Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Zastosowanie badań izotopowych do określania pochodzenia wybranych biomarkerów

Bieleń Wojciech, Janiga Marek

Nafta-Gaz

|

2022

|

R. 78, nr 5

336--342

PL

Badania izotopowe n-alkanów, pristanu (Pr) oraz fitanu (Ph) przeprowadzono przy pomocy aparatu GC-IRMS. Porównanie wartości δ13C – pristanu do n-C17 oraz fitanu do n-C18, a także zestawienie wartości δ13C pomiędzy pristanem a fitanem w obrębie jednej próbki pomaga zidentyfikować źródło pochodzenia tych izoprenoidów, co było celem pracy. Ta ostatnia informacja uwiarygadnia lub podaje w wątpliwość wskaźnik środowiska sedymentacji – Pr/Ph. Wartości δ13C n-alkanów dla rop naftowych z tego samego złoża: Bóbrka 113, Niepodległość 2, Bandrów wskazują na pochodzenie tych rop od roślin C3 (fotosynteza typu C3) oraz z osadów rzecznych lub/i jeziornych. N-alkany występujące w tych trzech ropach naftowych mogą mieć mieszane źródła i pochodzić zarówno od roślin lądowych, jak i wodnych. Ropa naftowa Łodyna 90K może pochodzić z różnorakich wyższych roślin. Wartości δ13C n-alkanów z próbek ekstraktów bitumicznych Dukla 2A i Dukla 2D są charakterystyczne dla roślin C3. Pristan i fitan w badanych próbkach rop naftowych i w przypadku dwóch próbek ekstraktów bitumicznych Dukla 2A i Dukla 2D mają wartości δ13C niższe niż wartości δ13C dla n-C17 i n-C18, co sugeruje pochodzenie od organizmów heterotroficznych. We wszystkich badanych próbkach rop naftowych (wyjątki: Łodyna 90K, Osobnica 35) wartości δ13C dla Pr i Ph w obrębie pojedynczej próbki świadczą o tym samym materiale źródłowym dla tych izoprenoidów. Ta informacja potwierdza, że wskaźnik Pr/Ph, mówiący o typie środowiska sedymentacji materii organicznej, jest wiarygodny. W dwóch ekstraktach bitumicznych (Dukla 2D i Krosno 8) wartości δ13C dla Pr i Ph są różne, dlatego istnieje duże prawdopodobieństwo odmiennego pochodzenia dla tych dwóch izoprenoidów (należy być ostrożnym co do wiarygodności wskaźnika środowiska sedymentacji Pr/Ph).

EN

Isotope analysis of n-alkanes, pristan (Pr) and phytane (Ph), were carried out on the GC-IRMS apparatus. Comparing the δ13C values of pristan to n-C17, phytane to n-C18 and pristan to phytane within one sample helps to identify the source of these isoprenoids. The latter information legitimises or questions the sedimentation environment index – Pr/Ph. The values of δ13C of n-alkanes for crude oil from one field: Bóbrka 113, Niepodległość 2, Bandrów indicate the origin of C3 plants (photosynthesis type C3) and river and / or lake sediments. The N-alkanes found in these three crude oils could have been sourced by organic matter from terrestrial and aquatic plants. Łodyna 90K crude oil was derived from a variety of higher plants. The δ13C values of n-alkanes for samples Dukla 2A and Dukla 2D bituminous extracts are characteristic for C3 plants. Pristan and phytan in the analyzed crude oil samples and in the case of two samples Dukla 2A and Dukla 2D bituminous extracts have δ13C values lower than the values of n-C17 and n-C18, which suggests their origin from heterotrophic organisms. In all analyzed crude oil samples (exceptions: Łodyna 90K, Osobnica 35) the δ13C values of Pr and Ph within a single sample indicate the same source material for these isoprenoids. This information confirms that the Pr/Ph ratio is reliable. In two bituminous extracts (Dukla 2D and Krosno 8) the δ13C values of Pr and Ph are different, therefore there is a high probability of different origins for these two isoprenoids (the Pr/Ph ratio may be unreliable).

