Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

The influence of processes occurring during deposition of port’s sediments in the on the Gulf of Gdansk way of bounding metals in the sediments

Dembska G., Pazikowska-Sapota G., Galer-Tatarowicz K., Zegarowski Ł., Aftanas B.

Biuletyn Instytutu Morskiego w Gdańsku

|

2016

|

Vol. 31, No. 1

25--33

EN

The aim of the work was to investigate the influence of processes occurring during deposition of port sediments in dump sites on the bonding of metals in the sediment. About toxicity of polluted sediments are deciding not only concentration of macro- and micro- elements but, also the chemical forms in which they exist. These forms have considerable influence on their assimilation of different trophic levels (including human). The results of the carried out investigations indicated that the concentration of the trace metals ware decreasing in sediments deposited on the dumping sites. Grain size analysis demonstrated a significant decrease of clay fraction in sediments from the dumping site by comparison with the depositing sediments. The sequential analysis proved that the percentage of the particular forms of the metals (especially Pb and Cd) was changing in the sediments deposited in the dumping site. The changes of salinity, mechanical mixing during excavation, oxygen concentration may result in freeing the labile forms into the water column, especially the exchangeable and carbonate forms, which are loosely connected with the sediment, and these conditions may be sufficient to release these forms.

PL

Celem pracy było zbadanie jaki wpływ na wiązanie metali w osadzie mają procesy, które zachodzą podczas deponowania osadów portowych na klapowiskach. O toksyczności i zagrożeniu jakie może stanowić zanieczyszczony osad decyduje bowiem nie tylko stężenie makro- i mikro- pierwiastków lecz również postać chemiczna, w jakiej występują. Postać ta wpływa w znaczącym stopniu na ich przyswajalność w odniesieniu do kolejnych poziomów piramidy troficznej nie wyłączając człowieka. Znajomość ilościowego składu pierwiastkowego osadów dennych z uwzględnieniem specjacji chemicznej jest bardzo istotnym elementem w prognozowaniu potencjalnego zagrożenia ze strony metali śladowych w stosunku do żywych, tak ważnych dla człowieka zasobów morza. W wyniku przeprowadzonych badań stwierdzono, że osady zdeponowane na klapowiskach charakteryzują się znacznie niższymi stężeniami metali niż osady portowe (które są tam deponowane). Analiza granulometryczna wykazała znaczny spadek frakcji ilastych w osadach na klapowiskach w stosunku do osadów portowych tam deponowanych. Analiza sekwencyjna dowiodła, że zmienia się procentowy udział poszczególnych form metali (szczególnie Pb i Cd) w osadzie zdeponowanym na klapowisku.

2

DomAns - pattern based method for protein domain boundaries prediction and analysis

Antczak M., Blazewicz J., Lukasiak P., Milostan M., Krasnogor N., Palik G.

Foundations of Computing and Decision Sciences

|

2011

|

Vol. 36, No. 1

35-56

EN

Determination of the native folded structure for a particular protein is a milestone towards understanding its function, and in most cases, can be done experimentally. However, the ability to predict in silico protein structure and related features would represent a fundamental breakthough in structural biology. The ability to predict domains in proteins is amongst the most important tasks needed for efective functional classification, homology-based structure prediction, structural genomics, as it makes function prediction easier. In this paper, we present the DomAnS, protein domain prediction approach, that is based on pattern alignment. DomAnS allows rapid screening for potential domain regions with the ability to recognize the most promising regions where domains might exists. The combination of the DomAnS algorithm with specialized databases that contains all known domains, allows us to find domain regions without solving 3D structure. Our approach has been tested on CASP7 data, and for 28 targets gave the best overall score.

3

Analysis of DNA transcription termination sequences of gene coding for phaC1 polymerase in Pseudomonas species

Możejko J., Królicka M., Ciesielski S.

