Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Zasada podejmowania decyzji przy stwierdzaniu obecności wirusa ptasiej grypy wykrywanego metodą Real-Time PCR

Chwedoruk Kinga, Muszyńska Magdalena, Hyk Wojciech

Analityka : nauka i praktyka

|

2022

|

nr 3

20--27

PL

Ptasia grypa (Avian influenza, AI) należy do chorób zwierząt z listy OIE jako niezwykle zakaźna i zaraźliwa choroba wirusowa drobiu, która może powodować śmiertelność do 100%. Naturalnym rezerwuarem wszystkich wirusów grypy typu A jest dzikie ptactwo wodne. Klasyfikację na podtypy tworzy się, opierając się na budowie antygenowej białek powierzchniowych hemaglutyniny (HA) i neuraminidazy (NA). Na tej podstawie wyróżnić można 16 podtypów HA i 9 NA, które u poszczególnych szczepów tworzą różne kombinacje (łącznie 140 szczepów).

2

Zintegrowane urządzenie do prowadzenia reakcji Real-Time PCR

Śniadek P., Knapkiewicz P., Walczak R., Górecka-Drzazga A., Bembnowicz P., Golonka L., Jonkisz A.

Elektronika : konstrukcje, technologie, zastosowania

|

2012

|

Vol. 53, nr 6

29-30

PL

W artykule przedstawiono wyniki prac nad zminiaturyzowanym urządzeniem do prowadzenia reakcji PCR w czasie rzeczywistym. Zaprezentowano konstrukcję zintegrowanego mikroreaktora PCR wykonanego z ceramiki LTCC oraz układ do detekcji sygnału fluorescencyjnego pochodzącego od powielanej próbki DNA. Wykonane próby powielania DNA E. coli potwierdziły prawidłowe działanie opracowanego przenośnego amplifikatora.

EN

In the paper the results of the works on miniaturization of the real-time PCR device are presented. Construction of the integrated LTCC amplification device and optical system for fluorescent detection of the PCR product are shown. PCR reactions carried out for Escherichia coli confirmed the proper working of the elaborated mobile device.

3

SU-8 photoresist as material of optical passive components integrated with analytical microsystems for real-time polymerase chain reaction

Walczak R., Sniadek P., Dziuban J. A.

Optica Applicata

|

2011

|

Vol. 41, nr 4

873--884

EN

Rapid development of analytical microsystems, also often called as labs-on-a-chip and used to perform various chemical and biochemical analysis with nano- and pico-volumes of the sample, has been observed for almost two decades. Successful application of analytical microsystems in medical and veterinary practices is relevant to many factors but one of them is low price of the disposable microsystem - often in the form of a chip. The chips are made of cheap materials, for example, polymers. One of such material is a negative photoresist SU-8. It is characterized by biocompatibility and possibility of easy fabrication of various three-dimensional fluidic microstructures. Moreover, SU-8 is transparent for visible light. It makes SU-8 attractive material for labs-on-a-chip dedicated for genetic material analysis by real-time polymerase chain reaction (PCR). In this paper, we present the results of investigations of the influence of PCR-like temperature profiling on the transmittance spectra. The autofluorescence effect of SU-8 illuminated with various lasers has also been investigated as one of the factors limiting sensitive fluorescence readout. The results obtained showed that SU-8 can be successfully applied as labs-on-a-chip material but, due to high SU-8 autofluorescence, red-line fluorochromes are preferred when high-sensitivity fluorescence detection is required.

4

Analizatory DNA/PCR typu lab-chip z detekcją fluorymetryczną

Walczak R.

Pomiary Automatyka Kontrola

|

2010

|

R. 56, nr 7

805-808

PL

W artykule przedstawiono przegląd analizatorów DNA wykorzystujących technikę real-time PCR i lab-chipy. Zaprezentowano opis opracowanej metodologii i instrumentarium do detekcji fluorescencji z wykorzystaniem miniaturowych komponentów optoelektronicznych i "inteligentnego" oprogramowania analizującego. Przedstawiono dwa przykłady miniaturowych analizatorów real-time PCR/DNA opracowanych w ramach projektów europejskich i krajowych wykorzystujących lab-chipy i nowatorską metodę detekcji fluorymetrycznej.

