Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Metoda znajdowania komórek i zliczania ognisk występowania histonu γ-H2AX w obrazach na potrzeby detekcji dwuniciowych pęknięć DNA

Wojciechowski P., Bal A.

Pomiary Automatyka Kontrola

|

2012

|

R. 58, nr 4

387-390

PL

Niniejsza praca opisuje algorytm automatyzujący proces zliczania ognisk histonu γ-H2AX w obrazach mikroskopowych. Ogniska te są miejscami, w których doszło do fosforylacji białka histonu H2AX w pozycji seryny 139 wskutek dwuniciowych pęknięć DNA. Propono-wana metoda działa dwuetapowo. Najpierw w obrazie mikroskopowym selekcjonowane są obiekty uznawane za komórki, a następnie na obszarze tych obiektów poszukiwane są miejsca wyznakowane barwnikiem fluorescencyjnym związanym z przeciwciałem anty-γ-H2AX - miejsca te wskazują na lokalizację ognisk γ-H2AX.

EN

This paper describes an algorithm for automating the process of counting foci of histone γ-H2AX in microscope images. Foci are the places where there occurred H2AX protein phosphorylation on Ser139 site in response to DNA double-strand breaks (DSBs). In a γ-H2AX genotoxic test the number of foci per a single cell is counted. The proposed method works in two stages. The first stage is segmentation of a microscopic image (Fig. 1a) for selecting cell regions. For this purpose fusion of binarization methods is used - for the each pixel the result is obtained by comparison of the results from the Otsu method, the triangle method and the method in which the threshold is equal to the image average brightness. The pixel is classified as an object's pixel when at least two methods give such results. For improving segmentation results a morphological filter is used. The results (Fig. 1b) usually comprise regions representing single cells (Fig. 1c) and a set of agglomerated cells (Fig. 1d). A modified watershed segmentation and region classify method is used for separation of agglomerated cells into regions representing only one cell. The final result (Fig.1e) contains only regions representing single cells. In the second stage for each single cell region the foci (which are marked with a fluorescent indicator joined with anti- γ-H2AX antibody) are found (Fig. 3) with use of watershed segmentation on the pseudogradient image (which is obtained by aggregation of the results of cell image binarization with different thresholds; Fig. 2). The final results in form of foci number as a function of time after irradiation (Fig. 4) are similar to the test results of non-lethal DNA damages founded in the literature (e.g. [5]) - this allows stating that the presented method gives good results.

2

Tworzenie obrazu gradientowego na potrzeby segmentacji wododziałowej barwnych obrazów cyfrowych

Bal A.

Przegląd Telekomunikacyjny + Wiadomości Telekomunikacyjne

|

2008

|

R. 81, nr 6

706-710

PL

Przedstawiono wpływ, jaki na wynik segmentacji wododziałowej obrazów barwnych ma zastosowanie różnych metod tworzenia obrazu gradientowego. Omówiono główne metody tworzenia obrazu gradientowego oraz ich wpływ na wyniki segmentacji wododziałowej. Przedstawiono także porównanie wyników segmentacji uzyskanych w wyniku stosowania różnych metod wyznaczania obrazów gradientowych.

EN

In this paper the influence of various methods for creating of gradient image on the results of watershed image segmentation method is presented. The main methods of gradient image creating are described and its influence on the results of color images watershed segmentation is presented. The comparison of the final segmentation results obtained by the usage of different gradient image creating method is also presented.

3

An improved diffusion driven watershed algorithm for image segmentation of cells

Tarnawski W., Kurzyński M.

Journal of Medical Informatics & Technologies

|

2007

|

Vol. 11

213--220

EN

The image segmentation is one of the most crucial steps in automated analysis of medical and biological images. The segmentation process allows for a detection of object contours. Due to specificity of imaging technique, a correct detection of cell contours is problematic because of the fuzzy and broken edges. Moreover, the cells are very often connected. The modified watershed algorithm based on the diffusion model presented in this paper has been successfully applied to segmentation of cells where the mentioned difficulties appear. The method was tested in contact endoscopy, a novel technique in the diagnosis of the larynx.