Wyniki wyszukiwania - Biblioteka Nauki

1

Actinobacterial communities of chosen extreme habitats in China

100%

Jia P. , Li M. , Feng H. , Ma M. , Gai J. , Yang Z.

|

nr 3

2

Diversity and biogeography of picoplankton communities from the Straits of Malacca to the South China Sea

86%

Jiang Z.-Y. , Sun F.-L.

|

tom Vol. 49, No. 1

23--33

EN

Marine picoplankton, including prokaryotic and eukaryotic picoplankton, drive many biogeochemical processes, such as carbon, nitrogen and sulfur cycles, making them crucial to the marine ecosystem. Despite the fact that picoplankton is prevalent, its diversity and spatial distribution from the Straits of Malacca (SM) to the South China Sea (SCS) remain poorly investigated. This work explores the phylogenetic diversity and community structure of picoplankton in relation to environmental factors from the SM to the SCS. To this end, the Illumina MiSeq sequencing technique was applied to 16S and 18S rRNA genes. The results showed significant differences in the dynamics of picoplankton between the open sea and the strait region. Proteobacteria and Cyanobacteria constituted a larger part of the prokaryotic group. Within Cyanobacteria, the abundance of Prochlorococcus in the open sea was significantly higher than that of Synechococcus, while the opposite trend was observed in the strait. Dinoflagellata, Cnidaria, Retaria, Tunicata, and Arthropoda dominated among the eukaryotic taxa. High-throughput sequencing data indicated that salinity, temperature and NO2-N were the key factors determining the prokaryotic community structure, while temperature and dissolved oxygen determined the eukaryotic community structure in the studied region. The network analysis demonstrated that the cooperation and competition were also important factors affecting the picoplankton community.

3

Anaplasma phagocytophilum infection of red foxes [Vulpes vulpes]

72%

Karbowiak G. , Vichova B. , Majlathova V. , Hapunik J. , Pet'ko B.

|

nr 2

299-300

4

Proteolytic activity of Pseudomonas chlororaphis 5N isolated from rhizosphere soil

72%

Jankiewicz U. , Frak M.

|

tom 15

|

nr 4

5

The Application of PCR Reaction for Identification of MHB Bacteria Species

72%

Ząbkiewicz A. , Myga-Nowak M. , Bandurska K. , Paczyńska J. , Szybecka A. , Krupa P.

|

2014

|

tom Vol. 40, no. 2

115--122

EN

This study characterizes mycorrhiza helper bacteria (MHB) from selected unpolluted locations as well as subjected to industrial emissions. To determine the species of bacteria isolated from the roots of ectomycorrhizal pine and birch, a method based on the sequence analysis of a 16S rRNA gene was used. The isolated bacteria were initially characterized by available biochemical methods and phenotypic observation. On the selected bacteria representatives isolation of DNA was performed, on which the PCR reaction was carried out. In this way amplified samples were automatically sequenced and the obtained results were compared to public databases. Among the isolated bacteria Pseudomonas fluorescens SBW25 and Burkholderia xenovorans LB400 species were dominant.

PL

W pracy scharakteryzowano bakterie wspomagające mikoryzę pochodzące z wybranych terenów ekologicznie czystych oraz z terenów poddanych emisji przemysłowej. Przedstawiono wykorzystanie metody opartej na analizie sekwencji genu 16S rRNA do określenia przynależności gatunkowej bakterii wyizolowanych z korzeni ektomikoryzowych sosny i brzozy. Wyizolowane bakterie zostały wstępnie scharakteryzowane przy pomocy dostępnych metod biochemicznych i obserwacji fenotypowej. Dla wybranych przedstawicieli dokonano izolacji DNA, względem którego przeprowadzono reakcję PCR. Powielone w ten sposób próbki automatycznie zsekwencjonowano, a uzyskane sekwencje porównywano w ogólnodostępnych bazach danych. Wśród wyizolowanych bakterii dominowały gatunki Pseudomonas fluorescens SBW25 oraz Burkholderia xenovorans LB400.

6

Molecular Analysis of Microorganisms Responsible for the First Phase of Nitrification in an Anoxic Environment

58%

Ziembińska A. , Ciesielski S. , Raszka A. , Miksch K.

|

tom Vol. 37, no. 1

89-98

EN

Ammonia-oxidizing bacteria communities were evaluated in a completely mixed, laboratory scale membrane reactor (MBR) working under anoxic conditions for 5 months. The microorganisms in activated sludge were fed a synthetic medium containing 66-150 mg NH4 +-N/l. The age of the activated sludge in MBR was 50 days and the hydraulic retention time (HRT) was 3.3 days. The estimation of the diversity and complexity of the AOB community together with the identification of the dominant bacteria in the activated sludge under anoxic conditions were performed using denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and DNA sequencing. Molecular analysis of the microbial community carried out with two microbial molecular markers, 16S rRNA gene and amoA gene, suggested that nitrification was led by a Nitrosomonas-like species. In the biocenosis of the investigated bioreactor, oxygen was the crucial selective parameter. The results obtained in this work showed that amoA gene research is more suitable to study the stability and effectiveness of ammonia oxidation. This information emphasizes the necessity of the usage of molecular markers based on functional genes instead of ribosomal ones in order to present the actual state of the process performed in bioreactors. It was also stated that Nitrosomonas -like bacteria are able to perform nitritation even in anoxic environment, that is probably the reason why these bacteria are the most common AOB in different bioreactors.

PL

W eksperymencie badano grupę bakterii utleniających amoniak w bioreaktorze membranowym całkowitego wymieszania (MBR), pracującym w warunkach anoksycznych przez 5 miesięcy. Osad czynny zasilano pożywką syntetyczną, zawierającą 66-150 mg N-NH4 +/l. Wiek osadu wynosił 50 dni, a hydrauliczny czas zatrzymania - 3,3 dnia. Oszacowanie różnorodności i złożoności zbiorowiska bakterii utleniających amoniak oraz identyfikacja mikroorganizmów dominujących w badanym osadzie czynnym w warunkach anoksycznych została przeprowadzona metodą elektroforezy w gradiencie denaturacji (DGGE) i sekwencjonowania DNA. Analiza molekularna biocenozy, przeprowadzona z użyciem dwóch markerów molekularnych: genu kodującego 16S rRNA i genu kodującego monooksygenazę amonową (amoA), wykazała, że proces nitritacji był prowadzony przez gatunki bakterii z rodzaju Nitrosomonas. W biocenozie badanego bioreaktora stężenie tlenu było głównym parametrem selekcyjnym dla nitritatorów. W badaniach wykazano, że markerem molekularnym sprawdzającym się lepiej w monitoringu efektywności procesu nitryfikacji pierwszej fazy jest gen amoA. Te dane podkreślają, że w badaniach efektywności prowadzonego procesu zachodzącego w bioreaktorach, informacje uzyskiwane z markerów funkcjonalnych mają większą wartość niż uzyskane z markerów rybosomalnych. Stwierdzono również, że bakterie Nitrosomonas sp. są zdolne do prowadzenia nitritacji w warunkach anoksycznych i prawdopodobnie z tego powodu są najczęściej spotykaną bakterią utleniającą amoniak.