Frekwencja alleli minisatelitarnego markera MinLm1 w trzech kolekcjach chorobotwórczego grzyba Leptosphaeria maculans z terenu Polski

• Autorzy: Jedryczka M. , Stachowiak A. , Wesolowska I. , Irzykowski W.

Warianty tytułu

Frequency of the minisatellite marker MinLm1 in three collections of phytopathogenic fungus Leptosphaeria maculans from Poland

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Grzyb workowy Leptosphaeria maculans jest jednym z najgroźniejszych patogenów rzepaku na świecie, przyczyniających się do znacznych strat ekonomicznych. Poznanie sekwencji genomu L. maculans umożliwiło wyodrębnienie licznych sekwencji mini- (MinLm) i mikrosatelitarnych (Lema). Ustalenie zakresu zmienności tych sekwencji oraz frekwencji poszczególnych alleli umożliwia charakteryzowanie i porównywanie populacji L. maculans występujących w różnych latach i regionach geograficznych. Badania dotyczyły porównania frekwencji alleli minisatelitarnego markera MinLm1 w trzech kolekcjach izolatów L. maculans zgromadzonych na terenie Polski w latach 2000-2002 (kolekcja KBN, 94 izolaty), 2003-2004 (kolekcja SECURE, 186 izolatów) oraz 2005 (kolekcja WLKP, 24 izolaty). Udział poszczególnych alleli w danej populacji określono metodą PCR i rozdziału produktów w żelu agarozowym w obecności markerów wewnętrznych o znanej wielkości lub poprzez porównanie ze standardami o znanej wielkości i sekwencji DNA. W kolekcjach stwierdzono obecność siedmiu alleli (od 1x do 7x). Wykazano malejący udział allelu 2x, którego frekwencja co roku zmniejszała się średnio o ok. 8,5%, gdy tymczasem udział allelu 5x co roku średnio rósł o ok. 8%. W kolekcji z terenu Wielkopolski zebranej w 2005 roku stwierdzono jedynie 8,3% udział allelu 2x, który często występował w populacjach zgromadzonych w latach 2000-2004 i stanowił średnio 30,4% izolatów. Taki wynik sugeruje znaczne zmiany zachodzące w składzie populacji L. maculans porażającej rzepak w naszym kraju.

EN

The ascomycete fungus Leptosphaeria maculans is one of the most damaging pathogens of oilseed rape in the world, causing considerable economic losses. Recent sequencing of L. maculans genome allowed the detection of numerous sequences of mini- (MinLm) and microsatellites (Lema). The knowledge of the range of polymorphism and the frequency of particular alleles allows to characterize L. maculans populations from different years and geographic regions. The comparison of the frequency of MinLml minisatellite alleles done in this study concerned three L. maculans populations gathered from infected oilseed rape plants in 2000-2002 (KBN collection, 94 isolates), 2003-2004 (SECURE collection, 186 isolates) and 2005 (WLKP collection, 24 isolates). The percent of alleles in a particular population was calculated on the basis on PCR reaction followed by product separation in agarose gels, with internal size markers or comparison with the standards of the known size and DNA sequence. Seven alleles (from 1x to 7x) were found in the studied collections. The decreasing frequency of 2x allele was observed with the mean rate of 8.5% peryear, whereas 5x allele with increased frequency of 8% per year, on average. In the collection gathered from Wielkopolska region in 2005 allele 2x was found in only 8.3% isolates, contrary to the populations collected in the years 2000-2004, accounting for 30.4% of the isolates, on average. Such result suggests considerable changes in the population of L. maculans infecting oilseed rape in Poland.

Słowa kluczowe

PL

allele; biotechnologia; choroby roslin; frekwencja genow; grzyby chorobotworcze; kolekcje patogenow; Leptosphaeria maculans; marker MinLm1; markery minisatelitarne; sucha zgnilizna kapustnych; zmiennosc genetyczna

EN

allele; biotechnology; plant disease; gene frequency; pathogenic fungi; pathogen collection; Leptosphaeria maculans; MinLm1 marker; minisatellite marker; cabbage dry rot; genetic variability

• Wydawca: -
• Czasopismo: Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
• Rocznik: 2010
• Tom: 555
• Opis fizyczny: s.299-307,rys.,bibliogr.

Twórcy

autor

Jedryczka M.

• Instytut Genetyki Roślin, Polska Akademia Nauk, ul.Strzeszyńska 34, 60-479 Poznań

autor

Stachowiak A.

autor

Wesolowska I.

autor

Irzykowski W.

Bibliografia

• Attard A., Gourgues M., Gout L., Schmit J., Roux J., Narcy J.P., Balesdent M.H., Rouxel T. 2001. Molecular characterization and polymorphism of MinLm1, a minisatellite from the phytopathogenic ascomycete Leptosphaeria maculans. Current Genetics 40: 54-64.
• Eckert M., Gout L., Rouxel T., Blaise F., Jędryczka M., Fitt B., Balesdent M.H. 2005. Identification, molecular characterisation and polymorphism of five minisatellites in the phytopathogenic ascomycete Leptosphaeria maculans. Current Genetics 47: 37-48.
• Fitt B.D.L., Brun H., Barbetti M.J., Rimmer S.R. 2006. World-wide importance of phoma stem canker (Leptosphaeria maculans and L. biglobosa) on oilseed rape (Brassica napus). European Journal of Plant Pathology 114: 3-15.
• Horowitz H., Haber J.E. 1984. Subtelomeric regions of yeast chromosomes contain a 36-base pair tandemly repeated sequence. Nucleic Acid Research 12(18): 7105-7121.
• Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. 1985. Hypervariable ‘minisatellite’ regions in human DNA. Nature 314: 67-73.
• Jędryczka M. 2006. Epidemiologia i szkodliwość suchej zgnilizny kapustnych na rzepaku ozimym w Polsce. Rozprawy i Monografie 17, IGR PAN, Poznań: 25-26.
• Jędryczka M., Irzykowski W. 2009. Wpływ działania substancji aktywnych na skład gatunkowy i polimorfizm DNA grzybów rodzaju Leptosphaeria i Alternaria porażających rzepak. Materiały III Sympozjum Naukowego „Jakość środowiska, surowców i żywności”. Lublin, 30-31 III 2009: 182-183.
• Jędryczka M., Irzykowski W., Jajor E. 2009. Polimorfizm sekwencji MinLm2 chorobotwórczego grzyba Leptosphaeria maculans w populacji traktowanej i nie traktowanej metkonazolem. Postępy w Ochronie Roślin/Progress in Plant Protection 49(3): 1273-1277.
• Jędryczka M., Irzykowski W., Jajor E., Korbas M. 2010. Polymorphism of ten new minisatellite markers in subpopulations of phytopathogenic fungus Leptosphaeria maculans differing with metconazole treatment. Journal of Plant Protection Research 50(1): 124-130.
• Kühn M.L., Gout L., Howlett В.J., Melayah D., Meyer M., Balesdent M.H., Rouxel T. 2006. Genetic linkage maps and genomic organization in Leptosphaeria maculans. European Journal of Plant Pathology 114: 17-31.
• Stachowiak A. 2008. Genetyczna i molekularna charakterystyka populacji grzyba Leptosphaeria maculans występujących na terenie Europy. Praca doktorska, Instytut Genetyki Roślin PAN, Poznań: 87 ss.
• Vergnaud G., Denoeud F. 2000. Minisatellites: mutability and genome structure. Genome Research 10: 899-907.