Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

Powiadomienia systemowe

Sesja wygasła!

Znaleziono wyników: 2

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych: structured data

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

Petri Nets with Structured Data

Badouel E., Hélouët L., Morvan C.

Fundamenta Informaticae

2016

Vol. 146, nr 1

35--82

This paper considers Structured Data Nets (StDN): a Petri net extension that describes open systems with data. The objective of this language is to serve as a formal basis for the analysis of systems that use data, accept inputs from their environment, and implement complex workflows. In StDNs, tokens are structured documents. Each transition is attached to a query, guarded by patterns, (logical assertions on the contents of its preset) and transforms tokens. We define StDNs and their semantics. We then consider their formal properties: coverability of a marking, termination and soundness of transactions. Unrestricted StDNs are Turing complete, so coverability, termination and soundness are undecidable for StDNs. However, using an order on documents, and putting reasonable restrictions both on the expressiveness of patterns and queries and on the documents, we show that StDNs are well-structured transition systems, for which coverability, termination and soundness are decidable. We then show the expressive power of StDN on a case study, and compare StDNs and their decidable subclasses with other types of high-level nets and other formalisms adapted to data-centric approaches or to workflows design.

Integracja i wizualizacja danych strukturalnych na przykładzie baz sieci biologicznych

Świder K., Jędrzejec B., Jakobus D.

Studia Informatica

2011

Vol. 32, nr 2A

199-212

Do najważniejszych zadań biologii systemowej należy badanie sieci biologicznych, celem ich lepszego poznania i praktycznego wykorzystania. W artykule przedstawiono zintegrowane środowisko BiNArr do wstępnego przetwarzania oraz wizualizacji danych, pochodzących z wybranych baz sieci biologicznych. Zaproponowano jednolitą grafową reprezentację struktur pozyskanych z oryginalnych zasobów oraz przygotowano moduły do ich wizualizacji i edycji. Przewidziano także możliwość eksportu grafów w formatach wymaganych przez aplikacje drążenia grafów. Do prezentacji wybranych funkcji systemu posłużyły – udostępnione w bazach KEGG – mapy szlaków metabolicznych oraz sieci oddziaływań białko-białko, pozyskane z za-sobów DIP.

The investigation of biological networks for their better understanding and making available for practical use is currently the important task in systems biology. The paper presents an integrated environment BiNArr aimed to perform some data preparation operations as well as visualization of the network data stored in biological databases. We proposed the unified graph representation for the structures extracted from original resources and developed the modules for their visualization and edition. Another important feature is the automatic coding of the resulting graphs in several formats required by different graph mining applications. In order to present some capabilities of the application, the structures from example databases representing metabolic pathways (KEGG) as well as protein-protein interactions (DIP) were used.