2

Spektrometria masowa i analiza izotopowa biomarkerów frakcji nasyconej

Bieleń Wojciech, Janiga Marek

Nafta-Gaz

|

2021

|

R. 77, nr 8

512--520

PL

Analiza GC-IRMS poszerza i potwierdza (lub nie) interpretację opartą na wynikach z analiz GC-MS. Przykładowo jest bardzo przydatna w określaniu środowiska sedymentacji materii organicznej. Analiza GC-MS biomarkerów i oparte na niej wyniki są wiary- godne, ale dopiero badania GC-IRMS mogą je potwierdzić. W niniejszej pracy próbowano poprzez analizy izotopowe potwierdzić pochodzenie: BNH (28,30-bisnorhopanu) od bakterii chemoautotroficznych, a także wyższych karotenoidów i ich pochodnych od bakterii Chlorobiaceae czy Chromatiaceae. Przeprowadzono badania biomarkerów na aparacie GC-IRMS oraz EA-IRMS. Otrzymane chromatogramy z analiz IRMS porównywano z archiwalnymi analizami GC-MS dla tych samych próbek w celu identyfikacji poszczególnych związków chemicznych. Oprócz dotychczasowej metodyki przygotowania próbek do analiz zastosowano też niestandardową metodę polegającą na rozdziale n-alkanów od węglowodorów rozgałęzionych. Oznaczono na GC-IRMS powtarzalność metody oraz wartości δ13C wybranych biomarkerów z frakcji nasyconej. Stwierdzono, że próbki z małą zawartością biomarkerów nie nadają się do analiz. Z drugiej strony zbyt duże stężenie analitu podanego na chromatograf gazowy powoduje wzrost linii bazowej i gorszy rozdział pików, co również stanowi problem. Wstępnie oznaczono wartości δ13C dla biomarkerów frakcji nasyconej z grupy hopanów: bisnorhopanu (BNH), oleananu, C29 norhopanu, C30 hopanu, moretanu i serii C31–C35 homohopanów oraz dla surowych rop naftowych. Stwierdzono względnie niewielkie różnice w wartości δ13C pomiędzy BNH a hopanami i BNH a surowymi ropami, co sugeruje najprawdopodobniej to samo źródło pochodzenia wszystkich biomarkerów (w tym BNH). Próbowano również oznaczać biomarkery we frakcji aromatycznej metodą GC-IRMS, co jednak się nie udało. Chcąc w przyszłości przeprowadzać takie oznaczenia, należy najprawdopodobniej zastosować specjalną metodykę przygotowania próbek frakcji aromatycznej.

EN

GC-IRMS analysis extends and confirms (or not) the interpretation based on the results of GC-MS analyses. For example, it is very useful in determining the sedimentation environment of organic matter. GC-MS analysis of biomarkers and the results are reliable, but only GC-IRMS studies can confirm it. In this study, the origin of BNH (28,30-bisnorhopane from chemoautotrophic bacteria) and origin of higher carotenoids and their derivatives from Chlorobiaceae or Chromotiaceae bacteria were confirmed through isotopic analyzes. Biomarkers were analyzed using the GC-IRMS and EA-IRMS apparatus. The obtained chromatograms from the IRMS analyses were compared with the archival GC-MS analyses for the same samples in order to identify individual chemical compounds. In addition to the existing methodology of sample preparation for analyses, a non-standard method was also used, consisting in the separation of n-alkanes from branched hydrocarbons. The repeatability of the method was determined on the GC-IRMS and the values of δ13C for selected biomarkers from the saturated fraction were determined. It was found that samples with low biomarker content are not suitable for analysis. On the other hand, too high concentration of the analyte causes an increase of the chromatogram baseline and worse separation of the peaks, which is also a problem. For the crude oils the δ13C values were initially determined for the biomarkers of the saturated fraction from the hopanes group: bisnorhopane (BNH), oleanane, C29 norhopane, C30 hopane, moretane and the C31-C35 homohopane series. Relatively small differences in δ13C values were found between BNH/hopanes and BNH/crude oils, which suggests the same source of origin for all biomarkers (including BNH). Determining biomarkers in the aromatic fraction using the GC-IRMS method was not successful. In the future, a special methodology for preparing samples for carbon isotopic analyses of aromatic fraction will be required.

