PL
 |
EN
Preferencje help
Polish version English version Język
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników

Znaleziono wyników: 17

Liczba wyników na stronie
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
Wyniki wyszukiwania
Wyszukiwano:
w słowach kluczowych:  sekwencjonowanie
help Sortuj według:

help Ogranicz wyniki do:
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
1
Przegląd aktualnie dostępnych technologii sekwencjonowania kwasów nukleinowych
Boczkowska Maja
Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
|
2022
|
nr specjalny
42--48
PL
Sekwencjonowanie DNA-Seq wykorzystuje się do sekwencjonawania genomów, eksomów, epigenomu, targetowego resekwencjonowania fragmentów genomów, genotypowania. RNA-Seq można podzielić na: sekwencjonowanie całego transkryptomu, mRNA (mRNA-Seq) i małych RNA (smRNA-Seq). Jest wykorzystywane w badaniach z zakresu genomiki funkcjonalnej, różnicowej analiz ekspresji genów, alternatywnego splicingu i analizy wariantów.
2
Przegląd aktualnie dostępnych technologii sekwencjonowania kwasów nukleinowych
Boczkowska Maja
Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
|
2021
|
nr 3
14--21
PL
Sekwencjonowanie DNA-Seq wykorzystuje się do sekwencjonowania genomów, eksomów, epigenomu, targetowego resekwencjonowania fragmentów genomów, genotypowania. RNA-Seq można podzielić na: sekwencjonowanie całego transkryptomu, mRNA (mRNA-Seq) i małych RNA (smRNA-Seq). Jest wykorzystywane w badaniach z zakresu genomiki funkcjonalnej, różnicowej analizy ekspresji genów, alternatywnego splicingu i analizy wariantów.
3
Content available Application of Johnson’s algorithm in processing jobs through two-machine system
Okwu Modestus, Emovon Ikuobase
Journal of Mechanical and Energy Engineering
|
2020
|
Vol. 4, No 1
33--38
EN
The purpose of this research is to effectively schedule jobs in a production company using heuristic Johnson’s algorithm. A popular pure water production factory, Iterlene industrial services limited (IISL) located at Effurun, Nigeria was investigated and it was noticed that different sizes of jobs (bottled water) are produced ranging from 25 cl, 50 cl, 60 cl, 75 cl, and 150 cl respectively, which are processed through the filling machine (FM1) and capping machine (CM2). In the order FM1CM2. Each job has to pass through the same sequence of operations. Jobs are assigned in such a way that a job is assigned on FM1 first and once processing is completed on FM1, it is assigned to CM2 and passing is not allowed. The idle time for the production of 500 bottles of water was estimated to be 1020 seconds (17.00 mins.). Johnson’s algorithm was applied to minimize the idle time for both FM1 and CM2 by determining the optimal sequence of the processed jobs. This was achieved within 780 seconds (13.00 mins.). Conclusively, the minimization of total elapsed time between the completion of first and last job was achieved. This would greatly improve productivity, effectiveness, and profitability at iterlene factory.
4
Diagnostyka talasemii i hemoglobinopatii w Zakładzie Immunologii Hematologicznej i Transfuzjologicznej IHiT
Brojer Ewa, Klimczak-Jajor Edyta, Majewska-Wierzbicka Monika, Skulimowska Joanna
Laboratorium Medyczne
|
2019
|
nr 2
20--24
PL
Hemoglobinopatie to różnorodna grupa chorób należąca do niedokrwistości hemolitycznych uwarunkowanych genetycznie. Występują one przede wszystkim w rejonach tropikalnych i subtropikalnych. Podłożem choroby mogą być zaburzenia syntezy (hemoglobinopatie ilościowe: talasemie) i/lub struktury hemoglobiny (hemoglobinopatie jakościowe: warianty hemoglobin) spowodowane mutacjami w genach kodujących to białko. W Zakładzie Immunologii Hematologicznej i Transfuzjologicznej diagnostyka hemoglobinopatii opiera się na badaniach biochemicznych (oznaczanie HbA2, HbF, Hb patologicznych metodą HPLC) oraz molekularnych (gap-PCR, MLPA, sekwencjonowanie HBB, HBA2 i HBA1). W wyniku postępującej migracji ludności choroby te są coraz częściej wykrywane w Polsce. Dzięki udoskonalonej diagnostyce wykrywane są przypadki o bardzo zróżnicowanym podłożu.
