Porównanie metod identyfikacji bakterii Lactobacillus

• Autorzy: Bucka-Kolendo J. , Sokolowska B.

Warianty tytułu

EN

Comparison of Lactobacillus identification methods

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Szerokie zastosowanie bakterii kwasu mlekowego (LAB) w różnych gałęziach przemysłu spożywcze- go, w biotechnologii i w medycynie powoduje, że właściwa identyfikacja i ocena ich zróżnicowania we- wnątrzgatunkowego jest bardzo istotna. Dobór odpowiednich technik molekularnych analizy powinien uwzględniać dużą dokładność, powtarzalność i typowalność metody. Celem pracy była ocena możliwości różnicowania 12 szczepów Lactobacillus przy użyciu metod po- wszechnie stosowanych w laboratoriach: sekwencjonowania genu 16S rDNA, genu pheS oraz MALDI- TOF MS. Na podstawie otrzymanych wyników analiz stwierdzono, że gen pheS w badanych szczepach charakteryzował się wysokim poziomem homologii (98 %) i niską siłą dyskryminacyjną. W dwóch nieza- leżnych analizach MALDI-TOF MS uzyskano taki sam wynik dla 10 szczepów: siedmiu – L. brevis (DSM 6235, 102, 103, 489, 863, 975, 3/16/1), dwóch – L. plantarum (1178, 133) i jednego – L. curvatus 557. Po przeprowadzeniu analizy sekwencjonowania genu 16S rDNA wyniki potwierdziły się natomiast tylko w odniesieniu do pięciu szczepów (DSM 6235, 3/16/1 i 489) z dwunastu przebadanych. Porównanie wy- ników było podstawą do wnioskowania, że dla wybranych szczepów LAB największą wartość różnicującą miała analiza bazująca na sekwencjonowaniu genu 16S rDNA.

EN

Lactic acid bacteria (LAB) are widely used in various sectors of food industry, in biotechnology and in medicine, therefore it is very important to properly identify them and to correctly assess their intra-species differentiation. The selection of appropriate molecular analysis techniques should take into account the high accuracy, repeatability and typability of the method. The objective of the research study was to assess the possibility of differentiating 12 Lactobacillus strains with the use of techniques commonly applied in laboratories: the sequencing of the 16S rDNA gene, pheS gene and MALDI-TOF MS. Based on the analysis results obtained, it was found that in the tested strains the pheS gene was characterised by a high level of homology (98 %) and a low discriminant power. In the two independent MALDI-TOF MS analyses the same result was obtained for 10 strains: seven – L. brevis (DSM 6235, 102, 103, 489, 863, 975, 3/16/1), two – L. plantarum (1178, 133) and one – L. curvatus 557. After the performed sequencing analysis of the 16S rDNA gene the findings were con- firmed only in the case of five (DSM 6235, 3/16/1 and 489) of the twelve strains tested. The comparison of the results obtained made it possible to conclude that as for the selected LAB strains the highest differ- entiating value had the analysis based on the sequencing of the 16S rDNA gene.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Żywność Nauka Technologia Jakość
• Rocznik: 2021
• Tom: 28
• Numer: 2
• Opis fizyczny: s.49-60,rys.,bibliogr.

Twórcy

autor

Bucka-Kolendo J.

• Zakład Mikrobiologii, Instytut Biotechnologii Przemysłu Rolno-Spożywczego im. Prof. W. Dąbrowskiego – Państwowy Instytut Badawczy, ul.Rakowiecka 36, 02-532 Warszawa

autor

Sokolowska B.

• Zakład Mikrobiologii, Instytut Biotechnologii Przemysłu Rolno-Spożywczego im. Prof. W. Dąbrowskiego – Państwowy Instytut Badawczy, ul.Rakowiecka 36, 02-532 Warszawa

Identyfikatory

DOI

10.15193/zntj/2021/127/377