Wyniki wyszukiwania - BazTech

1

Object oriented representation and processing of genomic data in relational database

Pelikant A.

Studia Informatica

|

2017

|

Vol. 38, nr 4

41--55

EN

The article shows a method of storing genomic data as the object in the relational database server. It presents a method of source data migration which is stored in the weakly determined text files on ftp servers. What is more, it describes the formal structure of the Common Language Runtime (CLR) class used to define user data type. Implementations of compulsory and optional methods are also presented. Furthermore, the paper shows a set of implemented matching algorithms and methods of using them to build adherence matrix. Finally, the paper – presents some efficiency tests which prove the advantages of the proposed algorithms.

PL

Artykuł prezentuje sposób zapisu danych opisujących genom w postaci obiektu składowanego w relacyjnym serwerze baz danych. Pokazano metodę migracji danych wejściowych, składowanych w postaci słabo zdeterminowanych plików tekstowych, a dostępnych na serwerach ftp. Opisano formalną konstrukcję obiektu z zastosowaniem CLR oraz implementacje metod obligatoryjnych i fakultatywnych. Przedstawiono oprogramowane algorytmy dopasowania oraz omówiono sposób ich wykorzystania do budowy macierzy przystawania. Artykuł zawiera wyniki kilku testów wydajnościowych potwierdzających zalety proponowanych metod.

2

Genotypowanie jako przykład diagnostyki molekularnej

Szweda N., Włodek A.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2016

|

nr 9-10

28--31

EN

Research carried out by molecular diagnostics is extremely precise. It allows for the early detection of specific pathogens, which in turn enables to clarify diagnosis and the prompt introduction of the therapeutic treatment. The fast development of molecular diagnostics has made a wide range of molecular techniques available right now. The choice of a technique depends on the analyzed problem (detection, identification, selection, taxonomic studies and phylogenetics). Molecular diagnostic methods can be used either directly or indirectly.

PL

Badania wykonywane metodą diagnostyki molekularnej są niezwykle precyzyjne. Umożliwiają wczesne wykrycie określonych czynników chorobotwórczych, co z kolei pozwala na sprecyzowanie diagnozy i niezwłoczne wprowadzenie działań terapeutycznych. Szybki rozwój diagnostyki molekularnej sprawił, że obecnie dostępny jest szereg technik diagnostycznych. Wybór techniki zależy od analizowanego problemu (wykrywanie, identyfikacja, typowanie, badania taksonomiczne oraz filogeneza). Metody diagnostyki molekularnej mogą być stosowane w sposób bezpośredni oraz pośredni.

3

Filogenetyka molekularna - genom człowieka

Czernicka M.

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2014

|

nr 7-8

18--22

PL

Genom człowieka jest źródłem dowodów na zdarzenia na drodze ewolucji molekularnej człowieka. Analiza genomu pozwoliła zidentyfikować zmiany w DNA, które przyczyniły się do rozdziału (specjacji) linii człowieka i szympansa około 5 milionów lat temu. Genomika porównawcza to narzędzie pozwalające na wyjaśnianie ewolucyjnej historii chromosomów i genów oraz poznanie organizacji ludzkiego genome.

EN

The human genome develops evidences for molecular events in human evolution. Genome analysis allowed to discover changes in human DNA which contributed to the evolution of human features after separation of the lineages of human and chimpanzee about 5 millions years ago. The comparative genomics is tool for clarifying the evolutionary history of chromosomes, genes and exploiting changes in the human genome organization.