EN
Haemoglobinopathies are a diverse group of hereditary hemolytic anemias caused by mutations that affect the synthesis (quantitative haemoglobinopathies: thalassemias) and/or the structure (qualitative haemoglobinopathies: structural hemoglobin variants) of haemoglobin. In the Department of Immunohaematology and Immunology of Transfusion Medicine, the diagnostics of haemoglobinopathy is based on biochemical tests (determination on HbA2, HbF and abnormal haemoglobin by the HPLC method) and molecular tests (gap-PCR, MLPA, the sequencing of HBB, HBA2 and HBA1). As a result of the progressive migration of the population, various haemoglobinopathies are also detected in Poland.
5
Content available Bacterial Community of Neutral Mine Drainage of Elizabeth’s Shaft (Slovinky, Slovakia)
Kiskova Jana, Perhacova Zuzana, Vlcko Ladislav, Sedlakova-Kadukova Jana, Kvasnova Simona, Pristas Peter
Inżynieria Mineralna
|
2019
|
R. 21, nr 1
89--94
EN
Neutral mine drainage is the less frequent subject of the interest than acid mine drainage but it can have adverse environmental effects caused mainly by precipitation of dissolved Fe. The aim of the study was to characterize the composition of bacterial population in environment with high concentration of iron and sulfur compounds represented by neutral mine drainage water of Elizabeth’s shaft, Slovinky (Slovakia). The pH value of drainage water decreased from 7.1 to 6.5 during the years 2008–2014. Direct microscopic observations, cultivation methods, and 454 pyrosequencing of the 16S rRNA gene amplicons were used to examine the bacterial population. Microscopic observations identified iron–oxidizing Proteobacteria of the genera Gallionella and Leptothrix which occurrence was not changed during the years 2008–2014. Using 454 pyrosequencing, there were identified members of 204 bacterial genera that belonged to 25 phyla. Proteobacteria (69.55%), followed by Chloroflexi (10.31%) and Actinobacteria (4.24%) dominated the bacterial community. Genera Azotobacter (24.52%) and Pseudomonas (14.15%), followed by iron–oxidizing Proteobacteria Dechloromonas (11%) and Methyloversatilis (8.53%) were most abundant within bacterial community. Typical sulfur bacteria were detected with lower frequency, e.g., Desulfobacteraceae (0.25%), Desulfovibrionaceae (0.16%), or Desulfobulbaceae (0.11%). Our data indicate that the composition of bacterial community of the Elizabeth’s shaft drainage water reflects observed neutral pH, high level of iron and sulfur ions in this aquatic habitat.
