Development of a real time RT-PCR assay for detecting genetically different Pepino mosaic virus isolates

• Autorzy: Hasiow B , Borodynko N. , Pospieszny H.

Warianty tytułu

PL

Wykorzystanie metody real time RT-PCR do detekcji genetycznie zroznicowanych izolatow wirusa mozaiki pepino [Pepino mosaic virus]

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

Over a period of few years, Pepino mosaic virus (PepMV) has become one of the most important viral pathogen in tomato production worldwide. So far, five PepMV genotypes (EU, LP, CH2, US2 and US1) have been detected. A real time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) procedure, using the fluorescence dye SYBR Green was developed for a rapid and reliable detection of genetically diverse Pepino mosaic virus isolates. This procedure was used for the detection and identification of PepMV in both Solanum lycopersicum and Nicotiana benthamiana species. The melting temperature (T m) for members of a particular strain was very similar, with a host effect that did not hinder strain identification. Under optimal reaction conditions, sensitivity of the detection was as low as 100 fg of viral RNA from infected plants. This level of sensitivity indicated that the real time RT-PCR developed in the present study could be used for routine plant health assays.

PL

Wirus mozaiki pepino (Pepino mosaic virus) - groźny patogen pomidora charakteryzujący się dużą zmiennością genetyczną mającą wpływ na jego diagnostykę. Na świecie zidentyfikowano kilka genotypów tego wirusa: EU, LP, US1, US2 i Ch2 oraz różnego typu rekombinanty. W Polsce stwierdzono obecność dwóch typów EU i Ch2. W celu skutecznej i szybkiej identyfikacji genetycznie różnych izolatów Pepino mosaic virus została wykorzystana technika real time RT-PCR. Uzyskane wyniki pozwoliły na wykrycie do 100 fg wirusowego RNA (2,71x103 kopii RNA) w zainfekowanych tkankach pomidora (S. lycopersicum) oraz tytoniu (N. benthamiana). Zaletą metody, obok dużej czułości i specyficzności, jest możliwość rozróżnienia genotypów PepMV analizując krzywe dysocjacji i temperatury topnienia. Metoda może być stosowana do detekcji wirusa występującego niekiedy w bardzo niskim stężeniu (na przykład w nasionach) oraz w sytuacjach gdy klasyczne testy typu ELISA lub RT-PCR nie dają jednoznacznych wyników.

Słowa kluczowe

EN

plant protection; detection; genetic diversity; pepino mosaic virus; isolate; real-time polymerase chain reaction; viral pathogen; tomato production; genotype; Solanum lycopersicum; Nicotiana benthamiana

• Wydawca: -
• Czasopismo: Journal of Plant Protection Research
• Rocznik: 2008
• Tom: 48
• Numer: 3
• Strony: 295-301
• Opis fizyczny: p.295-301,fig.,ref.

Twórcy

autor

Hasiow B

• Institute of Plant Protection - National Research Institute, Wladyslawa Wegorka 20, 60-318 Poznan, Poland

autor

Borodynko N.

autor

Pospieszny H.

Bibliografia

• Hanssen I. M., Paeleman A., Wittemans L., Goen K., Lievens B., Bragard C., Vanachter A. C. R. C., Thomma B. P. H. J. 2008. Genetic characterization of Pepino mosaic virus isolates from Belgian greenhouse tomatoes reveals genetic recombination. Eur. J. Plant Pathol. 121: 131-146.
• Hasiow B., Borodynko N., Pospieszny H. 2008. Complete genomic RNA sequence of the Polish Pepino mosaic virus isolate belonging to the US2 strain. Virus Genes 36 (1): 209-214.
• Higuchi R., Fockler C., Dollinger G., Watson R. 1993. Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions. Biotechnology 11: 1026-1030.
• Ling K. S. 2007. Molecular characterization of two Pepino mosaic virus variants from imported tomato seed reveals high levels of sequence identity between Chilean and US isolates. Virus Genes 34 (1): 1-8.
• Ling K. S., Wechter W. P., Jordan R. 2007. Development of a one-step immunocapture real-time Taq- Man RT-PCR assay for the broad spectrum detection of Pepino mosaic virus. J. Virol. Methods 144: 65-72.
• Maroon-Lango C. J., Guaragna M. A., Jordan R. L., Hammond J., Bandla M., Marquardt S. K. 2005. Two unique US isolates of Pepino mosaic virus from a limited source of pooled tomato tissue are distinct from a third (European-like) US isolate. Arch. Virol. 150 (6): 1187-1201.
• Pagan I., Cordoba-Selles M. C., Martinez-Priego L., Fraile A., Malpica J. M., Jorda C., Garcia-Arenal F. 2006. Genetic Structure of the population of Pepino mosaic virus infecting tomato crops in Spain. Phytopathology 96: 274-279.
• Pospieszny H., Hasiów B., Borodynko N. 2007. Nowy szczep wirusa mozaiki pepino na pomidorze szklarniowym. Prog. Plant Protection/Post. Ochr. Roślin 47 (2): 271-279.
• Pospieszny H., Hasiów B., Borodynko N. 2008. Characterization of two distinct Polish isolates of Pepino mosaic virus. Eur. J. Plant Pathol. (in press 10.1007/s10658-008-9280-7)