Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Wydział Chemiczny Politechniki Łódzkiej 1945-2015

Ślusarski L., Farbotko W., Bodalski R., Olma A., Szajdzińska-Piętek E., Przepiórkowska A., Leśniak E., Sokołowska J., Surma-Ślusarska B., Wojciechowski P., Wojcieszek E.

Zeszyty Historyczne Politechniki Łódzkiej

|

2015

|

Z. 15

[1]--202

2

Metoda O-acyloizopeptydowa w syntezie peptydow

Frączak O., Olma A.

Wiadomości Chemiczne

|

2014

|

[Z] 68, 7-8

733--749

EN

Proteins are macromolecules that carry out most of the biochemical functions of the cell, which strongly depend on the secondary and tertiary structure, defined by the amino acid sequence of a polypeptide chain. The importance of peptides and proteins in biology and medicine inspired chemists to develop strategies for their synthesis. The main limitation to the preparation of long peptides is their tendency to aggregation, what makes the coupling and deprotection reaction ineffective, and purification of the compounds difficult. Inter- and intramolecular interactions, hydrophobic character, the presence of multiple hydrogen bonds significantly affect the secondary structure of peptides, making further extension of the peptide chain very difficult. Undesirable aggregation process may be disrupted by reduction of hydrophobic interactions. For this purpose, various methods are used, based on the implementation of specific modifications to the peptide chain, affecting its secondary structure. These methods include, for example, incorporation of pseudoproline building blocks [5] and proximity induced peptide ligation [6, 7]. In some cases, it is convenient to extend the amino acid side chain to form isopeptides (Fig. 1) [14–16]. Depsipeptides can be created with the natural amino acids such as cysteine, serine, threonine, tyrosine, or tryptophan. The basic requirement is the presence of β-hydroxyamino component. The presence of a depsipeptide moiety in place of an amide bond significantly change the secondary structure of native peptide and prevents from aggregation, leading to higher yields of desired compounds [18]. In the solution phase peptide synthesis, this method is free from racemization [19]. Isodipeptide units can be successfully applied in SPPS for the synthesis of “difficult sequence”-containing peptides [19]. In this paper, many examples of effective use of O-acylisopeptides method in peptide synthesis are discussed.

3

Biwalentne ligandy receptorów opioidowych

Frączak O., Olma A.

Wiadomości Chemiczne

|

2014

|

[Z] 68, 3-4

233--255

EN

Opioids are the oldest drugs know to humanity, which have been and continue to be used for the treatment of chronic pain. Unfortunately they have a large numbers of side effects [1–6]. Three main types of opioid receptors μ (MOR), δ (DOR) and κ (KOR) are known [8]. The ORL1 receptor was classified as the fourth member of opioid receptor family [9]. Opioid receptors can form homodimers and the following heterodimers: DOR-KOR, DOR-MOR and KOR-MOR [13c,d,f, 14]. Specially designed ligands which are able to penetrate the BBB are used to study physiological consequences of opioid receptor homo- and heterodimerization, and as new analgesics. Bivalent ligands are defined as compounds that contain two pharmacophoric units, an appropriately designed spacer to separate and define the two pharmacophores, and a linker unit to connect the pharmacophores, to the spacer (Fig. 1) [16]. The affinity of a ligand to its target depends on its fundamental kinetic association and dissociation rate constants (Scheme 1) [24]. Bivalent ligands interacting with the opioid receptors have been divided into three groups: nonpeptide, peptide- nonpeptide and peptide homo- or heterodimers. Nonpeptide bivalent ligands (4–21, 27–41 and 44–45) containing different pharmacophores (selective opioid agonists or/and antagonists) connected with designed linkers have potent analgesic properties [25–34]. Compound 35 may be useful in the treatment of opioid dependence. Studies of peptide-nonpeptide ligands, which are a combination of “address” segments of endogenous opioid peptides and selective alkaloid ligand (47–50) indicate that peptide part of the analogues can modulate the receptor selectivity of the attached alkaloid pharmacophores [35]. Series of peptide-nonpeptide ligands containing different classes of opioid peptides and fentanyl (52–86) were synthesized and tested for binding affinity to μ and δ opioid receptors [38–40]. Good opioid affinity and antinociceptive activity of some of the obtained bivalent ligands (57, 61, 63) suggesting that a novel class of analgesics can be further developed utilizing this approach. Among homobivalent ligands the most important is biphalin 87 and its analogues (88–124) [41–53]. Analgesic potency of the most active ligand 112 is greater than parent peptide (biphalin) and morphine.