PL
Odciek kopalniany o odczynie obojętnym jest rzadszym przedmiotem zainteresowania niż odciek kopalniany kwaśny, ale może mieć niekorzystne skutki środowiskowe spowodowane głównie przez wytrącanie rozpuszczonego Fe. Celem artykułu jest scharakteryzowanie składu bakterii w środowisku o wysokim stężeniu związków żelaza i siarki reprezentowanych przez obojętne wody drenażowe kopalni szybu Elizabeth, Slovinky (Słowacja). Wartość pH wody drenażowej spadła z 7,1 do 6,5 w latach 2008–2014. Bezpośrednie obserwacje mikroskopowe, metody hodowli i pirosekwencjonowanie amplikonów genu 16S rRNA wykorzystano do zbadania populacji bakterii. Obserwacje mikroskopowe zidentyfikowały proteobakterie utleniające żelazo z rodzajów Gallionella i Leptothrix, których występowanie nie uległo zmianie w latach 2008–2014. Przy użyciu pirosekwencjonowania 454 zidentyfikowano 204 rodzajów bakterii należących do 25 typów. Proteobakterie (69,55%), a następnie Chloroflexi (10,31%) i aktynobakte rie (4,24%) zdominowały społeczność bakteryjną. Rodzaje Azotobacter (24,52%) i Pseudomonas (14,15%), a następnie proeto-bakterie żelazo utleniające Dechloromonas (11%) i Methyloversatilis (8,53%) były najbardziej rozpowszechnione w społeczności bakteryjnej. Typowe bakterie siarkowe wykryto z mniejszą częstotliwością, np. Desulfobacteraceae (0,25%), Desulfovibrionaceae (0,16%) lub Desulfobulbaceae (0,11%). Uzyskane dane wskazują, że skład flory bakteryjnej wody drenażowej szybu Elżbieta odzwierciedla obserwowane neutralne pH, wysoki poziom zawartości jonów żelaza i siarki w środowisku wodnym.
6
Content available remote Komputerowe wspomaganie procesu sekwencjonowania – koncepcja Paint Shop 4.0
Krystek J., Alszer S., Bysko S.
Mechanik
|
2018
|
R. 91, nr 7
529--531
PL
Przedstawiono koncepcję pracy lakierni dla przemysłu motoryzacyjnego – Paint Shop 4.0 – opartą na ideach Przemysłu 4.0 i Digital Factory. Opisano nowe podejście do sekwencjonowania karoserii, uwzględniające rzeczywistą strukturę wydziału lakierni z występującymi tam buforami. Stworzono aplikację, w której zostały zaimplementowane autorskie algorytmy sekwencjonowania karoserii.
EN
Presented is the concept of paint shop operation for the automotive industry – Paint Shop 4.0, based on the ideas of Industry 4.0 and Digital Factory. A new approach to the issue of car body sequencing, taking into account the actual structure of the paint shop department with buffers, has been presented. In the created application, proprietary car body sequencing algorithms were implemented.
7
Identyfikacja drożdży występujących w żywności. Analiza regionów rybosomalnych
Kowal K.
Przemysł Spożywczy
|
2017
|
T. 71, nr 2
26--28
PL
W identyfikacji drożdży wykorzystuje się metody klasyczne i ich modyfikacje polegające na ocenie cech fenotypowych oraz metody nowoczesne oparte na analizie polimorfizmu materiału genetycznego. Metody klasyczne są powszechnie stosowane, jednak ze względu na szybką i precyzyjną identyfikację coraz częściej wykorzystywane są techniki biologii molekularnej. W artykule opisano techniki stosowane w identyfikacji gatunkowej drożdży oparte na analizie regionów rybosomalnych (sekwencjonowanie, analiza restrykcyjna).
EN
There are different methods of yeast identification – classical methods and its modifications and modern methods based on polymorphism analysis of genetic material. Identification of yeast using conventional methods is labour-intensive and time-consuming. Therefore there is a reason to use molecular biology techniques that allow faster and more precise identification. This article presents molecular biology techniques of yeast identification, including analysis of ribosomal regions (sequencing, restriction analysis).
8
Nowoczesne aspekty problemu sekwencjonowania samochodów na wydziale montażu
Krystek J., Alszer S.
Przegląd Mechaniczny
|
2017
|
nr 9
53--55
PL
W artykule przedstawiono problem sekwencjonowania zleceń produkcyjnych na przykładzie wielo ersyjnej i wieloasortymentowej produkcji samochodów. Problem ten, rozpatrywany szeroko w literaturze, znany jest pod nazwą Car Sequencing Problem (CSP). W artykule zaprezentowano zarówno pierwotną wersję CSP, jak i późniejsze modyfikacje, koncentrując się na problematyce wydziału montażu. Analiza niniejszego problemu, prowadzona na przestrzeni lat, przedstawiona została w porównaniu z nowym podejściem proponowanym przez autorów artykułu.
