Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

2 Polimery

Powiadomienia systemowe

Sesja wygasła!

Znaleziono wyników: 2

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych: komputerowa analiza sekwencji

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

Structural properties of proteolytic-accessible bioactive fragments of selected animal proteins

Dziuba J., Niklewicz M., Iwaniak A., Darewicz M., Minkiewicz P.

Polimery

2005

T. 50, nr 6

424-428

The computer simulation of the distribution of biologically active fragments and bonds which are predicted to be susceptible to the action of endopeptidases of known specificity, hydropathy index and prediction of secondary structures were performed. The average values of hydropathy index calculated for bioactive fragments of selected animal proteins predicted in silico to be released by proteolytic enzymes as well as surroundings of such fragments show that they are hydrophilic. The most frequently occurring structure in the animal proteins bioactive fragments with surroundings is b-strand. There is no preferable secondary structure in the bioactive fragments encrypted in the animal protein sequences. Our findings suggest that the distribution of bioactive fragments may favour their release by proteinases.

Przedstawiono wyniki komputerowej symulacji rozmieszczenia biologicznie aktywnych fragmentów oraz wiązań peptydowych podatnych na działanie endopeptyzad o określonej specyficzności, przewidywania zawartości struktur drugorzędowych oraz indeksu hydropatii. Najczęściej występującym motywem strukturalnym wśród bioaktywnych peptydów wraz z otoczeniem jest struktura b-harmonijkowa. Nie stwierdzono dominującego udziału żadnej ze struktur drugorzędowych w bioaktywnych peptydach występujących w sekwencjach badanych białek zwierzęcych. Średnie wartości indeksu hydropatii wskazują, że zarówno bioaktywne fragmenty uwolnione in silico z sekwencji wybranych białek zwierzęcych przez enzymy proteolityczne, jak i ich otoczenie są hydrofilowe. Wyniki badań sugerują, że rozmieszczenie bioaktywnych peptydów sprzyja ich uwalnianiu przez enzymy proteolityczne.

Computer-aided characteristics of proteins as potential precursors of bioactive peptides SO POLIMERY

Dziuba J., Iwaniak A., Minkiewicz P.

Polimery

2003

T. 48, nr 1

50-53

Proteins, apart from their basic functions, may play the role of precursors of the peptides that regulate the body functions and/or show antihypertensive, antithrombotic, antiamnestic, immunomodulating and other activities. Computer analysis of 109 protein sequences, done with help of a database containing 109 protein sequences and 1100 bioactive peptides sequences, has been presented. Following discriminants have been used: the frequency of occurence of the bioactive fragments in a protein chain (A), potential activity of protein fragments (B) and the profile of potential biological activity of a protein. 3781 bioactive fragments present in the protein sequences under onsideration have been found. Most commonly occurring ioactive fragments were angiotensin converting enzyme nhibitors (ACE) (EC 3.4.15.1.) and dipeptidyl peptidase IV nhibitors. Bovine beta-casein and rice prolamin are the best recursors of antihypertensive peptides. Bioactive fragments as ell as their surroundings are hydrophilic and mostly localized t random coil structures of proteins.

Białka, oprócz swoich podstawowych funkcji, mogą pełnić rolę prekursorów peptydów regulujących czynności organizmu i/lub wykazujących aktywność przeciwnadciśnieniową, przeciwkrzepliwą, antyamnezyjną, immunomodulacyjną i in. Przedstawiono analizę komputerową 109 sekwencji białek na podstawie komputerowej bazy danych zawierającej 109 sekwencji białek oraz 1100 sekwencji bioaktywnych peptydów. W analizie zastosowano następujące wyróżniki: częstość występowania bioaktywnych fragmentów w sekwencji białka (A), potencjalną aktywność fragmentów białka (B) oraz profile potencjalnej aktywności biologicznej białka. Stwierdzono obecność 3781 bioaktywnych fragmentów w rozpatrywanych sekwencjach białek. Najczęściej występującymi bioaktywnymi fragmentami były inhibitory enzymu konwertującego angio-tensynę (ACE) (EC 3.4.15.1) oraz inhibitory dipeptydylopepty-dazy IV (rys. 1, tabela 1). Najbogatsze prekursory peptydów przeciwnadciśnieniowych to krowia kazeina-|3 oraz prolaminy ryżu (tabela 2). Zarówno fragmenty bioaktywne, jak i ich otoczenie są hydrofilowe i przeważnie zlokalizowane we fragmentach struktury nieuporządkowanej (random coil) białek (tabela 3).