4

β-laktony pochodnych seryny jako prekursory aminokwasów wielofunkcyjnych

Olma A., Kudaj A.

Wiadomości Chemiczne

|

2010

|

[Z] 64, 9-10

831-857

EN

Optically active unnatural amino acids play important roles in bioorganic and medicinal chemistry [1]. Thus, development of novel methods for the synthesis of these amino acids is of great interest for organic chemists. Incorporation of these building blocks often results in peptidomimetics with limited conformational flexibility, enhanced enzymatic stability, improved pharmacodynamics and bioavailability. This review summarizes the utilization of β-lactones of serine and of α-alkylserines in the enantioselective synthesis of β-substituted alanines. N-Protected β-hydroxy-α-amino acids can be cyclized under modified Mitsunobu conditions to β-lactones [2–19]. Serine and threonine β-lactones can be also obtained by carboxyl group activation using coupling reagents (DIC, TBTU, HBTU, BOP, PyBOP, HBTU) [16, 21–27]. Readily accessible β-lactone ring opening with various nucleophiles provides many unnatural amino acids and other chiral building blocks. In the first part, the synthesis of N-protected β-hydroxyamino acid β-lactones and the ring opening mechanism are discussed [30, 31]. The second part of this review describes the ring opening with various nucleophiles, including halogens, thiols, selenes and tellures, nitrogen, phosphorus and carbon nucleophiles. Reactions of N-protected β-hydroxyamino acid and α-alkylserines β-lactones with halogen nucleophiles (HCl, HBr, LiCl, and MgX_2) in all described cases yield α-halogenomethyl derivatives [2, 20, 25, 32, 33]. α-Halogenomethyl-α-amino acids are potential enzyme-activated irreversible inhibitors of parent amino acid decarboxylases. Only a few synthetic strategies directed towards the synthesis of the selected α-halogenomethylamino acids have been described. The difficulty associated with the synthesis of these molecules lies in the presence of a halogen atom on the carbon atom vicinal to quaternary center bearing amine and carboxylic acid functionalities (like the neopenthyl position). Sulphur, selenium and tellurium nucleophiles were used to obtain S-substituted cysteines, α-alkylcysteines and lanthionine derivatives and their seleno and telluro analogues [2, 28, 32, 33, 44, 45, 49–54]. The use of nitrogen nucleophiles leads to β-amino-, β-cyano- and β-azidoalanines [2, 11, 13–15, 32, 33, 55–71]. Properties of the nucleofile and of β-lactone determine regioselectivity of ring opening, giving β-aminoalanines or amides. The use of sodium azide as the nucleophile led to the formation of β-azidoalanine and β-azido-α-alkylalanines, useful building blocks in peptide synthesis and precursors of α, β-diamino acids. Among nitrogen nucleophiles the cyclic secondary amine (pyrolidine, morpholine), aromatic amines and heterobases were used to synthesize β-aminoalanine derivatives. The β-lactone ring openings were carried out with phosphorus [10, 18, 72, 73] and carbon nucleophiles [5, 74–76]. Serine, threonine and α-alkylserines β-lactones are widely used intermediates for the synthesis of new optically pure unnatural, multifunctional amino acids, which are difficult to obtain in other ways.

5

Coefficients of trafic density fluctuations on the urban roads network

Olma A.

Architecture Civil Engineering Environment

|

2009

|

Vol. 2, no. 3

69-76

EN

The scope of the paper includes methods of designating the calculation coefficients for estimating Average Daily Traffic (SDR) based on short-term, random measurements of traffic density depending on: – a month (WM seasonal- annual fluctuations coefficients), – a day of the week (WT weekly fluctuations coefficients), – time of measurements and their duration (WZD daily traffic density fluctuations coefficients). The coefficients were designated for roads in urban areas on the grounds of the definitions of traffic fluctuations coefficients according to the General Directorate for National Roads and Motorways (GDDKiA – the Polish acronym) and the time series models. Furthermore, essential differences between the characteristics of urban and non-urban traffic were indicated. The coefficients supplement the current procedure of estimating the Average Daily Traffic on roads in urban areas, outgoing roads, and roads located on the outskirts of cities on the basis of random measurements taken at recommended intervals, as well as at any other time. The author of the paper intends to continue the measurements extended to a complete structure of traffic taken in the cross sections of the segments between the junctions on roads of low, medium and high functionality in urban areas.

