Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

RNApolis: Computational Platform for RNA Structure Analysis

Szachniuk Marta

Foundations of Computing and Decision Sciences

|

2019

|

Vol. 44, No. 2

241--257

EN

In the 1970s, computer scientists began to engage in research in the field of structural biology. The first structural databases, as well as models and methods supporting the analysis of biomolecule structures, started to be created. RNA was put at the centre of scientific interest quite late. However, more and more methods dedicated to this molecule are currently being developed. This paper presents RNApolis - a new computing platform, which offers access to seven bioinformatic tools developed to support the RNA structure study. The set of tools include a structural database and systems for predicting, modelling, annotating and evaluating the RNA structure. RNApolis supports research at different structural levels and allows the discovery, establishment, and validation of relationships between the primary, secondary and tertiary structure of RNAs. The platform is freely available at http://rnapolis.pl

2

Scenariusze użycia systemu MAS4PSi w diagnostyce medycznej

Górczyńska-Kosiorz S., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2013

|

Vol. 34, nr 2A

337--352

PL

System MAS4PSi (Multi Agent System For Protein Similarity searching) pozwala na szybkie, skalowalne i niezawodne poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek. Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest kluczowe w prowadzeniu badań nad różnymi procesami biologicznymi i innymi obszarami, które mają swoją podstawę w tych procesach biologicznych. Celem niniejszego artykułu jest przybliżenie i określenie możliwych scenariuszy wykorzystania zbudowanego systemu MAS4PSi w powszechnie rozumianej diagnostyce medycznej zarówno na etapie opracowywania eksperymentów pomocnych we wprowadzeniu nowych badań, jak i na etapie typowo diagnostycznym.

EN

MAS4PSi (Multi-Agent System For Protein Similarity searching) is a system that allows fast, scalable and reliable protein structure similarity searching. Protein structure similarity searching is crucial in conducting research on a variety of biological processes, and other areas that have their basis in these biological processes. The purpose of this article is to define and present possible scenarios of using the MAS4PSi system in a broadly understood medical diagnostics, both in the design of experiments supporting new research, as well as the typical diagnostic stage.

3

Efektywna reprezentacja molekularnych struktur białkowych stosowana w procesie ich porównania

Małysiak-Mrozek B., Mrozek D., Kołkowski Ł.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

507-524

PL

Porównanie molekularnych struktur białkowych często jest ważnym procesem towarzyszącym poszukiwaniu podobieństwa strukturalnego białek, identyfikacji ich funkcji, a także badaniu ewolucji organizmów żywych. Efektywna reprezentacja struktur białkowych jest niezwykle istotna dla powodzenia procesu porównania oraz szybkości jego prowadzenia. W niniejszym artykule przedstawiono rozważania na temat wyboru cech reprezentatywnych opisujących struktury białkowe w procesie ich porównywania. Zaprezentowano również badania dotyczące porównania struktur białkowych za pomocą macierzy odległości międzyrezydualnych, transformowanych następnie do macierzy odcieni szarości i opisanych przez współczynnik jakości obrazu Q dla szybszego porównania i wyszukiwania w bazie danych.

EN

Comparison of protein, molecular structures is often an essential component process of protein structure similarity searching, identification of protein functions, and investigation of the evolution of living organisms. Effective representation of protein structures in the comparison process is then very important for its successfulness and swiftness. In the paper, we present considerations on using various, representative features describing protein structures in their comparison. We also show our research on protein structure comparison with the use of intra-residual distance matrices, which are transformed to the grayscale images and described by means of the Universal Image Quality Index for faster comparison and database retrieval.

4

Dwufazowy algorytm dopasowania w poszukiwaniu podobieństwa struktur białkowych

Krygowski A., Małysiak-Mrozek B., Mrozek D.

Studia Informatica

|

2012

|

Vol. 33, nr 2A

525-541

PL

Poszukiwanie podobieństwa strukturalnego białek jest jednym z kluczowych, a zarazem trudnych zadań współczesnej bioinformatyki strukturalnej. Bogata przestrzeń poszukiwań oraz różnorodność cech strukturalnych i funkcjonalnych białek sprawiają, że powstaje wiele algorytmów poszukiwania podobieństwa białek, których działanie opiera się na różnych cechach reprezentatywnych. W niniejszym artykule przedstawiono nowy, dwufazowy algorytm dopasowania struktur białkowych, wykorzystywany w poszukiwaniu podobieństwa białek.

EN

Protein structure similarity searching is one of the key, and yet difficult tasks of modern structural bioinformatics. A reach exploration space and a wide variety of structural and functional features of proteins caused the development of many algorithms of protein similarity searching, whose activity is based on various representative characteristics. In this paper, we present a new, two-phase algorithm for matching protein structures used in the protein similarity searching.