Historia oczyszczalni ścieków „Czajka” rozpoczęła się w roku 1991. Po wieloletniej budowie oczyszczalnia została oddana do użytku, jako pierwsza oczyszczalnia ścieków w Warszawie. Obiekt zlokalizowano w północnej części miasta, po prawej stronie Wisły, będącej odbiornikiem ścieków oczyszczonych. W swojej pierwotnej postaci oczyszczalnia zapewniała oczyszczenie ścieków wyłącznie z terenu prawobrzeżnej Warszawy i kilku sąsiadujących miejscowości (Legionowa, Marek, Ząbek). Zastosowana technologia umożliwiała kompleksowe mechaniczne oczyszczanie ścieków oraz proces biologiczny w komorach osadu czynnego pozwalający na efektywne usuwanie ze ścieków związków organicznych oraz części azotu. Proces obróbki powstających osadów ściekowych obejmował ich zagęszczanie, stabilizację beztlenową w zamkniętych komorach fermentacyjnych i odwadnianie. Odzysk energii ograniczał się wówczas do produkcji energii cieplnej z biogazu, wykorzystywanej do podgrzewania komór fermentacyjnych oraz na pozostałe własne potrzeby oczyszczalni. O produkcji energii elektrycznej w tamtych czasach oczywiście nie było mowy.
Oczyszczalnia Ścieków "Czajka", zaprojektowana w latach 1970-73, została przejęta do eksploatacji w styczniu 1991 r. Projekt przewidywał przepustowość zakładu na 400 tys. m³ ścieków na dobę. Obecnie do oczyszczalni dopływają ścieki z całej prawobrzeżnej części Warszawy oraz Legionowa w ilości ok. 190 tys. m³ na dobę. Ścieki kierowane są do oczyszczalni za pomocą systemu pompowni. Obiekty ciągu technologicznego zaprojektowano w układzie klasycznym, a od 1995 r. wprowadzono wspomaganie chemiczne. Część mechaniczna składa się z krat, piaskowników i osadników wstępnych, natomiast w skład części biologicznej wchodzą komory napowietrzania i osadniki wtórne.