European Union regulations require very high standards of wastewater treatment due to both, economic and environmental reasons. Thus wastewater treatment plants are searching for new, efficient technologies to obtain the best quality of WWTPs’ effluent. Among other biological methods granular sludge is known to be effective and useful way for sewage purification due to its better sedimentation properties. Granular sludge is interesting also from microbial ecology point of view. The composition of the granules is very difficult to be analyzed with traditional cultivation methods so molecular tools usage is advisable. In order to perform any molecular analysis DNA isolation is required. In this article we compared two DNA isolation methods – mechanical method and commercial GeneMatrix Soil DNA Isolation Kit (Eurx) and two ways of granular sludge preparation with PBS washing before isolation to check does the method of isolation and preparation influence further laboratory procedures, such as polymerase chain reaction (PCR) amplification and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) separation and fingerprint obtainment. It was stated that there is no influence of the DNA isolation method on the amount of PCR products obtained, but it influences qualitative DGGE resolution and bioinformatical analysis of the results.
PL
Regulacje Unii Europejskiej zaostrzają standardy dotyczące ścieków oczyszczonych, zarówno z powodów ekonomicznych, jak i ochrony środowiska. Dlatego też oczyszczalnie ścieków poszukują nowych, wydajniejszych technologii oczyszczania ścieków. Wśród tych metod osad granulowany wydaje się być efektywną i użyteczną drogą oczyszczania ścieków, ze względu na lepsze niż tradycyjny osad czynny właściwości sedymentacyjne. Osad granulowany jest interesujący również z punktu widzenia ekologii mikroorganizmów. Analiza składu granul jest niezmiernie trudna do wykonania tradycyjnymi metodami mikrobiologicznymi, dlatego też do takich badań niezbędne jest wykorzystanie metod biologii molekularnej. W celu prowadzenia analiz z zakresu biologii molekularnej konieczne jest izolowanie DNA bakteryjnego. W tej pracy podjęto próbę porównania izolacji DNA dwiema metodami – mechaniczną i z użyciem komercyjnego zestawu odczynników GeneMatrix Soil DNA Isolation Kit (Eurx) oraz wykorzystano dwie modyfikacje przygotowania materiału do izolacji poprzez płukanie buforem PBS. Badania miały na celu określenie, czy procedury przygotowawcze i metoda izolacji mają wpływ na efektywność dalszych procedur badawczych, takich jak amplifikacja z użyciem łańcuchowej reakcji polimerazy (polymerase chain reaction, PCR) oraz rozdział w gradiencie czynnika denaturującego (denaturing gradient gel electrophoresis; DGGE) i uzyskanie wzorów struktury genotypowej zbiorowiska. W badaniach wykazano, że wybór metody izolacji nie ma większego wpływu na ilość uzyskanego produktu PCR, ma jednak wpływ na jakość rozdziału DGGE i wynik analizy bioinformatycznej uzyskanych wyników.
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.