Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

2 Archives of Environmental Protection

Znaleziono wyników: 2

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

DNA vs RNA based studies of nitrogen removal bacteria genes via qPCR

Banach-Wiśniewska Anna, Gamoń Filip, Ziembińska-Buczyńska Aleksandra

Archives of Environmental Protection

2021

Vol. 47, no. 1

19--25

Improvements in water quality requires the removal of nitrogen compounds from wastewater. The most promising and cost-effective methods for this purpose are biological ones based on activated sludge microorganisms such as nitrifiers, denitrifiers, and anammox bacteria. Due to the most of the nitrogen removal bacteria are uncultivable in a laboratory, the application of the molecular tools is required to investigate microorganisms involved in the nitrogen removal. In case of this study for the analysis of relative genes abundance of nitrogen removal bacteria, quantitative PCR (qPCR) based on bacterial DNA and qPCR preceded by reverse transcription (RT-qPCR) based on bacterial mRNA as a template, were used with specific bacterial functional genes (amoA, nrxA, nirS, nirK, hzo). Samples from four anammox sequencing batch reactors (SBRs) were analyzed, while the nitrogen removal process and bacteria growth were supported by biomass immobilization and nanoparticles addition. There were statistically significant differences between results obtained in the case of mRNA and DNA (p<0.05). Statistically significant positive correlations were found between results obtained with those two approaches. In case of mRNA analysis, positive results were obtained only for hzo, amoA and partly for nirS genes, despite additional purification and removal of inhibitors from samples prior to reaction.

Z uwagi na to, że większości bakterii przemian związków azotowych nie można wyizolować w postaci czystych kultur, do ich zbadania konieczne jest zastosowanie metod biologii molekularnej. Jedną z najczęściej stosowanych w tym celu jest ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy (ang. Quantitative Polimerase Chain Reaction, qPCR). Celem eksperymentu było porównanie wyników analizy wybranych genów funkcyjnych bakterii przemian związków azotowych przy pomocy metody qPCR wykonanej na matrycy DNA i RNA (po odwrotnej transkrypcji). Względna liczebności genów funkcyjnych analizowana była z zastosowaniem metody qPCR (na matrycy DNA) oraz RT-qPCR (ang. Reverse Transcription-qPCR) (na matrycy RNA). Analizę przeprowadzono w oparciu o geny: amoA, nrxA, nirS, nirK i hzo. Próbki osadu czynnego pobrano z czterech sekwencyjnych reaktorów porcjowych, w których proces usuwania azotu i wzrostu bakterii wspomagano za pomocą immobilizacji biomasy i dodatkiem nanocząstek. Wykazano statystycznie istotne różnice między wynikami uzyskanymi w przypadku badań mRNA i badań opartych na DNA (p<0,05). Wyniki uzyskane za pomocą zastosowanych narzędzi biologii molekularnej (qPCR, RT-qPCR) były skorelowane pozytywnie. W przypadku analizy opartej na mRNA pozytywne wyniki uzyskano tylko dla genów hzo, amoA i częściowo dla genów nirS, pomimo dodatkowego oczyszczania i usuwania inhibitorów z próbek przed reakcją. Należy podkreślić, że w zależności od matrycy zastosowanej w qPCR (bakteryjne DNA lub cDNA zsyntetyzowane z bakteryjnego mRNA w procesie odwrotnej transkrypcji) uzyskane wyniki mogą wskazywać na różne informacje naukowe. Pomimo znaczących różnic pomiędzy wynikami otrzymanymi za pomocą dwóch metod, obliczone współczynniki korelacji Spearmana wskazują na wzajemne powiązanie pomiędzy otrzymanymi wynikami oraz powiązania ekologiczne pomiędzy bakteryjnymi genami przemian związków azotowych.

Tolerance to cytostatic drugs bleomycin and vincristine by white rot fungi

Jureczko Marcelina, Przystaś Wioletta, Urbaniak Monika, Banach-Wiśniewska Anna, Stępień Łukasz

Archives of Environmental Protection

2020

Vol. 46, no. 3

99--104

Cytostatic drugs have become one of the greatest environmental hazards. They exhibit toxic, carcinogenic, mutagenic and teratogenic effects on flora and fauna, including people. They are poorly eliminated in conventional wastewater treatment plants and their mixtures could possess higher ecotoxicity than individual drugs. Fungi are organisms with enormous potential for biodegradation of a variety of toxic chemical pollutants. The aim of this work was to estimate tolerance of five fungal strains to selected anticancer drugs, which will be useful to determine the potential for their possible use in cytostatics removal and may be significant in the context of wastewater treatment application. Test was conducted on Fomes fomentarius (CB13), Hypholoma fasciculare (CB15), Phyllotopsis nidulans (CB14), Pleurotus ostreatus (BWPH) and Trametes versicolor (CB8) and the chosen drugs were bleomycin and vincristine. Their ability to grow in the presence of selected cytostatics was evaluated in cultures conducted on two solid media which differed in the richness of nutrient compounds. Fungal strains tolerance was expressed as a half maximal effective concentration. Results showed that fungi display better tolerance to high cytostatics’ concentrations in the medium rich in carbon source. Regardless of the medium used, the differences in growth ability were lower for bleomycin (the tolerance was higher). The greatest tolerance for bleomycin was shown by Pleurotus ostreatus. Results suggest that more efficient elimination of bleomycin would be possible to obtain, strain BWPH seems to be the best fungal candidate for this drug degradation assay and, probably, in wastewater treatment application tests in a longer perspective.