Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Persistence landscapes of affine fractals

Catanzaro Michael J., Przybylski Lee, Weber Eric S.

Demonstratio Mathematica

|

2022

|

Vol. 55, nr 1

163--192

EN

We develop a method for calculating the persistence landscapes of affine fractals using the parameters of the corresponding transformations. Given an iterated function system of affine transformations that satisfies a certain compatibility condition, we prove that there exists an affine transformation acting on the space of persistence landscapes, which intertwines the action of the iterated function system. This latter affine transformation is a strict contraction and its unique fixed point is the persistence landscape of the affine fractal. We present several examples of the theory as well as confirm the main results through simulations.

2

The Masterly Projective Pattern Across Form and Symbolism in Las Meninas by Diego Velazquez

Cocchiarella L.

Journal Biuletyn of Polish Society for Geometry and Engineering Graphics

|

2016

|

Vol. 29

53--57

EN

Aim of this paper is to focus on the intrinsic connection between perspective pattern and symbolism in Las Meninas, the enigmatic art masterpiece painted by Diego Rodríguez de Silva y Velázquez in 1656. Most intriguing steps in this work have been the search for information about the not yet existing room depicted, and the geometrical investigation concerning reflection in the mirror. Graphic reconstruction has been based on the modern homological approach.

PL

W niniejszej pracy pokazano ścisły związek pomiędzy zasadami perspektywy a symboliką przedstawioną w Las Meninas, enigmatycznym dziele autorstwa Diego Rodríguez de Silva y Velázquez powstałym w 1656 roku. Szczegółowa analiza geometryczna dotyczyła informacji niesionej przez treść obrazu w pokoju i odbicia w lustrze. W rekonstrukcji graficznej wykorzystano geometryczną zasadę homologii.

3

Johann Wolfgang Goethe (1749-1832). Metoda genetyczna i francuski aforyzm. W 180. rocznicę śmierci poety – przyrodnika

Bednarczyk A.

Kwartalnik Historii Nauki i Techniki

|

2012

|

R. 57, nr 3/4

7--66

EN

The present-day scientific issues (participation in a dispute between G. Cuvier and É. Geoffroy Saint-Hilaire in 1830 in the form of a two-part article written on this topic - 1830, 1832) and also the editorial activities connected with the scientific field-such as, participation in the editing and publishing (1831) of a French translation of his former botanical study Versuch die Metamorphose der Pflanzen zu erklären (1790), which he recently provided with revised additional materials (the autobiography of the poet as a naturalist and the course of reception of the concept of metamorphosis) were matters which imported Goethe nearly until the last years of his life. It was in Versuch die Metamorphose der Pflanzen zu erklären where a detail previously absent from his natural writings appeared there for the first time, namely a French motto opening a part containing these additional materials: Voir venir les choses est le meilleur moyen de les expliquer. This only one sentence, maintained in the aphoristic form, whose author was, a little known at that time, French botanist and illustrator, Pierre-Jean-François Turpin (1775-1840), explains in the most concise way possible the very essence of the genetic method. This said method, widely practiced by Goethe in the natural studies from the early age, constituted an important component of his methodological set of instruments and gave a special expression to his way of understanding the world. The article analyses the German translation of Turpin’s aphorism, as made by Goethe, in which a certain teleological nuance was noticed, not existing in the original French version; as such, it remains in an apparent contradiction with the general and antiteleological scientific attitude of Goethe. The mentioned aphorism was compared in terms of accuracy to several translations into European languages. Furthermore, the question of Turpin’s aphorism being allegedly assigned to Aristotle was also taken into consideration. In the article, the proper genetic method based on textual evidences, drawn from Goethe’s scientific works, was reconstructed and its extensive and varied applications familiar to the poet natural sciences. It was noted that the developed by Goethe genetic method (similarly as presenting it Turpin’s aphorism) had its origins in the same morphology, was used to solve specific epistemological problems of biology at that time, and was not the product of- contrary to what many historians of biology claim - influential in those days German Naturphilosophie. In the article, above all, however, a lot of attention was paid to the position which the genetic method occupied in morphology, interpreted by Goethe in a physiological and typological way. Particularly great importance was paid to it in the developed by Goethe theory of morphological type associated with a comparative method and introducing there the principle of continuity, to which he assigned a special theoretical and philosophical importance. Finally, the relations of the genetic method with contemporary typological morphology and the used here concept of homology were presented.