EN
The article presents a problem of sequencing production orders based on sequencing a multiversion and multiassortment car production. The problem, widely considered in the literature, is known as Car Sequencing Problem (CSP). In the article both original CSP and its subsequent modifications are considered. The authors focus on sequencing cars along an assembly line. The approaches to this problem analyzed over the years are presented in comparison with a new approach proposed by the authors of this article.
9
Content available remote Współczesne problemy sekwencjonowania samochodów na wydziale lakierni
Krystek J., Alszer S.
Mechanik
|
2017
|
R. 90, nr 7
527--529
PL
W artykule przedstawiono problem sekwencjonowania samochodów z perspektywy wymagań stawianych przez wydział lakierni. Zagadnienie ustalania kolejności realizacji zleceń produkcyjnych w zależności od koloru, na jaki malowana jest dana karoseria, było w literaturze rozpatrywane wielokrotnie. Założenia, które proponowano w ramach prowadzonych rozważań, znacznie jednak upraszczały analizowany problem w stosunku do istniejących wymagań i rozwiązań przemysłowych. Celem przeprowadzonej analizy problemu jest wykazanie konieczności zupełnie nowego podejścia do zagadnienia sekwencjonowania, uwzględniającego rzeczywistą strukturę linii produkcyjnej samochodów oraz organizację pracy lakierni.
EN
The article presents a problem of car sequencing from the perspective of the paint shop requirements. The issue of determining production orders depending on a color, on which a body is painted, has been considered in the literature several times. However, the assumptions proposed by scientists simplified greatly the analyzed problem in relation to the existing industrial solutions and requirements. The purpose of conducted analysis is to demonstrate a need for a completely new approach to sequencing problem, taking into account an actual structure of a car production line and organization of work in a paint shop.
10
Sekwencjonowanie nowej generacji przyszłością genomiki - Ośrodek Genomiki Medycznej OMICRON
Garniewska A.
Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
|
2015
|
nr 9-10
11--15
PL
Ośrodek Genomiki Medycznej OMICRON jest samodzielną jednostką Wydziału Lekarskiego Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ośrodek powstał na bazie projektu Unii Europejskiej, realizowanego do niedawna w Collegium Medicum. Prowadzone są w nim projekty naukowe bazujące na technologiach wysokoprzepustowych w obszarach genomiki, transkryptomiki i proteomiki. Ośrodek współpracuje z wieloma jednostkami badawczymi, zarówno krajowymi, jak i zagranicznymi.
11
Content available Computer aided order sequencing in a mixed - model assembly system
Zemczak M., Kalinowski K.
Zarządzanie Przedsiębiorstwem
|
2014
|
Vol. 17, nr 2
42--48
EN
In the paper issues related to the mixed-model production in linear systems on the example of a car manufacturing company are discussed. The origins of linear assembly systems are described, and problems concerning determining the sequence of tasks to be admitted to assembly processes are pointed out. The computer system for projecting the production orders sequence in a mixed-model production system, based on a hybrid solution is presented. Also basics of the CSP (car sequencing problem) are discussed.
PL
W artykule omówione zostały zagadnienia związanie z produkcją w systemach mixed-model na przykładzie przedsiębiorstwa wytwarzającego samochody. Przedstawiona została geneza liniowych systemów montażowych oraz problemy związane z ustalaniem sekwencji zleceń przyjmowanych do montażu. Zaprezentowana została również aplikacja komputerowa do projektowania sekwencji zleceń w systemach mixed-model, oparta o rozwiązanie hybrydowe. Omówione zostały również podstawowe założenia problemu CSP (ang. Car Sequencing Problem, Problem Sekwencjonowania Samochodów).
12
Content available A system for simulation of DNA coverage in shotgun sequencing processes
Garbulowski M., Polański A.