Environmental Biotechnology

|

2011

|

Vol. 7, No. 1

12-16

EN

Polyhydroxyalkanoates (PHAs) are natural polyesters that are synthesized by many bacteria as an intracellular carbon and energy compound. Medium-chain-length polyhydroxyalkanoates (mcl-PHAs) have gained much interest in research on microbial biopolymers because of their ease of chemical modification. Mcl-PHAs are naturally synthesized by Pseudomonas species by transformation of wide range of substrates. The physiological background of mcl-PHAs synthesis is known, and key genes engaged in this process are discovered already, but the knowledge about their molecular regulation is still limited. Especially, there is lack of information concerning the transcription termination of gene coding for PHA polymerase (phaC1). It is assumed that the main role could play Rho-independent termination, which is related to presence of palindromic sequences, which leads to formation of the hairpin structure and to dissociation of the ternary elongation complex (TEC). In this work, DNA sequences located after phaC1 gene belonging to nineteen Pseudomonas strains were investigated. Among all analyzed strains, five had palindromic sequences, typical for Rhoindependent terminators. Our results proved, that gene phaC1, coding for PHA polymerase, can be independently regulated only in some species.

4

Sequence similarity based method for protein function prediction

Blazewicz J., Lukasiak P., Milostan M., Krasnogor N., Jackowiak P.

Foundations of Computing and Decision Sciences

|

2009

|

Vol. 34, No. 3

173-191

EN

Motivation: Proteins are the main building blocks of life. They catalyze biological processes in living cells to sustain life and improve metabolism. They also act as biological scaffolds and are cell's workhorses. As a matter of fact, knowing their function is one of the most important milestones for understanding life.The function depends on the tertiary structure of the protein, but only for a fraction of amino acid sequences gathered in databases the structure is known. Thus, creation of efficient and accurate methods that predict function from sequences, based on already known function-sequence assignments, is a fundamental challenge in computational biology. Results: First, we show a detailed analysis of a usability of similarity search engines in the context of function prediction. Then we propose a simple and effective method for assigning function to sequences based on the results of similarity searches and information gathered from gene ontology annotation graphs. Availability: All data used for the analysis presented in this paper as well as raw result are available at the site: http://bio.cs.put.poznan.pl/funcpred/data/ Suplementary Material: Suplementary materials with additional charts are available at: http://bio.es.put.poznan.pl/funcpred/suplement/ Contact: protbio@cs.put.poznan.pl

5

Multi-Dimensional Relational Sequence Mining

Esposito F., Di Mauro N., Basile T.M.A., Ferilli S.

Fundamenta Informaticae

|

2008

|

Vol. 89, nr 1

23-43

EN

The issue addressed in this paper concerns the discovery of frequent multi-dimensional patterns from relational sequences. The great variety of applications of sequential pattern mining, such as user profiling, medicine, local weather forecast and bioinformatics, makes this problem one of the central topics in data mining. Nevertheless, sequential information may concern data on multiple dimensions and, hence, the mining of sequential patterns from multi-dimensional information results very important. In a multi-dimensional sequence each event depends on more than one dimension, such as in spatio-temporal sequences where an event may be spatially or temporally related to other events. In literature, the multi-relational data mining approach has been successfully applied to knowledge discovery fromcomplex data. However, there exists no contribution to manage the general case of multi-dimensional data in which, for example, spatial and temporal information may co-exist. This work takes into account the possibility to mine complex patterns, expressed in a first-order language, in which events may occur along different dimensions. Specifically, multidimensional patterns are defined as a set of atomic first-order formulae in which events are explicitly represented by a variable and the relations between events are represented by a set of dimensional predicates. A complete framework and an Inductive Logic Programming algorithm to tackle this problem are presented along with some experiments on artificial and real multi-dimensional sequences proving its effectiveness.

6

The epicontinental Lower Jurassic of Poland

Pieńkowski G.