PL

W pracy przedstawiono sposoby wyznaczenia współczynników przeliczeniowych szacowania średniego dobowego ruchu w roku (SDR) z krótkotrwałych, wyrywkowych pomiarów natężenia ruchu w zależności od: - miesiąca (współczynniki WM sezonowej-rocznej zmienności ruchu), – dnia tygodnia (współczynniki WT tygodniowej zmienności ruchu), – godzin prowadzenia pomiaru i czasu jego trwania (współczynniki WZD dobowej zmienności natężenia ruchu). Współczynniki wyznaczono dla dróg w obszarach miejskich na podstawie definicji wskaźników zmienności ruchu wg GDDKiA oraz na podstawie modeli szeregów czasowych. Ponadto wykazano istotne różnice między charakterystykami ruchu zamiejskiego i miejskiego. Wyznaczone wskaźniki uzupełniają procedurę, która umożliwia na bazie wyrywkowych pomiarów natężenia ruchu wykonywanych w okresach zalecanych i innych niż zalecane, szacowanie średniego dobowego ruchu (SDR) dla dróg w obszarach miejskich w centralnych i pośrednich częściach miast oraz na drogach wylotowych z miast. Zamierzeniem autorki jest kontynuacja pomiarów rozbudowanych o pełną strukturę rodzajową ruchu prowadzonych w przekrojach międzywęzłowych na drogach o wysokim, średnim i o niskim znaczeniu funkcjonalnym, na sieci dróg miejskich.

6

Prof. dr. hab. Mirosław T. Leplawy (1922-2007)

Olma A.

Zeszyty Historyczne Politechniki Łódzkiej

|

2008

|

Z. 8

45-51

7

Badanie wahań natężeń ruchu z pomiarów ciągłych w przekroju ulicy

Olma A.

Zeszyty Naukowe. Budownictwo / Politechnika Śląska

|

2004

|

z. 102

337-344

PL

Ciągłe pomiary natężenia ruchu umożliwiają uzyskanie wykresów sezonowych, tygodniowych i dobowych wahań ruchu. Ponadto służą do: -obliczenia faktycznej wartości Średniodobowego Natężenia Ruchu (SDR), -uzyskania miarodajnego natężenia godzinowego ( w 30, 50 lub 100 godzinie największego natężenia ruchu), -obliczenia wskaźników służących do przeliczania natężeń z pomiarów krótkotrwałych na SDR. W publikacji przedstawiono analizę wahań natężeń ruchu w przekroju ul. S. Kopcińskiego w Łodzi na podstawie pomiaru ciągłego przeprowadzonego w 2003 roku.

EN

The article presents the fluctuations in traffic volumes in Kopcińskiego Street in Łódź based on 24 hours traffic survey. The seasonal fluctuation in traffic volumes has been compared against seasonal traffic fluctuation on a rural road. The traffic flow has been the basis of and then compared to Average Annual Daily Traffic.

8

Transformation of alfa-Hydroxymethylamino Acids into alfa--Mercaptomethylamino Acids (alfa-Alkylcysteines)*[1]

Olma A.

Polish Journal of Chemistry

|

2004

|

Vol. 78 / nr 6

831-835

EN

N-Boc-_-alkylserines (_-hydroxymethylamino acids) undergo a cyclization reaction without racemization to N-Boc-_-alkylserine-_-lactones in 90-98% yield using Mitsunobu conditions (Ph P, diethyl azodicarboxylate). Treatment of the corresponding _-lactones with sulphur nucleophiles (thiolacetic acid or 4-methoxybenzylmercaptan) gives S-protected N-Boc-_-alkylcysteines (_-mercaptomethylamino acids) in high yield. These chimeric _,_-disubstituted amino acids, being incorporated into peptide chain, are able to close the cyclic structure as a disulfide bond.

9

Wpływ aminokwasów amfifilowych na właściwości peptydów biologicznie aktywnych

Olma A.

