Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Chromatograficzna analiza związków budujących kwasy nukleinowe

Studzińska S., Rola R., Łobodziński F., Krzemińska K.

Wiadomości Chemiczne

|

2016

|

[Z] 70, 9-10

633--656

EN

Understanding the characteristics, role and structure of nucleic acids allowed to answer questions about the disease processes. Today, nucleic acids and their constituents are tools, which are used by molecular biology in medicine and biotechnology. Antisense and gene therapy are intensively developing methods for possible treating or preventing disease. They use short fragments of DNA or RNA - oligonucleotides to silence the genes expression. They are not the only ones that allow analytical chemists to obtain information about the state of our body. Determination of modified nucleoside allows detection of cancer, while analysis of nucleotides allows the estimation of strengthening the immune system. There is a great need of sensitive, selective and precise methods of separation of nucleosides, nucleotides and oligonucleotides and their qualitative and quantitative analysis. Consequently liquid chromatography (LC) is the most commonly used for analysis of nucleic acid constituents. The most widely used modes of LC include Ion Exchange Chromatography (IEC) and Reversed Phase High Performance Liquid Chromatography (RP HPLC). Both techniques have their advantages and disadvantages in the analysis of nucleosides, nucleotides and oligonucleotides. In the case of IEC it is necessary to use high concentrations of the salt in the mobile phase or concentration gradients, which considerably limits the possibility of using MS detection. RP HPLC can be coupled with MS detection but only when volatile salts are mobile phase components. On the other hand there is a significant problem is the lack of sufficient selectivity for the most polar nucleosides and nucleotides. RP HPLC MS is still most often used in the determination of nucleosides and nucleotides, due to its high sensitivity and a comprehensive qualitative analysis. Another system used for the HPLC analysis of oligonucleotides is Ion Pair Reversed Phase High Performance Liquid Chromatography (IP RP HPLC). These compounds can not be analyzed by RP HPLC due to their high polarity. The advantage of IP RP HPLC is selectivity, achieved by a suitable choice of mobile phase composition and the possibility of using MS. A disadvantage of IP RP HPLC in the analysis of oligonucleotides is however lower sensitivity compared to RP HPLC. During the last few years Hydrophilic Interaction Liquid Chromatography (HILIC) was applied for the separation of mixtures of nucleosides, nucleotides, oligonucleotides extracted from a biological or food samples. The presented results demonstrate the usefulness of this method, however, the resolving power is limited due to the asymmetric peak shape. On the other hand proper selection of the mobile and stationary phase can lead to a high selectivity in the analysis of the most polar nucleosides, nucleotides and oligonucleotides, which can not be separated by RP HPLC.

2

Izoksazolidynowe analogi nukleozydów

Kokosza K., Piotrowska D. G.

Wiadomości Chemiczne

|

2012

|

[Z] 66, 11-12

1041-1070

EN

Compounds having isoxazolidine moiety are of special interest since they show a broad spectrum of biological activity, including anticancer [1–5], antiviral [6], antibacterial [7–9] and antifungal activities [9–12]. Extensive studies on isoxazolidine moiety containing compounds resulted in discovery of several potentially antiviral and anticancer drugs (e.g. pyridemine-A 1 [2, 3], as well as isoxazolidines substituted with thymine and 5-fluorouracil 52a (AdT) [38–40] and 59 [(–)-AdFU] [41–43], respectively). In this review the most spectacular examples of the synthesis of isoxazolidine analogues of nucleosides are discussed and their biological activity is emphasized.

3

Selective acetylation of pyrimidine nucleosides catalyzed by lipase goes smoothly in pyridine. Why?

Kołodziejska R., Dramiński M.

Polish Journal of Applied Chemistry

|

2004

|

Vol. 48, nr 3-4

75-81

EN

Enzymes are well known primarily as catalysts for carrying out regioselective reactions in organic syntheses. Results from enzyme - mediated protections of the hydroxy groups of pyrimidine 1-b-D-ribofuranosides and 1-b-D-2-deoxyribofuranosides have been discussed and the influence of solvent on efficiency of the syntheses has been tested. The lipase B from Candida antarctica selectivity transfers the acetyl group from vinyl acetate to the primary hydroxyl groups of various pyrimidine ribonucleosides nad 2'-deoxyribonucleosides in high yields. Conformation gauche-gauche is preferred in enzymatic acetylation, therefore the enzymatic transesteryfication is carried out faster in pyridine than in DMSO.

