Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

Evaluation of a loop-mediated isothermal amplification technique for the rapid visual detection of Hepatozoon canis infection

100%

Singh M. D. , Singh H. , Singh N. K. , Singh N. K. , Sood N. K. , Rath S. S.

|

nr 1

2

An improved procedure of the metagenomic DNA extraction from saline soil, sediment and salt

100%

Kashi F. J.

|

tom 60

3

Using simply generated RAPD markers to distinguish between sweet cherry [Prunus avium L.] cultivars

100%

Lisek A. , Korbin M. , Rozpara E.

|

nr Suppl.1

4

Use of the rep-PCR technique for differentiating isolates of rhizobacteria

84%

Lisek A. , Sas Paszt L. , Oskiera M. , Trzcinski P. , Bogumil A. , Kulisiewicz A. , Malusa E.

|

nr 1

EN

In this study, the rep-PCR technique was used to differentiate isolates of bacteria belonging to genus Pseudomonas and phosphate-dissolving bacteria collected from the root vicinity of apple and sour cherry trees. DNA amplification was carried out with complementary primers for repetitive sequences: REP (repetitive extragenic palindromic sequence), ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus) and the BOX element. The most differentiated DNA profiles were observed when using REP1R-I and REP2-I primers, in reactions with which 25 different DNA patterns were obtained for 28 isolates. In reactions with the primers ERIC1R and ERIC2 or BOXA1R, 24 and 22 patterns were obtained, respectively. Following the use of all the primers, no differences were found in the DNA profiles of two isolates of Pseudomonas bacteria and three isolates of phosphate-dissolving bacteria. This result suggests that the isolates in which no DNA polymorphism was observed belong to the same bacterial strain.

PL

W pracy zastosowano technikę rep-PCR do odróżnienia izolatów bakterii Pseudomonas oraz bakterii rozpuszczających związki fosforu, pozyskanych z gleby ze strefy korzeniowej drzew jabłoni i wiśni. Amplifikację DNA wykonano z użyciem starterów komplementarnych do sekwencji powtarzalnych: REP (repetitive extragenic palindromic sequence), ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus) oraz elementu BOX. Najbardziej zróżnicowane profile DNA obserwowano używaj ąc starterów REP1R-I i REP2-I, w reakcjach z którymi uzyskano 25 wzorów DNA dla 28 izolatów. W reakcjach ze starterami ERIC1R i ERIC2 (24) oraz BOXA1R (22) otrzymano odpowiednio 24 i 22 wzory. Po zastosowaniu wszystkich starterów nie stwierdzono różnic w profilach DNA dwóch izolatów bakterii z rodzaju Pseudomonas oraz trzech izolatów bakterii rozpuszczaj ących związki fosforu. Wynik ten sugeruje, że izolaty, u których nie obserwowano polimorfizmu DNA, należą do tego samego szczepu bakterii.

5

The use reverse transcription and polymerase chain reaction [RT-PCR] for the detection of hop latent viroid [HLVd]

84%

Cajza M. , Wypijewski K. , Pospieszny H.

|

nr 1-2

EN

The simple method of nucleic acids extraction, based on guanidine thiocyanate extraction buffer, was sufficient for obtaining a good templates for RT-PCR. The RT-PCR reactions were performer from the start to the end (both the reverse transcription and the HLVd-cDNA amplification) in the same reaction mixture and in the very small volume of reaction (10 μI). Both pairs of primers designed by authors were good for reverse transcription and later for amplification of the HLVd-cDNA. The presence of gelatin as a stabilizer of DNA polymerase was indispensable for successful performance of RT-PCR.

