.535 and 0.945. The highest genetic similarity was estimated among GA17 and GA18 genotypes, which are closely located on the obtained dendrogramme.
PL
Arnica montana L. jest jedną z najcenniejszych roślin zielarskich wykorzystywanych w medycynie, farmacji i przemyśle kosmetycznym. W dostępnej literaturze liczba doniesień związanych z analizą molekularną arniki jest znikoma, dlatego też celem prezentowanych badań była optymalizacja procesu izolacji DNA ze świeżych liści oraz identyfikacja zróżnicowania genetycznego oparta na markerach RAPD. W prezentowanej pracy w celu uzyskania czystego DNA do izolacji wykorzystano zestaw DNA Plant & Fungi DNA Purification Kit (Euro) oraz oczyszczanie za pomocą długiej elektroforezy w żelu agarozowym. Spośród testowanych 40 starterów RPAD do analiz wybrano 12 generujących stabilne i polimorficzne wzory prążków. Wyselekcjonowane startery amplifikowały 120 fragmentów, spośród których 111 (92,5%) było polimorficznych. Wykorzystujac markery RAPD utworzono matryce podobieństwa genetycznego. średnia wartość podobieństwa analizowanych genotypów wynosiła 0.886. Najwyższy współczynnik podobieństwa genetycznego oszacowano pomiędzy genotypami GA17 i GA18, które ulokowały się blisko siebie na uzyskanym dendrogramie.
EN
Application of molecular markers makes the selection process much more effective. Marker assisted selection is an important tool for plant breeders to increase the efficiency of a breeding process, especially for multigenic traits, highly influenced by the environment. Epistasis is the interaction between alleles from two or more loci determining the complex traits, and thus plays an important role in the development of quantitative traits of crops. In this paper, the relationships between RAPD marker-by-marker interactions and 22 quantitative traits of caraway (Carum carvi L.) were analyzed. Significant associations of 116 epistatic markers with at least one trait in 2004 as well as 112 in 2005 were found on the basis of multivariate regression analysis. The proportion of total phenotypic variances of individual trait explained by the marker-by-marker interactions ranged from 25.3% to 96.0%.
EN
Isozymes were the first widely used molecular markers in plant population analysis. They yielded valuable information on the amount and the structure of genetic variability. DNA technology has provided new types of markers based on DNA sequence, which make it possible to study polymorphisms in a much greater proportion of the genome. This is the reason why the use of isozymes is less popular nowadays. This effect would be justified if all markers provided the same type of information on polymorphism and genetic relationships among populations; otherwise, it would be necessary to use different markers to obtain the complete picture of the genetic structure of populations and species. In this study, we compared data of isozyme and RAPD markers in the populations of two tetraploid species of wild oats: Avena barbata populations collected in Argentina, and Avena murphyi populations collected in Spain and Morocco. The samples were evaluated for 9 isozymatic systems and 10 primers. The structure of genetic variability was studied using Nei’s method, and the relationships between populations were estimated using Hedrick and Jaccard's similarities for isozymes and RAPDs, respectively. As expected, RAPDs were more polymorphic than isozymes, but the information obtained from both markers was weakly correlated. The various reasons for this observation are discussed, but our conclusion is that in order to study the structure of genetic variability, several types of markers should be used.
EN
The male-specific DNA markers are very useful in molecular sexing of non-flowering plants and seeds of dioecious species. In this paper we identified ten Y chromosome-specific RAPD primers suitable for identification of male plants in three Cannabaceae species with sex chromosomes (Humulus lupulus, XX/XY; H. japonicus, XX/ XY1Y2; Cannabis sativa, XX/XY). Basing on the nucleotide sequence of the OPJ-09 RAPD product we developed the HJY09 SCAR marker, which is very efficient in sexing of Japanese hop.
|
|
tom 18
|
nr 2
17-22
EN
RAPD and ISSR techniques were used in identification of 26 pear cultivars. As a result of reactions carried out with RAPD 25 primers, 103 polymorphic DNA frag­ments were obtained. The largest number of polymorphic dNa fragments (7-8) was produced in reactions with the following primers: OPT 15, OPG 16 and OPG 19. Identification of cultivars and rootstocks was achievable with the use of OPT 15, OPG 19 and OPU 07 primers. In the reactions performed with 22 ISSR primers, 135 markers of pear cultivars were obtained. The size of fragments varied from 280 to 1790 bp. The greatest number of polymorphic products (9) was obtained in the reac­tions with primers: 830, 840 and 844. Primers 840 and 844 enabled identification of all tested genotypes. Degree of DNA polymorphism was estimated at 56.3% (RAPD) and 71.5% (ISSR). Results of the research confirm the usefulness of both techniques in identifying pear cultivars.
