Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Drzewa filogenetyczne jako przydatne narzędzie w procesie identyfikacji mikroorganizmów - cz. II

Cal-Bąkowska M., Wernecki M.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2016

|

nr 7-8

22--25

PL

Badając nowe środowiska, coraz cześciej znajdujemy nowe gatunki, których nie jesteśmy w stanie prostymi metodami mikro- i makroskopowymi czy też biochemicznymi zaliczyć do żadnej ze znanych nam grup. Bardzo czesto znajdujemy się również w sytuacji, w której musimy szybko oznaczyć grupę mikroorganizmów co do gatunku i określić ich wzajemne pokrewieństwo oraz zidentyfikować przynależność gatunkową. Bardzo dobrym i szybkim sposobem na rozwiązanie tych naukowych wyzwań jest wykorzystanie genetyki do szybkiej i pewnej identyfikacji badanych szczepów. W efekcie możemy stworzyć drzewo filogenetyczne, które jest wizualizacją analizy porównawczej badanych przez nas sekwencji oraz niesie ze sobą wiele informacji na temat podobieństwa badanych organizmów i ewolucyjnych zależności pomiędzy nimi.

EN

While studying new environments, more and more frequently we find new species which cannot be classified into any of the groups known to us using simple micro-, macroscopic , or biochemical methods. We also freqently find our regarding its species, as well as determine their mutual kinship and identity species affiliation. A very good and quick way to solve these scientific challenges is to use genetics for quick and certain identification of the studied strains. As a result we can create a phylogenetic tree, which constitutes a visualization of the comparative analysis of the sequences studied organisms and evolutional dependencies between them.

2

Drzewa filogenetyczne jako przydatne narzędzie w procesie identyfikacji mikroorganizmów - cz. I

Cal-Bąkowska M., Wernecki M.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2016

|

nr 5-6

13--18

PL

Badając nowe środowiska, coraz częściej znajdujemy nowe gatunki, których nie jesteśmy w stanie prostymi metodami mikro- i makroskopowymi czy też biochemicznymi zaliczyć do żadnej ze znanych nam grup. Bardzo często znajdujemy się również w sytuacji, w której musimy szybko oznaczyć grupę mikroorganizmów co do gatunku i określić ich wzajemne pokrewieństwo oraz zidentyfikować przynależność gatunkową. Bardzo dobrym i szybkim sposobem na rozwiązanie tych naukowych wyzwań jest wykorzystanie genetyki do szybkiej i pewnej identyfikacji badanych szczepów. W efekcie możemy stworzyć drzewo filogenetyczne, które jest wizualizacją analizy porównawczej badanych przez nas sekwencji oraz niesie ze sobą wiele informacji na temat podobieństwa badanych organizmów oraz ewolucyjnych zależności pomiędzy nimi.

EN

While studying new environments, more and more frequently we find new species which cannot be classified into any of the groups known to us using simple micro-, macroscopic, or biochemical methods. We also frequently find ourselves in a situation in which we need to mark the group of microorganisms quickly regarding its species, as well as determine their mutual relationship and identify species affiliation. A very good and quick way to solve these scientific challenges is to use genetics for quick and certain identification of the studied strains. As a result we can create a phylogenetic tree, which constitutes a visualization of the comparative analysis of the sequences studied by us and brings a lot of information regarding the similarity of the studied organisms and evolutional dependencies between them.

3

Phylogenetic aspects of the concept of intelligent life design

Krajewski Z.

Bio-Algorithms and Med-Systems

|

2015

|

Vol. 11, no. 3

145--162

EN

This paper presents a new treatment of molecular evolutionary model as a product of intelligent changes. The aim of this paper is to obtain a life design system, drawing on processes occurring in nature regardless of explanations of the origins of life. The idea of intelligent design and molecular relationship is considered as a basic concept of the intelligent life design system, using some analogies taken from molecular evolutionary models. Three steps of life design system are outlined; however, the main subject is an attempt to find certain similar effects of the design system processes and the processes simulated with basic evolutionary substitution models: Jukes-Cantor; Felsenstein; and Hasegawa, Kishino, and Yano (HKY). An idea of gene reduction has been applied, from more complex (taking into account information density) biological systems to less complex, specialised biological systems. Two steps have been taken into consideration: a test stage in the virtual world and an adaptation finishing process after running the systems in the real world. Two algorithms have been applied. The first one has applied similarity related to an accommodation process to required conditions in the virtual and the real world. The second algorithm has applied accommodation to required conditions separately (expressed as amino acid substitution) in the first step, using a convenient criterion, and further (similar to observable) accommodation in the real world. A phylogenetic tree, similar to a real one, has been calculated using the above method for mammals, for mtDNA, with the maximum likelihood method, and with the aid of PhyML for the HKY model. This paper is an introduction showing an aspect of the life design system, related to phylogenetic relationships.

4

Metoda porównywania drzew filogenetycznych wykorzystująca najlżejsze doskonałe skojarzenie w grafach dwudzielnych

Bogdanowicz D.

Zeszyty Naukowe Wydziału ETI Politechniki Gdańskiej. Technologie Informacyjne

|

2008

|

T. 15

183-188

PL

Drzewa filogenetyczne przedstawiają historyczne, ewolucyjne związki pokrewieństwa między różnymi gatunkami lub różnymi osobnikami w ramach jednego gatunku. Istnieje wiele metod rekonstruowania drzew filogenetycznych. Wykorzystywanie różnych metod na tym samym zbiorze danych zazwyczaj owocuje powstaniem różnych drzew. Pojawia się zatem pytanie: jak bardzo dwa dane drzewa różnią się od siebie. W niniejszej pracy prezentujemy nową ogólną metodę porównywana drzew filogenetycznych. Metoda opiera się na wykorzystaniu najlżejszego doskonałego skojarzenia w grafach dwudzielnych i przy opisanych założeniach wymaga wielomianowego czasu obliczeń. W pracy omówiono podstawowe własności metryki oraz podano trzy przypadki szczególne. Przedstawiono także wyniki eksperymentów obliczeniowych.

EN

A phylogenetic tree represents historical evolutionary relationship between different species or organisms. There are various methods for reconstructing phylogenetic trees. Applying those techniques usually results in different trees for the same input data. An important problem is to determine how distant two trees reconstructed in such a way are from each other. In this paper, new metrics for comparing phylogenetics trees are suggested. These metrics are based on minimum weight perfect matching in bipartite graphs and can be computed in a polynomial time. We study same properties of these metrics and compare them with methods previously known.

5

Computational methods in diagnostics of chronic hepatitis C

Kędziora P., Figlerowicz M., Formanowicz P., Alejska M., Jackowiak P., Malinowska N., Frątczak A., Błażewicz J.

Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences

|

2005

|

Vol. 53, nr 3

273-281

EN

Despite the considerable progress that has recently been made in medicine, the treatment of viral infections is still a problem remaining to be solved. This especially concerns infections caused by newly emerging patogenes such as: human immunodeficiency virus, hepatitis C virus or SARS-coronavirus. There are several lines of evidence that the unusual genetic polymorphism of these viruses is responsible for the observed therapeutic difficulties. In order to determine whether some parameters describing a very complex and variable viral population can be used as prognostic factors during antiviral treatment computational methods were applied. To this end, the structure of the viral population and virus evolution in the organisms of two patients suffering from chronic hepatitis C were analyzed. Here we demonstrated that phylogenetic trees and Hamming distances best reflect the differences between virus populations present in the organisms of patients who responded positively and negatively to the applied therapy. Interestingly, the obtained results suggest that based on the elaborated method df virus population analysis one can predict the final outcome of the treatment even before it has started.