Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Przegląd aktualnie dostępnych technologii sekwencjonowania kwasów nukleinowych

Boczkowska Maja

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2022

|

nr specjalny

42--48

PL

Sekwencjonowanie DNA-Seq wykorzystuje się do sekwencjonawania genomów, eksomów, epigenomu, targetowego resekwencjonowania fragmentów genomów, genotypowania. RNA-Seq można podzielić na: sekwencjonowanie całego transkryptomu, mRNA (mRNA-Seq) i małych RNA (smRNA-Seq). Jest wykorzystywane w badaniach z zakresu genomiki funkcjonalnej, różnicowej analiz ekspresji genów, alternatywnego splicingu i analizy wariantów.

2

Przegląd aktualnie dostępnych technologii sekwencjonowania kwasów nukleinowych

Boczkowska Maja

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2021

|

nr 3

14--21

PL

Sekwencjonowanie DNA-Seq wykorzystuje się do sekwencjonowania genomów, eksomów, epigenomu, targetowego resekwencjonowania fragmentów genomów, genotypowania. RNA-Seq można podzielić na: sekwencjonowanie całego transkryptomu, mRNA (mRNA-Seq) i małych RNA (smRNA-Seq). Jest wykorzystywane w badaniach z zakresu genomiki funkcjonalnej, różnicowej analizy ekspresji genów, alternatywnego splicingu i analizy wariantów.

3

Application of Johnson’s algorithm in processing jobs through two-machine system

Okwu Modestus, Emovon Ikuobase

Journal of Mechanical and Energy Engineering

|

2020

|

Vol. 4, No 1

33--38

EN

The purpose of this research is to effectively schedule jobs in a production company using heuristic Johnson’s algorithm. A popular pure water production factory, Iterlene industrial services limited (IISL) located at Effurun, Nigeria was investigated and it was noticed that different sizes of jobs (bottled water) are produced ranging from 25 cl, 50 cl, 60 cl, 75 cl, and 150 cl respectively, which are processed through the filling machine (FM1) and capping machine (CM2). In the order FM1CM2. Each job has to pass through the same sequence of operations. Jobs are assigned in such a way that a job is assigned on FM1 first and once processing is completed on FM1, it is assigned to CM2 and passing is not allowed. The idle time for the production of 500 bottles of water was estimated to be 1020 seconds (17.00 mins.). Johnson’s algorithm was applied to minimize the idle time for both FM1 and CM2 by determining the optimal sequence of the processed jobs. This was achieved within 780 seconds (13.00 mins.). Conclusively, the minimization of total elapsed time between the completion of first and last job was achieved. This would greatly improve productivity, effectiveness, and profitability at iterlene factory.

4

Sequencing of ore columns for planning of large underground mines

Glass Hylke J., Van Hout Gert

Mining Science

|

2019

|

Vol. 26

157--171

EN

Block caving is an underground mining technique which extracts ore from the base, rather than from the top, of typically massive deposits. Mining infrastructure is developed below the deposit before extraction commences. A network of tunnels provides access to a collection of drawpoints from which ore is mucked and hauled. With large deposits, not all drawpoints are developed simultaneously and the opening of drawpoints is sequenced to facilitate orderly extraction of ore columns above drawpoints. Sequencing fixes the initiation point for the entire block cave, or a part of it, as well as identifying the direction of cave advancement. The sequence of opening drawpoints influences the mine economics and is an integral aspect of planning a block cave mine. This paper discusses the optimisation of sequencing based on the net present value associated with extraction over the life-of-mine. It is shown that the maximum attainable net present value is obtained by a sequence in which ore columns are ranked in descending order of value. If significant variation of grade is present inside columns, an iterative procedure is given which corrects the sequence which yields the maximum net present value. The sequence with maximum net present value may not be practical or attractive from a caving perspective. Systematic design of sequences which permit orderly development of a block cave is discussed. To provide context, the net present value obtained from these feasible sequences is compared with the maximum attainable net present value. It is shown that the best feasible sequences in terms of net present value are preferentially initiated in zones with columns of high-grade ore.