EN

The paper presents a novel miniaturized optical instrumentation for fluorescence excitation and detection for miniaturized real-time PCR analyzers using lab-on-a-chip (LOC) devices. Application of miniaturized semiconductor laser to fluorescence excitation, CCD-minicamera as fluorescence photodetector and specialized software for optical signal conditioning led to development of low-cost and highly sensitive optical instrumentation. To carry out full characterization of the optical instrumentation, miniaturized thermocycler co-working with LOC was built. The optical instrumentation was tested with three LOC made of different materials and technologies, giving proper detection of fluorescence signals during real-time PCR. Finally, two miniaturized devices for real-time PCR detection and identification of DNA and utilizing described here novel optical instrumentation were briefly described. The scheme and technical realization of the novel instrumentation in laboratory version is shown in Fig. 4. The detection limit of DNA was about 0,1 ng/ml (Fig. 5). It was also found that the optical instrumentation co-works with different constructions of lab-on-a-chips for DNA real-time PCR amplification (Fig. 6). The developed optical instrumentation was successfully applied to two miniaturized devices for DNA detection and identification by real-time PCR. Technical realizations of the devices and views of the lab-on-a-chips are shown in Figs. 7 and 9. In both cases, proper detection of fluorescence signals generated during real-time PCR of Campylobacter j. DNA (Fig. 8) or complementary DNA (Fig. 10) were observed. It confirmed high sensitivity of the developed optical instrumentation.

5

Miniaturowy system do prowadzenia reakcji PCR czasu rzeczywistego do taniego i masowego wykrywania patogenów żywności

Walczak R., Dziuban J. A., Koszur J., Bang D. D., Rauno-Lopez J. M.

Elektronika : konstrukcje, technologie, zastosowania

|

2008

|

Vol. 49, nr 6

242-244

PL

W artykule przedstawiono opis i wyniki badań nad pierwszą realizacją taniego i prostego, miniaturowego systemu optyczno-temperaturowego do prowadzenia reakcji polimerazy łańcuchowej DNA w czasie rzeczywistym (RT- PCR). W badaniach wykorzystano nowatorski system detekcji fluorescencji. Kombinacja minikamery CCD i oprogramowania eksperckiego umożliwiła osiągnięcie limitu detekcji stężenia DNA na poziomie ng/ml próbki oraz zapis i analizę w czasie rzeczywistym biosygnału fluorescencji w trakcie reakcji PCR.

EN

In this paper the description and first results of test of a miniaturized system for real-time PCR is presented. The novel fluorescence optical readout instrumentation has been applied. The unique coupling of CCD-based microdetectors array and expertise software enables detection of DNA in ng/ml range as well as real-time recording and processing of fluorescence signals during PCR.

6

CYP1A gene expression in adipose fin of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum) exposed to benzo[a]pyrene

Brzuzan P., Woźny M., Łuczyński M. K., Góra M.

Environmental Biotechnology

|

2007

|

Vol. 3, No. 1

20-24

EN

Proximate to the environment, adipose fin of fish may be considered as a lipid storing tissue, and thus can be a target for either waterborne or dietary polycyclic aromatic compounds (PACs). We determined the effects of benzo[a]pyrene (B[a]P), a model PAC member, on CYP1A gene expression in adipose fin and compared that with the effects in gill of juvenile rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum) using the quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (Q-RT-PCR). The results of the study demonstrated that constitutive CYP1A mRNA was present in adipose fin of rainbow trout, but the transcripts were far less abundant than those in gill tissue. We confirmed high CYP1A gene induction potential of the gills in rainbow trout injected with benzo[a]pyrene, but also showed moderately and transiently induced CYP1A mRNA in adipose fin. The modest and transitory gene expression may preclude rainbow trout adipose fin CYP1A mRNA levels from using it as an indicator of sustained exposure of fish to the polycyclic aromatic compounds.