Pomiary Automatyka Kontrola
|
2014
|
R. 60, nr 6
376--377
EN
A design of a computational environment for simulation and statistical analysis of shotgun DNA sequencing process is presented. The approach involves developing simulation procedures on the basis of the Lander-Waterman theory. The explored aspects concern numbers of gaps and contigs. Simulations allow drawing certain conclusions: the created model is very similar to the Lander-Waterman theory, simulations of k-mers maps by the Poisson process allows estimating statistics of contigs number.
PL
W artykule zawarte są informacje dotyczące statystycznej analizy metody sekwencjonowania typu „Shotgun”. Projekt zakładał stworzenie środowiska obliczeniowego oraz modelu matematycznego, który jak najdokładniej odzwierciedla proces sekwencjonowania metodą „Shotgun”, wykorzystując przy tym losowe powstawanie krótkich sekwencji nukleotydowych, tak zwanych read’ów, a co za tym idzie również losowe formowanie się contig’ów – w pełni odtworzonych odcinków sekwencji. Stworzony model dzielił sekwencję zasad na zadaną ilość read’ów o stałej długości którą następnie odtwarzał poprzez porównanie końca poprzedniego i początku kolejnego read’a, sprawdzając tym samym ile fragmentów zostaje w pełni złożonych w contig’i. Jako własności statystyczne metody można rozumieć wzory Landera-Watermana przewidujące ilość powstawania contig’ów, które biorą pod uwagę całkowitą ilość read’ów, długość read’ów oraz całą długość sekwencji wejściowej. Wartości uzyskane metodą Landera-Watermana oraz uzyskane za pomocą modelu przedstawiono w postaci wykresu zależności ilości powstających contig’ów do parametru ścieżki pokrycia. Dodatkowo pod względem statystycznym wykreślono histogramy przedstawiające częstość występowania zasad w danym miejscu stworzone w oparciu o model oraz wykreślono na wykresie zakres wyników dla ilości powstających contig’ów wyliczony jako maksima i minima dla wielu losowych prób i przedstawione jako zależność od ścieżki pokrycia.
13
Metody analizy DNA - laboratorium genetyczne - cz. I
Gos M., Wertheim-Tysarowska K., Rzońca S., Nowakowska B., Charzewska A., Hoffman-Zacharska D.
Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
|
2013
|
nr 11-12
29--34
PL
W pracy omówione zostały wybrane metody molekularne stosowane rutynowo w diagnostyce chorób genetycznie uwarunkowanych, w tym metody podstawowe, takie jak reakcja łańcuchowej polimerazy (PCR), sekwencjonowanie metodą Sangera czy hybrydyzacja kwasów nukleinowych. Uwzględniono także nowoczesne metody molekularne, takie jak multipleksowa amplifikacja sond zależna od ligacji (MLPA), porównawcza hybrydyzacja genomowa do mikromacierzy (aCGH) czy sekwencjonowanie następnej generacji.
EN
The paper discusses selected molecular methods routinely used in the diagnosis of inherited diseases, including basic methods such as polymerase chain reaction (PCR), Sanger sequencing or nucleic acid hybridization. Also modern molecular methods such as Multiplex ligation-dependent probe amplifi cation (MLPA), array-comparative genomic hybridization (aCGH) and nextgeneration sequencing (NGS).
14
Diagnostyka genetyczna zakażeń wirusem HIV-1
Stańczak J. J., Stańczak Grzegorz P., Dyda T., Ząbek P.
Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
|
2013
|
nr 5-6
24--26
PL
Opisano nowoczesną diagnostykę molekularną zakażeń HIV-1: diagnozowane cechy wirusa (mutanty o zmienionej wrażliwości na leki, warianty tropowe, subtypy) oraz technologie i testy genetyczne (amplifikacja DNA/RNA, sekwencjonowanie, analiza filogenetyczna). Omówiono punkty czasowe badań oraz rolę wyników w planowaniu terapii.
