Nowa wersja platformy, zawierająca wyłącznie zasoby pełnotekstowe, jest już dostępna.
Przejdź na https://bibliotekanauki.pl
Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników

Znaleziono wyników: 25

Liczba wyników na stronie
first rewind previous Strona / 2 next fast forward last
Wyniki wyszukiwania
help Sortuj według:

help Ogranicz wyniki do:
first rewind previous Strona / 2 next fast forward last
4
Content available remote Phenol biodegradation by Pseudomonas putida PCM2153 [commun.]
63%
EN
Phenol degradation efficiency of Pseudomonas putida PCM2153 free cells was experimentally studied. Bacterial cells were acclimatized to phenol what relied on gradually increasing the phenol concentration in the medium. The highest phenol degradation rate was calculated as approximately 15.2 mgźdm-3źh-1. Investigated strain degraded the phenol at the concentration of 400 mgźdm-3 in 24 h. The result of toxicity analysis showed that acclimatized cells of P. putida PCM2153 are able to survive even at as high concentration of phenol as 3000 mgźdm-3. The obtained result suggests that the analyzed strain can be used for effective treating of high strength phenolic wastewater. Due to resistance of the strain to high phenol concentration it may be applied in bioremediation of exceedingly contaminated sites, especially where dilution of pollutants cannot be implemented.
PL
W doświadczeniu analizowano efektywność rozkładu fenolu przez szczep Pseudomonas putida PCM2135. Komórki bakteryjne zostały poddane adaptacji do wysokich stężeń fenolu, która polegała na stopniowym zwiększaniu jego stężenia w pożywce. Maksymalna szybkość rozkładu fenolu wyniosła 15,2 mgźdm-3źh-1. Badany szczep usunął 400 mg fenolu w ciągu 24 godzin. Przeprowadzone testy toksyczności wykazały, że zaadaptowane komórki P. putida PCM2153 są zdolne do przeżycia w roztworze fenolu nawet o stężeniu 3000 mgźdm-3. Uzyskane wyniki sugerują, że badany szczep może być wykorzystany do efektywnego oczyszczania ścieków charakteryzujących się wysokim stężeniem fenolu. W zawiązku z odpornością szczepu na wysokie stężenia fenolu, może on być wykorzystywany do bioremediacji terenów silnie zanieczyszczonych fenolem, gdzie rozcieńczanie zanieczyszczeń jest niemożliwe.
EN
DNA can be retrieved from preserved biological remains; this provides scientists with an opportunity to directly measure molecular evolution over large periods of time. This means that the taxonomic affinity of extinct taxa can be ascertained by studying archival material found at archaeological sites. This paper describes a molecular approach which was used to identify the taxonomical position of a fish whose bones came from an archaeological site in Wolin in northern Poland. Ancient DNA was successfully extracted, and a fragment of about 350 bp from the mitochondrial control region was amplified with PCR and sequenced. The molecular analysis based on ancient and modern sequences of the mitochondrial control region proved that the archival bone was a component of a Salmo trutta skeleton. However, the mtDNA sequence examined was more similar to the haplotype of trout from the Adriatic Sea basin than to fish inhabiting the waters of the southern Baltic Sea coast.
PL
Odkrycia poczynione w ciągu ostatnich kilkunastu lat dowodzą, że techniki genetyki molekularnej można wykorzystać nie tylko do poznawania współczesnej flory i fauny, ale również tego świata ożywionego, który dawno przeminął. Dysponując szczątkami wymarłych roślin i zwierząt można odzyskać i analizować zawarte w nich DNA, co pozwala między innymi poznać ich stanowisko systematyczne oraz powiązania filogenetyczne ze współcześnie żyjącymi gatunkami. W pracy przedstawiono podejście badawcze umożliwiające poznanie pozycji taksonomicznej ryby, której szczątki (rys. 1) odkryto na stanowisku archeologicznym zlokalizowanym na wyspie Wolin (rys. 2). Analizowano fragment szkieletu, który najprawdopodobniej należał do jednej z ryb łososiowatych. Zastosowane metody pozwoliły uzyskać sekwencję regionu kontrolujacego replikację i transkrypcję (CR) mitochondrialnego DNA (rys. 3). Przeprowadzona analiza filogenetyczna potwierdziła wcześniejsze przypuszczenia - badana kość rzeczywiście należała do ryby łososiowatej, dokładnie do troci, S. trutta. Do drugiego etapu analizy filogenetycznej włączono haplotypy mtDNA troci obecnie zasiedlających wody Polski oraz sekwencje charakterystyczne dla ryb pochodzących z innych części Europy (Suarez et al. 2001). Niespodziewanie okazało się, iż ryba, której szczątki pochodziły z wyspy Wolin była bliższa genetycznie troci złowionej w zlewisku Morza Adriatyckiego niż rybom zasiedlającym wody północnej Polski (rys. 4).