5

Buffer management in solving a real sequencing problem in the automotive industry – Paint Shop 4.0 concept

Bysko Sara, Krystek Jolanta, Bysko Szymon, Lenort Radim

Archives of Control Sciences

|

2019

|

Vol. 29, No. 3

507--527

EN

The paper presents a Car Sequencing Problem, widely considered in the literature. The issue considered by the researchers is only a reduced problem in comparison with the problem in real automotive production. Consequently, a new concept, called Paint Shop 4.0., is considered from the viewpoint of a sequencing problem. The paper is a part of the previously conducted research, identified as Car Sequencing Problem with Buffers (CSPwB), which extended the original problem to a problem in a production line equipped with buffers. The new innovative approach is based on the ideas of Industry 4.0 and the buffer management system. In the paper, sequencing algorithms that have been developed so far are discussed. The original Follow-up Sequencing Algorithm is presented, which is still developed by the authors. The main goal of the research is to find the most effective algorithm in terms of minimization of painting gun changeovers and synchronization necessary color changes with periodic gun cleanings. Carried out research shows that the most advanced algorithm proposed by the authors outperforms other tested methods, so it is promising to be used in the automotive industry.

6

Komputerowe wspomaganie procesu sekwencjonowania – koncepcja Paint Shop 4.0

Krystek J., Alszer S., Bysko S.

Mechanik

|

2018

|

R. 91, nr 7

529--531

PL

Przedstawiono koncepcję pracy lakierni dla przemysłu motoryzacyjnego – Paint Shop 4.0 – opartą na ideach Przemysłu 4.0 i Digital Factory. Opisano nowe podejście do sekwencjonowania karoserii, uwzględniające rzeczywistą strukturę wydziału lakierni z występującymi tam buforami. Stworzono aplikację, w której zostały zaimplementowane autorskie algorytmy sekwencjonowania karoserii.

EN

Presented is the concept of paint shop operation for the automotive industry – Paint Shop 4.0, based on the ideas of Industry 4.0 and Digital Factory. A new approach to the issue of car body sequencing, taking into account the actual structure of the paint shop department with buffers, has been presented. In the created application, proprietary car body sequencing algorithms were implemented.

7

Identyfikacja drożdży występujących w żywności. Analiza regionów rybosomalnych

Kowal K.

Przemysł Spożywczy

|

2017

|

T. 71, nr 2

26--28

PL

W identyfikacji drożdży wykorzystuje się metody klasyczne i ich modyfikacje polegające na ocenie cech fenotypowych oraz metody nowoczesne oparte na analizie polimorfizmu materiału genetycznego. Metody klasyczne są powszechnie stosowane, jednak ze względu na szybką i precyzyjną identyfikację coraz częściej wykorzystywane są techniki biologii molekularnej. W artykule opisano techniki stosowane w identyfikacji gatunkowej drożdży oparte na analizie regionów rybosomalnych (sekwencjonowanie, analiza restrykcyjna).

EN

There are different methods of yeast identification – classical methods and its modifications and modern methods based on polymorphism analysis of genetic material. Identification of yeast using conventional methods is labour-intensive and time-consuming. Therefore there is a reason to use molecular biology techniques that allow faster and more precise identification. This article presents molecular biology techniques of yeast identification, including analysis of ribosomal regions (sequencing, restriction analysis).

8

Nowoczesne aspekty problemu sekwencjonowania samochodów na wydziale montażu

Krystek J., Alszer S.

Przegląd Mechaniczny

|

2017

|

nr 9

53--55

PL

W artykule przedstawiono problem sekwencjonowania zleceń produkcyjnych na przykładzie wielo ersyjnej i wieloasortymentowej produkcji samochodów. Problem ten, rozpatrywany szeroko w literaturze, znany jest pod nazwą Car Sequencing Problem (CSP). W artykule zaprezentowano zarówno pierwotną wersję CSP, jak i późniejsze modyfikacje, koncentrując się na problematyce wydziału montażu. Analiza niniejszego problemu, prowadzona na przestrzeni lat, przedstawiona została w porównaniu z nowym podejściem proponowanym przez autorów artykułu.

EN

The article presents a problem of sequencing production orders based on sequencing a multiversion and multiassortment car production. The problem, widely considered in the literature, is known as Car Sequencing Problem (CSP). In the article both original CSP and its subsequent modifications are considered. The authors focus on sequencing cars along an assembly line. The approaches to this problem analyzed over the years are presented in comparison with a new approach proposed by the authors of this article.

9

Współczesne problemy sekwencjonowania samochodów na wydziale lakierni

Krystek J., Alszer S.

