Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Dwupoziomowy model interakcji białko-ligand w dokowaniu molekularnym

Pacholczyk M., Starosolski Z.

Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska

|

2008

|

z. 151

223-232

PL

W pracy przedstawiono ideę dwupoziomowego modelu interakcji białko-ligand w problemie dokowania molekularnego. Dokowanie molekularne może być rozpatrywane jako potencjalna metoda komputerowego wspomagania projektowania i optymalizacji działania nowych leków. Stosowana metoda symulacji, z wykorzystaniem map stochastycznych, wywodząca się z losowych metod planowania trajektorii w robotyce, może być uważana za niezwykle interesujące, nowe podejście do efektywnego próbkowania przestrzeni konformacyjnej ligandu wokół białka. Oddziaływanie białko-ligand podzielone jest na dwie części - elektrostatykę modelowaną za pomocą równania Poissona-Boltzmanna oraz oddziaływania van der Waalsa reprezentowane przez potencjał Lennarda-Jonesa. Mapa stochastyczna w połączeniu z geometrycznym modelem interakcji białko-ligand, takim jak LUDI, może dać pełny obraz procesu dokowania molekularnego, począwszy od fazy niezwiązanej, na fazie końcowej, gdy ligand wiązany jest specyficznymi dla miejsca wiążącego oddziaływaniami, skończywszy.

EN

. In the paper we present an idea of two-level model of protein-ligand interaction for the problem of molecular docking. Molecular docking can be regarded as a potential method for computer aided drug design and optimization. We use stochastic roadmap methodology, inspired by probabilistic path planning in robotics, which can be regarded as a very interesting novel approach to effective sampling of ligand conformational space around a protein molecule. Protein - ligand interaction in divided into two parts electrostatics, modeled by the Poisson-Boltzmann equation, and van der Waals interaction represented by the Lennard-Jones potential. The stochastic roadmap combined with geometrical model of protein - ligand interaction, such as LUDI, could give full insight into the molecular docking problem from unbound phase to the final phase when a ligand is bound to the binding site of a protein.

2

Badanie stabilności układu hybrydowego z zastosowaniem wielokrotnej przedziałami liniowej funkcji Lapunowa

Starosolski Z.

Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska

|

2006

|

z. 146

85-104

PL

W niniejszej pracy badano stabilność układu hybrydowego z zastosowaniem wielokrotnej funkcji Lapunowa. Do parametryzacji wielokrotnej funkcji Lapunowa użyto funkcji przedziałami liniowej. Rozważano układ hybrydowy złożony z dwóch dynamik przełączanych w zależności od stanu dyskretnego i liniowej funkcji przełączającej. Cechą charakterystyczną badanego układu jest poruszanie się po trajektoriach dwóch różnych dynamik w tym samym regionie płaszczyzny stanu. Stabilność danego układu jest analizowana przez rozwiązanie problemu programowania liniowego (PPL). W wyniku rozwiązania PPL otrzymuje się wartości przedziałami liniowej wielokrotnej funkcji Lapunowa (PLWFL). W pracy zostały przedstawione warunki konieczne, jakie musi spełniać PLWFL, aby badany układ hybrydowy był asymptotycznie stabilny.

EN

In the paper a study of application of piecewise linear Lyapunov function as a Multiple Lyapunov function for analyzing the stability of hybrid system is presented. An example of hybrid system composed of two linear dynamics with switching is analyzed. The switching is controlled by a discrete control function. Both dynamics are asymptocally stable and both are defined under common region of the state space. The stability of hybrid system is proved by solving the linear programming problem. The conditions for asymptotic stability of hybrid linear system based on Piecewise Linear Multiple Lyapunov Function are presented.

3

Adaptacyjna procedura konstrukcji przedziałami liniowej funkcji Lapunowa

Starosolski Z.

Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska

|

2003

|

z. 138

183-199

PL

W tej pracy zajmujemy się zastosowaniem przedziałami liniowej funkcji Lapunowa do analizy stabilności nieliniowych układów dynamicznych. Przedstawiono rezultaty otrzymane za pomocą dwóch typów triangulacji służących do definiowania przedziałami liniowej funkcji Lapunowa. Możliwym zakresem zastosowania tej klasy funkcji jest określanie absolutnej niestabilności liniowych układów z niepewnością. Przedstawiono przykład, w którym warunki otrzymane przez przedziałami linową monotoniczną funkcję Lapunowa opartą na siatce polarnej są gorsze od tych otrzymanych na podstawie przedziałami linowej monotonicznej funkcji Lapunowa opartej na siatce adaptacyjnej.

EN

In the paper a study of application of piecewise linear Lyapunov (PLL) functions is presented. PLL is defined by triangulation of the state space, to the problem of estimating stability region of uncertain non-linear systems We compare stability regions of non-linear time -varying system obtained by two methods using piecewise linear Lyapunov function defined on polar grid and adaptive grid.

4

Single nucleotide polymorphisms applied in statistical inference of population growth

Polański A., Starosolski Z., Świerniak A., Kimmel M.

Biocybernetics and Biomedical Engineering

|

2003

|

Vol. 23, no. 4

45-61

EN

We have evaluated probability distributions of estimates of parameters of population growth, based on data on frequencies of alleles of unlinked SNP sites in DNA, modeled with the use of time dependent coalescence process acting together with mutation of a very low intensity. Probability distributions of maximum likelihood estimates of the product parameter of the present population effective size and exponent coefficient, for exponential scenario, have atoms at zero and long tails to the right. For stepwise scenario, log likelihood functions typically exhibit very long lines, covering many decades of the scale, of almost the same value of log likelihood. Observational data from [14] are consistent with the hypothesis of the population growth.

5

Rekonstrukcja drzew genealogicznych w przypadku zmiennej w czasie liczebności populacji

Starosolski Z

Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska

|

2000

|

z. 132

129-147

PL

W pracy porównano wyniki rekonstrukcji drzew genealogicznych uzyskane dwiema metodami: największej oszczędności oraz największej wiarygodności, przy dodatkowym założeniu, iż drzewo, będące wzorcem dla drzew rekonstruowanych, powstało w warunkach zmiany liczebności populacji w czasie. Przyjęto trzy typy przebiegów liczebności populacji: dwustanowy, wielostanowy, wykładniczy. Przy tworzeniu drzewa wzorcowego została zastosowana funkcja gęstości prawdopodobieństwa procesu koalescencji.

EN

In this work we compare the results of reconstruction of genealogical trees using two methods: maximum parsimony and maximum likelihood. An additional condition on pattern tree for trees reconstructed, were built in case of varying population size. Three types of courses population size: two-step, multiple-step, exponential were tested. For generation of the true tree probability function the process coalescence is used.