3

Gas chromatographic-mass spectrometric investigation of n-alkanes and carboxylic acids in bottom sediments of the northern Caspian Sea

Kenzhegaliev A., Zhumagaliev S., Kenzhegalieva D., Orazbayev B.

Geologos

|

2018

|

Vol. 24, No. 1

69--78

EN

Prior to the start of experimental oil production in the Kashagan field (northern part of the Caspian Sea), n-alkanes and carboxylic acids contained in samples obtained from bottom sediments in the area of artificial island “D” were investigated by gas chromatography–mass spectrometry. Concentrations of 10 n-alkanes (composed of C10-C13, C15-C20) and 11 carboxylic acids (composed of C6-C12, C14-C16) were identified and measured. Concentrations of individual alkanes and carboxylic acids in bottom sediments of the various samples varied between 0.001 ÷ 0.88 μg/g and 0.001 ÷ 1.94 μg/g, respectively. Mass spectra, in particular the M+ molecular ion peak and the most intense peaks of fragment ions, are given. The present study illustrates the stability of molecular ions to electronic ionisation and the main fragment ions to the total ion current and shows that the initial fragmentation of alkanes implies radical cleavage of C2H5 rather than CH3. All aliphatic monocarboxylic acids studied were characterised by McLafferty rearrangement leading to the formation of F4 cation-radical with m/z 60 and F3 cation-radical with m/z 88 in the case of ethylhexanoic acid. The formation of oxonium ions presents another important aspect of acid fragmentation. Using mass numbers of oxonium ions and rearrangement ions allows determination of the substitution character in α- and β- C atoms. The essence of our approach is to estimate the infiltration of hydrocarbon fluids from the enclosing formation into sea water, comprising an analysis of derivatives of organic compounds in bottom sediments. Thus, concentrations of derived organic molecules can serve as a basis for estimates of the depth at which hydrocarbon fluids leak, i.e., to serve as an auxiliary technique in the search for hydrocarbon deposits and to repair well leaks.

4

Rozwój i zabezpieczenie jakości instrumentalnych metod badania składu chemicznego w zakładzie chemii analitycznej

Kubiczek M., Stankiewicz G., Knapik P., Kubecki M., Kwoka A., Spiewok W.

Prace Instytutu Metalurgii Żelaza

|

2016

|

T. 68, nr 3

22--26

PL

W artykule omówiono postępy w rozwoju metodologii badań, wyposażenia aparaturowego, możliwości analitycznych oraz zabezpieczenia jakości w Zakładzie Chemii Analitycznej. Rozwój ten jest odpowiedzią na nowe potrzeby analityki hutniczej, ochrony środowiska, odlewnictwa, a także użytkowników wyrobów hutniczych. W Zakładzie wdrożono nowo zakupiony spektrometr OES ICP i opracowano selektywny program analityczny do oznaczania sodu i potasu w rudach żelaza, wyznaczono parametry metrologiczne oznaczania obydwu pierwiastków i przygotowano programy analityczne umożliwiające oznaczanie składu chemicznego próbek nie objętych zakresem akredytacji PCA. Opracowano metodykę umożliwiającą oznaczanie wybranych lotnych związków organicznych (LZO), uwalnianych z włókien szklanych pokrytych związkami powierzchniowymi. Wyznaczono optymalne parametry pracy układu termodesorber /chromatograf/spektrometr mas (TD-GC MS), a następnie opracowano krzywe kalibracyjne i przeprowadzono oznaczenia wybranych LZO uwalnianych z włókien szklanych. W wyniku przeprowadzonych badań opracowana została metodyka oznaczania benzenu i toluenu z zastosowaniem bezrozpuszczalnikowego przygotowania próbki. Rozszerzono bazę danych przeznaczoną do wyznaczania nowych współczynników równania Horwitza dla potrzeb hutnictwa żelaza i stali. Opracowane nowe parametry równania Horwitza potwierdziły wysoki poziom dokładności oznaczeń w zakresie stężeń pierwiastków powyżej 0,1%.

