Problemy izotermicznego sekwencjonowania przez hybrydyzację z informacją o powtórzeniach

• Autorzy: Formanowicz, P.

Warianty tytułu

EN

Isothermic sequencing by hybridization problems with information about repetitions

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W pracy przedstawiono formalne definicje różnych wariantów problemu izotermicznego sekwencjonowania przez hybrydyzację z dodatkową informacją o powtórzeniach. W większośći przypadków podano złożoność obliczeniową oraz sformuowano odpowiedniki grafowe rozważanych problemów.

EN

In the paper formal definitions of many variants of the isotherimc sequencing by hybridization problem with additional information about repetitions are presented. For most of the problems their computational complexity is determined and graph theoretical counterparts are also formulated.

Słowa kluczowe

PL

problemy kombinatoryczne; złożoność obliczeniowa; chip DNA; izotermiczne sekwencjonowanie; hybrydyzacja

EN

combinatorial problems; computational complexity; DNA chips; sothermic sequencing by hybridization

• Czasopismo: Przegląd Elektrotechniczny
• Rocznik: 2008
• Tom: R. 84, nr 9
• Strony: 103-107
• Opis fizyczny: Bibliogr. 7 poz., rys., wykr.

Twórcy

autor

Formanowicz, P.

• Politechnika Poznańska, Wydział Informatyki i Zarządzania,

Bibliografia

• [1] Bains W., Smith G.C., A novel method for nucleic acid sequence determination. Journal of Theoretical Biology, 135 *988), 303-307.
• [2] Błażewicz J., Formanowicz P., Kasprzak M., '/arkiewicz W.T., Sequencing by hybridization with sothermic oligonucleotide libraries, Discrete Applied Uathematics, 145 (2004), 40-51.
• [3] Błażewicz J., Kasprzak M., Computational complexity of sothermic DNA sequencing by hybridization. Discrete Applied Mathematics, 154 (2006), 718-729.
• [4] Formanowicz P., DNA sequencing by hybridization with additional information available. Computational Methods in Science and Technology, 11 (2005), 21-29.
• [5] Formanowicz P., Selected combinatorial aspects of biological seqeuence analysis. Wydawnictwo Politechniki Poznańskiej, Poznań, 2005.
• [6] Kasprzak M., An algorithm for isothermic DNA sequencing. Bulletin of the Polish Academy of Sciences - Technical Sciences, 52 (2004), 31-35.
• [7] Lysov Yu.P., Florentiev V.L., Khorlin A.A., Khrapko K.R., Shik V.V., Mirzabekov A.D., Determination of the nucleotide sequence of DNA using hybridization with oligonucleotides. A new method. Doklady Akademii Nauk SSSR, 303 (1988), 1508-1511.