Analysis of expression of GAPDH gene in Solanum lycopersicum L. infected with Tomato torrado virus (ToTV)

• Autorzy: Wieczorek P. , Budziszewska M. , Obrepalska-Steplowska A.

Warianty tytułu

PL

Analiza ekspresji genu GAPDH w Solanum lycopersicum L. podczas infekcji wirusem nekrozy pomidora - ToTV

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

EN

Real-time PCR (polymerase chain reaction) is a method commonly used for analysis of genes expression. However, accurate interpretation of real-time PCR results needs additional normalization step, where the expression level of analyzed gene is corrected to the actual amount of total RNA taken for the analysis. As a normalizer any gene can be used, provided its expression is stable during the experiment. GAPDH (glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase) is one of candidates that might be used as a reference gene for normalization of real-time PCR. Here we indicated a high identity of GAPDH mRNA sequence isolated from ten varieties of tomato (Solanum lycopersicum). Moreover, we reported here, that expression of the gene was rather unstable in tomato during Tomato torrado virus infection (ToTV).

PL

Real-time PCR (polymerase chain reaction) prowadzona w czasie rzeczywistym łańcuchowa reakcja polimerazy jest jedną z technik umożliwiających ocenę zmian w poziomie ekspresji genów. Jednakże poprawna interpretacja wyników uzyskanych tą metodą wymaga normalizacji, co oznacza, że poziom transkryptu analizowanego genu należy zawsze odnosić do poziomu transkryptu genu referencyjnego, którego ekspresja powinna być stała w warunkach eksperymentu. Jednym z genów, którego transkrypt jest powszechnie stosowanym do normalizacji w real-time PCR jest mRNA dehydrogenazy aldehydu 3-fosfoglicerynowego (GAPDH – glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase). Wyniki prowadzonych prac wskazują na wysoki poziom podobieństwa sekwencji GAPDH u badanych odmian pomidora (Solanum lycopersicum), co umożliwiło zaprojektowanie uniwersalnej pary starterów do real-time PCR. Analiza ekspresji genu GAPDH przeprowadzona na podstawie obliczeń wykonanych z wykorzystaniem algorytmów geNorm, Normfinfder, BestKeeper oraz metodą porównania ΔCt, wskazuje na wahania poziomu GAPDH w S. lycopersicum podczas zakażenia ToTV.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Progress in Plant Protection
• Rocznik: 2013
• Tom: 53
• Numer: 2
• Opis fizyczny: s.227-231,rys.,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Wieczorek P.

• Międzyzakładowa Pracownia Biologii Molekularnej, Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, ul.Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań

autor

Budziszewska M.

• Międzyzakładowa Pracownia Biologii Molekularnej, Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, ul.Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań

autor

Obrepalska-Steplowska A.

• Międzyzakładowa Pracownia Biologii Molekularnej, Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, ul.Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań

Bibliografia

• Guénin S., Mauriat M., Pelloux J., Van Wuytswinkel O., Bellini C. 2009. Normalization of qRT-PCR data: the necessity of adopting a systematic, experimental conditions-specific, validation of references. J. Exp. Bot. 60: 487–493.
• Huggett J., Dheda K., Bustin S.A. 2006. Normalization. p. 83–92. In: “Real-time PCR” (M.T. Dorak, ed.). Taylor and Francis Group, New York, 333 pp.
• Klie M., Debener T. 2011. Identification of superior reference genes for data normalisation of expression studies via quantitative PCR in hybrid roses (Rosa hybrida). BMC Research Notes, 4, 518, DOI: 10.1186/1756-0500-4-518.
• Paolacci A.R., Tanzarella O.A., Porceddu E., Ciaffi M. 2009. Identification and validation of reference genes for quantitative RT-PCR normalization in wheat. BMC Mol. Biol. 10 (1): 27, DOI: 10.1186/1471-2199-10-11.
• Perez R., Tupac-Yupanqui I., Dunner S. 2008. Evaluation of suitable reference genes for gene expression studies in bovine muscular tissue. BMC Mol. Biol. 9: 79, DOI: 10.1186/1471-2199-9-79.
• Pfaffl M.W. 2010. The ongoing evolution of qPCR. Methods 50: 215–216.
• Wang X.J., Tang C.L., Zhang G., Li Y.C., Wang C.F., Liu B., Qu Z.P., Zhao J., Han Q.M., Huang L.L., Chen X.M., Kang Z.S. 2009. cDNA-AFLP analysis reveals differential gene expression in compatible interaction of wheat challenged with Puccinia striiformis f. sp. tritici. BMC Genomics 10: 289, DOI: 10.1186/1471-2164-10-289.
• Wong M.L., Medrano J.F. 2005. Real-time PCR for mRNA quantitation. Biotechniques 39: 75–85.

Uwagi

PL

Rekord w opracowaniu