EN

The article discusses the progress in the development of survey methodology, apparatus equipment, analytical capacity and quality assurance at the Department of Analytical Chemistry. This development is a reaction to new demands of steel analytics, environmental protection, casting, and users of steel products. The Department implemented a newly purchased OES ICP spectrometer and a designed selective analytical programme for determining sodium and potassium in iron ores, determined metrological parameters for determining both elements and prepared analytical programmes that enable determining chemical composition in samples which are not covered by PCA’s scope of accreditation. A methodology that enables determining selected volatile organic compounds (VOCs), released from fibreglass coated with surface compounds, was established. Optimum parameters for a thermal desorber/gas chromatograph/ mass spectrometer (TD-GC MS) system were determined, and then calibration curves were established and selected VOCs released from fibreglass were determined. As a result of the studies, a methodology for determining benzene and toluene with the use of solvent-free sample preparation was established. Database for determining new Horwitz equation coefficients for the iron and steel industry was expanded. The newly developed Horwitz equation parameters confirmed high level of accuracy of determination of elements above 0.1%.

5

Enzymatic oxidation of neobetanin monitored by liquid chromatography with mass spectrometric detection

Starzak K., Szot D., Skopińska A., Swiergosz T., Wybraniec S.

Challenges of Modern Technology

|

2016

|

Vol. 7, no. 1

29--31

EN

The aim of this study was monitoring of enzymatic oxidation of neobetanin, an interesting type of betalains which is a partially oxidized betacyanin. As it belongs to betalains, it is water soluble and non-toxic, but a presence of a few functional groups makes it very reactive. Oxidation reactions were performed using horseradish peroxidase followed by spectrophotometric and mass spectrometric detection (LC-DAD-ESI-MS/MS) of obtained products. Enzymatic oxidation of neobetanin leads to a formation of new decarboxy- and dehydro-derivatives. The main identified oxidation product is 2-decarboxy-2,3-dehydroneobetanin. Searching for all formed oxidation products is extremely important for elucidation of the betalains oxidation mechanism.

6

Degradations of 2,4-dichlorophenol and polychlorinated biphenyls with zero valent iron under subcritical conditions. Importance of subcritical water oxidation

Oh S.-Y., Yoon M.-K.

Environment Protection Engineering

|

2015

|

Vol. 41, nr 3

73--86

EN

The abiotic transformations of 2,4-dichlorophenol (DCP) and polychlorinated biphenyls (PCBs) has been examined in the presence and of zero valent iron (Fe(0)) under subcritical conditions. It was found that the degradation of DCP was significantly enhanced, showing complete degradation of DCP in 3 h at 300 °C. Control experiments without Fe(0) indicated that the removal of DCP in the iron–water system was mostly due to subcritical water oxidation and that the enhancement of degradation in the presence of Fe(0) was less significant. Regardless of Fe(0), PCBs were rapidly decomposed, showing 93% destruction in 5 h at 300 °C. Product identification by gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) analysis showed that the reductive transformation of DCP and PCBs w Fe(0) existed under subcritical conditions. Our results suggest that subcritical water degradation may be a possible remediation option to treat DCP and PCBs in water and soil.

7

Identyfikacja związków termicznego rozkładu żywicy furanowej z zastosowaniem chromatografii gazowej w połączeniu ze spektrometrią masową (GC/MS)

Żymankowska-Kumon S.