Mechanik

|

2017

|

R. 90, nr 7

527--529

PL

W artykule przedstawiono problem sekwencjonowania samochodów z perspektywy wymagań stawianych przez wydział lakierni. Zagadnienie ustalania kolejności realizacji zleceń produkcyjnych w zależności od koloru, na jaki malowana jest dana karoseria, było w literaturze rozpatrywane wielokrotnie. Założenia, które proponowano w ramach prowadzonych rozważań, znacznie jednak upraszczały analizowany problem w stosunku do istniejących wymagań i rozwiązań przemysłowych. Celem przeprowadzonej analizy problemu jest wykazanie konieczności zupełnie nowego podejścia do zagadnienia sekwencjonowania, uwzględniającego rzeczywistą strukturę linii produkcyjnej samochodów oraz organizację pracy lakierni.

EN

The article presents a problem of car sequencing from the perspective of the paint shop requirements. The issue of determining production orders depending on a color, on which a body is painted, has been considered in the literature several times. However, the assumptions proposed by scientists simplified greatly the analyzed problem in relation to the existing industrial solutions and requirements. The purpose of conducted analysis is to demonstrate a need for a completely new approach to sequencing problem, taking into account an actual structure of a car production line and organization of work in a paint shop.

10

Optimization of abstract algorithm

Ovsyak V.

Measurement Automation Monitoring

|

2016

|

Vol. 62, No. 1

37--39

EN

The optimization of the known abstract algorithm has been done by means of algebra of algorithms. The optimization criterion is the number of abstract operators. The optimization has been done on the basis of operation features of algebra of algorithms.

11

Sekwencjonowanie nowej generacji przyszłością genomiki - Ośrodek Genomiki Medycznej OMICRON

Garniewska A.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2015

|

nr 9-10

11--15

PL

Ośrodek Genomiki Medycznej OMICRON jest samodzielną jednostką Wydziału Lekarskiego Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ośrodek powstał na bazie projektu Unii Europejskiej, realizowanego do niedawna w Collegium Medicum. Prowadzone są w nim projekty naukowe bazujące na technologiach wysokoprzepustowych w obszarach genomiki, transkryptomiki i proteomiki. Ośrodek współpracuje z wieloma jednostkami badawczymi, zarówno krajowymi, jak i zagranicznymi.

12

Computer aided order sequencing in a mixed - model assembly system

Zemczak M., Kalinowski K.

Zarządzanie Przedsiębiorstwem

|

2014

|

Vol. 17, nr 2

42--48

EN

In the paper issues related to the mixed-model production in linear systems on the example of a car manufacturing company are discussed. The origins of linear assembly systems are described, and problems concerning determining the sequence of tasks to be admitted to assembly processes are pointed out. The computer system for projecting the production orders sequence in a mixed-model production system, based on a hybrid solution is presented. Also basics of the CSP (car sequencing problem) are discussed.

PL

W artykule omówione zostały zagadnienia związanie z produkcją w systemach mixed-model na przykładzie przedsiębiorstwa wytwarzającego samochody. Przedstawiona została geneza liniowych systemów montażowych oraz problemy związane z ustalaniem sekwencji zleceń przyjmowanych do montażu. Zaprezentowana została również aplikacja komputerowa do projektowania sekwencji zleceń w systemach mixed-model, oparta o rozwiązanie hybrydowe. Omówione zostały również podstawowe założenia problemu CSP (ang. Car Sequencing Problem, Problem Sekwencjonowania Samochodów).

13

A system for simulation of DNA coverage in shotgun sequencing processes

Garbulowski M., Polański A.

Pomiary Automatyka Kontrola

|

2014

|

R. 60, nr 6

376--377

EN

A design of a computational environment for simulation and statistical analysis of shotgun DNA sequencing process is presented. The approach involves developing simulation procedures on the basis of the Lander-Waterman theory. The explored aspects concern numbers of gaps and contigs. Simulations allow drawing certain conclusions: the created model is very similar to the Lander-Waterman theory, simulations of k-mers maps by the Poisson process allows estimating statistics of contigs number.

