EDB – baza danych rozkładów energii potencjalnej białek

• Autorzy: Mrozek, D. , Małysiak-Mrozek, B. , Kozielski, S. , Kral, K. , Moczała, M. , Oleś, Ł. , Suwała, T. , Szecówka, A.

Warianty tytułu

EN

EDB – energy distribution data bank

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Analiza cech strukturalnych i energetycznych białek może być kluczem do zrozumienia, w jaki sposób białka oddziaływają ze sobą w reakcjach komórkowych. Podczas badania złożonych procesów, w których uczestniczą białka, niezwykle pomocne mogą być rozkłady energii potencjalnej na poszczególnych atomach struktury. Baza Energy Distribution Data Bank (EDB, http://edb.aei.polsl.pl) przechowuje rozkłady energii różnych typów dla struktur białkowych pobranych ze znanej amerykańskiej bazy Protein Data Bank. W niniejszym artykule opisujemy cel zbudowanej przez nas bazy EDB, możliwe sposoby jej wykorzystania w badaniach naukowych, możliwości wyszukiwania właściwej informacji i plany dalszego rozwoju.

EN

The analysis of structural and energy features of proteins can be a key to understand how proteins work and interact to each other in cellular reŹactions. The distributions of energy over each atom in protein structures can be very supportive for the studies of the complex processes proteins are involved in. The Energy Distribution Data Bank (EDB, http://edb.aei.polsl.pl) stores a variety of energy distributions for protein molecular structures retrieved from the well-known Protein Data Bank. In the paper, we describe the purpose of the EDB, a possible use of the information stored in it, query possibilities, and plans for future development.

Słowa kluczowe

PL

bioinformatyka; struktura białka; białko; pole siłowe; profil energetyczny; baza danych; EDB

EN

bioinformatics; chemoinformatics; protein structure; force field; energy profile; database; EDB

• Czasopismo: Studia Informatica
• Rocznik: 2009
• Tom: Vol. 30, nr 2B
• Strony: 163-178
• Opis fizyczny: Bibliogr. 18 poz.

Twórcy

autor

Mrozek, D.

autor

Małysiak-Mrozek, B.

autor

Kozielski, S.

autor

Kral, K.

autor

Moczała, M.

autor

Oleś, Ł.

autor

Suwała, T.

autor

Szecówka, A.

• Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, 44-100 Gliwice, ul. Akademicka 16 tel. [phone],

Bibliografia

• 1. Branden C, Tooze J.: Introduction to Protein Structure. Garland 1991.
• 2. Allen J.P.: Biophysical Chemistry. Wiley-Blackwell 2008.
• 3. Cantor CR., Schimmel P.R.: Biophysical Chemistry. W.H. Freeman 1980.
• 4. Lodish H., Berk A., Zipursky S.L., et al.: Molecular Cell Biology. Fourth Edition. W. H. Freeman and Company, NY 2001.
• 5. Dickerson R.E., Geis I.: The Structure and Action of Proteins. 2nd ed. Benjamin/Cummings, Redwood City, Calif. Concise 1981.
• 6. Creighton T.E.: Proteins: Structures and molecular properties. 2nd ed. Freeman, San Francisco 1993.
• 7. Berridge M.J.: The Molecular Basis of Communication within the Cell. Scientific American, 1985, No. 253 (4), p. 142-152.
• 8. Burkert U., Allinger N.L.: Molecular Mechanics. American Chemical Society, Washington D.C. 1980.
• 9. Leach A.: Molecular Modelling: Principles and Applications. 2nd Edition. Pearson Education EMA, UK 2001.
• 10. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., et al.: The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res., 2000, No. 28, p. 235-242.
• 11. Mrozek D., Małysiak B.: Searching for Strong Structural Protein Similarities with EAST. Journal of Computer Assisted Mechanics and Engineering Sciences, 2007, No. 14, s. 681-693.
• 12. Małysiak B., Momot A., Kozielski S., Mrozek D.: On Using Energy Signatures in Protein Structure Similarity Searching. In: Rutkowski L., et al. (eds.) Artificial Intelligence and Soft Computing, LNAI, Springer, Heidelberg 2008, vol. 5097, s. 939-950.
• 13. Mrozek D., Małysiak B., Kozielski S.: Energy Profiles in Detection of Protein Structure Modifications, In: IEEE International Conference on Computing and Informatics, Kuala Lumpur 2006, s. 1-6.
• 14. Cornell W.D., Cieplak P., et al.: A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc., 1995, No. 117, s. 5179-5197.
• 15. Ponder J.: TINKER - Software Tools for Molecular Design, User's Guide. Dept. of Biochemistry & Molecular Biophysics, Washington University, School of Medicine, St. Louis 2001.
• 16. MacKerrell A.D. Jr., et al.: All-Atom Empirical Potential for Molecular Modeling and Dynamics Studies of Proteins. J. Phys. Chem. B, 1998, No. 102, s. 3586-3616.
• 17. Ponder J.W., Case D.A.: Force Fields for Protein Simulation. Adv. Prot. Chem., 2003, No. 66, s. 27-85.
• 18. Mrozek D., Mastej A., Małysiak B.: Protein Molecular Viewer for visualizing structures stored in the PDBML format. Advances in Soft Computing, vol. 47, Springer Verlag GmBH, 2008, s. 377-386.