PL
Grusza jest gatunkiem powszechnie uprawianym w klimacie umiarkowanym, a owoce jej są cenione przez konsumentów ze względu na walory smakowe. Produk­cja owoców gruszy wymaga umiejętności odróżniania odmian w szkółkach i w sa­dach. Ocena dokonywana na podstawie cech morfologicznych może być bardzo trud­na z powodu dużego podobieństwa w wyglądzie drzew i owoców, dlatego do precy­zyjnej identyfikacji genotypów stosuje się techniki biologii molekularnej. Celem pracy było odróżnienie 26 odmian gruszy z użyciem technik RAPD i ISSR przez określenie markerów DNA identyfikujących testowane odmiany. W wyniku przepro­wadzonych reakcji z 25 starterami RAPD otrzymano 103 polimorficzne fragmenty DNA. Najwięcej fragmentów polimorficznych (7-8) otrzymano w reakcjach ze starte­rami OPT 15, OPG 16 i OPG 19. Odróżnienie odmian i podkładek było możliwe przy użyciu starterów OPT 15, OPG 19, OPU 07. W reakcjach z 22 starterami ISSR uzy­skano 135 markerów odmian gruszy. Wielkość fragmentów wahałk się od 280 pz do 1790 pz. Najwi ęcej polimorficznych produktów (9) uzyskano w reakcjach ze starte­rami 830, 840 i 844. Użycie starterów 840 i 844 umożliwiło odróżnienie wszystkich testowanych genotypów. Stopień polimorfizmu DNA określono na poziomie 56,3% (RAPD) i 71,5% (ISSR). Wyniki badań potwierdzają przydatność obu technik do rozró żniania odmian gruszy.
EN
Hladnikia pastinacifolia Rchb., a narrow endemic, has an extremely restricted distribution in Trnovski gozd (Slovenia), despite the presence of many sites with suitable habitats. We compared the morphological traits of plants from different populations and habitats. The overall pattern showed that the smallest plants, with low fruit number, are found on Èaven (locus classicus or type locality); the largest individuals, with high fruit number, grow in the Golobnica gorge. As judged by plant size and seed set, the optimal habitats are screes. We used RAPD markers to estimate genetic variation between and within populations, as well as between and within the northern and the southern parts of the distribution area. Hladnikia showed only a low level of RAPD variability. AMOVA partitioned the majority of genetic diversity within selected populations. The low genetic differentiation between populations and their genetic depauperation indicates survival in situ, since the Trnovski gozd plateau most likely was a nunatak region in the southern Prealps during Pleistocene glaciations. Later range expansion of extant populations was limited by poor seed dispersal. We also analyzed the cpDNA trnL-F intergenic spacer to check whether the sequence is useful for studying the phylogenetic relationships of Hladnikia within the family Apiaceae (Umbelliferae). Our results support the assertion that H. pastinacifolia is an old taxon.
EN
Restocking and stock enhancement programs are now recognized as an important tool for the management of fishery resources. It is important, however, to have an adequate knowledge on the genetic population structure of both the released stock and the wild population before carrying out such programs. In this study, random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were applied to assess genetic diversity and population structure of wild and hatchery populations of the white seabream Diplodus sargus and the common two-banded seabream D. vulgaris (Sparidae). The estimated values for intrapopulation genetic variation, measured using the percentage of polymorphic loci (%P), Shannon index (H’), and Nei’s gene diversity (h), showed high values for all populations. The percentage of genetic variation within D. sargus and D. vulgaris populations, based on coefficient of gene differentiation, reached 82.5% and 90% of the total genetic variation, respectively. An undeniable decrease in genetic variation was found in both hatchery populations, particularly in D. sargus, compared to the wild ones. However, the high values of variation within all populations and the low levels of genetic variation among populations did not indicate inbreeding or depression effects, thus indicating a fairly proper hatchery management. Nevertheless, the results of this study highlight the importance of monitoring the genetic variation of hatchery populations, particularly those to be used in restocking programs. The creation of a genetic baseline database will contribute to a more efficient conservation management and to the design of genetically sustainable restocking programs.