Volumina Jurassica

|

2006

|

Vol. 4, no. 1

268-268

EN

During the Early Jurassic times terrigenous, continental, marginal-marine and marine sediments up to 1400 m in thickness were deposited in a large epeiric basin extending across Poland. These strata are defined herein as the Kamienna Group, which is subdivided into 13 lithoformations (Fm.). Lithofacies description, recognition of depositional systems and subsystems and determination of their fluctuation in space and time allowed a high-resolution sequence stratigraphic analysis. Sedimentation in the shallow (usually not more than 10-20 m deep), epeiric Early Jurassic basin of Poland was particularly sensitive to reflect changes in sea level. Except for the ammonite-bearing Pliensbachian deposits in Western Poland, biostratigraphical resolution in marginal-marine and continental deposits is usually of a lesser precision. However, an internally consistent sequence stratigraphic scheme of Poland can be compared with fossiliferous marine sediments of the Ligurian cycle of United Kingdom and France. The minor sequences identified within the Ligurian cycle play a very important role in correlation as they can be recognized in the Polish Basin. Concerning the range of sea level changes, the Exxon model was also adopted and ten of the Exxon Early Jurassic depositional sequences (I-X) were identified in the Polish Lower Jurassic. Transgressive systems tracts prevail in sedimentary record and are represented either by retrogradational or aggradational facies architecture, and high-stand systems tracts are represented by progradational facies architecture. A typical marginal - marine parasequence is usually more complex than a simple "quick flooding-gradual prograding" model - transgressive deposits are usually preserved and "parasequence maximum flooding surfaces" can be distinguished. Correlative significance of transgressive surfaces is enhanced when they are coupled with their nonmarine correlative surfaces. Development of transgression with its coeval effects in continental deposits is discussed and non-marine correlative surfaces of the transgressive surfaces are documented - a "step-wise", retrogradational development of transgression with its nonmarine correlative surfaces within alluvial and deltaic systems is particularly well recognized in the Early Jurassic Polish Basin. The regional cross sections and cross sections of the whole Polish Basin showing dominant depositional systems and sequence stratigraphic correlation, as well as "time-tuned" palaeogeographical maps of the Polish Basin in Early Jurassic are presented. Despite existence of some regional dislocation zones occurring along the edges of the Mid-Polish Trough, which shaped the sedimentation and sediment thickness contrast (for example the Nowe Miasto-Iłża Fault), a gradual decrease of sediment thickness outwards the axis of the Mid-Polish Trough prevails. Additionally, occurrence of conspicuous zones of increased subsidence, which are actually perpendicular to the Mid-Polish Trough (for example the "Mazurian Way") indicates that there is no reason to regard the Mid-Polish Trough in any respect as a "rift basin", at least in the Early Jurassic times. Depositional history of the Early Jurassic in Poland provides a good case study concerning sequence correlation between marine and non-marine sedimentary successions.

7

The epicontinental Lower Jurassic of Poland

Pieńkowski G.

