Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

Evaluation of available protein mass spectra pre-processing algorithms

100%

Marczyk M.

|

2011

|

tom Vol. 7, no. 2

25--30

EN

Analysis of the profiles of body fluids by MALDI – ToF mass spectrometry is a popular technique used for searching of protein biomarkers that have potential application in early detection and diagnose of a cancer. A typical strategy used in validation of new biomarkers involves two basic aspects. Predictive properties of discovered differing features must be proven by classification of patients and controls spectra. Then, these features must be connected to proteins / peptides present in the analysed samples. Therefore, most mass spectra pre-processing procedures are based on reducing dimensionality of the spectrum to only significant features (peaks), assuming that each peak corresponds to a single protein / peptide and its position in the m/z scale, and height carry direct information on the composition of the test substance. In the literature there are several different approaches of mass spectra pre-processing. But so far there are no standards for selection of techniques that are the most effective for this type of data. Only the pre-processing steps that should be done in order to extract the desired information from raw spectra are specified. This paper presents some algorithms that are compared on two levels. By the classification of real data sets differentiating potential of detected features was examined and the ability to reconstruct proteins / peptides in the test sample was checked. Since the composition of the specimen is not known, we used a virtual machine to generate artificial spectra. Despite many published studies, scientists searching for biomarkers, still encounter many serious problems. Existing methods for mass spectra pre-processing are very sensitive to changes in data collection protocols, or instrumentation. Identified biomarkers of cancer vary between different research groups. The key is to choose the appropriate settings of the methods used. Thus, there is a need to test new procedures and automate the tuning of parameters of existing algorithms. Our simulations showed, that Align and CWT algorithms eliminates false positive peaks efficiently and that Align is the most flexible for changes in signal quality from all studied mass spectra pre-processing packages.

2

Nasal carriage of various staphylococcal species in small ruminant lentivirus-infected asymptomatic goats

88%

Moroz A. , Szaluś-Jordanow O. , Czopowicz M. , Brodzik K. , Petroniec V. , Augustynowicz-Kopeć E. , Lutyńska A. , Roszczynko M. , Gołoś-Wójcicka A. , Korzeniowska-Kowal A. , Gamian A. , Mickiewicz M. , Frymus T. , Petelicka H. , Kaba J. , Moroz A. , Szaluś-Jordanow O. , Czopowicz M. , Brodzik K. , Petroniec V. , Augustynowicz-Kopeć E. , Lutyńska A. , Roszczynko M. , Gołoś-Wójcicka A. , Korzeniowska-Kowal A. , Gamian A. , Mickiewicz M. , Frymus T. , Petelicka H. , Kaba J.

|

nr 2

3

Gwieździsty poli(tlenek propylenu) jako materiał czuły na promieniowanie rentgenowskie

71%

Swinarew A. S. , Łężniak M. , Gabor J. , Flak T. , Kubik K. , Okła H. , Bielicka A. , Kwaśniewska A. , Guia A. , Swinarew B.

Przetwórstwo Tworzyw

|

2018

|

tom T. 24, Nr 1 (181)

69--85

PL

Aparatura wykorzystywana w teleradioterapii oraz obrazowaniu, wraz z postępem technologicznym, staje się coraz bardziej precyzyjna, jednak niezależnie od stopnia zaawansowania aparatury pomiarowej, przed napromieniowaniem obszarów nowotworowych pacjenta dokonuje się szeregu symulacji rozkładu dawki promieniowania. Nowe generacje dozymetrów żelowych pozwalają na coraz dokładniejszą ocenę zaabsorbowanych dawek oraz przestrzennego rozkładu promieniowania, co jest bardzo ważnym etapem w radioterapii, gdyż pozwala na efektywniejsze naświetlenie obszarów nowotworowych promieniowaniem jonizującym, minimalizując jednocześnie obszar naświetlania zdrowych tkanek. Celem pracy było otrzymanie poli(tlenku propylenu) jako dozymetru żelowego, jego charakterystyka pod kątem procesów sieciowania oraz degradacji i analiza jakościowa powstałych produktów reakcji chemicznych wywołanych promieniowaniem jonizującym. Do badań wykorzystano gwiaździsty poli(tlenek propylenu) przed oraz po napromieniowaniu. Próbką referencyjną był poli(tlenek propylenu) nie poddany ekspozycji na żaden rodzaj promieniowania w tym promieniowania rentgenowskiego. W celu określenia stopnia usieciowania, degradacji polimeru wykorzystano technikę chromatografii żelowej, na podstawie której określono średnie masy cząsteczkowe. Do jakościowej analizy produktów wytworzonych w skutek napromieniowania wykorzystano technikę FTIR/ATR. Określenie grup funkcyjnych badanego polimeru pozwoliło na ocenę zmian chemicznych jakie wystąpiły poprzez napromieniowanie.

