Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Skład biocenozy bakteryjnej osadu czynnego na przykładzie miejskiej oczyszczalni ścieków w Zgierzu

Liwarska-Bizukojć E.

Ochrona Środowiska

|

2017

|

Vol. 39, nr 4

3--7

EN

Molecular biology techniques allow for increasingly more thorough identification and understanding of functionality of microorganisms consortia involved in wastewater treatment or waste degradation processes. In this work, the bacterial community of activated sludge from the wastewater treatment plant in Zgierz (Poland) was identified. As a result, a somewhat limited database of microorganisms living in Polish wastewater treatment plants was supplemented with new data. The composition of bacterial community was identified with molecular biology techniques in two main stages: (1) isolation of genomic DNA, (2) DNA sequencing and bioinformatics analysis of the isolated sequences. The analyses revealed that the most abundant phylum was Proteobacteria with Betaproteobacteria present in highest numbers. Composition of the activated sludge was relatively low in Chloroflexi class bacteria. It is in alignment with macroscopic observations indicating good settlement properties of the activated sludge from the wastewater treatment plant in Zgierz. It was determined that aerobic (redox) conditions in the activated sludge chamber did not influence the composition of bacterial community. They might only cause increase in the contribution of aerobic bacteria in the aerated (oxygenated) part of the chamber or the anaerobic organisms in its anaerobic (deoxygenated) section.

PL

Techniki biologii molekularnej pozwalają w coraz większym stopniu poznać skład i zrozumieć funkcjonowanie konsorcjów mikroorganizmów biorących udział w procesach oczyszczania ścieków czy biodegradacji odpadów. W pracy zidentyfikowano skład biocenozy osadu czynnego w oczyszczalni ścieków komunalnych w Zgierzu, dzięki czemu została poszerzona, jak na razie dość skromna, baza danych o mikroorganizmach w polskich oczyszczalniach ścieków. Skład biocenozy bakteryjnej zidentyfikowano za pomocą technik biologii molekularnej. Analiza składała się z dwóch zasadniczych etapów – izolacji genomowego DNA oraz sekwencjonowania wraz z analizą bioinformatyczną sekwencji. Badania wykazały, że na poziomie typu największy udział w biocenozie osadu czynnego miały Proteobacteria, a wśród nich najwięcej było bakterii należących do klasy Betaproteobacteria. Osad z oczyszczalni ścieków w Zgierzu wyróżniał się stosunkowo małą liczebnością bakterii z klasy Chloroflexi, co pokrywa się z obserwacjami makroskopowymi, wskazującymi na dobre właściwości sedymentacyjne tego osadu. Stwierdzono, że warunki tlenowe panujące w komorze osadu czynnego nie miały znaczącego wpływu na skład bakteryjny osadu czynnego. Mogły one powodować jedynie większy udział bakterii aerofilnych w części napowietrzanej komory (tlenowej) i/lub większy udział beztlenowców w jej części nienapowietrzanej (beztlenowej).

2

Algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzację opartych o nieklasyczne chipy DNA

Radom M., Formanowicz P.

Przegląd Elektrotechniczny

|

2010

|

R. 86, nr 9

97-100

PL

W niniejszym artykule przedstawione zostaną algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzację opartych o dwa nieklasyczne chipy DNA. Opisane zostaną zasady kontrukcji rozpatrywanych chipów oraz sposób działania algorytmów rozwiązujących problem SBH z ich pomocą. Przedstawione zostaną także wyniki eksperymentów obliczeniowych, w których testowane będą omawiane algorytmy oraz algorytm klasyczny.

EN

In this paper algorithms for sequencing by hybridization problems based on two non-classical DNA chips are presented. The idea of these chips is briefly described and the algorithms are presented and analyzed in detail. Also the results of an extensive experiment are showed and commented.

3

Metody i techniki biologii molekularnej w biotechnologii środowiskowej

Raszka A., Ziembińska A., Wiechetek A.

Czasopismo Techniczne. Środowisko

|

2009

|

R. 106, z. 2-Ś

101-114

PL

W ostatnich latach pojawiło się dużo różnorodnych metod pozwalających na analizę składu biocenozy oraz rozmieszczenia przestrzennego mikroorganizmów. Metody molekularne górują nad tradycyjnymi technikami, gdyż nie są uzależnione od hodowli mikroorganizmów na podłożach mikrobiologicznych. Jest to ważna cecha metod analitycznych, ponieważ przyspiesza to całą procedurę badawczą. Dodatkowo metody oparte na analizie materiału genetycznego charakteryzują się dużą czułością i powtarzalnością. W artykule opisano metody najczęściej wykorzystywane w biotechnologii środowiskowej.

EN

During last several years a wide variety of methods useful in the analyzing of biocenosis' composition and spatial microorganisms distribution appeared. A significant aspect of molecular techniques usage is its independence from traditional microbiological methods. It is an important analytical feature, because it enables a speedier research. Additionally, methods based on genetic material are more sensitive and repeatable. This article contains the description of the techniques of the most commonly used in environmental biotechnology.

4

Sekwencjonowanie DNA z błędami negatywnymi oraz informacją o powtórzeniach

Kwarciak K., Radom M., Formanowicz P.

Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska

|

2008

|

z. 151

215-222

PL

W pracy przedstawiony jest algorytm typu podziału i ograniczeń dla problemu sekwencjonowania przez hybrydyzację z błędami negatywnymi oraz częściową informacją o powtórzeniach. Uwzględnienie tego rodzaju informacji możliwe jest ze względu na rozwój technologii stosowanej w eksperymencie hybrydyzacyjnym. Prowadzi ono do rozszerzenia standardowej wersji metody sekwencjonowania przez hybrydyzację oraz do polepszenia jakości uzyskiwanych rozwiązań.

EN

In this paper a branch and bound algorithm for sequencing by hybridization problem with negative errors and partial information about repetitions is presented. Taking into account information of this type is possible because of the development of the technology used in the hybridization experiment. It leads to an extension of the standard sequencing by hybridization method and to an improvement of the quality of the obtained results.