EN
Ammonia-oxidizing bacteria communities were evaluated in a completely mixed, laboratory scale membrane reactor (MBR) working under anoxic conditions for 5 months. The microorganisms in activated sludge were fed a synthetic medium containing 66-150 mg NH4 +-N/l. The age of the activated sludge in MBR was 50 days and the hydraulic retention time (HRT) was 3.3 days. The estimation of the diversity and complexity of the AOB community together with the identification of the dominant bacteria in the activated sludge under anoxic conditions were performed using denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and DNA sequencing. Molecular analysis of the microbial community carried out with two microbial molecular markers, 16S rRNA gene and amoA gene, suggested that nitrification was led by a Nitrosomonas-like species. In the biocenosis of the investigated bioreactor, oxygen was the crucial selective parameter. The results obtained in this work showed that amoA gene research is more suitable to study the stability and effectiveness of ammonia oxidation. This information emphasizes the necessity of the usage of molecular markers based on functional genes instead of ribosomal ones in order to present the actual state of the process performed in bioreactors. It was also stated that Nitrosomonas -like bacteria are able to perform nitritation even in anoxic environment, that is probably the reason why these bacteria are the most common AOB in different bioreactors.
PL
W eksperymencie badano grupę bakterii utleniających amoniak w bioreaktorze membranowym całkowitego wymieszania (MBR), pracującym w warunkach anoksycznych przez 5 miesięcy. Osad czynny zasilano pożywką syntetyczną, zawierającą 66-150 mg N-NH4 +/l. Wiek osadu wynosił 50 dni, a hydrauliczny czas zatrzymania - 3,3 dnia. Oszacowanie różnorodności i złożoności zbiorowiska bakterii utleniających amoniak oraz identyfikacja mikroorganizmów dominujących w badanym osadzie czynnym w warunkach anoksycznych została przeprowadzona metodą elektroforezy w gradiencie denaturacji (DGGE) i sekwencjonowania DNA. Analiza molekularna biocenozy, przeprowadzona z użyciem dwóch markerów molekularnych: genu kodującego 16S rRNA i genu kodującego monooksygenazę amonową (amoA), wykazała, że proces nitritacji był prowadzony przez gatunki bakterii z rodzaju Nitrosomonas. W biocenozie badanego bioreaktora stężenie tlenu było głównym parametrem selekcyjnym dla nitritatorów. W badaniach wykazano, że markerem molekularnym sprawdzającym się lepiej w monitoringu efektywności procesu nitryfikacji pierwszej fazy jest gen amoA. Te dane podkreślają, że w badaniach efektywności prowadzonego procesu zachodzącego w bioreaktorach, informacje uzyskiwane z markerów funkcjonalnych mają większą wartość niż uzyskane z markerów rybosomalnych. Stwierdzono również, że bakterie Nitrosomonas sp. są zdolne do prowadzenia nitritacji w warunkach anoksycznych i prawdopodobnie z tego powodu są najczęściej spotykaną bakterią utleniającą amoniak.
EN
Polyhydroxyalkanoates (PHAs) are natural polyesters that are synthesized by many bacteria as an intracellular carbon and energy compound. Medium-chain-length polyhydroxyalkanoates (mcl-PHAs) have gained much interest in research on microbial biopolymers because of their ease of chemical modification. Mcl-PHAs are naturally synthesized by Pseudomonas species by transformation of wide range of substrates. The physiological background of mcl-PHAs synthesis is known, and key genes engaged in this process are discovered already, but the knowledge about their molecular regulation is still limited. Especially, there is lack of information concerning the transcription termination of gene coding for PHA polymerase (phaC1). It is assumed that the main role could play Rho-independent termination, which is related to presence of palindromic sequences, which leads to formation of the hairpin structure and to dissociation of the ternary elongation complex (TEC). In this work, DNA sequences located after phaC1 gene belonging to nineteen Pseudomonas strains were investigated. Among all analyzed strains, five had palindromic sequences, typical for Rhoindependent terminators. Our results proved, that gene phaC1, coding for PHA polymerase, can be independently regulated only in some species.