Zeszyty Naukowe. Rozprawy Naukowe / Politechnika Łódzka

|

2000

|

Z. 272

3-59

PL

α-Hydroksymetylo-α-alkiloaminokwasy należą do niebiałkowych aminokwasów α,α-dipodstawionych, których inkorporacja w łańcuch peptydowy może prowadzić do analogów o interesujących własnościach biologicznych, usztywnionej konformacji łańcucha peptydowego, zmienionym charakterze hydrofilowym i hydrofobowym oraz bardziej odpornych na hydrolizę enzymatyczną. W momencie podejmowania tej tematyki nie było opisanych w literaturze analogów peptydów biologicznie aktywnych, zwierających α-hydroksymetyloaminokwasy. Opracowano ogólną metodę oznaczania konfiguracji absolutnej a-hydroksymetyloaminokwasów polegającą na korelacji chemicznej ze znanymi α-metyloaminokwasami. Dla α-hydroksymetylowych analogów BzTyr, BzAsp i BzCys(Bzl) przeprowadzono rentgenograficzną analizę strukturalną, na podstawie której określono konfigurację absolutną oraz konformację ich N-benzoilowych pochodnych. Zsyntetyzowano szereg analogów peptydów biologicznie aktywnych zawierających reszty otrzymanych optycznie czynnych α-hydroksymetyloaminokwasów, stosując metody w roztworze i w fazie stałej. W syntezie na nośniku polimerowym użyto α-hydroksymetyloaminokwasy zarówno z chronioną, jak i wolną grupą hydroksylową. Wbudowanie dwóch reszt α-mety-loseryny w sekwencje lipopentapeptydu aktywującego limfocyty B prowadzi do analogu o wysokiej aktywności mitogennej i przedłużonym działaniu. Synteza czterech analogów LHRH, zawierających w pozycji 4 lub 6 reszty α-metyloseryny, dała związki o wysokiej aktywności biologicznej. Analog zawierający resztę (,S)-MeSer w pozycji 4 wykazywał, w przeprowadzonych testach in vivo, selektywność w uwalnianiu FSH (w dawce 1 μg uwalnia 32.5 ng/ml FSH, podczas gdy poziom uwalniania LH jest taki jak dla soli fizjologicznej). Przeprowadzono syntezę 16 analogów enkefalin zawierających reszty (R) i (S}-MeSer w pozycji 2 lub 3, dla których oznaczono aktywność antynocyceptywną. Analog dalamidu, posiadający resztę (5)-MeSer (α-hydroksymetylowaną D-Ala) w pozycji 2, wykazywał najwyższą aktywność, przy czym efekt antynocyceptywny utrzymywał się przez 180 min (100% aktywności przez 60 min). Zsyntetyzowano analogi [D-Ala2]Leu-enkefaliny i dalamidu zawierające α-hydroksymetylowe pochodne Tyr, Phe oraz Leu i poddano badaniom na wiązanie z receptorami opioidowymi. Wbudowanie HmTyr w miejsce Tyr powoduje dramatyczny spadek wiązania z receptorami μ i δ. Inkorporacja HmPhe w pozycję 4, HmLeu w pozycję 5 oraz przedłużenie łańcucha enkefaliny o resztę HmPhe prowadziła w większości przypadków do analogów o wysokim powinowactwie do receptorów μ i δ. Analogi zawierające α-hydro-ksymetyloaminokwasy o konfiguracji (R) w pozycji 4 i 5 posiadały wyższe powinowactwo w stosunku do receptora μ. Analogi zawierające (S) enancjomer w tych pozycjach oraz o przedłużonej sekwencji wykazywały selektywność w stosunku do receptora δ. Zbadano wpływ charakteru amfifilowego α-hydroksymetyloaminokwasów na aktywność biologiczną analogów deltorfiny I i endomorfmy-2. Wbudowanie (S)-HmPhe w pozycję 3 deltorfiny I dało analog o zbliżonej aktywności do naturalnego neuropeptydu, natomiast analog zawierający (R)-HmVal w pozycji 5 wykazywał wyższe powinowactwo w stosunku do receptora δ i selektywność niż deltorfma I. Modelowanie molekularne wykazało, że tylko analogi zawierające (S)-HmPhe w pozycji 3 lub (R)-HmVal w pozycji 5 stabilizują postulowaną, biologicznie aktywną konformację "hot-dog shape". Zsyntetyzowano 6 analogów endomorfiny-2, w których reszty Tyr lub Phe zostały zastąpione HmTyr lub HmPhe. Otrzymane tetrapeptydy posiadały niższe powinowactwo do receptora μ. Podobnie jak naturalna endomorfina-2, wykazywały selektywność w stosunku do receptora μ, co wskazuje na analogię topografii farmakoforów. Wbudowanie (R)-HmPhe w pozycję 3 analogów argininowej wazopresyny prowadziło do zaniku czynności biologicznej w teście presyjnym i teście na aktywność skurczową macicy. Aktywność analogu [Mpa1,(R)-HmPhe3]AVP w teście antydiuretycznym otwiera nowe możliwości w projektowaniu V2 agonistów. Przedstawione badania nad wpływem amfifilowych -α hydroksymetyloaminokwasów na własności peptydów biologicznie aktywnych należą do nielicznych opisanych w literaturze. Do chwili obecnej ukazały się trzy prace pochodzące z innych laboratoriów poświęcone tej tematyce.