7

Relative quantification of CYP1A gene expression in whitefish (Coregonus lavaretus) exposed to benzo[a]pyrene

Brzuzan P., Jurczyk Ł., Łuczyński M. K., Góra M.

Environmental Biotechnology

|

2005

|

Vol. 1, No. 1

11--15

EN

The expression of CYP1A (cytochrome P4501A) can be induced by a number of aromatic compounds in teleost fishes. We developed a real-time PCR assay for measuring relative quantities (RQ) of CYP1A mRNA in whitefish (Coregonus lavaretus). To test for the usefulness of the assay we performed a treatment study, using benzo[a]pyrene (B[a]P) a model CYP1A inducer. Primers for the CYP1A gene were adapted from the literature, whereas those for [beta]-actin (endogenous control) were designed from a region that was found to be conserved among salmonid [beta]-actin genes. A group of hatchery raised whitefish, with an average body mass of 15 g and total length of 12 cm were given an intraperitoneal injection (10 mg/kg) of B[a]P in corn oil (2 mg B[a]P/ml corn oil) or corn oil alone (Control). After 48 h, whitefish liver, head kidney and brains were collected for mRNA isolation and analysis. In all three tissues sampled, CYP1A mRNA was affected by treatment with B[a]P. Head kidney tissue showed the greatest induction potential (RQ=11.00) from base levels (RQ=1.00), followed by liver (RQ=9.45), and brain (RQ=3.76). These results demonstrated that CYP1A was highly inducible by B[a]P in whitefish head kidney and liver, and to some extent, in brain tissue. The approach presented here has the advantage of providing rapid and accurate measures of CYP1A induction in various tissues of fish responding to PAH contaminant exposure.

8

Systemy znakowania fluorescencyjnego w real-timie PCR. Cz. 2

Skommer J.

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2003

|

R. 8, nr 4

34-36

PL

Część I artykułu (LAB 3/2003) "Systemy detekcji w real-timie PCR" przybliżyła czytelnikowi podstawy techniki real-time PCR, rodzaje stosowanych fluoroforów oraz kilka bardzo popularnych systemów znakowania, jak SYBR Green, TaqMan oraz Hyb Probe. W niniejszym opracowaniu skupię się na omówieniu kolejnych systemów, m. in. Molecular Beacons i Scorpions.

9

Systemy znakowania fluorescencyjnego w real-timie PCR. Cz. 1

Skommer J.

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2003

|

R. 8, nr 3

6-8

PL

Technika PCR zrewolucjonizowała technologię detekcji i pracy z kwasami nukleinowymi. Tradycyjny PCR (czy RT-PCR; RT - ang. reverse transcription, reakcja odwrotnej transkrypcji) z detekcją kwasów nukleinowych na etapie końcowym (w fazie plateau) rozwinął się w technologię umożliwiającą przeprowadzenie takiej detekcji w trakcie trwania procesu (faza logarytmiczna) - real-time PCR (kinetyczny PCR).

10

Podstawy analizy matematycznej w ocenie ekspresji genów metodą real-time PCR

Skommer J.

LAB Laboratoria, Aparatura, Badania

|

2003

|

R. 8, nr 6

16-17

PL

Artykuły pt. "Systemy znakowania w real-time PCR" cz. I i II, opublikowane w numerach 3 i 4/2003 LAB, stanowiły, wraz z krótkim wprowadzeniem, dość obszerny przegląd różnych metod detekcji amplikonu w technice real-time PCR. Systemy znakowania mają na celu umożliwienie badaczowi śledzenia reakcji amplifikacji w czasie rzeczywistym, a także - w różnym zakresie - określenia charakterystyki specyficzności reakcji. Uzyskane wyniki, w postaci wartości CT i CP (w praktyce oba parametry stanowią numer cyklu reakcji, przy którym sygnał fluorescencji przekracza poziom tła), stanowią podstawę dalszej analizy, prowadzącej do ilościowego określenia ekspresji badanych genów.