EN
Nitritation, the first stage of ammonia removal process is known to be limiting for total process performance. Ammonia oxidizing bacteria (AOB) which perform this process are obligatory activated sludge habitants, a mixture consisting of Bacteria, Protozoa and Metazoa used for biological wastewater treatment. Due to this fact they are an interesting bacterial group, from both the technological and ecological point of view. AOB changeability and biodiversity analyses both in wastewater treatment plants and lab-scale reactors are performed on the basis of 16S rRNA gene sequences using PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) as a molecular biology tool. AOB researches are usually led with nested PCR. Because the application of nested PCR is laborious and time consuming, we have attempted to check the possibility of using only first PCR round to obtain DGGE fingerprinting of microbial communities. In this work we are comparing the nested and non-nested PCR-DGGE monitoring of an AOB community and presenting advantages and disadvantages of both methods used. The experiment revealed that PCR technique is a very sensitive tool for the amplification of even a minute amount of DNA sample. But in the case of nested-PCR, the sensitivity is higher and the template amount could be even smaller. The nested PCR-DGGE seems to be a better tool for AOB community monitoring and complexity research in activated sludge, despite shorter fragments of DNA amplification which seems to be a disadvantage in the case of bacteria identification. It is recommended that the sort of analysis approach should be chosen according to the aim of the study: nested-PCR-DGGE for community complexity analysis, while PCR-DGGE for identification of the dominant bacteria.
PL
Nitiritacja – pierwszy etap nitryfikacji, jest uznawany za krok limitujący przebieg całości procesu utleniania amoniaku. Bakterie utleniające amoniak (ang. ammonia oxidizing bacteria, AOB), które prowadzą ten proces są stałymi mieszkańcami osadu czynnego – mieszaniny bakterii, Protozoa i Metazoa, wykorzystywanych do biologicznego oczyszczania ścieków. Z tego powodu są one interesujące zarówno z punktu widzenia technologii, jak i ekologii mikroorganizmów. Analizy zmienności i bioróżnorodności bakterii utleniających amoniak, zarówno w oczyszczalni ścieków, jak i w reaktorach w skali laboratoryjnej, są prowadzone w oparciu o sekwencje genu kodującego 16S rRNA z użyciem metody biologii molekularnej, jaką jest PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Analizy te są zazwyczaj prowadzone techniką tzw. nested-PCR. Ze względu na fakt, że metoda ta wymaga większego nakładu pracy i czasu, niż tradycyjny jednoetapowy PCR (ang. non-nested PCR) podjęto próbę sprawdzenia możliwości zastosowania techniki jednoetapowego PCR do uzyskania wzorów prążkowych DGGE bakterii utleniających amoniak. W tej pracy zaprezentowano wyniki analizy PCR-DGGE z użyciem technik nested i non-nested PCR oraz podjęto próbę wykazania ich wad i zalet.
PL
Proponowana technika barwienia jest stosunkowo prosta i, co niezwykle ważne, cały proces począwszy od poboru prób a skończywszy na mikroskopowaniu, można przeprowadzić w ciągu niespełna godziny. Uzyskane wyniki sugerują, że technika barwienia przy pomocy Czerwieni Nilu może być wykorzystana do kontroli rozwoju błony biologicznej w warunkach oczyszczalni ścieków oraz do oceny osadu czynnego przez personel mający jedynie ogólną wiedzę biologiczną.
EN
Suggested dyeing technique is relatively simple and, which is essential, the whole process, starting from sample collection and finishing with microscope check, can be conducted in less than one hour. Obtained results suggest that the technique of dyeing with Nile Red can be used for controlling biological membrane development in sewage treatment plants and for evaluating active sludge by the personnel with only basic biological knowledge.
EN
Transcription levels of amoA mRNA and 16S rRNA during an aeration phase in SBR (sequencing batch rector) were analysed using reverse transcription PCR (RT-PCR) and a relationship between amoA mRNA expression in activated sludge and changes in nitrogen compounds concentrations was examined. Expression of amoA gene reached a detectable level two hours after a beginning of the aeration phase and did not disappear until its end. Lack of detectable amoA expression at the beginning of the aeration phase was in agreement with nitrite concentration decrease. Gradual increase in amoA transcripts level observed during next hours indicated a rise in ammonia-oxidising bacteria activity, a detectable change in nitrite concentration was observed 2 h after the RT-PCR signal was provided for the first time. Changes in 16S rRNA transcription level indicated that metabolic activity of the activated sludge bacterial community increased gradually during the aeration phase.