Archives of Foundry Engineering

|

2015

|

Vol. 15, iss. 4 spec.

167--170

PL

W celu wykonywania form i rdzeni dla odlewów ciężkich i lekkich stosowane są głównie żywice syntetyczne. Proces wiązania sypkiej masy samoutwardzalnej (SMS) z żywicą furfurylową (furanową) jest najczęściej stosowanym sposobem produkowania różnorodnych form i rdzeni dla praktycznie wszystkich stopów odlewniczych. Wszystkie nowoczesne żywice furanowe pozwalają na używanie dużej ilości regeneratu (praktycznie do 100%). Jako utwardzacze stosuje się kwasy organiczne i mieszaniny kwasów organicznych i nieorganicznych. Celem przeprowadzonych badań była identyfikacja związków pochodzących z rozkładu termicznego popularnej żywicy furanowej stosowanej w wielu krajowych odlewniach. Dodatkowo badaniom poddano katalizator, służący do utwardzenia żywicy. Do analizy zastosowano metodę chromatografii gazowej w połączeniu ze spektrometrią masową (GC/MS). Rozkład badanych próbek przeprowadzono w pirolizerze, w temperaturze 1300 °C, podłączonym do układu pomiarowego. Uzyskane wyniki pozwoliły na ocenę szkodliwości danej żywicy w stosunku do środowiska i otoczenia.

EN

Synthetic resins are mainly used to produce moulds and cores for heavy and individual castings. These resins are recommended for the production of steel castings and are used in foundries. All modern furan resins allow the use of large quantities of reclaim (virtually 100%). As hardeners are used organic acids and mixtures of organic and inorganic acids. The aim of the study was to identify compounds from thermal decomposition of popular furan resin used in many foundries. In addition, the tests was a catalyst (hardener) used to cure the resin. Substances were identified by gas chromatography coupled with mass spectrometry (GC/MS) method, in the examined samples. The resin and hardener subjected to the high temperature (1300°C) in the pyrolyser. The results allowed the evaluation of harmfulness of resin with respect to the environment.

8

Wykorzystanie chromatografii jonowej ze spektrometrią mas w plazmie indukcyjnie sprzężonej w analizie specjalizacyjnej wybranych pierwiastków

Szewczyk A., Gąsior D., Ślęzak E.

Prace Instytutu Ceramiki i Materiałów Budowlanych

|

2014

|

R. 7, nr 17

79--90

PL

Chromatografia jonowa (IC) w połączeniu ze spektrometrią mas w plazmie indukcyjnie sprzężonej (ICP-MS) daje ogromne możliwości w zakresie oznaczeń różnych form prawie wszystkich pierwiastków układu okresowego. Do określenia indywidualnej formy pierwiastka niezbędne są skuteczne metody separacji badanych analitów i zastosowanie odpowiednich detektorów. Skuteczna technika łączona powinna być: selektywna wobec oznaczanych analitów, czuła w szerokim zakresie i winna umożliwiać jak najlepszą identyfikację oznaczanych substancji. Dlatego jako metody separacyjne wykorzystuje się przede wszystkim metody chromatograficzne, a jako metody detekcji – metody spektroskopowe. Analityka specjacyjna odgrywa znaczącą i wyjątkową rolę zarówno w szerokim spektrum badań związków chemicznych, toksyczności pierwiastków, kontroli jakości, jak i czystości farmaceutyków oraz produktów żywnościowych. Znalazła także zastosowanie w wykonywaniu kompleksowych oznaczeń środowiskowych oraz chemii jądrowej. W pracy scharakteryzowane zostały przykłady zastosowań analityki specjacyjnej w konfiguracji chromatografia jonowa–spektrometria mas w plazmie indukcyjnie sprzężonej oraz zasady działania wybranych technik analitycznych.