PL

W ciągu ostatnich lat wzrosło zainteresowanie specyficznymi właściwościami katalizatorów biologicznych. Na szczególna uwagę zasługuję enzymy lipolityczne. Lipaza jest szeroko stosowana do katalizowania reakcji hydrolizy i estryfikacji. Przeprowadzono reakcje tranestryfikacji ocatnem winylu wybranych nukleozydów i 2'-deoksynukleozydów pirymidynowych w obecnosci lipazy z Candida antarctica B. Stwierdzono, że lipaza z Candida antarctica B nie tylko umożliwia przeprowadzenie ze znaczną szybkością reakcji transestryfikacji ale przede wszystkim selektywnie wprowadza grupę acetylową na pierwszorzędową grupę wodorotlenową 1-b-D-rybofuranozydów i 1-b-D-2-deoksyrybofuranozydów pirymidynowych. Najlepsze rezultaty uzyskano prowadząc reakcję w pirydynie, prawdopodobnie substraty w tym rozpuszczalniku były bardziej dostępne dla katalizatora enzymatycznego i dlatego reakcja transestryfikacji enzymatycznej przebiegała znacznie szybciej w pirydynie niż w DMSO i DMF. Lipaza jest aktywna w każdym z użytych rozpuszczalników wobec innych substratów, przypuszczalnie korzystny przebieg naszych eksperymentów w pirydynie spowodowany jest konformacją nukleozydu określoną środowiskiem reakcji. Dla sprawdzenia tej tezy poddano analizie konformacyjnej wyjściowe nukleozydy i 2'-deoksynukleozydy pirymidynowych w stosowanych rozpuszczalnikach. Stwierdzono, że przewaga izomeru gauche-gauche (gg) sprzyja enzymatycznej reakcji transestryfikacji.

4

Zastosowanie porfirynowych faz stacjonarnych w HPLC

Biesaga M.

Analityka : nauka i praktyka

|

2002

|

nr 4

13--19

PL

Jednym z podstawowych problemów chemii analitycznej jest selektywność metody oznaczania danego związku, zwłaszcza gdy występuje on w niskim stężeniu w próbce o skomplikowanej matrycy.

5

Nukleozydy i ich regioizomery modyfikacje monosacharydów i heterozasad

Walczak K.

Zeszyty Naukowe. Chemia / Politechnika Śląska

|

1998

|

z. 138

1-137

PL

W prezentowanej pracy przedstawiono wyniki badań nad opracowaniem metod syntezy nowych typów modyfikowanych sacharydów z ich łatwo dostępnych pochodnych, takich jak glikozydy, glikale i aminosacharydy. Niektóre z otrzymanych pochodnych, zastosowano następnie w syntezie 2',3'-didezoksy-3'- modyfikowanych nukleozydów pirymidynowych. W zależności od pozycji w pierścieniu sacharydowym, w której przeprowadzono modyfikację, stosowano różne typy reakcji chemicznych: addycję wolnorodnikową i nukleofilową, podstawienie nukleofilowe, zdegradowana transformację pierścienia imidazolowego. Szczególną uwagę zwrócono na słabo dotychczas rozpoznane metody wprowadzania pierścienia azolowego do cząsteczki sacharydu. W zależności od pozycji w pierścieniu sacharydowym, w której nastąpiło wprowadzenie układu azolowego, można otrzymać nukleozydy azolowe lub ich regioizomery: izonukleozydy i odwrócone nukleozydy azolowe. Pierścień azolowy wprowadzono w pozycję 3 cząsteczki sacharydu w wyniku addycji anionów azoli do enali, pochodnych aldechydów cukrowych i cyklizacji powstałych adduktów. Opracowano również alternatywną metodę syntezy odwróconych nukleozydów azolowych w warunkach reakcji Mitsunobu. Stwierdzono, ze niesymetrycznie podstawione azole tworzą w warunkach reakcji oba możliwe regioizomery z przewagą izomeru N-1.

EN

The present paper deals with results of investigating methods of synthesis to obtain new types of modified sacharides from their readily available derivatives such as glycosides, glucals and aminosaccharides. Some of the derivatives obtained were subsequentaly used in the synthesis of 2',3'-dideoxy-3'- modified nucleosides. Depending on the modified position in the saccharide ring various types of chemical reactions were used such as free radical addition, nucleophilic addition, nucleophilic substitution of degenerated transformation of the imidazole ring. Particular attention was also paid to the so far underinvestigated methods of introducing the azole ring into the saccharide molecule. Depending on the saccharide ring possition in which azole ring was introduced it is possible to obtain azole nucleosides or their regioisomers that is azole isonucleosides and reversed nucleosides. The azole ring was introduced in the 3-position of the saccharide ring as a result of azole anions addition to enals. An alternative method was also elaborated for synthesis of reversed azole nucleosides under Mitsunobu reaction conditions. It was concluded taht nonsymetrically substituted azoles form under these conditions both possible regioisomers with a slight dominance of the N-1 isomer.