Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

1 Bio-Algorithms and Med-Systems

1 2005

Znaleziono wyników: 1

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych: zmienność mutacyjna

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

Zmienność mutacyjna w homologicznych rodzinach kinaz

Kuśka J., Leluk J., Lesyng B.

Bio-Algorithms and Med-Systems

2005

Vol. 1, no. 1/2

125--128

Przeanalizowano cztery rodziny kinaz (heksokinazy, receptorowe kinazy tyrozynowe, niereceptorowe kinazy tyrozynowe- JAK, cAMP-zależne kinazy). Sekwencje pobrano z bazy danych SWISS-PROT. Przeprowadzono dopasowanie sekwencji oraz skonstruowano sekwencje konsensusowe dla każdej rodziny przy użyciu algorytmu semihomologii genetycznej. Do identyfikacji pozycji kontaktujących się wzajemnie w strukturze trzeciorzędowej zastosowano zasoby bazy danych Ligand-Protein Contact and Contacts of Structural. Analiza oraz wizualizacja zmienności dla trzech grup zastała przeprowadzona na podstawie wzorcowej struktury trzeciorzędowej dla każdej grupy, pobranej z Protein Data Bank. Strukturę trzeciorzędową dla grupy JAK wygenerowano w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego. Przeanalizowano występowanie mutacji sprzężonych w każdej badanej rodzinie enzymów przy użyciu programu Corm, opracowanego również w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania w Warszawie. Dla każdej przebadanej rodziny stwierdzono, że: - W poszczególnych pozycjach występowało od 1 do 17 różnych aminokwasów. – Pozycje tworzące centrum katalityczne wykazują niski stopień zmienności, chociaż pozycje bezpośrednio sąsiadujące z nimi mogą odznaczać się wyższą zmiennością. – N-końcowy peptyd liderowy charakteryzuje się bardzo wysokim stopniem zmienności. – Pozycje znajdujące się w bezpośrednim kontakcie posiadają identyczny lub zbliżony stopień zmienności. – Pozycje wykazujące sprzężenie mutacyjne są odległe od siebie w strukturze pierwszorzędowej, lecz położone blisko siebie w strukturze trzeciorzędowej. To zjawisko potwierdza przyjęty ogólnie mechanizm kompensacji mutacji. Jednak część zaobserwowanych mutacji sprzężonych odnosi się do pozycji znacznie oddalonych od siebie w strukturze trzeciorzędowej. Mechanizm powstawania tego typu sprzężeń mutacyjnych nie jest jeszcze poznany i wymaga dalszych badań. Wyniki naszych badań generalnie potwierdzają hipotezę dotyczącą korelacji pomiędzy poziomem zmienności pozycji będących w kontakcie. Odnosi się to do twierdzenia, że struktura przestrzenna, jak i funkcja białek są bardziej konserwatywne niż struktura pierwszorzędowa. Praca wykonana została w ramach grantu MAMBA (Centre of Excellence for Multiscale Biomolecular Modelling, Bioinformatics and Applications) Projekt nr QLRI-CT-2002-90383.

Four homologous kinase families (hexokinases, RTKs, JAKs, cAMP dependent kinases) were investigated with respect to the mutational variability within each family. The sequences were obtained from Swiss-Prot database. Multiple sequence alignments as well as consensus sequences were created and verified with the aid of the algorithm of genetic semihomology. The application of the Ligand-Protein Contact and Contacts of Structural Units database helped to select the residues which are in mutual contact in the secondary as well as tertiary structures. The analysis and visualization of variability in three analyzed groups was acquired with the use of three-dimensional models obtained from the Protein Data Bank. The tertiary structure of JAKs was predicted at Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, Warsaw University. Correlated mutations occurring in each kinase family were identified and investigated with the Corm program developed also at ICM UW. For all four analyzed groups of kinases it was observed that: The results of this work generally confirm the hypothesis concerning the correlation mechanism for mutually interacting residues being in close distance. It refers to the statement that protein structure and function which are more significantly conservative than the primary structure itself. This work was supported by MAMBA (Centre of Excellence for Multiscale Biomolecular Modelling, Bioinformatics and Applications) Project No. QLRI-CT-2002-90383.