PL
W pracy badano, z wykorzystaniem techniki Reverse-Transcription-PCR (RT-PCR), poziom transkrypcji mRNA genów amoA oraz 16S rRNA podczas fazy napowietrzania w reaktorze SBR. Określono zależność między ekspresją mRNA genu amoA w osadzie czynnym a zmianami stężenia związków azotu w reaktorze. Ekspresję genu amoA po raz pierwszy stwierdzono 2 h po rozpoczęciu napowietrzania, i nie zanikła ona aż do końca fazy napowietrzania. Brak ekspresji genu amoA na początku fazy napowietrzania pokrywał się ze spadkiem stężenia azotu azotanowego (III) w reaktorze. Stopniowy wzrost ilości transkryptów genu amoA, obserwowany w kolejnych godzinach fazy napowietrzania, wskazywał na zwiększanie aktywności bakterii utleniających amoniak. Wzrost stężenia azotu azotanowego (III) stwierdzono od ok. 5. h fazy napowietrzania. Zmiany w transkrypcji 16S rRNA wskazywały, że aktywność metaboliczna zbiorowisk mikroorganizmów osadu czynnego ulegała stopniowemu zwiększaniu w fazie napowietrzania.
EN
Genetic relatedness between Baltic Sea sturgeon (Acipenser sturio L.) specimens caught in different geographic areas is not clear. According to previous studies, fish captured in different locations within the historic area of A. sturio habitation are genetically different to each other. We have examined a fragment (191 base pairs) of mitochondrial cytochrome b gene of four specimens of A. sturio found in Poland: three fish were preserved in museums of natural history and the bone of one fish was from an archaeological site. DNA sequences of the three museum samples were identical, whereas the DNA sequence of the archaeological sample differed in the 918 position of the cytochrome b gene. All the analyzed DNA fragments were similar to those of Acipenser baeri and genetically distant to Acipenser sturio and A. oxyrinchus.
EN
This study compares the diversity of methanogenic Archaeal communities that developed during biogas production in reactors fed with different substrates. Reactor I was fed with silages of maize and of alfalfa and timothy; and Reactor II was fed with these silages plus pig slurry and glycerol as co substrates. The Archaeal community structure was studied using polymerase chain reaction––denaturing gradient gel electrophoresis based on the 16S rRNA gene. In both reactors, Methanosphaerula palustris was most abundant, and species belonging to Methanolinea, Methanoculleus, and Methanotorris were present. Only Reactor I, where the ammonia concentration was lower, had species belonging to Methanospirillum and Methanosarcina. Thus, it appears that addition of pig slurry increased the ammonia concentration, which inhibited the growth of Methanospirillum and Methanosarcina.
EN
Polyhydroxyalkanoates (PHAs) are especially interesting because of their similar properties to synthetic plastics and their potential use as biodegradable polymers. Many strategies have been employed to effectively and economically produce PHAs, among them a production process based on mixed microbial populations, enriched from activated sludge could be one of the alternative technologies. Defining the bacterial species creating these anonymous populations is crucial for the improvement of cultivation strategy. Moreover, enriched bacterial populations could be a promising source for microbes, useful in many biotechnological projects. The main object of this study was to characterize the microorganisms creating the microbial consortium cultured towards PHAs production. After cultivation, bacteria were identified using the 16S rRNA gene sequencing approach. The presence of genes engaged in PHAs synthesis was detected using PCR. The performed analysis revealed that among eleven isolated bacterial strains, four possessed the ability of polyhydroxybutyrate synthesis.
EN
Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) belong to the group of recalcitrants that on reaching wastewater can irreversibly inhibit some sensitive biological processes in activated sludge such as nitrification. This situation leads to wastewater treatment failure due to the influence of these substances on bacteria responsible for important biochemical processes. Observation of the changes in bacterial diversity using molecular tools, such as denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), could be the first step in finding a way of preventing wastewater treatment failure. The aim of this experiment was to monitor bacterial biodiversity in a membrane bioreactor (MBR) dealing with synthetic wastewater contaminated with high concentration of petroleum organic compounds (POCs) and to study the influence of POCs contamination on bacterial changeability in activated sludge. COD removal in investigated membrane bioreactors was at a level of 93%. The organics removal efficiency was not affected by the maximal tested dose of petroleum contamination (1000 μl POCs/l of wastewater) and the MBRs wastewater treatment performance was undisturbed. DGGE analysis revealed that the biodiversity fluctuated slightly in control MBR, while in experimental MBR the biodiversity index decreased drastically after adding the highest experimental concentration of POCs. These results suggest that concentrations of POCs at levels from 50 μl/l to 500 μl/l stimulate biodiversity growth, while the concentration 1000 μl POCs/l of wastewater seems to inhibit the most sensitive processes in wastewater treatment by influencing the bacterial biocenosis.