EN

Ion chromatography (IC) in combination with mass spectrometry, inductively coupled plasma (ICP-MS) offers great potential for various forms nearly all elements of the Periodic Table. In order to determine the individual form of element, necessary is efficient separation of tested analytes and use of suitable detectors. An effective combined technique should be: selective for the designated analytes, sensitive and should enable the best possible identification of substances, which to be measured. Therefore, as a method of separation used primarily chromatographic methods, and as a method of detection – spectroscopic methods. Speciation analyst plays a significant and unique role in a wide range of of research compounds, toxic elements such as quality control and the purity of pharmaceuticals and food products. Speciation analyst also found the use in the performance of complex determinations of environmental and nuclear chemistry. In this paper were characterized examples of applications, features and principles of operation of speciation analysis in the configuration ion chromatography (IC) – mass spectrometry in inductively coupled plasma (ICP-MS).

9

Monitoring i terenowe badania jakości powietrza z wykorzystaniem spektrometru masowego

Dubiel Ł., Wal A., Kuźma M.

Informatyka, Automatyka, Pomiary w Gospodarce i Ochronie Środowiska

|

2014

|

nr 4

65--68

PL

W artykule zaprezentowano wykorzystanie spektrometru masowego Prisma Plus QMG 220 2M dla monitoringu powietrza w badaniach terenowych zanieczyszczenia środowiska. Opisano zasadę działania spektrometru z kwadrupolowym filtrem mas. Przedstawiono metodologię wykonania pomiarów oraz interpretację uzyskanego widma powietrza z okolicy Nowej Sarzyny.

EN

In the paper the use of mass spectrometer Prisma Plus QMG 220 2M for mobile monitoring of air in the regional research of environmental pollution is presented. The spectrometer with quadruple filter is addressed and the methodology of measurements and interpretation of obtained spectrum of air from the vicinity of Nowa Sarzyna is discussed.

10

Reactions of decarboxylated betanins under influence of halogen light

Skopinska A., Szot D., Starzak K., Wybraniec S.

Challenges of Modern Technology

|

2014

|

Vol. 5, no. 3

37--43

EN

Betalains as natural plant pigments are very sensitive to several factors, including light, therefore, studies on stability of their derivatives which retain their attractive color, are crucial for their potential application in pharmaceutical, food or cosmetic industries. An effect of irradiation by halogen light on reactivity of main decarboxylated derivatives of betacyanins (2-decarboxy-betanin, 17-decarboxy-betanin and 2,17-decarboxy-betanin) was investigated in aqueous and organic-aqueous solutions: 50% (v/v) acetonitrile, 50% (v/v) methanol and 50% (v/v) ethanol, at pH range 3-8. The double decarboxylation of betanin (at C-2 and C-17 position of carbon) significantly increases the stability of this pigment in the acidic media. As a result of pigments reactions induced by light, some betacyanin derivatives with different decarboxylation and dehydrogenation levels were identified by chromatography with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) and diode array detection (LC-DAD).

11

Spektrometria mas – standard analityczny

Szewczyk R

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2013

|

R. 18, nr 3

15--16

12

Spektrometria masowa - nowa technologia w diagnostyce mikrobiologicznej

Wendt U.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2012

|

nr 9-10

37--40

PL

Czas oczekiwania na wyniki badań mikrobiologicznych zależy od czasu trwania etapu hodowli. Dzięki zastosowaniu nowoczesnych metod badawczych można skracać czas trwania kolejnych etapów badania mikrobiologicznego, a tym samym czas oczekiwania na wyniki. Nową metodą umożliwiającą szybką identyfi kację drobnoustroju jest metoda spektrometrii masowej oparta na analizie składu białek wewnątrzkomórkowych.

EN

Time required to get results in microbiological diagnostics depends on the duration of the stage of culture. Due to new testing methods, it is possible to reduce time of next steps of microbiology testing, and also the waiting time for results.The new metod for rapid microorganisms identifi cation is mass spektrometry based on the analysis of intracellular protein composition.