Polish Geological Institute Special Papers

|

2004

|

Vol. 12

5-154

EN

During the Early Jurassic times terrigenous, continental, marginal-marine and marine sediments up to 1400 m in thickness were deposited in a large epeiric basin extending across Poland. These strata are defined herein as the Kamienna Group, which is subdivided into 13 newly distinguished or re-defined lithoformations (Fm.). Two new members (Mb.) are also defined. Detailed study of exposures and 35 fully cored boreholes has integrated data from lithology, sedimentary structures, trace fossils, body fossils, boron content, clay minerals and palynology. This has allowed lithofacies description, recognition of depositional systems and subsystems and determination of their fluctuation in space and time leading to a high-resolution sequence stratigraphic analysis. Sedimentation in the shallow, epeiric Early Jurassic basin of Poland was particularly sensitive to reflect changes in sea level. Analyses of accommodation space within regular progradational successions associated with highstand systems tracts shows that the Early Jurassic basin in Poland was generally not deeper than some tens of meters, most frequently it was less than 20 m deep. Except for the ammonite-bearing Pliensbachian deposits in Western Poland, biostratigraphical resolution in marginal-marine and continental deposits is usually of a lesser precision. However, an internally consistent sequence stratigraphic scheme of Poland can be compared with fossiliferous marine sediments of the Ligurian cycle of United Kingdom and France. The minor sequences identified within the Ligurian cycle play very important role in correlation as they can be recognised in the Polish Basin, although they may show some differences in dating and range. In the Polish Basin, lowstand (LST) and falling stage systems tract (FSST) correspond with erosion/non deposition stages at the sequence boundaries. Concerning the range of sea level changes, the Exxon model was also adopted and ten of the Exxon Early Jurassic depositional sequences were identified in the Polish Lower Jurassic and are labelled I-X. Transgressive systems tracts prevail in sedimentary record and are represented either by retrogradational or aggradational facies architecture, and high-stand systems tracts are represented by progradational facies architecture. Parasequence boundaries (flooding surfaces) were defined based on careful regional/spatial facies analysis. A marginal-marine parasequence is usually more complex than a simple "quick flooding-gradual prograding" model, conventionally interpreted in the marine basins. Due to common preservation of transgressive deposits within marginal-marine parasequences, besides the well-defined flooding surfaces the "parasequence maximum flooding surfaces" were distinguished. The best correlative horizons, particularly in the basin centre, are represented by sequence boundaries, while the maximum flooding surfaces or their correlatives are well identifiable in the marginal parts of the basin. Intensity and frequency of erosional processes in the marginal parts of the basin mean that depositional sequence boundaries are difficult to recognise because of "amalgamation" of stacked and highly reduced depositional sequences. Correlative significance is of transgressive surfaces is enhanced when they are coupled with their nonmarine correlative surfaces. Development of transgression with its coeval effects in continental deposits is discussed and non-marine correlative surfaces of the transgressive surfaces are documented. Once recognised and arranged, sequences and parasequences in the marginal basins (like the Polish Basin) can help to solve some problems concerning identification and range of major bounding surfaces and systems tracts in open marine basins in Europe, particularly in the Early Toarcian. The regional cross sections and cross sections of the whole Polish Basin showing dominant depositional systems and sequence stratigraphic correlation, as well as "time"tuned" palaeogeographical maps of the Polish Basin in Early Jurassic are presented. Subsidence varied through time along the Mid-Polish Trough, between the Holy Cross Mts and Pomerania. In Hettangian and Late Sinemurian the subsidence rate was higher in the Holy Cross Mts and lower in Pomerania region, while in Early Sinemurian and Early Pliensbachian times the situation was opposite. Despite existence of some regional dislocation zones occurring along the edges of the Mid-Polish Trough, which shaped the sedimentation and sediment thickness contrast (for example the Nowe Miasto-Iłża fault), a gradual decrease of sediment thickness outwards the axis of the Mid-Polish Trough prevails. Additionally, occurrence of conspicuous zones of increased subsidence, which are actually perpendicular to the Mid-Polish Trough (for example the "Mazurian Way"), there is no reason to regard the Mid-Polish Trough in any respect as a "rift basin", at least in the Early Jurassic times.

