Badania polimorfizmu genetycznego szczepow Haemophilus influenzae izolowanych od zdrowych dzieci z wykorzystaniem reakcji amplifikacji

• Autorzy: Nowaczek A. , Augustynowicz E. , Slusarczyk J.
• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Przedstawiono genotypową analizę szczepów Haemophilus influenzae wyizolowanych z jamy nosowo-gardłowej od zdrowych dzieci przy zastosowaniu metody RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Dzięki optymalizacji warunków reakcji amplifikacji możliwe było otrzymanie powtarzalnych i wiarygodnych produktów amplifikacji. Wykazano przydatność metody RAPD w epidemiologicznej analizie dotyczącej badania źródeł oraz dróg transmisji w obrębie populacji szczepów Haemophilus influenzae stanowiących przedmiot badań.

EN

The random-amplified polymorphic DNA (RAPD) assay was used to generate DNA fingerprints for 44 isolates H. influenzae obtained from healthy children. Problems with reproducibility and discriminatory power, frequently cited in the literature, were overcome by optimization procedure allowing to achieve reliable conditions for H. influenzae analysed. Particular parameters of RAPD fingerprinting were evaluated with respect to selection of best working primer, DNA polymerase and DNA concentration for amplification patern. This study proved high sensitivity and efficiency of optimized RAPD profiling applicable for searching the epidemiolology traces.

Słowa kluczowe

PL

jama nosowo-gardlowa; szczepy bakteryjne; metoda RAPD; Haemophilus influenzae; dzieci; polimorfizm genetyczny; analiza epidemiologiczna; bakterie

• Wydawca: -
• Czasopismo: Medycyna Doświadczalna i Mikrobiologia
• Rocznik: 2003
• Tom: 55
• Numer: 3
• Strony: 231-243
• Opis fizyczny: s.231-243,rys.,tab.,fot.,bibliogr.

Twórcy

autor

Nowaczek A.

• Panstwowy Zaklad Higieny, Warszawa

autor

Augustynowicz E.

autor

Slusarczyk J.

Bibliografia

• 1. Akopyantz N.S., Bukanov N.O., Westblom T.U. i inni. DNA diversity among clinical isolates of Helicobacter pylori by PCR-based RAPD fingerprinting. NucleicAcids Res. 1992; 20: 5137-42.
• 2. Akopyantz N.S., Jiang Q., Taylor D.E. i inni. Corrected identity of isolates of Helicobacter pylori reference strain NCTC 11637. Helicobacter. 1996; 2: 64-7.
• 3. Barenkamp S.J., Munson Jr. R.S., Granoff D.M. Comparison of outer-membrane protein subtypes of isolates of Haemophilus influenzae type b. J. Infect. Dis. 1981; 144: 480.
• 4. Berg D.E., Gilman R.H., Lelewala-Guruge J. i inni. Helicobacter pylori populations in individual Peruvian patients. Clin. Infect. Dis. 1997; 25: 996-1002.
• 5. Bolduc G.R., Bouchet V., Jiang Ru-Zhang i inni. Variability of outer membrane protein PI and its evaluation as a vaccine candidate against experimental otitis media due to nontypeable Haemophilus influenzae: an unambiguous, multifaceted approach. Infect. Immun. 2000; 68: 4505-17.
• 6. Dubois A., Berg D.E., Incecik E.T. i inni. Transient and persistent experimental infection of nonhuman primates with Helicobacter pylori: implications for human disease. 1996; 64: 2885-91.
• 7. Dzierzanowska D., Jeljaszewicz J. Zakażenia szpitalne. Wydawnictwo (-medica press. 1999.
• 8. Gilsdorf J. R. Antigenic diversity and gene polymorphisms in Haemophilus influenzae. Infect. Immun. 1998; 66: 5053-59.
• 9. Granoff D.M., Barenkamp S. J., Munson Jr. R.S. Outer membrane protein subtypes for epidemiological investigation of Haemophilus influenzae type b disease. Elsevier. New York. 1982; p.43-54.
• 10. Grzybowska W, Sawicki J. Rola Haemophilus influenzae w epidemiologii zakażeń układu oddechowego i zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. Przeg. Epid. 1995; 49: 267-73.
• 11. Gzyl A., Augustynowicz E. Przypadkowa amplifikacja w mikrobiologii - fenomen czy nieporozumienie. Post. Mikrobiol. 1999; 38: 61-82.
• 12. Gzyl A., Augustynowicz E. Technical aspects of Random Amplified polymorphic DNA (RAPD) technique in genotyping of bacterial strains. Acta Microbiol. Polon. 1999; 48: 243-59.
• 13. Jordens J.Z., Leaves N.I., Anderson E.C. i inni. Polymerase chain reaction- based characterization of noncapsulate Haemophilus influenzae. J. Clin. Dis. 1993; 31: 2981-87.
• 14. Micheli M.R., Bova R., Pascale E. i inni. Randomly amplified polymorphic DNA fingerprinting using combinations of oligonucleotide primers. BioTechniques. 1993; 15: 388-90.
• 15. Musser J.M., Barenkamp S.J., Granoff D.M. i inni. Genetic relationships of serologically nontypable and serotype b strains of Haemophilus influenzae. Infect. Immun. 1986; 52: 183-91.
• 16. Musser J.M., Kroll J.S., Granoff D.M. i inni. Global genetic structure and molecular epidemiology of encapsulated Haemophilus influenzae. Rev. Infect. Dis. 1990; 12: 75-111.
• 17. Pennington T.H. Haemophilus species and clones. Rev. Med. Microbiol.1993; 4: 50-8.
• 18. Power E.G.M. RAPD typing in microbiology-a technical review. J. Hosp.Inf. 1996; 34: 247-56.
• 19. Savelkoul P.H.M., Aarts H.J.M., de Haas J. i inni. Amplified-fragment length polymorphism analysis: the state of an art. J. Clin. Microbiol. 1999; 37: 3083-91.
• 20. Tyler K.D., Wang G., Tyler S.D. i inni. Factors affecting reliability and reproducibility of amplification-based DNA fingerprinting of representative bacterial pathogens. J. Clin. Microbiol. 1997; 35: 339-46.
• 21. van Alphen L., Geelan L., Jonsdottir E. i inni. Distinct geographic distribution of subtypes of Haemophilus influenzae type b in Western Europe. J. Infect. Dis. 1987; 156: 216-18.
• 22. van Alphen L.,Caugant D.A., Duim В. i inni. Differences in genetic diversity of nonecapsulated Haemophilus influenzae from various diseases. Microbiology. 1997; 143: 1423-31.
• 23. van Belkum A. DNA fingerprinting of medically important microorganisms by use of PCR. Clin. Microbiol. Rev. 1994; 7: 174-84.
• 24.Virella G. Mikrobiologia i choroby zakaźne. Wydawnictwo Medyczne Urban & Partner. 2000.
• 25. Williams J.G.K., Hanafey M.K., Rafalski J.A. i inni. Genetic analysis using random amplified polymorphic markers. Methods Enzymol. 1993; 218: 704-40.
• 26. Williams J.G.K.,Kubelik A.R., Livak K.J. i inni. DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res. 1990; 18: 6531-35.