13

Zastosowanie analizatorów czasu przelotu w kryminalistyce

Ulanowska A., Strączyński G.

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2012

|

R. 17, nr 3

37-40

14

Nowe perspektywy w analizie żywności

Ulanowska A., Strączyński G.

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2012

|

R. 17, nr 4

31-34

15

Metody analizy termicznej połączone z analizą produktów gazowych (TG-DSC-MS)

Małecka B.

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2012

|

R. 17, nr 5

6-16

16

Metabolomika - wyzwanie dla współczesnej spektrometrii mas. Cz. 1

Ulanowska A., Strączyński G.

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2012

|

R. 17, nr 5

25-28

17

Metabolomika - wyzwanie dla współczesnej spektrometrii mas. Cz. 2

Ulanowska A., Strączyński G.

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2012

|

R. 17, nr 6

22-26

18

Analiza związków z grupy BTEX powstających podczas termicznego rozkładu żywicy alkidowej

Kubecki M., Holtzer M., Bobrowski A., Dańko R., Grabowska B., Żymankowska-Kumon S.

Archives of Foundry Engineering

|

2012

|

Vol. 12, iss. 1s

119--124

PL

Przydatność danego spoiwa do sporządzania mas formierskich obejmuje z jednej strony ocenę właściwości technologicznych samej masy i wykonanej z niej formy i jakości otrzymanego odlewu, a z drugiej strony ocenę wpływu tej masy na środowisko naturalne i środowisko pracy. Z pośród mas stosowanych w przemyśle odlewniczym na szczególną uwagę zasługują masy ze spoiwami organicznymi. Spoiwa te oparte są na żywicach syntetycznych, które z jednej strony zapewniają uzyskanie przez masę odpowiednich właściwości technologicznych i otrzymanie dobrych odlewów, ale z drugiej negatywnie oddziałują na środowisko. O ile w stanie wyjściowym żywice te tylko w niewielkim stopniu stanowią zagrożenie zarówno dla ludzi jak i środowiska, to pod wpływem temperatury generują bardzo szkodliwe produkty, będące wynikiem ich termicznego rozkładu. W zależności od rodzaju stosowanej żywicy (fenolowo-formaldehydowej, mocznikowej, furfurylowej, furfurylowo–mocznikowej, alkidowej) pod wpływem temperatury mogą tworzyć się i uwalniać takie związki jak: alkohol furfurylowy, formaldehyd, fenol, związki z grupy BTEX (benzen, toluen, etylobenzen, ksyleny), a także wielopierścieniowe węglowodory aromatyczne (WWA). [...]

EN

Suitability of the given binding agent for the moulding sands preparation depends on the one hand on the estimation of technological properties of the sand and the mould made of it and the obtained casting quality and on the other hand on the assessment of this sand influence on the natural and working environment. Out of moulding sands used in the foundry industry, sands with organic binders deserve a special attention. These binders are based on synthetic resins, which ensure obtaining the proper technological properties and sound castings, however, they negatively influence the environment. If in the initial state these resins are not very dangerous for people and for the environment, thus under an influence of high temperatures they generate very harmful products, being the result of their thermal decomposition. Depending on the kind of the applied resin (phenol-formaldehyde, urea, furfuryl, urea–furfuryl, alkyd) under an influence of a temperature such compounds as: furfuryl alcohol, formaldehyde, phenol, BTEX group (benzene, toluene, ethylbenzene, xylene), and also polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) can be formed and released. [...]

19

Statystyczna analiza danych proteomicznych

Kawulok J., Polańska J.

Studia Informatica

|

2011

|

Vol. 32, nr 2A

229-243

PL

Celem prac przedstawionych w niniejszym artykule była konstrukcja narzędzi do analizy danych proteomicznych, które pomogą w wykrywaniu choroby nowotworowej we wczesnym jej stadium. W prezentowanym artykule na początku została przeprowadzona wstępna obróbka widm masowych. Po zamodelowaniu ich za pomocą mieszanin gaussowskich wykorzystano klasyfikator SVM do rozdzielenia grupy z rakiem od grupy kontrolnej. Przedstawione wyniki badań potwierdziły skuteczność wykonanych operacji.