EN

α-Hydroxymethyl-α-alkylamino acids belong to the family of α,α-dialkyl amino acids, which are an useful replacement of coded amino acids, because of their strong secondary-promoting effects and the increased pro-teolytic stability of the resulting peptides. One can expect, that besides generating specific constrains on conformational freedom of the peptide chain α-hydroxymethyl-α-alkylamino acids would furnish peptides with enhanced hydrophilicity advantageous for an increase of bioavailability. In spite of their potential as a peptide building block, α-hydroxymethyl-α-alkylamino acids remain neglected by peptide chemists and only few examples of their use in structure-activity studies have been reported so far. In the present research a general method of determination the absolute configuration of α-hydroxymethylamino acids were developed. The method involves a chemical correlation with α-methylamino acids. The absolute configuration were determined for HmPhe, HmPhg, HmVal, HmLeu, HmLys, HmNal and HmEtGly. Also the absolute configurations of HmTyr, HmAsp and HmCys were determined from X-ray structure of their benzoyl derivatives. Both enantiomers of α-hydroxymethylamino acids with free or protected hydroxymethyl group were incorporated into several bioactive peptides using methods in solution as well as on polymer support. The lipopentapeptide Pam3Cys-(R)-MeSer-(R)-MeSer-Asn-Ala was synthesized in order to obtain a mitogenic lipopeptides resistant against proteases. The analogue with (R)-MeSer was found to induce enhanced cell proliferation of spleen lymphocytes. Four analogues of LHRH containing both enantiomers of MeSer in position 4 or 6 were synthesized. The most interesting result was selective release of FSH by the analogue containing (S)-MeSer in position 4. The influence of the amphiphilic character of α-hydroxymethylamino acids on the biological activity of opioid peptides was studied. The analogues of Leu- and Met-enkephalines containing α-hydroxymetylated amino acid in each position were synthesized. These analogues were tested on antinociceptive activity and binding affinity. The most interesting analogue of dalamide (Tyr-(S)-MeSer-Gly-Phe-LeuNH2) produced an antinociceptive effect between 10 to 180 min. after injection, with the peak effect between 20 and 60 min, The investigation of binding affinity showed that the analogues containing (R)- α-hydroxymethylamino acid residue in position 4 or 5 indicate μ-selectivity. The analogues containing the (S)-enantiomer and the analogues extended with HmPhe showed δ-selectivity. The impact of α-hydroxymetylation on the binding affinity was tested for deltorphin I and endomorphin-2 analogues. The most active analogue, [(R)-HmVal 5]DT I showed δ-affinity and the selectivity higher then the parent DT I. The obtained data additionally support the previously proposed model of the active conformation of deltorphins. Three new analogues of arginine vasopressin containing (R)-HmPhe in position 3 were tested for vasopressor and antidiuretic as well as uterotonic activity. None of the analogues showed any pressor and uterotonic activity. The analogue [Mpa1, (R)-HmPhe3]AVP exhibited significant antidiuretic activity, which may offer new possibilities in the design of V2 agonists. Overall results show, that hydroxymethylation of α-position of amino acids represents modification, which could be successfully applied for SAR study of the bioactive peptide analogues.

10

Procedura obliczania przepustowości skrzyżowań bez sygnalizacji świetlnej w świetle obecnych warunków ruchu

Olma A.

Zeszyty Naukowe. Budownictwo / Politechnika Śląska

|

2000

|

z. 89

153-161

PL

W publikacji przestawiono poprawki, jakie należy uwzględnić w obliczaniu przepustowości skrzyżowań bez sygnalizacji świetlnej. Przedstawione zostały parametry, które uległy zmianie w obecnej sytuacji ruchowej i nowocześniejszym parku pojazdów. Korekty należałoby uwzględnić w nowym wydaniu instrukcji obliczania przepustowości skrzyżowań bez sygnalizacji świetlnej.

EN

The article presents the corrections, which should be taken into consideration in order to make calculation of capacity of cross roads without the traffic lights. There are described the parameters, which are changed in present traffic situation and with modern fleet of motor vehicles.