4

Konstrukcja sekwencji konsensusowych rodziny białek β-spektryn o różnych parametrach progowych oraz weryfikacja ich użyteczności

Fogtman A., Leluk J., Lesyng B.

Bio-Algorithms and Med-Systems

|

2005

|

Vol. 1, no. 1/2

117--120

PL

Rozwój zarówno sekwencyjnych, jak i strukturalnych białkowych baz danych umożliwił prowadzenie wielkoskalowych badań nad podobieństwem i homologią białek. Etapem kluczowym takich badań jest poprawna konstrukcja dopasowanego zestawienia sekwencji (z ang.: Multiple Alignment) oraz sekwencji konsensusowych. Sekwencja taka jest swoistym markerem danej rodziny białkowej; określa ona zestaw białek homologicznych specyficznie uwydatniających cechy charakterystyczne danej rodziny. Sekwencja konsensusowa jest uśrednieniem cech całej rodziny białkowej, umożliwiającym wnikliwą analizę mechanizmów ewolucji białek oraz stworzenie ich ogólnego schematu. Taka sekwencja może zostać użyta jako narzędzie do przeszukiwania baz danych pod względem podobieństwa i homologii białek wykazujących istotny stopnień identyczności. Prawidłowa konstrukcja sekwencji konsensusowych jest istotna dla uzyskania najbardziej optymalnych wyników analizy porównawczej białek. Konstrukcja takich sekwencji oparta jest na parametrach odpowiadających liczbie białek należących do danej rodziny, długości sekwencji oraz stopniu identyczności. W naszej pracy przeanalizowaliśmy ponad 50 sekwencji aminokwasowych β-spektryn. Dopasowanie tych sekwencji oraz zestaw optymalnych sekwencji konsensusowych dla β -spektryn skonstruowano z wykorzystaniem algorytmu semihomologii genetycznej oraz programu Consensus Constructor (ICM). Przeanalizowano wpływ różnych parametrów progowych na użyteczność skonstruowanych sekwencji konsensusowych. Sekwencje te wykorzystano do przeszukania sekwencyjnych baz danych, a wyniki przeszukiwania porównano pod względem ich użyteczności w badaniach porównawczych białek. Przedstawiona strategia konstrukcji sekwencji konsensusowych wydaje się być obiecującym, użytecznym narzędziem w precyzyjnym określaniu różnorodnych wspólnych cech homologicznych rodzin białkowych, nawet gdy obserwowany stopień podobieństwa/identyczności jest relatywnie niski. Praca wykonana została w ramach grantu MAMBA (Centre of Excellence for Multi-scale Biomolecular Modelling, Bioinformatics and Applications) Projekt nr QLRI-CT-2002-90383.

EN

The development of the protein sequence and structure databases made wide scale similarity searches and homology analysis possible. The fundamental step in this research is a proper multiple alignment and consensus sequence construction. The consensus sequence is a specific marker describing the features of a given protein family. It enables the profound analysis of the evolutionary mechanisms and creation of their general structural scheme. It defines the set of homologous proteins, specifically emphasizing the distinctive features of a protein family. Such a sequence can be used as a tool to search databases for homologous proteins revealing the best actual similarity/homology score. Correct consensus sequence construction is key for obtaining the most optimum results of protein sequence homology research. The consensus sequence construction is based on parameters that apply to the number of members within a family, length of the protein sequences and the degree of identity. We analyzed over 50 sequences of β- spectrin family. The multiple alignment and the set of optimum consensus sequences for β-spectrin protein family were constructed with the aid of genetic semihomology algorithm and Consensus Constructor program (ICM). We examined the influence of variable threshold parameters on usefulness of the constructed consensus sequence. The consensus sequences of various threshold parameters were used to search the databases, and the scores were compared with respect to their usefulness in many criteria of comparative protein analysis. The strategy of consensus sequence construction appears to be powerful and accurate optimization tool for precise description of the significant common features of homologous protein families, even when the observed similarity/identity degree is relatively low. This work was supported by MAMBA (Centre of Excellence for Multi-scale Biomolecular Modelling, Bioinformatics and Applications) Project No. QLRI-CT-2002-90383.