PL

W artykule zawarte są informacje dotyczące statystycznej analizy metody sekwencjonowania typu „Shotgun”. Projekt zakładał stworzenie środowiska obliczeniowego oraz modelu matematycznego, który jak najdokładniej odzwierciedla proces sekwencjonowania metodą „Shotgun”, wykorzystując przy tym losowe powstawanie krótkich sekwencji nukleotydowych, tak zwanych read’ów, a co za tym idzie również losowe formowanie się contig’ów – w pełni odtworzonych odcinków sekwencji. Stworzony model dzielił sekwencję zasad na zadaną ilość read’ów o stałej długości którą następnie odtwarzał poprzez porównanie końca poprzedniego i początku kolejnego read’a, sprawdzając tym samym ile fragmentów zostaje w pełni złożonych w contig’i. Jako własności statystyczne metody można rozumieć wzory Landera-Watermana przewidujące ilość powstawania contig’ów, które biorą pod uwagę całkowitą ilość read’ów, długość read’ów oraz całą długość sekwencji wejściowej. Wartości uzyskane metodą Landera-Watermana oraz uzyskane za pomocą modelu przedstawiono w postaci wykresu zależności ilości powstających contig’ów do parametru ścieżki pokrycia. Dodatkowo pod względem statystycznym wykreślono histogramy przedstawiające częstość występowania zasad w danym miejscu stworzone w oparciu o model oraz wykreślono na wykresie zakres wyników dla ilości powstających contig’ów wyliczony jako maksima i minima dla wielu losowych prób i przedstawione jako zależność od ścieżki pokrycia.

14

Metody analizy DNA - laboratorium genetyczne - cz. I

Gos M., Wertheim-Tysarowska K., Rzońca S., Nowakowska B., Charzewska A., Hoffman-Zacharska D.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2013

|

nr 11-12

29--34

PL

W pracy omówione zostały wybrane metody molekularne stosowane rutynowo w diagnostyce chorób genetycznie uwarunkowanych, w tym metody podstawowe, takie jak reakcja łańcuchowej polimerazy (PCR), sekwencjonowanie metodą Sangera czy hybrydyzacja kwasów nukleinowych. Uwzględniono także nowoczesne metody molekularne, takie jak multipleksowa amplifikacja sond zależna od ligacji (MLPA), porównawcza hybrydyzacja genomowa do mikromacierzy (aCGH) czy sekwencjonowanie następnej generacji.

EN

The paper discusses selected molecular methods routinely used in the diagnosis of inherited diseases, including basic methods such as polymerase chain reaction (PCR), Sanger sequencing or nucleic acid hybridization. Also modern molecular methods such as Multiplex ligation-dependent probe amplifi cation (MLPA), array-comparative genomic hybridization (aCGH) and nextgeneration sequencing (NGS).

15

Diagnostyka genetyczna zakażeń wirusem HIV-1

Stańczak J. J., Stańczak Grzegorz P., Dyda T., Ząbek P.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2013

|

nr 5-6

24--26

PL

Opisano nowoczesną diagnostykę molekularną zakażeń HIV-1: diagnozowane cechy wirusa (mutanty o zmienionej wrażliwości na leki, warianty tropowe, subtypy) oraz technologie i testy genetyczne (amplifikacja DNA/RNA, sekwencjonowanie, analiza filogenetyczna). Omówiono punkty czasowe badań oraz rolę wyników w planowaniu terapii.

EN

Modern molecular diagnostics of HIV-1 infection was described: virus characteristics (mutants with lowered drug susceptibility, viral tropism, subtypes) and genetic assays (RNA/DNA amplifi cation, sequencing, phylogenetic analysis). Testing time-points and the effect of results on therapy planning were discussed.

16

Formulation of a sequencing problem in a mixed-model production system

Krenczyk D., Zemczak M.

Journal of Machine Engineering

|

2012

|

Vol. 12, No. 3

45--51

EN

In the paper the problem of production orders sequencing in a mixed-model production system is considered. The authors present the design of the system and production orders, manufactured in the system. Model of the system consists of an input buffer and an assembly line with a given number of stations. The system is presented in a simplified manner, which provides the ability to compare it (under certain assumptions) with a real system. A virtual model of the mixed-model production system has been created. The main objective is to verify the correct operation of the prepared simulation model and the possibility of generating of input data and acquisition of output data in a mixed-model production system. The question is whether such model can be used to simulate the operation of a mixed-model production system in a manner that represents the outcome of a real system.

17

Techniki sekwencjonowania jako nowej generacji analityka w omice

Szymańska S., Studzińska S., Pareek Ch. S., Buszewski B.

Analityka : nauka i praktyka

|

2012

|

nr 3

27--36

PL

Sekwencjonowanie pozwala na ustalenie kolejności nukleotydów i wymaga dalszych analiz dających możliwości wyciągania inspirujących wniosków pozwalających na odkrycia mogące mieć kluczowe znaczenie podczas walki z chorobami cywilizacyjnymi ludzkości.