PL
Substancje ropopochodne należą do grupy zanieczyszczeń, które, docierając do oczyszczalni ścieków, mogą zaburzać wrażliwe procesy biochemiczne, takie jak nitryfikacja. Taka sytuacja prowadzi do problemów z oczyszczaniem ścieków, ponieważ substancje te mogą wpływać na bakterie odpowiedzialne za podstawowe procesy biochemiczne. Obserwacja zmian różnorodności bakteryjnej w osadzie czynnym za pomocą narzędzi biologii molekularnej, takich jak elektroforeza w gradiencie denaturacji (DGGE), może być pierwszym krokiem w opracowaniu metody zapobiegania zaburzeniom procesu oczyszczania. Celem tej pracy był monitoring różnorodności bakteryjnej w osadzie czynnym bioreaktora membranowego usuwającego ścieki zanieczyszczone związkami ropopochodnymi i określenie wpływu tych związków na zmienność bakteryjną badanej biocenozy. Usunięcie związków organicznych wyrażonych wskaźnikiem zanieczyszczeń ChZT zarówno w kontrolnym, jak i eksperymentalnym bioreaktorze membranowym, wynosiło powyżej 93%. Najwyższe zastosowane stężenie związku zanieczyszczającego (frakcja P-30, próżniowy destylat ropy naftowej) wynosiło 1000 μl/l ścieków i nie miało wpływu na efektywność oczyszczania ścieków. Analiza wzorów prążkowych DGGE wykazała, że bioróżnorodność bakteryjna w bioreaktorze kontrolnym zmieniała się nieznacznie w trakcie trwania eksperymentu, podczas gdy w bioreaktorze eksperymentalnym spadła drastycznie po dodaniu dawki zanieczyszczającej o najwyższym stężeniu. Wyniki te sugerują, że stężenia modelowych związków ropopochodnych w zakresie 50 μl/l to 500 μl/l stymulują wzrost bioróżnorodności, podczas gdy zastosowanie zanieczyszczenia w stężeniu 1000 μl/l ścieków prawdopodobnie hamuje najbardziej wrażliwe procesy oczyszczania ścieków poprzez wpływ na biocenozę bakteryjną.
EN
The nucleotide sequence (223 bp) of the part of mitochondrial DNA (mtDNA) control region (CR) was determined in a formalin-preserved specimen of ripus, Coregonus albula infrasp. ladogensis. This fish, a representative of introduced coregonid stock that is now extinct in Poland, was caught in 1962 in Lake Radomno in northeastern Poland. The obtained CR sequence was compared to that of other coregonid species, such as European whitefish (C. lavaretus), vendace (C. albula), peled (C. peled) as well as North American lake cisco (C. artedi) and Arctic cisco (C. autumnalis). The results revealed that the ripus sequence was highly similar to that of both cisco species. Phylogenetic analysis with Bayesian inference placed the individual ripus sequence into the ciscoes' clade with a high clade credibility value ƒ(τ | CR) = 0.86. The results improve the knowledge of the taxonomic position of Coregonus albula infrasp. ladogensis, which occurs naturally in Lake Ladoga.
PL
W latach 60. ubiegłego wieku do niektórych jezior północnej Polski próbowano bez sukcesu wprowadzić ripusa ładoskiego (Coregonus albula infrasp. ladogensis). Z tamtego okresu pochodzi jedynie kilka muzealnych eksponatów tych ryb zakonserwowanych w formalinie. Porównanie sekwencji nukleotydowej fragmentu regionu regulacyjnego mtDNA ripusa (223 pary zasad) z jeziora Radomno, odłowionego w 1962 roku, z sekwencjami innych europejskich i północnoamerykańskich gatunków Coregoninae (tabela 1) udowodniło, iż ryba ta jest genetycznie znacznie bliższa północnoamerykańskim cisco (C. artedii C. autumnalis) niż rodzimym sielawom (C. albula) (rys. 1 i 2). Ponieważ obowiązująca nazwa Coregonus albula infrasp. ladogensis traktuje ripusa jako podgatunek sielawy, uzyskany w tej pracy wynik może mieć implikacje taksonomiczne.
EN
In the present study the bacterial community structure in a sequencing batch reactor (SBR) operating in autotrophic conditions was determined in relation to temporal variations of NH₄-N, NO₂-N, NO₃-N levels in the effluent. Bacterial richness and composition were determined by PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) of 16S rRNA and amoA genes, and RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis) technique. The applied approaches revealed that the composition of bacterial population in the studied SBR varied in time. A positive correlation between Shannon index of ammonia-oxidizing bacteria (AOB) diversity and ammonia level in the effluent was observed. The variation of total bacterial diversity did not reflect the changes in nitrification efficiency.
first rewind previous Strona / 2 next fast forward last
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.