The ligand database server

• Autorzy: Broniatowska, E. , Stępień, O. , Roterman, I.

Warianty tytułu

PL

Serwer bazy danych ligandów

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

The new database (library) of all smal molecules - ligands creating complexes with protein molecules deposited in the Protein Data Bank is provided. The library contains complete Chemical information for all ligands making possible calculations for the complex; e.g. the ground state electronic structure and partial charges, both calculated by quantum-chemical methods and non-bonding parameters. These properties of ligand molecule are important for computer simulation of protein-ligand interactions. The ligand library can be useful in designing the biochemical experiments such as identification of possible ligands for proteins or drug design in the sense of similarity search to natural ligand for potential competitive inhibitors. The server is freely available via website: www.bioinformatics.cm-uj.krakow.pl/ligands.

PL

Artykuł przedstawia nową bazę danych (bibliotekę) zawierającą ligandy - molekuły tworzące naturalne kompleksy z białkami, zebranymi w bazie Protein Data Bank (PDB). Prezentowana biblioteka zawiera pełną charakterystykę liganda, niezbędną w symulacjach komputerowych kompleksów białko-ligand, np.: ładunki cząstkowe, parametry niewiążące van der Waalsa oraz parametry potencjału torsyjnego. Informacje zawarte w bazie mogą być również wykorzystane w opracowywaniu biochemicznych eksperymentów, takich jak identyfikacja możliwych ligandów białek czy projektowanie leków, przez podobieństwo do naturalnych ligandów, jako potencjalnych inhibitorów kompetycyjnych. Baza jest dostępna na stronie internetowej: www.bioinforma-tics.cm-uj.krakow.pl/ligands.

Słowa kluczowe

PL

kompleks białko-ligand; ładunki cząstkowe; optymalna struktura elektronowa molekuły; obliczenia kwantowo-mechaniczne

EN

protein-ligand complex; partial charges; optimal electronic structure of molecule; quantum mechanical calculation

• Czasopismo: Bio-Algorithms and Med-Systems
• Rocznik: 2006
• Tom: Vol. 2, no. 4
• Strony: 21--24
• Opis fizyczny: Bibliogr. 10 poz., rys.

Twórcy

autor

Broniatowska, E.

• Department of Bioinformatics and Telemedicine - Collegium Medicum - Jagiellonian University Kopernika 7E, 31-530 Cracow, Poland

autor

Stępień, O.

• Jagiellonian University, Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Reymonta 4, 30-059 Cracow, Poland

autor

Roterman, I.

• Department of Bioinformatics and Telemedicine - Collegium Medicum - Jagiellonian University Kopernika 7E, 31-530 Cracow, Poland

Bibliografia

• 1. www.rcsb.org
• 2. http://ligand-depot.rutgers.edu
• 3. Gaussian 03, Revision C.02, Frisch M. J., Trucks G. W., Schlegel H. B., Scuseria G. E., Robb M. A., Cheeseman J. R., Montgomery Jr. J. A., Vreven T., Kudin K. N., Burant J. C, Millam J. M., lyengar S. S., Tomasi J., Barone V., Mennucci B., Cossi M., Scalmani G., Rega N., Petersson G. A., Nakatsuji H., Hada M., Ehara M., Toyota K., Fukuda R., Hasegawa J., Ishida M., Nakajima T., Honda Y., Kitao O., Nakai H., Klene M., Li X., Knox J. E., Hratchian H. R, Cross J. B., Bakken V., Adamo C, Jaramillo J., Gomperts R., Stratmann R. E., Yazyev O., Austin A. J., Cammi R., Pomelli C, Ochterski J. W., Ayala P. Y, Morokuma K., Voth G. A., Salvador P., Dannenberg J. J., Zakrzewski V. G., Dapprich S., Daniels A. D., Strain M. C, Farkas O., Malick D. K., Rabuck A. D., Raghavachari K., Foresman J. B., Ortiz J. V., Cui Q., Baboul A. G., Clifford S., Cioslowski J., Stefanov B. B., Liu G., Liashenko A., Piskorz R, Komaromi I., Martin R. L, Fox D. J., Keith T., Al-Laham M. A., Peng C. Y, Nanayakkara A., Challacombe M., Gili P. M. W., Johnson B., Chen W., Wong M. W., Gonzalez C, and Pople J. A., Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.
• 4. Mulliken R. S. (1955) Electronic Population Analysis on LCAO-MO Molecular Wave Functions.l, J. Chem. Phys. 23, 1833-1840; (1955) Electronic Population Analysis on LCAO-MO Molecular Wave Functions.il. Oerlap Populations, Bond Orders, and Covalent Bond Energies. J. Chem. Phys. 23,1841-1846.
• 5. Breneman C. M., Wiberg K. B., (1990) Determining Atom-Centered Monopoles Conformational Analysis. J. Comp. Chem. 11,361-373.
• 6. Hahn J., Michel-Beyerle M. E., Rósch N. (1998) Conformation of the Flavin-Adenine Dinucleotide Cofactor FAD in DNA-Photolyase: A Molecular Dynamics Study. J. Mol. Model. 4, 73-82
• 7. Hirshfeld F. L. (1977), Bonded-atom Fragments for Describing Molecular Charge Densities. Theo. Chim. Acta 44, 129-138.
• 8. te Velde G., Bickelhaupt F. M., van Gisbergen S. J. A., Fonseca Guerra C, Baerends E. J., Snijders J. G., Ziegler T. (2001) Chemistry with ADF, J. Comput. Chem. 22,931-967; Fonseca Guerra C, Snijders J. G., te Velde G., and Baerends E. J. (1998) Towards an order-W DFT method Theor. Chem. Acc.99, 391-403; ADF2006.01, SCM, Theoretical Chemistry, Vrije Universiteit, Amsterdam, The Netherlands, http://www.scm.com.
• 9. Roterman I. K., Gibson K. D., Scheraga H. A., (1989) A comparison of the CHARMM, AMBER and ECEPP potentials for peptides. I. Conformational predictions for the tandemly repeated peptide (Asn-Ala-Asn-Pro) 9, J. Biomolec. Structure & Dynamics, 7, 391-419.
• 10. Roterman I. K., Lambert M. H., Gibson K. D., Scheraga H. A. (1989) A comparison of the CHARMM, AMBER and ECEPP potentials for peptides. II. ø-φ maps for N-acetyl alanine N'-methyl amide: comparisons, contrasts and simple experimental tests, J. Biomolec. Structure & Dynamics, 7, 421-453.