4

Spektrometria mas w badaniach z dziedziny biologii systemów

Stobiecki Maciej

Laboratorium - Przegląd Ogólnopolski

|

2012

|

nr 11-12

51--53

PL

Szybki rozwój genomiki obserwowany w ostatnim dziesięcioleciu ubiegłego wieku umożliwił przystąpienie do realizacji nowych projektów związanych z odczytem informacji genetycznej zapisanej w sekwencjach kwasów nukleinowych (genomach) organizmów modelowych. Najczęściej metodami instrumentalnymi stosowanymi z wyboru do prowadzenia identyfikacji białek i metabolitów są techniki spektrometrii mas. Zastosowanie całościowego (holistycznego, nie analitycznego) podejścia do badań nad organizmami pozwoliło na rozpoczęcie badań zgodnie z koncepcją biologii systemów.

EN

Fast developments in the field of genomics observed in the last decade of the previous century allowed realization of new projects based on deciphering of genetic information annotated in nucleic acids sequences (genomes) of model organisms. In this field the most often applied instrumental methods for protein and metabolites identification are mass spectrometric techniques. Application of holistic approach for analysis living organisms permitted to start investigations accordingly with systems biology concept.

5

Techniki sekwencjonowania jako nowej generacji analityka w omice

Szymańska S., Studzińska S., Pareek Ch. S., Buszewski B.

Analityka : nauka i praktyka

|

2012

|

nr 3

27--36

PL

Sekwencjonowanie pozwala na ustalenie kolejności nukleotydów i wymaga dalszych analiz dających możliwości wyciągania inspirujących wniosków pozwalających na odkrycia mogące mieć kluczowe znaczenie podczas walki z chorobami cywilizacyjnymi ludzkości.

6

Automatyczna anotacja genomu jako narzędzie biologii systemów

Bizukojć M.

Inżynieria i Aparatura Chemiczna

|

2009

|

Nr 3

25-27

PL

W pracy przedstawiono metodę analizy metabolizmu organizmów polegającą na rekonstrukcji sieci metabolicznej na podstawie całkowicie lub częściowo zsekwencjonowanego genomu. Analizę tę przeprowadzono dla siedmiu gatunków grzybów nitkowych z rodzaju Aspergillus wykorzystując serwer automatycznej anotacji, a jej wyniki porównano z wybranymi danymi fizjologicznymi.

EN

A method based upon the reconstruction of fully or partially sequenced genome to analyse metabolic networks of organisms is presented. This analysis was performed for seven fungal species of genus Aspergillus with the use of automatic annotation server. The results were compared with selected physiological data.

7

Bioinformatic environment for analyzing large scale genome sequence

Sarapata K., Sanak M.

Bio-Algorithms and Med-Systems

|

2008

|

Vol. 4, no. 8

25--31

EN

Presented application for large scale genome analysis is useful to test whole chromosomes with Genscan program. Implemented solutions manage with following problems: Genscan program, as context dependent gene seeking program, makes impossible simple division of long sequences into subsequences and simple sum of results , optimization of input subsequences to obtain high level of accuracy with Genscan program, calculation of the longest input subsequences which Genscan can analyze (in comply with hardware limitations). The main result of the work is the ability of scanning large scale sequences to find genes without redundancy error or losses, while analyzing result from dividing ranges. This paper focuses on conditions of using Genscan program. Analyzed sequences came from human genome sequences.

PL

Niniejsza praca prezentuje rozwiązanie informatyczne umożliwiające analizę dużych sekwencji nukleotydowych na poziomie całych chromosomów z wykorzystaniem programu Genscan. Powstałe rozwiązania dotyczą następujących problemów: zastosowanie kontekstowego algorytmu w programie Genscan uniemożliwiającego prosty podział dużych sekwencji na mniejsze i prostego sumowania wyników skanowania, optymalizacja wejściowych subsekwencji dla uzyskania najlepszych rezultatów analizy sekwencji za pomocą programu Genscan ( high levels of accuracy program , wyznaczenie najdłuższej subsekwencji do bezpośredniej i jednokrotnej analizy programem Genscan, wynikającej z ograniczeń sprzętowych. Uzyskanym efektem pracy jest możliwość skanowania dużych sekwencji z zapewnieniem braku redundancji wyników analizy oraz braku utraty danych w miejscach podział u dużej sekwencji. W pracy zwrócono uwag ę na kryteria i warunki zastosowania programu Genscan. Analizowane dane dotyczyły genomu ludzkiego.

