Wyniki wyszukiwania - BazTech

Ograniczanie wyników

1 Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska

1 2006

Znaleziono wyników: 1

Liczba wyników na stronie

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych: geometric hashing

Sortuj według:

Ogranicz wyniki do:

Algorytm haszowania geometrycznego w dokowaniu molekularnym

Pacholczyk M., Bereska D.

Zeszyty Naukowe. Automatyka / Politechnika Śląska

2006

z. 145

157-162

W pracy przedstawiono implementację oraz wstępne wyniki działania zmodyfikowanego algorytmu wizji komputerowej - haszowania geometrycznego zastosowanego w problemie dokowania molekularnego. Dokowanie molekularne w ujęciu przedstawionym w pracy jest problemem znalezienia najlepszego dopasowania struktury przestrzennej białka oraz mniejszej molekuły - ligandu (molekuły lekopodobnej). Jako model interakcji białko ligand zastosowano powierzchnie interakcji - stanowiących geometryczną reprezentację zbioru reguł rządzących oddziaływaniami na poziomie molekularnym (wiązania wodorowe, oddziaływania hydrofobowe). Właściwości algorytmu zostały sprawdzone podczas próby rekonstrukcji naturalnego dopasowania struktury izomerazy oraz ligandu SO4, pochodzących z kompleksu o oznaczeniu 5TIM (PDB).

The paper presents an implementation and preliminary results obtained with modified computer vision algorithm called geometric hashing applied to the problem of molecular docking. Molecular docking as presented here is the problem of finding the best possible matching between protein structure and a ligand (typically a smaller, drag like molecule). As a model for protein - ligand interaction we use the interaction surfaces - geometric representation of rules governing intramolecular interactions (hydrogen bonds, hydrofobic interactions). We tested our method trying to reconstruct native binding pose of the SO4 ligand and isomerase in 5TIM (PDB) complex.