PL

We wczesnej jurze, w rozległym epikontynentalnym basenie rozciągającym się na obszarze Polski, osadziło się do 1400 metrów utworów terygenicznych pochodzenia lądowego, marginalno-morskiego i morskiego. Utwory te są zdefiniowane w niniejszej pracy jako Grupa Kamiennej (Gr.), która została podzielona na 12 nowo wyróżnionych lub zredefiniowanych litoformacji (Fm.). Wyróżniono też dwa nowe ogniwa (Mb.). Szczegółowe badania obejmujące dane litofacjalne, petrologiczne, ichnologiczne, paleontologiczne, geochemiczne i palinologiczne przeprowadzono w odsłonięciach i 35 pełnordzeniowanych otworach wiertniczych. Pozwoliły one na wyróżnienie litofacji, interpretację systemów i subsystemów depozycyjnych oraz ich czasoprzestrzennej zmienności, a następnie na przeprowadzenie wysokorozdzielczej analizy sekwencyjnej. Wczesnojurajska sedymentacja w płytkim, epikontynentalnym basenie Polski w sposób szczególnie wyraźny odzwierciedlała zmiany poziomu morza. Analiza przestrzeni akomodacji depozycyjnej w obrębie regularnych sukcesji progradacyjnych ciągów systemowych stabilizacji wysokiego poziomu morza (HST) wskazuje, że głębokości wczesnojurajskich zbiorników sedymentacyjnych Polski nie przekraczały wartości rzędu kilkudziesięciu metrów, a najczęściej były to głębokości maksymalnie do 20 metrów. Z wyjątkiem morskich utworów pliensbachu na Pomorzu, które zawierają amonity, podział biostratygraficzny marginalno-morskich i lądowych utworów dolnej jury charakteryzuje się na ogół słabą rozdzielczością. Mimo to, spójny podział stratygraficzno-sekwencyjny dolnej jury w Polsce pozwala na jego porównanie ze schematami sporządzonymi dla bogatych w skamieniałości przewodnie utworów dolnej jury cyklu liguryjskiego w Wielkiej Brytanii i Francji. Zwłaszcza sekwencje krótkookresowe wyróżnione w obrębie tego cyklu są przydatne w korelacji sekwencji, ponieważ są one rozpoznawalne w basenie polskim. Ciągi systemowe niskiego poziomu morza (LST) i ciągi systemowe opadającego poziomu morza (FSST) odpowiadają czasowo w basenie polskim lukom związanym z erozją lub brakiem depozycji na granicach sekwencji. Jeśli chodzi o skalę zmian poziomu morza, również model Exxon Research Group okazał się przydatny do przeprowadzenia korelacji, a dziesięć "exxonowskich' sekwencji depozycyjnych (I-X) zostało wyróżnionych w obrębie utworów dolnojurajskich basenu polskiego. W zapisie osadowym dominują utwory transgresywnych ciągów systemów i są one reprezentowane zarówno przez retrogradacyjne jak i agradacyjne sukcesje facjalne. Utwory ciągów systemowych stabilizacji wysokiego poziomu morza odpowiadają wyłącznie progradacyjnym, regresywnym sukcesjom facjalnym. Granice parasekwencji w obrębie sekwencji depozycyjnych zostały zdefiniowane na podstawie dokładnej czasoprzestrzennej analizy facjalnej w poszczególnych regionach. Parasekwencje marginalno-morskie mają na ogół bardziej złożoną architekturę depozycyjną, niż przyjmowano do tej pory w prostym schemacie szybkiego zalewu i stopniowej, powolnej progradacji. Konieczne było wyróżnienie powierzchni maksymalnego zalewu dla poszczególnych parasekwencji, występują one w różnych odległościach od powierzchni zalewu będących dolnymi granicami parasekwencji. Najlepszymi powierzchniami korelacyjnymi w centrum basenu są granice sekwencji, podczas gdy w obszarach marginalnych najłatwiej wyróżnić powierzchnie maksymalnego zalewu i ich odpowiedniki. W marginalnych partiach basenu sedymentacyjnego częstotliwość i intensywność erozji oraz niewielka subsydencja powodowały często nakładanie się na siebie poszczególnych sekwencji i ich granic, co utrudnia ich wyróżnianie i korelację. Dokładność korelacji powierzchni transgresji zwiększa się, kiedy są one skorelowane z ich lądowymi odpowiednikami. Udokumentowano szczegółowo rozwój transgresji i efekty tego procesu na sąsiadujących obszarach lądowych i podano kryteria wyróżniania niemorskich, korelatywnych odpowiedników powierzchni transgresji. Określona w polskim basenie sedymentacyjnym sukcesja sekwencji i parasekwencji może być pomocna w rozwiązywaniu problemów związanych z identyfikacją i zasięgiem głównych granic korelacyjnych i ciągów systemowych w pełnomorskich, głębszych basenach Europy, co szczególnie przydatne okazało się dla utworów wczesnego toarku. Wykonano regionalne oraz ogólnopolskie przekroje stratygraficzno-sekwencyjne basenu wczesnojurajskiego w Polsce wraz z mapami sporządzonymi dla konkretnych, czasowych powierzchni korelacyjnych, które przedstawiają zmienność czasowo-przestrzenną dominujących systemów depozycyjnych. Tempo subsydencji wzdłuż bruzdy środkowopolskiej zmieniało się w czasie, wykazywało też fluktuacje regionalne - w hetangu i późnym synemurze tempo subsydencji w segmencie świętokrzyskim bruzdy śródpolskiej było większe niż w segmencie pomorskim, a we wczesnym synemurze i wczesnym pliensbachu sytuacja była odwrotna. W pliensbachu i toarku zaznaczały się strefy zwiększonej subsydencji usytuowane prostopadle do rozciągłości bruzdy śródpolskiej (tak zwana "droga mazurska"). Wzdłuż krawędzi bruzdy istniały regionalne strefy dyslokacyjne, wywierające wpływ na sedymentację i kontrast miąższości (np. strefa Nowe Miasto-Iłża). Biorąc jednak pod uwagę na ogół stopniowe zmniejszanie się miąższości osadów na zewnątrz od osi bruzdy i wspomniane strefy zwiększonej subsydencji prostopadłe do osi bruzdy śródpolskiej, nie można w żaden sposób wiązać wczesnojurajskiego etapu rozwoju bruzdy śródpolskiej z procesami ryftowania.