Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Efektywna reprezentacja molekularnych struktur białkowych stosowana w procesie ich porównania

Małysiak-Mrozek B., Mrozek D., Kołkowski Ł.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

507-524

PL

Porównanie molekularnych struktur białkowych często jest ważnym procesem towarzyszącym poszukiwaniu podobieństwa strukturalnego białek, identyfikacji ich funkcji, a także badaniu ewolucji organizmów żywych. Efektywna reprezentacja struktur białkowych jest niezwykle istotna dla powodzenia procesu porównania oraz szybkości jego prowadzenia. W niniejszym artykule przedstawiono rozważania na temat wyboru cech reprezentatywnych opisujących struktury białkowe w procesie ich porównywania. Zaprezentowano również badania dotyczące porównania struktur białkowych za pomocą macierzy odległości międzyrezydualnych, transformowanych następnie do macierzy odcieni szarości i opisanych przez współczynnik jakości obrazu Q dla szybszego porównania i wyszukiwania w bazie danych.

EN

Comparison of protein, molecular structures is often an essential component process of protein structure similarity searching, identification of protein functions, and investigation of the evolution of living organisms. Effective representation of protein structures in the comparison process is then very important for its successfulness and swiftness. In the paper, we present considerations on using various, representative features describing protein structures in their comparison. We also show our research on protein structure comparison with the use of intra-residual distance matrices, which are transformed to the grayscale images and described by means of the Universal Image Quality Index for faster comparison and database retrieval.

2

Dwufazowy algorytm dopasowania w poszukiwaniu podobieństwa struktur białkowych

Krygowski A., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

525-541

PL

Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest jednym z kluczowych, a zarazem trudnych zadań współczesnej bioinformatyki strukturalnej. Bogata przestrzeń poszukiwań oraz różnorodność cech strukturalnych i funkcjonalnych białek sprawiają, że powstaje wiele algorytmów poszukiwania podobieństwa białek, których działanie opiera się na różnych cechach reprezentatywnych. W niniejszym artykule przedstawiono nowy, dwufazowy algorytm dopasowania struktur białkowych, wykorzystywany w poszukiwaniu podobieństwa białek.

EN

Protein structure similarity searching is one of the key, and yet difficult tasks of modern structural bioinformatics. A reach exploration space and a wide variety of structural and functional features of proteins caused the development of many algorithms of protein similarity searching, whose activity is based on various representative characteristics. In this paper, we present a new, two-phase algorithm for matching protein structures used in the protein similarity searching.

3

Architektura hierarchicznego systemu wieloagentowego dla procesu poszukiwania podobieństwa białek

Małysiak-Mrozek B., Momot A., Mrozek D., Momot M.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

83-97

PL

Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest procesem niezwykle złożonym obliczeniowo i czasochłonnym, a jednocześnie istotnym z punktu widzenia zrozumienia działania i funkcji cząstek białkowych. Jednym ze sposobów przyspieszenia tego procesu jest jego zrównoleglenie przez rozproszenie obliczeń na wielu komputerach. W niniejszym artykule przedstawiono zaprojektowaną przez autorów architekturę hierarchicznego systemu wieloagentowego wykorzystywanego w poszukiwaniu podobieństwa białek. Zaprezentowano również różne scenariusze użycia i implementacji tej architektury w poszukiwaniu podobieństwa molekuł biologicznych. Dodatkowo przedstawiono wyniki eksperymentów numerycznych potwierdzających przydatność zaprojektowanej architektury w procesie eksploracji struktur białkowych.

EN

Protein structure similarity searching is a very complex and time-consuming process. One of the possibilities how we can accelerate the process is parallelization by distributing the computational procedure on multiple computers. In the paper, we present the architecture of the hierarchical multi-agent system dedicated to protein structure similarity searching. We also demonstrate different scenarios how this architecture can be used and modified in similarity searching of biological molecules. Additionally, we show results of several numerical experiments confirming a suitability of the presented architecture in the exploration of protein structures.

4

Using machine learning approach for protein fold recognition

Stąpor K.

Studia Informatica

|

2011

|

Vol. 32, nr 4A

27-41

EN

Protein fold recognition using machine learning-based methods is crucial in the protein structure discovery, especially when the traditional sequence comparison methods fail because the structurally-similar proteins share little in the way of seąuence homology. Based on the selected machine learning classification methods, we explain the methodology for building classifiers which can be used in the protein fold recognition problem.

PL

Rozpoznawanie typu ufałdowania białka z wykorzystaniem metod uczenia maszynowego ma kluczowe znaczenie w przewidywaniu struktury białka, szczególnie w przypadkach kiedy tradycyjne podejście oparte na podobieństwie łańcuchów nie znajduje zastosowania ze względu na jego znikomą wartość. Na podstawie wybranych algorytmów uczenia maszynowego klasyfikacji w artykule przedstawiono metodykę automatycznego rozpoznawania typu ufałdowania białka.

5

EDB – baza danych rozkładów energii potencjalnej białek

Mrozek D., Małysiak-Mrozek B., Kozielski S., Kral K., Moczała M., Oleś Ł., Suwała T., Szecówka A.

Studia Informatica

|

2009

|

Vol. 30, nr 2B

163-178

PL

Analiza cech strukturalnych i energetycznych białek może być kluczem do zrozumienia, w jaki sposób białka oddziaływają ze sobą w reakcjach komórkowych. Podczas badania złożonych procesów, w których uczestniczą białka, niezwykle pomocne mogą być rozkłady energii potencjalnej na poszczególnych atomach struktury. Baza Energy Distribution Data Bank (EDB, http://edb.aei.polsl.pl) przechowuje rozkłady energii różnych typów dla struktur białkowych pobranych ze znanej amerykańskiej bazy Protein Data Bank. W niniejszym artykule opisujemy cel zbudowanej przez nas bazy EDB, możliwe sposoby jej wykorzystania w badaniach naukowych, możliwości wyszukiwania właściwej informacji i plany dalszego rozwoju.

EN

The analysis of structural and energy features of proteins can be a key to understand how proteins work and interact to each other in cellular reŹactions. The distributions of energy over each atom in protein structures can be very supportive for the studies of the complex processes proteins are involved in. The Energy Distribution Data Bank (EDB, http://edb.aei.polsl.pl) stores a variety of energy distributions for protein molecular structures retrieved from the well-known Protein Data Bank. In the paper, we describe the purpose of the EDB, a possible use of the information stored in it, query possibilities, and plans for future development.