Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Porównanie wydajności relacyjnej i nierelacyjnej bazy danych w kontekście przechowywania danych z mikromacierzy DNA

Zapart D., Waller T., Tkacz M.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

555-566

PL

W artykule porównana została wydajność dwóch wersji systemów zarządzania bazami danych pod kątem możliwości zastosowania ich w gromadzeniu danych z mikromacierzy DNA. W analizie porównawczej uwzględniono metody składowania danych: oparte na modelu nierelacyjnym (noSQL) oraz metodę gromadzenia danych mikromacierzowych zgodną z modelem relacyjnym Obiekt-Atrybut-Wartość. Do implementacji relacyjnej bazy danych wykorzystany został system Microsoft SQL Server 2012. Implementacja nierelacyjnej bazy danych wykonana została w programie Raven DB. Ocena efektywności każdej z metod gromadzenia danych oparta została na próbkowaniu czasu procesora (ang. CPU sampling) za pomocą oprogramowania Microsoft Visual Studio Profiler.

EN

The paper compares the efficiency of two versions of database management systems from the possibility of using them in storing data from DNA microarray point of view. In comparative analysis 3 methods of storing data were taken into account: basing on non-relational model (noSQL) and the method of storing microarray data according to the relational model called entity-attribute-value. Microsoft SQL Server 2012 system was used to implementation of relational database. Implementation of non-relational database was performed in Raven DB. Evaluation of efficiency of each of the method of storing data was based on CPU sampling using Micrisoft Visual Studio Profiler.

2

Analysis of entity-attribute-value model applications in freely available database management systems for dna microarray data processing

Waller T., Zapart D., Tkacz M., Wróbel Z.

Journal of Medical Informatics & Technologies

|

2012

|

Vol. 20

59--63

EN

Large volumes of data are generated during DNA microarrays experiments. Database management systems (DBMS) are increasingly applied to these data, providing optimum processing and management from multiple microarray experiments. In this study, freely accessible DBMS software versions were compared (Microsoft SQL Server 2008 Express Edition, Oracle Database 10g Express Edition, DB2 Express-C 9.7.2, MySQL 5.1, and PostgreSQL 9.0). We examined them in the context of possible Entity-Attribute-Value (EAV) application as an optimal organization method for microarray data. It was confirmed in the comparative analysis of component data processing methods, consistent with the EAV model, that efficient methods for microarray data analysis are available in Microsoft SQL Server 2008 Express Edition and PostgreSQL 9.0 systems. Also, DNA microarray data processing was confirmed to be more efficient with Microsoft SQL Server 2008 Express Edition as compared with PostgreSQL 9.0. The EAV method was also shown to be suitable for use with open-source versions of DBMS software as an optimum storage model for DNA microarray data. In terms of data processing methods and performance, the Microsoft SQL Server 2008 Express Edition proved to be the best among compared database systems.

3

Analiza wydajności metod dostępu do danych pochodzących z eksperymentów mikromacierzowych w zależności od sposobu ich przechowywania

Zapart D., Waller T., Tkacz M.

Studia Informatica

|

2010

|

Vol. 31, nr 2A

303-312

PL

W niniejszej pracy porównano (pod względem wydajności dostępu do danych) dwie metody gromadzenia plików zawierających dane z eksperymentu mikromacierzowego z wykorzystaniem mechanizmów relacyjnych baz danych. Pomiar czasu dostępu do zawartości pliku miał na celu wytypowanie tej metody, która po zaimplementowaniu w systemie informatycznym (którego jedną z funkcjonalności było przechowanie i udostępnianie danych mikromacierzowych) cechowałaby się lepszymi paramatrami dostępu do danych podlegających następnie dalszemu przetwarzaniu.

EN

The main goal of this article was to select the most optimal method of storing files from microarray experiment in database. The paper compares two methods of storing the data using the database: storing the files from microarray experiment directly in database or storing the reference to the files from the microarrays experiment saved on hard disk.