PL

Wiroidy, najmniejsze obecnie znane patogeny roślin, zbudowane z pojedynczej nici kolistego RNA, nie zawierające w swej budowie i nie kodujące żadnych białek, są groźnymi patogenami roślin wyższych, rozpowszechnionymi we wszystkich rejonach świata, szczególnie w uprawach roślin rozmnażanych wegetatywnie. Wiroid latentny chmielu (ang. hop latent viroid - HLVd) został wykryty dopiero w 1988 roku w chmielu. Do tej pory odnotowano go w rejonach uprawy chmielu na całym świecie. Chmiel, jedyny znany żywiciel tego patogena, ulega tylko infekcjom utajonym (latentnym). HLVd powoduje zarówno spadek masy plonu szyszek jak i zawartości alfa-kwasów w szyszkach. Bezobjawowe infekcje oraz brak białek strukturalnych i innych produktów translacji powodują, że obecnie patogena tego można wykrywać tylko przy pomocy elektroforezy (metoda bardzo zawodna, wymagająca wysokiego stężenia RNA patogena w tkance), sond hybrydyzacyjnych i rozwijanej w ostatnich latach metody RT-PCR. Podczas opracowywania RT-PCR do wykrywania HLVd w ekstraktach kwasów nukleinowych wykorzystywano dwie pary primerów specyficznych dla sekwencji nukleotydowej HLVd, charakteryzujących się różnymi temperaturami topnienia produktu. Wiroida wykrywano w ekstraktach kwasów nukleinowych z blaszek liściowych i z ogonków liściowych chmielu. Uproszczona metoda guanidynowa do izolacji totalnych kwasów nukleinowych okazała się wystarczająca do przeprowadzenia reakcji RT-PCR. Opracowana metoda charakteryzowała się bardzo dużą czułością, specyficznością (produkty amplifikacji cDNA-HLVd uzyskiwano tylko z próbek materiału roślinnego pochodzącego z roślin zawierających tego wiroida) i szybkością wykonania (dwa dni łącznie z ekstrakcją kwasów nukleinowych). Ponadto w zastosowanej metodzie opracowano warunki do przeprowadzenia zarówno odwrotnej transkrypcji i następnie amplifikacji powstałego cDNA wiroida w jednej probówce, w tej samej mieszaninie reakcyjnej . Oprócz tego wszystkie reakcje RT-PCR prowadzono w bardzo małej objętości równej 10 μl (2 μl zawiesiny kwasów nukleinowych i 8 μl mieszaniny reakcji RT-PCR). Maksymalne uproszczenie metody, wielokrotne obniżenie kosztów reakcji oraz charakterystyczna dla RT-PCR czułość, specyficzność i szybkość przeprowadzenia testu sprawiają, że może być ona wykorzystywana do rutynowego wykrywania nie tylko HLVd ale również innych wiroidów, wirusoidów i wirusów RNA.

6

Genetic similarity of Polish Polygonatum species on the base of RAPD and ISJ markers

67%

Polok K. , Holdynski C. , Szczecinska M. , Sawicki J. , Zielinski R.

|

tom 72

7

Genetic variability in western European Lanularia [Hepaticae, Lunulariaceae]

67%

Boisselier-Dubayle M. C. , Chaldee M. , Guerin L. , Lambourdiere J. , Bischler H.

|

nr 1

8

Wykorzystanie markerów RAPD do identyfikacji odmian pszenżyta

59%

Milczarski P. , Banek-Tabor A. , Masojc P.

|

tom 218-219

261-267

PL

Celem badań była ocena możliwości wykorzystania techniki losowej amplifikacji polimorficznego DNA (RAPD) do identyfikacji 16 krajowych odmian pszenżyta ozimego. Poszukiwano polimorficznych fragmentów DNA testując 50 starterów o losowych sekwencjach. Do właściwych badań wybrano 17 starterów w obecności, których amplifikacji uległy sekwencje charakteryzujące się polimorfizmem i dużą stabilnością. Otrzymano 30 polimorficznych fragmentów DNA, różnicujących wszystkie badane odmiany. Markery RAPD wykorzystano do konstrukcji dendrogramu przedstawiającego relacje podobieństwa genetycznego między odmianami.

EN

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) was used to study fingerprints and genetic similarities among 16 Polish cultivars of winter triticale. Polymorphic DNA fragments were sought for by testing of 50 arbitrary primers. Final studies were carried out using 17 selected primers that allowed for amplification of the useful 30 RAPD markers. This set of markers produced fingerprints for all the studied triticale cultivars and constituted a basis for developing a dendrogram presenting genetic similarities among varieties.