EN
The aim of our study was to evaluate the genetic relationship of Rhododendrons from Rhododendron collection at Tomaszkowice in Pogórze Wielickie. Leaves and leaf buds of three evergreen Asiatic species: R. aureum, R. brachycarpum, R. purdomii, six cultivars from Catawbiense Hybridum group (R. catawbiense): Catharine van Tol, Nova Zembla, Album Novum, Boursoult, Old Port, Hachmann’s Charmant and one cultivar from Yakushimanum Hybridum group: Koichiro Wada were investigated. Two plants from each accession were analysed. DNA was isolated by Ziegenhagen and Scholz [1998] protocol, dedicated to the difficult species in terms of high quality DNA extraction. After isolation, DNA was amplified with 19 RAPD primers. We obtained 255 RAPD markers and worked out a dendrogram, which illustrated the level of genetic diversity among the tested plants. Our study confirmed a close relationship between rhododendrons from Catawbiense Hybridum group. Another group was constituted by R. aureum and R. purdomii. The third group consisted of R. brachycarpum and Koichiro Wada cv.
PL
Oceniono pokrewieństwa różaneczników otrzymanych z kolekcji w Tomaszkowicach na Pogórzu Wielickim. Badaniami objęto trzy zimozielone gatunki botaniczne pochodzące z kontynentu azjatyckiego: R. aureum, R. brachycarpum, R. purdomii, sześć odmian hodowlanych należących do grupy mieszańców R. catawbiense: Catharine van Tol, Nova Zembla, Album Novum, Boursoult, Old Port, Hachmann’s Charmant oraz jedną odmianę hodowlaną z grupy mieszańców R. yakushimanum: Koichiro Wada. Testowano po dwie rośliny z każdego obiektu. Do izolacji DNA zastosowano technikę opisaną przez Ziegenhagen i Scholz [1998], przeznaczoną dla gatunków, dla których szczególnie trudno jest uzyskać DNA zadowalającej jakości. Różaneczniki należą bowiem do gatunków trudnych pod względem izolacji DNA. Następnie prowadzono reakcje PCR. Przebadano 19 starterów RAPD, które pozwoliły na otrzymanie 255 markerów. Na podstawie uzyskanych wyników opracowano dendrogram, który odzwierciedlał stopień pokrewieństwa genetycznego testowanych roślin. Badania potwierdziły występowanie bliskich powiązań genetycznych między różanecznikami z grupy mieszańców katawbijskich. Dwie osobne grupy tworzyły R. aureum i R. purdomii oraz R. brachycarpum i odm. Koichiro Wada.
PL
Klasyczna ocena zmienności zasobów genetycznych uwzględnia cechy fenologiczne, morfologiczne i rozwojowe. Cechy te podlegają wpływom środowiska, stąd też oparte na nich wnioski mogą być mało precyzyjne. Dlatego do oceny zmienności wykorzystuje się również markery biochemiczne i molekularne. Spośród omawianych systemów (izoenzymy, RAPD, ISSR, AFLP, SSR, SNP, SSAP, IRAP, REMAP, RBIP) najczęściej stosowane są izoenzymy, RAPD, ISSR i SSR. Metody molekularne umożliwiają badanie zmienności genetycznej, wnioskowanie na temat filogenezy i pokrewieństwa gatunków oraz śledzenie zmian, jakie zachodzą w puli genowej w zależności od długości i sposobu przechowywania zasobów genetycznych. Markery znajdują powszechne zastosowanie w charakteryzowaniu kolekcji. Mogą być wykorzystywane w identyfikowaniu zduplikowanych obiektów i zanieczyszczeń kolekcyjnych, stanowiąc uzupełnienie klasycznej oceny zmienności. Markery wykorzystuje się także do oceny czystości linii zarówno w zasobach genowych, jak i odmian uprawnych zgłaszanych do badań rejestrowych. Metody molekularne stosowane są do tworzenia „core collection”, która pomimo ograniczonej liczby obiektów w stosunku do kolekcji wyjściowej reprezentuje szeroką zmienność i jest łatwiejsza w ocenie i wykorzystaniu. Selekcja hodowlana z wykorzystaniem markerów (MAS) stanowi cenne uzupełnienie w wyborze materiału kolekcyjnego do krzyżowań oraz w śledzeniu introgresji puli genowej z dzikiego materiału genetycznego do odmian uprawnych. Praca przedstawia przykłady literaturowe powyższych zastosowań markerów molekularnych w ocenie zmienności zasobów genetycznych.