8

Rośliny transgeniczne

Rokicki M., Springer B.

Problemy Ekologii

|

2004

|

R. 8, nr 6

290--292

PL

Pojęcie roślin transgenicznych (syn. GMO - Genetically Modified Organism) określa osobniki, których genom został trwale zmieniony przez wprowadzenie do niego fragmentu obcego DNA. Przy produkcji roślin transgenicznych wykorzystuje się zjawisko totipotencji, czyli zdolności do odtworzenia całego organizmu z pojedynczych komórek. Takie komórki są traktowane mieszaniną regulatorów wzrostu, cytokinin i auksyn w celu indukcji podziałów komórkowych i wytworzenia kalusa (materiał wyjściowy do regeneracji roślin) na odpowiednio dobranych pożywkach w warunkach in vitro. Wprowadzenie obcego DNA do komórek roślinnych może odbywać się dwoma metodami: źwektorową (przy wykorzystaniu plazmidu bakterii Agrobacterium tumefaciens) źbezwektorową (np. mikrowstrzeliwanie, transformacja protoplastów za pośrednictwem czynników fizycznych lub chemicznych). Szacuje się, że w 2003 roku rośliny transgeniczne uprawiano w skali świata w 18 krajach (rys. 2) na łącznej powierzchni 67,7mln ha. W porównaniu z rokiem poprzednim areał ten zwiększył się o ok. 15% (ok. 9 mln ha). Powierzchnia uprawy genetycznie zmodyfikowanych roślin rośnie nieprzerwanie od momentu ich komercjalizacji w 1996 roku (rys. 1). W roku 2003 do grona państw, które zezwoliły na uprawę roślin zmodyfikowanych dołączyły: Brazylia i Filipiny. W Europie przeważa sceptyczne nastawienie do GMO. Do tej pory zezwolenie na kontrolowaną ich uprawę wydały Rumunia, Bułgaria, Niemcy i Hiszpania.

EN

The term Genetically Modified Organisms (GMO) refers to specimen which genome has been durably altered through inserting a fragment of DNA originating from another organism. To produce transgenic plants the phenomenon of totiopotency i.e. capability to reconstruct the entire organism from single cells is used. In in vitro conditions such cells are treated with a mixture of growth regulators, cytokincs and auksines on specially selected nutrients to induce cell division and generation of callus (input material for plants regeneration). Insertion of the DNA from other organisms to the cells may be conducted using two methods: -vectoral (using the plasm id of Agrobacterium tumefaciens bacteria) -vector-less (e.g. microinjection, transformation of protoplasts using physical or chemical factors). In 2003, transgenic plants were assessed to be cultivated in 18 countries worldwide (Fig. 2) on a total surface of 67,7mln ha. Compared to previous year this area has been increased by about 15% (approx.. 9mln ha). The surface of the genetically modified plants cultivation has been continuously increasing since the moment of their commercialisation in 1996 ( Fig. 1). In 2003 Brazil and Philippines joined the group of countries where such crops are permissible. In Europe the approach to GMO is rather sceptical. So far such countries as Romania, Bulgaria, Germany and Spain issued permission for a monitored GMO cultivation.

9

Rola telekomunikacji i informatyki w badaniach genomu ludzkiego

Dudek Z.

Przegląd Telekomunikacyjny + Wiadomości Telekomunikacyjne

|

2001

|

nr 11

767-773

PL

Po krótkim wprowadzeniu do genetyki przedstawiono, w jaki sposób rozkodowano genom ludzki i wskazano rolę telekomunikacji i informatyki w tych badaniach.

EN

After a short introduction to genetics the method of human genome sequencing has been presented and the significance of telecommunication and informatics in these research has been indicated.