18

Scheduling jobs with linear model of simultaneous ageing and learning effects

Janiak A., Lichtenstein M., Rusoń A.

Decision Making in Manufacturing and Services

|

2011

|

Vol. 5, no. 1-2

37-48

EN

In the paper, we introduce some new scheduling model in which learning and aging effects are both considered simultaneously. In this model the actual processing time of the jobs depends only on its position in a schedule and can be described by the piecewise linear function. For single-processor problem with introduced model, we show that the problem of minimizing the makespan criterion for independent jobs with release dates is strongly NP-hard, but some special cases of this problem are polynomially solvable. Based on those special cases, we propose 4 heuristic algorithms and we experimentally examine their usefulness for solving the general problem.

19

Rozszerzenie algebry algorytmów

Owsiak W., Owsiak A.

Pomiary Automatyka Kontrola

|

2010

|

R. 56, nr 2

184-188

PL

W artykule za pomocą metody aksjomatycznej przedstawiono pod-stawy rozszerzonej algebry algorytmów. Algebra ta obejmuje operacje sekwencjonowania, eliminowania, zrównoleglenia, rewersowania oraz cyklicznego sekwencjonowania, eliminowania i zrównoleglenia, wykonywane na unitermach. Podano definicję algorytmu, do jakiego ma zastosowanie rozszerzona algebra algorytmów. Istotę zdefiniowanych operacji rozszerzonej algebry algorytmów zilustrowano za pomocą rysunków. Na przykładzie pokazano jej zastosowanie. Opis porównano z opisem algorytmów, otrzymywanym za pomocą klasycznej algebry algorytmów.

EN

Very often algorithms are described verbally or like a unit - diagram. The well known methods offering algorithms are: Post [1], Turing [2], Aho-Ullman-Hopcroft [3] or Schönhage [4] virtual machines, recursive functions (calculus λ, Church) [5], Markov algorithms [6], b-complexes of Kolmogorov (Kolmogorov machine) [7], Krinitski universal algorithms [8], and algorithm algebra [9]. It is obvious that verbal methods, and methods of unit - diagram, as well as, algorithm methods [1] - [8] are depicted by the intuition, not formally. Only by means of the algorithm algebra, the algorithm description is getting into the formulae form, on abstract and meaningful levels. The transformation and investigation of their trustworthiness can be made on formulae of algorithms with minimization target, by the specific operations. These advantages of algebra algorithms beyond other methods of algorithm description make a ground for it's using. Classical algorithm algebra [9] manipulates over conditional uniterms, which are delivered only two meanings (e.g. "yes" and "no" or "0" and "1").Very often conditional uniterm can deliver more than two meanings. For example, automation systems are operated in a plenty of regimes. Score parameters are controlled in checking systems. It is possible to describe the algorithms which contain more than 2 conditions by means of classical algebra algorithms. These formulae - algorithms are complicated for apprehension. To avoid possible mistakes, the expansion of the algorithm algebra is presented in the paper.

20

Slack due date assignment and scheduling stochastic jobs on a single machine

Soroush H. M.

Foundations of Computing and Decision Sciences

|

2007

|

Vol. 32, No. 2

153-181

EN

This paper solves the general case of the stochastic single machine scheduling problem where processing times are random variables and due dates are assigned using the slack method. Its objective is to identify the optimal sequence and optimal due dates which minimize the expected total weighted cost of assigning and missing due dates, with no restriction imposed on either cost. The paper presents an exact two-stage algorithm. The first stage (i) utilizes an adjacent precedence relation structure to determine an initial ordering of jobs, (ii) investigates the optimality of the initial job ordering, and (iii) when it cannot prove optimality. it tries to improve the initial ordering by moving jobs from their current positions to any other positions that ensure the precedence relations hold; thus, obtains an incumbent solution. The second stage, which uses the incumbent to show its optimality or search for the optimal solution, is a branch and bound. It utilizes the expected cost of the incumbent as an initial upper bound. It avoids investigating dominated branches by using the job precedence relations; thus, greatly reduces the size of the tree. Extensive computational results show that the incumbent solution obtained in the first stage of the algorithm provides a very tight upper bound cost which fathoms a significant number of non-dominated solutions in the second stage; thus, the proposed algorithm can solve large problems quickly on PC.