EN
Modern molecular diagnostics of HIV-1 infection was described: virus characteristics (mutants with lowered drug susceptibility, viral tropism, subtypes) and genetic assays (RNA/DNA amplifi cation, sequencing, phylogenetic analysis). Testing time-points and the effect of results on therapy planning were discussed.
15
Techniki sekwencjonowania jako nowej generacji analityka w omice
Szymańska S., Studzińska S., Pareek Ch. S., Buszewski B.
Analityka : nauka i praktyka
|
2012
|
nr 3
27--36
PL
Sekwencjonowanie pozwala na ustalenie kolejności nukleotydów i wymaga dalszych analiz dających możliwości wyciągania inspirujących wniosków pozwalających na odkrycia mogące mieć kluczowe znaczenie podczas walki z chorobami cywilizacyjnymi ludzkości.
16
Content available Rozszerzenie algebry algorytmów
Owsiak W., Owsiak A.
Pomiary Automatyka Kontrola
|
2010
|
R. 56, nr 2
184-188
PL
W artykule za pomocą metody aksjomatycznej przedstawiono pod-stawy rozszerzonej algebry algorytmów. Algebra ta obejmuje operacje sekwencjonowania, eliminowania, zrównoleglenia, rewersowania oraz cyklicznego sekwencjonowania, eliminowania i zrównoleglenia, wykonywane na unitermach. Podano definicję algorytmu, do jakiego ma zastosowanie rozszerzona algebra algorytmów. Istotę zdefiniowanych operacji rozszerzonej algebry algorytmów zilustrowano za pomocą rysunków. Na przykładzie pokazano jej zastosowanie. Opis porównano z opisem algorytmów, otrzymywanym za pomocą klasycznej algebry algorytmów.
EN
Very often algorithms are described verbally or like a unit - diagram. The well known methods offering algorithms are: Post [1], Turing [2], Aho-Ullman-Hopcroft [3] or Schönhage [4] virtual machines, recursive functions (calculus λ, Church) [5], Markov algorithms [6], b-complexes of Kolmogorov (Kolmogorov machine) [7], Krinitski universal algorithms [8], and algorithm algebra [9]. It is obvious that verbal methods, and methods of unit - diagram, as well as, algorithm methods [1] - [8] are depicted by the intuition, not formally. Only by means of the algorithm algebra, the algorithm description is getting into the formulae form, on abstract and meaningful levels. The transformation and investigation of their trustworthiness can be made on formulae of algorithms with minimization target, by the specific operations. These advantages of algebra algorithms beyond other methods of algorithm description make a ground for it's using. Classical algorithm algebra [9] manipulates over conditional uniterms, which are delivered only two meanings (e.g. "yes" and "no" or "0" and "1").Very often conditional uniterm can deliver more than two meanings. For example, automation systems are operated in a plenty of regimes. Score parameters are controlled in checking systems. It is possible to describe the algorithms which contain more than 2 conditions by means of classical algebra algorithms. These formulae - algorithms are complicated for apprehension. To avoid possible mistakes, the expansion of the algorithm algebra is presented in the paper.
17
Sekwencjonowanie DNA
Witoń M., Sala K.
Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski
|
2006
|
nr 8-9
52--54
PL
Odkrycie struktury kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA) doprowadziło do szybkiego rozwoju biologii molekularnej i biotechnologii. To z kolei przyczyniło się do stworzenia metod sekwencjonowania: m. in. najpopularniejszej metody dideoksy, umożliwiających poznanie sekwencji nukleotydowej wielu genów. Znajomość pełnej sekwencji DNA badanych organizmów pomoże zrozumieć molekularne mechanizmy ich funkcjowania.
EN
Discovery of deoxyribonucleic acid's (DNA) structure has led to fast development of molecular biology and biotechnology. This has contributed to create sequencing methods, for example: the most popular - dideoxy method, which cal allow to discover sequence of many genes. A knowledge of complere DNA sequences can help to understand their molecular function.
first rewind previous Strona / 1 next fast forward last
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.