Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

PCR w mniej niż kwadrans - przegląd nowatorskich technologii na rynku termocyklerów

Wernecki Maciej

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2019

|

nr 1

42--46

PL

Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) to jedna z podstawowych technik wykorzystywanych w laboratorium biologii molekularnej. Niezbędnym wyposażeniem takiego laboratorium jest termocykler, którego zadaniem jest automatyczne i cykliczne generowanie zmian temperatury mieszaniny reakcyjnej w trakcie przeprowadzania reakcji PCR. W artykule przedstawiono nowatorskie modyfikacje konwencjonalnej konstrukcji termocyklera, które pozwalają na skrócenie czasu reakcji z ponad godziny do mniej niż piętnastu minut.

EN

Polymerase Chain Reaction (PCR) is one of the most basic techniques in a molecular biology lab. General laboratory equipment includes a thermal cycler, which enables to perform an automated thermal cycling of a reaction mix. The article presents innovative improvements to the conventional thermal cycler construction which shorten PCR run time from more than an hour to less than fifteen minutes.

2

Influence of application of attapulgite on the structure and composition of self-dynamic membrane in bioreactors

Duan W., Ling C., Fu D., Xu X.

Environment Protection Engineering

|

2016

|

Vol. 42, nr 2

171--182

EN

The effect of application of attapulgite on the structure and composition of a dynamic membrane (DM) of a bioreactor was investigated by means of the electron microscopy, polymerase chain reaction (PCR) and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). A significant increase of microbial floc size in the bioreactors upon attapulgite application was observed. The content of cake layer in the hybrid dynamic membrane (HDM) and in the dynamic membrane (DM) in the corresponding bioreactor systems were 44.73 g/m2 and 38.12 g/m2 respectively, while the contents of mineral – 6.09 g/m2 and 5.34 g/m2, respectively. Further, with addition of attapulgite, the concentration of extracellular polymeric substances (EPS) in the HDM bioreactor system decreased, whereas the content of suspended particulate matter increased. Self-DM has a porous structure with high porosity. Mineral sub-stance, including O, Ka, Ca, P, S, Cl, Mg and Si, are the main elements in DM, but the main elements content exhibited an increase trend in DM with attapulgite administration. These results showed a positive correlation between the quantity of bacterial populations and biological removal improvement, which indicated that application of attapulgite could optimize the structure of self-DM in bioreactors.

3

Detection of antibiotic resistance genes in wastewater treatment plant : molecular and classical approach

Ziembińska-Buczyńska A., Felis E., Folkert J., Meresta A., Stawicka D., Gnida A., Surmacz-Górska J.

Archives of Environmental Protection

|

2015

|

Vol. 41, no. 4

23--32

EN

Antibiotics are a group of substances potentially harmful to the environment. They can play a role in bacterial resistance transfer among pathogenic and non-pathogenic bacteria. In this experiment three representatives of medically important chemotherapeutics, confirmed to be present in high concentrations in wastewater treatment plants with HPLC analysis were used: erythromycin, sulfamethoxazole and trimethoprim. Erythromycin concentration in activated sludge was not higher than 20 ng L−1. N-acetylo-sulfamethoxazole concentration was 3349 ± 719 in winter and 2933 ± 429 ng L−1 in summer. Trimethoprim was present in wastewater at concentrations 400 ± 22 and 364 ± 60 ng L−1, respectively in winter and summer. Due to a wide variety of PCR-detectable resistance mechanisms towards these substances, the most common found in literature was chosen. For erythromycin: erm and mef genes, for sulfamethoxazole: sul1, sul2, sul3 genes, in the case of trimethoprim resistance dhfrA1 and dhfr14 were used in this study. The presence of resistance genes were analyzed in pure strains isolated from activated sludge and in the activated sludge sample itself. The research revealed that the value of minimal inhibitory concentration (MIC) did not correspond with the expected presence of more than one resistance mechanisms. Most of the isolates possessed only one of the genes responsible for a particular chemotherapeutic resistance. It was confirmed that it is possible to monitor the presence of resistance genes directly in activated sludge using PCR. Due to the limited isolates number used in the experiment these results should be regarded as preliminary.