EN

Equipment used in teleradiotherapy and imaging along with technological progress becomes more and more precise, however, irrespective of the degree of advancement of the measuring apparatus, before the radiation of the tumor areas of the patient, a series of simulations of the radiation dose distribution is performed. New generations of gel dosimeters allow more accurate assessment of dose absorbed, and the spatial distribution of radiation, which is a very important stage in radiotherapy because it allows effective exposure of the tumor areas with ionizing radiation while minimizing the irradiation of healthy tissue area. The aim of the study was to obtain polypropylene oxide as a gel dosimeter and to characterize crosslinking and degradation processes, qualitative analysis of chemical reaction products generated by ionizing radiation. The study used a poly (propylene oxide) before and after irradiation. The reference sample was poly (propylene), not exposed to any type of radiation, including X-rays. To determine the degree of crosslinking, degradation of the polymer in the technique of gel permeation chromatography was used, based on which the average molecular weights were determined. FTIR / ATR technique was used for the qualitative analysis of irradiated products. Determination of the functional groups of the examined polymer allowed the assessment of the chemical changes that had occurred by irradiation.

4

Cationic oligomerization of &alfa;-hydroxy-?-butyrolactone

63%

Bednarek M.

|

2008

|

tom T. 53, nr 5

377-383

EN

Cationic polymerization of 5-membered cyclic ester &alfa;-hydroxy-?-butyrolactone (BL-OH) proceeds according to activated monomer (AM) mechanism and leads to low molecular weight polymers. Elimination of water from growing macromolecules occurs during the polymerization process. The extent of dehydration depends on the catalyst and is the lowest in the case of scandium triflate [(CF3SO3)3Sc] catalyst. Spontaneous polymerization of BL-OH, occurring during vacuum distillation, leads to the oligomeric product without dehydration.

PL

Kationowa polimeryzacja 5-członowego cyklicznego estru &alfa;-hydroksy-?-butyrolaktonu (BL-OH) zachodzi według mechanizmu aktywowanego monomeru (AM) i prowadzi do produktów o niewielkich ciężarach cząsteczkowych (tabela 1). W wyniku analizy produktów polimeryzacji metodą MALDI-TOF (rys. 1) stwierdzono, że w trakcie polimeryzacji prowadzonej w obecności kwasów protonowych lub w obecności kwasów Lewisa zachodzą reakcje odwodnienia prowadzące m.in. do powstawania wiązań podwójnych. Udział reakcji odwodnienia zależy od użytego katalizatora i jest najmniejszy w przypadku polimeryzacji katalizowanej za pomocą triftanalu skandu [(CF3SO3)3Sc] prowadzonej w temperaturze 40°C (rys. 3). Stwierdzono, że podczas destylacji próżniowej BL-OH zachodzi spontaniczna polimeryzacja monomeru bez udziału reakcji odwodnienia (rys. 2).

5

Aktualne spojrzenie na salmonellozę w Polsce i na świecie

63%

Pawlak A. , Dudek B.

|

tom nr 11-12

39--43

PL

Salmonellozy są najczęstszą przyczyną zatruć pokarmowych na świecie. Mimo wciąż rozwijających się metod diagnostycznych, liczba rejestrowanych przypadków zakażeń spowodowanych przez pałeczki Salmonella jest mocno niedoszacowana. Ważną grupą salmonelloz jest RAS, czyli zakażenia powstałe u ludzi w wyniku kontaktu z gadami. RAS często przechodzi w zakażenie uogólnione, mogące prowadzić do śmierci.

EN

Salmonellosis is the major cause of food poisoning all over the word. Despite the increasing development of diagnostic methods, the number of reported cases of Salmonella infections is highly underestimated. Reptile associated salmonellosis is very important group of those infections occurring in people. RAS can lead to septicemia and cause death.

