Warianty tytułu
Comparison of Lactobacillus Identification Methods
Języki publikacji
Abstrakty
Szerokie zastosowanie bakterii kwasu mlekowego (LAB) w różnych gałęziach przemysłu spożywczego, w biotechnologii i w medycynie powoduje, że właściwa identyfikacja i ocena ich zróżnicowania wewnątrzgatunkowego jest bardzo istotna. Dobór odpowiednich technik molekularnych analizy powinien uwzględniać dużą dokładność, powtarzalność i typowalność metody. Celem pracy była ocena możliwości różnicowania 12 szczepów Lactobacillus przy użyciu metod powszechnie stosowanych w laboratoriach: sekwencjonowania genu 16S rDNA, genu pheS oraz MALDI-TOF MS. Na podstawie otrzymanych wyników analiz stwierdzono, że gen pheS w badanych szczepach charakteryzował się wysokim poziomem homologii (98 %) i niską siłą dyskryminacyjną. W dwóch niezależnych analizach MALDI-TOF MS uzyskano taki sam wynik dla 10 szczepów: siedmiu - L. brevis (DSM 6235, 102, 103, 489, 863, 975, 3/16/1), dwóch - L. plantarum (1178, 133) i jednego - L. curvatus 557. Po przeprowadzeniu analizy sekwencjonowania genu 16S rDNA wyniki potwierdziły się natomiast tylko w odniesieniu do pięciu szczepów (DSM 6235, 3/16/1 i 489) z dwunastu przebadanych. Porównanie wyników było podstawą do wnioskowania, że dla wybranych szczepów LAB największą wartość różnicującą miała analiza bazująca na sekwencjonowaniu genu 16S rDNA. (abstrakt oryginalny)
Lactic acid bacteria (LAB) are widely used in various sectors of food industry, in biotechnology and in medicine, therefore it is very important to properly identify them and to correctly assess their intraspecies differentiation. The selection of appropriate molecular analysis techniques should take into account the high accuracy, repeatability and typability of the method. The objective of the research study was to assess the possibility of differentiating 12 Lactobacillus strains with the use of techniques commonly applied in laboratories: the sequencing of the 16S rDNA gene, pheS gene and MALDI-TOF MS. Based on the analysis results obtained, it was found that in the tested strains the pheS gene was characterised by a high level of homology (98 %) and a low discriminant power. In the two independent MALDI-TOF MS analyses the same result was obtained for 10 strains: seven - L. brevis (DSM 6235, 102, 103, 489, 863, 975, 3/16/1), two - L. plantarum (1178, 133) and one - L. curvatus 557. After the performed sequencing analysis of the 16S rDNA gene the findings were con- firmed only in the case of five (DSM 6235, 3/16/1 and 489) of the twelve strains tested. The comparison of the results obtained made it possible to conclude that as for the selected LAB strains the highest differentiating value had the analysis based on the sequencing of the 16S rDNA gene. (original abstract)
Czasopismo
Rocznik
Numer
Strony
49-60
Opis fizyczny
Twórcy
autor
- Instytut Biotechnologii Przemysłu Rolno-Spożywczego im. prof. Wacława Dąbrowskiego - Państwowy Instytut Badawczy, Warszawa
autor
- Instytut Biotechnologii Przemysłu Rolno-Spożywczego im. prof. Wacława Dąbrowskiego - Państwowy Instytut Badawczy, Warszawa
Bibliografia
- [1] Akimowicz M., Bucka-Kolendo J.: MALDI-TOF MS - application in food microbiology. Acta Biochimica Polonica, 2020, (3) 67, 327-332.
- [2] Berg G., Rybakova D., Fischer D., Cernava T., Verges M.-C.C., Charles T., Chen X., Cocolin L., Eversole K., Corral G.H., Kazou M., Kinkel L., Lange L., Lima N., Loy A., Macklin J.A., Maguin E., Mauchline T., McClure R., Mitter B., Rayan M., Sarand I., Smidt H., Schelkle B., Roume H., Kira G.S., Selvin J., de Souza R.S.C., van Overbeek L., Singh B.K., Wagner M., Walsh M., Sessitsch A., Schloter M.: Microbiome definition re-visited: Old concepts and new challenges. Microbiome, 2020, 8,
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikatory
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.ekon-element-000171633114
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.