EN
Traditional germplasm diversity assessment is based on phenological, morphological and developmental traits. Such estimations may be difficult due to environmental influences. Biochemical and molecular markers are proposed as a supplemental tool. Isoenzymes, RAPD, ISSR and SSR are the most often applied systems among others (AFLP, SNP, SSAP, IRAP, REMAP, RBIP). The markers are tools to estimate diversity, to study species phylogenesis and relationships, as well as to monitor changes occurring during germplasm conservation. Molecular markers are commonly used in collection characterization. In identifying duplicate accessions, they may play a deciding role, supplementing phenotypic assessments. Another advantage is the use of molecular markers in accessions homogeneity studies. This may imply to both germplasm accessions as well as cultivar registration. Furthermore marker methods are also used in core collection construction, which are easy to use and characterize due to the limited set of accessions representing wide genetic diversity of the initial collection. Marker assisted selection (MAS) is a valuable tool in choosing collected materiał for crosses as well as monitoring introgression of wide relatives to cultivars. The paper demonstrates literature examples of the above-mentioned molecular marker applications in the assessment of germplasm diversity.
PL
W pracy prezentowane są wstępne wyniki badań nad tworzeniem mapy genetycznej Salix, których podstawą jest populacja mapująca, składająca się z 70 mieszańców F1 wyprowadzonych z krzyżówki dwóch odmian szwedzkich: żeńskiej Tordis [(5. schwerinii x S. viminalis) x S. viminalis] i męskiej Torhild [(S. schwerinii x S. viminalis) x S. viminalis]. Zastosowano 32 startery RAPD i otrzymano łącznie 186 produktów amplifikacji, z czego 44,08% stanowiły produkty polimorficzne. Z uzyskanych 82 polimorficznych produktów, 45 wykazywało wymaganą segregację 1:1, a 28 z 45 spełniało dodatkowe kryterium obecności lub jej braku u jednej z form rodzicielskich mieszańców tworzących populację (pseudo testcross). Przeprowadzone z użyciem programu JoinMap®4.0 grupowanie wstępne pozwoliło na wyodrębnienie dwóch grup, zawierających odpowiednio 4 i 2 markery, zaś pozostałe markery spełniające kryteria mapowania wykazywały zbyt słaby stopień sprzężenia i nie zostały na tym etapie badań przyporządkowane do jakiejkolwiek grupy.
EN
The work describes preliminary results of the investigations on the construction of the genetic map of Salix. The basis of the investigations was a mapping population consisting of 70 F1 hybrids after the cross of two Swedish cultivars: female Tordis [(S. schwerinii x S. viminalis) x S. viminalis] and male Torhild [(S. schwerinii x S. viminalis) x S. viminalis]. 32 RAPD primers were applied and totally 186 amplification products were obtained, 44% of which were polymorphic. From the total of 82 polymorphic products, 45 showed the required segregation 1:1, and 28 from 45 met the additional requirements of the presence or lack of product in one of the parental form (the pseudo testcross). The preliminary grupping using JoinMap®4.0 software permitted to distinguish two groups, containing respectively 4 and 2 markers. The remaining markers complying the requirements of mapping showed the weak degree of linkage and at this stage of investigations they were not assigned to any group.
PL
W pracy przedstawiono wyniki badań nad przydatnością markerów RAPD w identyfikacji genotypów S. purpurea. Materiał roślinny stanowiło 14 genotypów z gatunku S. purpurea. Spośród 60 testowanych, do badań wybrano 38 oligonukleotydowych starterów, które generowały polimorficzne produkty amplifikacji o stabilnych i wyraźnych wzorach prążkowych. Uzyskano 169 produktów amplifikacji, wśród których zaobserwowano 9 specyficznych genotypowo fragmentów DNA. Każdy specyficzny genotypowo marker generowany był tylko u jednego genotypu S. purpurea. Za pomocą tych markerów można potwierdzić tożsamość 6 badanych genotypów S. purpurea. Wysoką użytecznością charakteryzowały się startery A-04 oraz В-06, po zastosowaniu których zaobserwowano odpowiednio 3 oraz 2 markery specyficzne. Genotypowe markery specyficzne zapewniają szybką i skuteczną identyfikację poszczególnych form i mogą być stosowane w wielu etapach tworzenia nowych odmian.
EN
The work contains results of the studies on usefulness of RAPD markers in the identification of genotypes of S. purpurea. The plant material comprised 14 genotypes of S. purpurea. The experiment involved 38 of 60 tested oligonucleotide primers generating polymorphic amplification products with stable and elear band patterns. From among a total number of 169 obtained amplification products, nine genotype-specific DNA fragments were noted, each observed in only a single S. purpurea genotype. These markers generate possibilities of confirmation of the identity of six investigated S. purpurea genotypes. Especially useful were A-04 and В-06 primers, which generated 3 and 2 specific markers, respectively. Genotype-specific markers could be a valuable tool in a rapid and effective identification of various forms and could be used in many stages of breeding new varieties.
first rewind previous Strona / 2 next fast forward last
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.