6

Maldi – metoda do zastosowań w analizie strukturalnej polimerów

63%

Swinarew B. , Swinarew A. S.

|

tom [Z] 68, 7-8

645--660

EN

Polymers as one of the fastest growing groups of widespread use of synthetic materials are characterized by a great diversity of structures. Structural characterization of polymers generally includes: an assessment of the average molecular weight (Mn) and the molar mass distribution (PD) to determine the structure of repeating units (mers) sequence analysis of the copolymer, identification of the end groups, the detection and identification of contaminants and substances present in the composition of the polymer asa dopant. Modern mass spectrometry (MS) offers the opportunity to study the smallest structural details of macromolecular materials [1–10]. Because of the variety of potential structures of polymer analysis process is to answer a few questions by a certain pattern. The first step is to determine the chemical structure of the polymer backbone. The second step is to identify whether the chains have branching points and define the degree of branching. The third important step is to correct end groups identification, also for the detection of cyclic oligomers that can be present. The structural studies can be made by mass spectrometer using reflectron mode. In the essence, the method involves three steps. The first analysis is performed with standard mass spectrum of the sample. Then the precursor ion (parent ion) is selected, which is subjected to further analysis by MS changed voltages and reflectron mode. This paper aims to present the issues related to the detailed analysis and characterization of polymeric materials produced on a large scale. Before, for materials such as poly(propylene), poly(ethylene), poly(styrene), polycarbonate, etc., increasing demands on the mechanical and technological parameters were placed. Maintaining a high level of products is associated with a very rigorous process control of the manufacturing, processing and transportation at every stage. The optimal tool for the structural characteristics of these polymeric materials is the defense technique MALDI-TOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time- -Of-Flight Mass Spectrometer) due to its versatility, speed and extremely high precision. Below, we present some aspects of MALDI MS analysis of polymeric materials and composites. Note, that the following literature review focuses on the recent developments in the field of preparation of the samples, to achieve high mass resolution, the identification of polymers and copolymers, the accuracy of the molar mass determination and the identification of functional end groups, sequence analysis of the copolymer.

7

Analiza syntetycznych polimerów biodegradowalnych metodą spekrometrii mas z udziałem matrycy (MALDI-TOF) kontra pomiary za pomocą wzmocnienia laserowej desorpcji/jonizacji (ELDI-TOF) z wykorzystaniem parylenu

54%

Miksa B. , Potrzebowski M. J.

|

tom [R.] 20, nr 1 (157)

50--55

PL

Metody spekrometrii mas w tym MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) umożliwiają analizę mas cząsteczkowych polimerów syntetycznych (w tym biodegradowalnych) przez dobranie matrycy ułatwiającej ich jonizację lub jak w przypadku ELDI (enhanced laser desorption/ionization) w wyniku zastosowania modyfikowanej powierzchni ułatwiającej jonizację próbek. Ciecze jonowe będące solami N,N-diizopropyloetyloaminy (DEA) oraz kwasów: 2,5-dihydroksybenzoesowego (DHB), 3-indoloakrylowego (IAA) oraz 2-(4-hydroxyfenylazo)benzoesowego (HABA) znalazły zastosowanie jako matryce jonowe do wyznaczania ciężarów cząsteczkowych polilaktydów o Mw ≥ 4000 metodą MALDI-TOF. Polimery o niskich masach molowych ≤ 2000 mogą być łatwo analizowane bez udziału matrycy na powierzchni płytki pokrytej parylenem-N (poli(p-ksylylenem), PPX), który ułatwia proces laserowej desorpcji/jonizacji próbki (LDI) eliminując sygnały pochodzące od matrycy, zakłócające analizę widma masowego związków o niskich - zbliżonych do matrycy ciężarach cząsteczkowych. Zastosowanie parylenu-N do pokrywania powierzchni płytek poddanych silnej energii lasera wywołującego jonizację analizowanej próbki, nie powoduje pojawienie się dodatkowych sygnałów wynikających z obecności parylenu w widmie masowym, zakłócających interpretację otrzymanych ciężarów cząsteczkowych polilaktydu.

EN

Mass spectrometry MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) enables spectral analysis of synthetic biodegradable polymers with the addition of ammonium salts using ionic matrices from N,N-diisopropylethylamine (DEA) and DHB (2,5-dihydroxybenzoic acid), IAA (3-indoleacrylic acid), and HABA (2-(4-hydroxyphenylazo) benzoic acid. However, the MALDI mass spectra of polymers of molecular mass up to 1000 Da are often heavily populated with peaks originating from the matrix and matrix secondary reaction products that introduce noise, making it difficult to interpret peaks in this region of the mass spectrum. Thus, polymers of molecular masses up to a few kDa can be analyzed, without the use of a matrix, by direct laser desorption/ionization (LDI). We used ELDI-TOF (enhanced laser desorption/ionization time-of-flight) for the rapid characterization of molecules directly from the support covered with a thin layer of parylen-N (poly(p-ksylylenes)). Hydrophobic parylen used as a support on the target plate influenced on decreasing the area size of the droplets, thus concentrating the spot including a sample of the polymer.