PL

Antybiotyki to grupa związków potencjalnie szkodliwych dla środowiska. Odgrywają one rolę w procesach transferu antybiotykooporności pomiędzy patogenami i bakteriami niechorobotwórczymi. Wykorzystując metodę wysokosprawnej chromatografii cieczowej (HPLC) wykazano obecność erytromycyny, sulfametoksazolu i trimetoprimu w miejskiej oczyszczalni ścieków w następujących stężeniach: dla erytromycyny < 20 ng L−1, N-acetylo-sulfametoksazolu 3349 ± 719 i 2933 ± 429 ng L−1, a trimetoprimu 400 ± 22 i 364 ± 60 ng L−1, odpowiednio: zimą i latem. Ponieważ antybiotykooporność bakteryjna może być stymulowana obecnością antybiotyków w środowisku, istnieje możliwość pojawienia się wielu szlaków opornościowych u bakterii narażonych na działanie tych związków. Dlatego też podjęto próbę detekcji wybranych genów oporności na badane chemioterapeutyki metodą łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR). Obecność elementów genetycznych badano zarówno w szczepach bakteryjnych, u których udowodniono oporność na badany związek bakteriobójczy, jak i w próbce osadu czynnego, z którego te bakterie izolowano. Do badań wybrano najczęściej występujące geny oporności: dla erytromycyny erm i mef, dla sulfametoksazolu: sul1, sul2, sul3, a dla trimetoprimu dhfrA1 i dhfr14. Wykazano, że wartość minimalnego stężenia inhibitującego (MIC), nie koresponduje z obecnością większej liczby mechanizmów oporności. Większość szczepów opornych wykazywała tylko jeden z badanych mechanizmów oporności na antybiotyk niezależnie od wartości MIC. Potwierdzono również możliwość monitorowania obecności genów oporności na antybiotyki metodą PCR bezpośrednio w osadzie czynnym. Ze względu na ograniczona liczbę izolatów użytych w tym eksperymencie wyniki uzyskane w pracy powinny być traktowane jako wstęp do dalszych badań.

4

Metody analizy DNA - laboratorium genetyczne - cz. I

Gos M., Wertheim-Tysarowska K., Rzońca S., Nowakowska B., Charzewska A., Hoffman-Zacharska D.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2013

|

nr 11-12

29--34

PL

W pracy omówione zostały wybrane metody molekularne stosowane rutynowo w diagnostyce chorób genetycznie uwarunkowanych, w tym metody podstawowe, takie jak reakcja łańcuchowej polimerazy (PCR), sekwencjonowanie metodą Sangera czy hybrydyzacja kwasów nukleinowych. Uwzględniono także nowoczesne metody molekularne, takie jak multipleksowa amplifikacja sond zależna od ligacji (MLPA), porównawcza hybrydyzacja genomowa do mikromacierzy (aCGH) czy sekwencjonowanie następnej generacji.

EN

The paper discusses selected molecular methods routinely used in the diagnosis of inherited diseases, including basic methods such as polymerase chain reaction (PCR), Sanger sequencing or nucleic acid hybridization. Also modern molecular methods such as Multiplex ligation-dependent probe amplifi cation (MLPA), array-comparative genomic hybridization (aCGH) and nextgeneration sequencing (NGS).

5

Zastosowanie metod biologii molekularnej w diagnostyce pasożytniczych pierwotniaków jelitowych z rodzaju Cryptosporidium

Polus M., Kocwa-Haluch R.

Czasopismo Techniczne. Środowisko

|

2005

|

R. 102, z. 16-Ś

109-126

PL

Jednym z najważniejszych zagadnień dotyczących zagrożenia wodnopochodną kryptosporidiozą jest opracowanie czułej i szybkiej metody detekcji oocyst pierwotniaków z rodzaju Cryptosporidium w wodzie i ściekach. Niniejszy artykuł stanowi krótki przegląd metod bazujących na technikach biologii molekularnej, potencjalnie mogących znaleźć zastosowanie w identyfikacji i detekcji Cryptosporidium.

EN

The development of fast, sensitive and reliable method of using PCR for detection of Cryptosporidium oocysts in environmental samples like water and wastewater would improve decisions concerning public health risk. Since there are several different methods available for detection of Cryptosporidium oocysts in water this paper is a review of most important of them.