EN

The aim of the work reported in this paper was to develop statistical tools for mass spectra analysis. They would make it possible to detect cancer at its early stages. The main goal was to construct a classifier which would best distinguish people with cancer from a control group. First, the mass spectral signal is pre-processed. Next, the signals are modeled using Gaussian mixtures and they are later classified. The obtained results confirmed the effectiveness of the presented method.

20

Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Część II - algorytmy scoringu

Kamińska H., Podbielska H.

Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna

|

2011

|

Vol. 17, nr 3

239-247

PL

Postęp w dziedzinie komputerów oraz rozwój Internetu zrewolucjonizował, proces identyfikacji białek oraz przyczynił się do szybkiego wzrostu proteomicznych baz danych. Krótko po wprowadzeniu pierwszej technologii identyfikacji białek z widm spektrometrów masowych PMF (Peptide Mass Fingerprinting) okazało się, że algorytmy wykorzystywane do wyszukiwania w bazie danych protein odpowiadających wynikom eksperymentu mają kluczowe znaczenie dla wysokiej poprawności identyfikacji. Rozwój metody PMF był zatem uwarunkowany nie tylko przez usprawnienia techniczne schematu, ale przede wszystkim przez zastosowanie rozmaitych metod matematycznych i statystycznych (tzw. algorytmów scoringu) przy wyszukiwaniu poprawnych rozwiązań. Kolejnym krokiem w informatycznym usprawnieniu identyfikacji było opracowanie metod walidacji jej rezultatów na podstawie istniejących baz danych lub też symulacji. Walidacja rezultatów pozwoliła na wyeliminowanie większości błędów pierwszego rodzaju w identyfikacji metodą PMF. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, a także jej ulepszenia autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej przedstawiono opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką jej części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Bioinformatyczne ujęcie identyfikacji białek w drugiej części nawiązuje do specyfikacji eksperymentu, omówionej w części pierwszej publikacji. Druga część pracy w szczegółowy sposób opisuje główne aspekty porównywania mas teoretycznych i eksperymentalnych, tj. trawienie in silico, rozpoznawanie modyfikacji białek, dopasowywanie mas oraz kalibrację poprawnych dopasowań. Opisane zostały także sposoby budowania funkcji scoringowych oraz algorytmy walidacji ich wartości. Dodatkowo, w pracy przedstawiono najbardziej znane funkcje scoringowe oraz pełny przegląd oprogramowania do identyfikacji białek metodą PMF.

EN

The internet and computer science progress have revolutionized the process of protein identification and contributed to the growth of proteomics databases. Just after discovering the first technology for protein identification from the mass spectra PMF (peptide mass fingerprinting), it appeared that the algorithms searching databases for proteins corresponding to experiment results have crucial meaning for the sensitivity and specificity of the identification procedure. Therefore, the development of PMF method was conditioned by both the technological improvements in the PMF scheme and the application of various mathematical and statistical methods (so called: scoring algorithms) to the searching of correct identifications. The next step in the development of an identification procedure was to work out the methods for identification results validation, according to the proteomics databases content or simulations. The results validation allowed to eliminate the most of unwanted false positives in the PMF identification. Regarding the method common use, as well as its improvements which are still present, the authors decide to summarize the current level of knowledge related to this topic. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content best. From the bioinformatics point of view the protein identification in the second part of publication refers to the experiment specification described in the first part. The second part of the publication describes in details the aspects of theoretical and experimental masses comparison, i.e. in silico digestion, the discrimination of protein modifications, the pairing of masses and the calibration of matches. Moreover, the scoring functions building manners and the algorithms for scoring functions values validation were also taken into the consideration. Additionally, we present the most known scoring schemes with the comprehensive review of the PMF protein identification software.